Comprehensive Analysis of CLCA1 Expression, Immune Infiltration and Immune Checkpoints in Colon Adenocarcinoma / Análisis Completo de la Expresión de CLCA1, Infiltración Inmune y Puntos de Control Inmunológico en Colonadenocarcinoma

SUMMARY: Colon adenocarcinoma (COAD) is a prevalent disease worldwide, known for its high mortality and morbidity rates. Despite this, the extent of investigation concerning the correlation between COAD's CLCA1 expression and immune cell infiltration remains insufficient. This study seeks to examine the expression and prognosis of CLCA1 in COAD, along with its relationship to the tumor immune microenvironment. These findings will offer valuable insights for clinical practitioners and contribute to the existing knowledge in the field. In order to evaluate the prognostic significance of CLCA1 in individuals diagnosed with colorectal cancers, we conducted a comprehensive analysis using univariate and multivariate Cox regression models along with receiver operating characteristic curve (ROC) analysis. This study was performed on the patient data of COAD obtained from The Cancer Genome Atlas (TCGA) database. Nomograms were developed to anticipate CLCA1 prognostic influence. Furthermore, the CLCA1 association with tumor immune infiltration, immune checkpoints, immune checkpoint blockade (ICB) response, interaction network, and functional analysis of CLCA1-related genes was analyzed. We found that Colon adenocarcinoma tissues significantly had decreased CLCA1 expression compared to healthy tissues. Furthermore, the study revealed that the group with high expression of CLCA1 demonstrated a significantly higher overall survival rate (OS) as compared to the group with low expression. Multivariate and Univariate Cox regression analysis revealed the potential of CLCA1 as a standalone risk factor for COAD. These results were confirmed using nomograms and ROC curves. In addition, protein-protein interaction (PPI) network analysis and functional gene enrichment showed that CLCA1 may be associated with functional activities such as pancreatic secretion, estrogen signaling and cAMP signaling, as well as with specific immune cell infiltration. Therefor, as a new independent predictor and potential biomarker of COAD, CLCA1 plays a crucial role in the advancement of colon cancer.

El adenocarcinoma de colon (COAD) es una enfermedad prevalente a nivel mundial, conocida por sus altas tasas de mortalidad y morbilidad. Sin embargo, el alcance de la investigación sobre la correlación entre la expresión de CLCA1 de COAD y la infiltración de células inmunes sigue siendo insuficiente. Este estudio busca examinar la expresión y el pronóstico de CLCA1 en COAD, junto con su relación con el microambiente inmunológico del tumor. Estos hallazgos ofrecerán conocimientos valiosos para los profesionales clínicos y contribuirán al conocimiento existente en el campo. Para evaluar la importancia de pronóstico de CLCA1 en personas diagnosticadas con cáncer colorrectal, realizamos un análisis exhaustivo utilizando modelos de regresión de Cox univariados y multivariados junto con un análisis de la curva característica operativa del receptor (ROC). Este estudio se realizó con los datos de pacientes de COAD obtenidos de la base de datos The Cancer Genome Atlas (TCGA). Se desarrollaron nomogramas para anticipar la influencia pronóstica de CLCA1. Además, se analizó la asociación de CLCA1 con la infiltración inmunitaria tumoral, los puntos de control inmunitarios, la respuesta de bloqueo de los puntos de control inmunitarios (ICB), la red de interacción y el análisis funcional de genes relacionados con CLCA1. Descubrimos que los tejidos de adenocarcinoma de colon tenían una expresión significativamente menor de CLCA1 en comparación con los tejidos sanos. Además, el estudio reveló que el grupo con alta expresión de CLCA1 demostró una tasa de supervivencia general (SG) significativamente mayor en comparación con el grupo con baja expresión. El análisis de regresión de Cox multivariado y univariado reveló el potencial de CLCA1 como factor de riesgo independiente de COAD. Estos resultados se confirmaron mediante nomogramas y curvas ROC. Además, el análisis de la red de interacción proteína- proteína (PPI) y el enriquecimiento de genes funcionales mostraron que CLCA1 puede estar asociado con actividades funcionales como la secreción pancreática, la señalización de estrógenos y la señalización de AMPc, así como con la infiltración de células inmunes específicas. Por lo tanto, como nuevo predictor independiente y biomarcador potencial de COAD, CLCA1 desempeña un papel crucial en el avance del cáncer de colon.

MiR-15b-5p Promotes Growth and Metastasis of Renal Clear Cell Carcinoma / MiR-15b-5p Promueve el Crecimiento y la Metástasis del Carcinoma Renal de Células Claras

SUMMARY: We investigated the expression and clinical significance of miR-15b-5p in clear cell renal cell carcinoma (RCC) through bioinformatics analysis and experimental verification. The differentially expressed miRNAs were screened in the GEO database. Venn diagram showed that there were 5 up-regulated miRNAs (has-miR-210, has-miR-142-3p, has-miR-142-5p, has-miR-15b-5p, and has-miR-193a-3p) and only 1 down-regulated miRNA (has-miR-532-3p) that were commonly expressed between GSE189331 and GSE16441 datasets. This was further confirmed in TCGA. Further analysis showed that the has-miR-193a-3p, has-miR-142-3p, has- miR-142-5p, and has-miR-15b-5p were closely related to tumor invasion, distant metastasis and survival probability. The expression of miR-15b-5p in ccRCC tissues was significantly higher than that in adjacent normal kidney tissues (P0.05). Following inhibition of miR-15b-5p expression, RCC cells had attenuated proliferation, increased apoptosis, and attenuated migration and invasion. has-miR-15b-5p-WEE1, has-miR-15b-5p-EIF4E, has-miR-15b-5p-PPP2R1B may be three potential regulatory pathways in ccRCC. miR-15b-5p is highly expressed in cancer tissues of ccRCC patients. It may promote proliferation, inhibit apoptosis and enhance cell migration and invasion of RCC cells. The has-miR-15b-5p-WEE1, has-miR-15b-5p-EIF4E, and has-miR-15b-5p-PPP2R1B may be three potential regulatory pathways in ccRCC.

Investigamos la expresión y la importancia clínica de miR-15b-5p en el carcinoma de células renales (CCR) de células claras mediante análisis bioinformático y verificación experimental. Los miARN expresados diferencialmente se examinaron en la base de datos GEO. El diagrama de Venn mostró que había 5 miARN regulados positivamente (has-miR-210, has-miR-142-3p, has-miR-142-5p, has-miR-15b-5p y has-miR-193a-3p). ) y solo 1 miARN regulado negativamente (has-miR-532-3p) que se expresaron comúnmente entre los conjuntos de datos GSE189331 y GSE16441. Esto fue confirmado aún más en TCGA. Un análisis más detallado mostró que has-miR-193a-3p, has-miR-142-3p, has- miR-142-5p y has-miR-15b-5p estaban estrechamente relacionados con la invasión tumoral, la metástasis a distancia y la probabilidad de supervivencia. La expresión de miR-15b-5p en tejidos ccRCC fue significativamente mayor que la de los tejidos renales normales adyacentes (P 0,05). Tras la inhibición de la expresión de miR-15b-5p, las células RCC tuvieron una proliferación atenuada, un aumento de la apoptosis y una migración e invasión atenuadas. has-miR-15b-5p-WEE1, has- miR-15b-5p-EIF4E, has-miR-15b-5p-PPP2R1B pueden ser tres posibles vías reguladoras en ccRCC. miR-15b-5p se expresa altamente en tejidos cancerosos de pacientes con ccRCC. Puede promover la proliferación, inhibir la apoptosis y mejorar la migración celular y la invasión de células RCC. has-miR-15b-5p-WEE1, has- miR-15b-5p-EIF4E y has-miR-15b-5p-PPP2R1B pueden ser tres posibles vías reguladoras en ccRCC.

Herramientas ómicas en el diagnóstico de enfermedades ultra-huérfanas: Síndrome de haploinsuficiencia MED13L

Introducción: Las tecnologías de nueva generación han permitido un avance en el diagnóstico y abordaje de enfermedades genéticas ultra-huérfanas ofreciendo mayores posibilidades en tratamiento y consejería genética a las familias. El síndrome de MED13L afecta la proteína MED13L, importante en el desarrollo temprano del corazón, células nerviosas del cerebro y estructuras de la cara. Sus variantes pueden ser las causantes del síndrome de retraso del desarrollo y dismorfia facial con o sin defectos cardíacos. Presentación de caso: Paciente de 4 años, historia de hipotonía generalizada, retraso global del neurodesarrollo, discapacidad cognitiva y rasgos dismórficos, dada la complejidad clínica se realizó secuenciación del exoma clínico completo con análisis de ADN mitocondrial y variación en el número de copias (CNV) con detección de alteración del Gen MED13L variante c.2965C>G (p.Pro989Ala), significado clínico incierto, con posterior implementación de tecnologías de última generación, y reclasificación de la significancia de la variante a patogénica a través del análisis bioinformático, lo cual permitió llegar al origen específico de la patología. Conclusiones: Se resalta la importancia del uso de tecnologías de última generación y herramientas bioinformáticas en el diagnóstico específico de las enfermedades complejas. Las nuevas tecnologías actúan como una herramienta de ayuda para instaurar un protocolo dirigido, un asesoramiento genético y así evaluar el riesgo de heredabilidad, pronóstico y perspectivas terapéuticas de las patologías genéticas ultra-huérfanas. (provisto por Infomedic International)

Introduction: New generation technologies have allowed an advance in the diagnosis and approach of ultra-orphan genetic diseases, to offer greater possibilities in treatment and genetic counseling to families. MED13L syndrome affects the MED13L protein, which is important in early development of the heart, nerve cells in the brain, and structures of the face. Its variants can be the cause of developmental delay syndrome and facial dysmorphia with or without heart defects. Case presentation: 4-year-old patient with history of generalized hypotonia, global neurodevelopmental delay, cognitive disability and dysmorphic features, given the clinical complexity a complete clinical exome sequencing was performed with analysis of mitochondrial DNA and copy number variation (CNV) with detection of alteration of the MED13L gene variant c.2965C>G (p.Pro989Ala), uncertain clinical significance, with subsequent implementation of new generation technologies and reclassification of significance to pathogenic variant through bioinformatic analysis, which allowed reaching the a specific origin of the pathology. Conclusions: The importance of the use of new generation technologies and bioinformatic tools in the specific diagnosis of complex diseases is highlighted. New technologies act as a tool to help establish a targeted protocol, genetic counseling and thus assess the risk of heritability, prognosis, and therapeutic perspectives of ultra-orphan diseases. (provided by Infomedic International)

Mutaciones en el gen GATA4 en pacientes con cardiopatía congénita no sindrómica / Mutations in the GATA4 gen in patients with non-syndromic congenital heart disease

Las cardiopatías congénitas se definen como toda anomalía estructural del corazón o de los grandes vasos, y son consecuencia de las alteraciones del desarrollo embrionario normal del corazón, aproximadamente entre la tercera y la décima semana de gestación. En Colombia, constituyen la segunda causa de muerte en niños menores de un año, con una prevalencia entre 7,5 y 9,5 por 1.000 nacimientos, sin discriminación entre nacidos vivos y muertos. En este estudio se analizaron mediante bioinformática, 33 muestras de tejido cardíaco cercano al defecto y de sangre de pacientes con cardiopatía congénita no sindrómica, de la Clínica Shaio Bogotá (Colombia). Se analizaron en sentido y antisentido cada uno de los seis exones que conforman el gen GATA4. Se identificaron 17 mutaciones, incluyendo cinco cambios no sinónimos en la secuencia, una variante sinónima, una variación de la secuencia en la región 5’UTR, tres cambios intrónicos y siete deleciones. No se encontraron evidencias de variantes somáticas para el gen GATA4, en ninguna de las muestras de la población de estudio.

Congenital heart diseases are defined as any heart or large vessel structural abnormality resulting from abnormal embryonic development, usually described between the 3rd and 10th week of gestation. They comprise the second cause of death in children under a year of age in Colombia, with a prevalence of 7.5-9.5 per 1,000 births, including live and still births. We analyzed 33 heart tissue samples collected at the Clínica Shaio (Bogotá, Colombia). Blood and tissue samples were collected from patients with non-syndromic congenital heart disease. Tissue was isolated near the defect. Electropherograms obtained from samples were analyzed using bioinformatic tools: ChromasPro and ClustalW. The whole gen covering its six exons was analyzed in forward and reverse orientation. We identified 17 mutations, including five non-synonymous sequence changes, one synonymous variant and one variation in the 5’ UTR, three intronic changes and seven deletions. We found no evidence of gene GATA4 somatic sequence variants in any of the samples analyzed.

ANALIZANDO DATOS DE RNA-Seq EN PROCARIOTAS: UNA REVISIÓN PARA NO EXPERTOS: A Review for Non-experts / RNA-Seq Data Analysis in Prokaryotes

La secuenciación de transcritos con RNA-Seq es hoy en día una de las técnicas más populares en los estudios transcriptómicos. Relativamente reciente, esta técnica ha permitido la secuenciación de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras técnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseño experimental hasta el análisis bioinformático de los datos. Dadas las diferencias en el proceso transcripcional de las células eucariotas y procariotas, el análisis de RNA-Seq deberá tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revisión se exponen los principales factores a tener en cuenta para lograr un análisis de RNA-Seq consistente, replicable y concluyente, enfocándose específicamente en organismos procariotas.

RNA-Seq is nowadays the method of choice for the sequencing of transcripts and transcriptomes in the field of molecular biology and gene expression assays. Until recently, this technique has allowed for the sequencing of RNA transcripts in an unprecedented scale and depth never reached in previous years; nevertheless, the reach and validity of the conclusions generated will depend strictly on an adequate experimental design and a robust analysis of the data. Given the inherent differences between prokaryotes and eukaryotes, the RNA-Seq analysis should take into account the type of organism studied. In this review we present the main factors to take into consideration when designing a consistent analysis for this type of data in prokaryotes, from the experimental design to the in silico analysis of the generated data.