Montagem de cariótipos de peixes assistida por computador / Computer assisted fish karyotyping

A obtenção de cariótipos de peixes desempenha um papel importante em estudos de citotaxonomia e evolução cromossômica das espécies. No entanto, poucos sistemas semi ou completamente automatizados para a obtenção de cariótipo de peixes estão disponíveis. Este trabalho propõe e avalia uma ferramenta baseada em imagens que auxilie a montagem de cariótipos de peixes. As espécies analisadas foram Hopliasmalabaricus (Bloch, 1794); Hypostomusancistroides (Ihering, 1911) e Parauchenipterusgaleatus (Linnaeus, 1766); popularmente conhecidas como traíra, cascudo e bagre-sapo, respectivamente.Um total de 100 metáfases foi analisado por dois métodos: 1 - geração semiautomática de cariótipo e 2 - geração automática de cariótipo. A avaliação do sistema foi feita por meio da correlação de Pearson, gráficos de diferenças e tabelas de contagens,utilizando-se como referência a média das contagens feitas por quatro usuários. No método 1, quatro usuários realizaram contagens e apresentaram correlação interobservador de r≥ 0.997. O número total de cromossomos identificados pelo método 1 foi 4348 e, para o método 2, foi 4135,o que resultou em uma identificação automática de aproximadamente 95,1% dos cromossomos, resultando em correlação entre os dois métodos de r= 0.93. Conclui-se que a ferramenta pode ser inserida no procedimento de cariotipagem de peixes para acelerar o processo com níveis aceitáveis de exatidão.(AU)

Fish karyotyping plays an important role in studies of cytotaxonomy and chromosomic evolution of species. However, few semi or completely automated fish karyotyping systems are available. This work proposes and evaluates an image-based tool to assist fish karyotyping. The analyzed species were Hopliasmalabaricus (Bloch, 1794), Hypostomusancistroides (Ihering, 1911), and Parauchenipterusgaleatus (Linnaeus, 1766). In Portuguese, these species are commonly referred to as traíra, cascudo, and bagresapo, respectively. A total of 100 metaphases were analyzed through two methods: (1) semi-automatic karyotype generation and (2) automatic karyotype generation. The results were analyzed using Pearson correlation, difference graphs and counting tables. The reference used for the evaluation of the system was the average of the counts made by four experts. In method 1, four users performed counts with interobserver correlation of r≥ 0.997. The total number of chromosomes identified by method 1 was 4348 and method 2 was 4135, excluding false positives, resulting in an automatic identification of approximately 95,1% of the chromosomes, resulting in a correlation between the methods of r= 0.93. The results indicate that the tool can be introduced for fish karyotyping procedures contributing for accelerating the process with acceptable accuracy.(AU)

Genetic Testing and Pregnancy Outcome Analysis of 362 Fetuses with Congenital Heart Disease Identified by Prenatal Ultrasound / Análise de Teste Genético e de Desfecho da Gestação de 362 Fetos com Cardiopatia Congênita Identificados por Ultrassom Pré-Natal

Abstract Background: Congenital heart defects (CHD), as the most common congenital anomaly, have been reported to be associated with chromosomal abnormalities. Currently, patients with CHD are routinely offered karyotyping and chromosomal microarray (CMA) testing, but the genotype-phenotype relationship has not yet been fully established. Objective: To determine the type and frequency of chromosomal abnormalities in fetuses with CHD and to analyze pregnancy outcomes of fetuses with heart abnormalities caused by different genetic factors. Methods: A total of 362 cases of CHD were enrolled from 2009 to 2016. Detailed ultrasound and laboratory examinations, including karyotyping and CMA, were performed. Outcome was obtained from discharge summaries. Results: Of the 362 fetuses, 220 were found with an isolated CHD, and 142 had CHD with extracardiac anomaly. Among these 362 fetuses, 140 were identified with a genetic cause, including 111 cases with aneuploidy, 10 cases with abnormality of chromosomal structure by karyotyping and 19 cases with pathogenic or likely pathogenic copy-number variations (CNVs) by CMA. The detection rate is close to 38.7%. Only one (identified as trisomy 18 syndrome) in 140 positive cases resulted in perinatal death, with the others being induced. The remaining 222 cases had negative results for both genetic testing and of these cases, 56 resulted in induced labor, and 77 had natural childbirth or caesarean births. The pregnancy outcome of the remaining 89 cases was uncertain. Conclusions: Karyotyping and CMA are effective and accurate prenatal genetic techniques for identifying fetal chromosomal abnormalities associated with cardiac defects, and this can assist clinical doctors to perform appropriate genetic counselling with regard to the etiology and outcome of CHD.

Resumo Fundamento: As cardiopatias congênitas (CCs) são as anomalias congênitas mais comuns, e têm sido associadas a anormalidades cromossômicas. Atualmente, a cariotipagem e a análise cromossômica por microarray (CMA) são oferecidas rotineiramente aos pacientes, mas a relação genótipo-fenótipo ainda não foi totalmente estabelecida. Objetivo: Determinar o tipo e a frequência das anomalias cromossômicas em fetos com CC e analisar os desfechos da gestação de fetos com anormalidades cardíacas causadas por diferentes fatores genéticos. Métodos: No total, foram admitidos 362 casos de CC entre 2009 e 2016. Ultrassonografia e exames laboratoriais detalhados foram realizados, incluindo cariotipagem e CMA. O resultado foi obtido a partir das folhas de epicrise. Resultados: Dos 362 fetos, 220 apresentaram doença coronariana isolada e 142 apresentaram doença coronariana com anomalia extracardíaca. Entre esses 362 fetos, foram identificados 140 com causa genética, incluindo 111 casos com aneuploidia, 10 casos com anormalidade da estrutura cromossômica por cariotipagem e 19 casos com variações no número de cópias (CNVs) patogênicas ou provavelmente patogênicas por CMA. A taxa de detecção é de aproximadamente 38,7%. Apenas um (identificado como síndrome da trissomia do cromossomo 18) em 140 casos positivos resultou em morte perinatal, com as demais sendo induzidas. Os 222 casos restantes tiveram resultados negativos para ambos os testes genéticos e, destes, 56 resultaram em trabalho de parto induzido e 77 tiveram partos naturais ou cesarianas. O desfecho da gravidez dos 89 casos restantes foi incerto. Conclusões: A cariotipagem e a CMA são técnicas genéticas pré-natais eficazes e precisas para a identificação de anomalias cromossômicas fetais associadas a defeitos cardíacos, e isso pode ajudar os médicos a realizar aconselhamento genético adequado com relação à etiologia e ao desfecho das cardiopatias congênitas.

Características clínicas e citogenéticas da síndrome de Turner na região Centro-Oeste do Brasil / Clinical and cytogenetic aspects of the Turner syndrome in the Brazilian Western region

OBJETIVO: examinar a associação entre características citogenéticas e alterações clínicas em pacientes com síndrome de Turner (ST). MÉTODOS: Foram incluídas 42 pacientes. Os dados clínicos foram colhidos e registrados em formulário padronizado com entrevista do responsável e, quando possível, com a própria paciente, seguido de exame físico detalhado. A associação entre cariótipo e intercorrências clínicas foram examinadas pelo teste do χ2. RESULTADOS: Das pacientes, 64 por cento tinham cariótipo 45,X; 26,2 por cento 45,X/46,X; 7 por cento 45,X/46Xi(Xq) e 2,3 por cento 45,X/46,X,Del(Xq). Independentemente do cariótipo, 100 por cento das pacientes apresentaram baixa estatura. A implantação baixa dos cabelos foi mais frequente nas pacientes com cariótipo 45,X (p=0,03). Anomalias cardiovasculares (45 por cento), otites (43 por cento), disfunção da tireoide (33 por cento) e hipertensão arterial (26,6 por cento) foram as alterações clínicas mais frequentes e não mostraram correlação com o cariótipo. A avaliação de medidas antropométricas revelou correlação positiva entre a idade e o diâmetro da cintura e quadril (r=0,9; p=0,01). Trinta e uma pacientes (74 por cento) faziam ou tinham feito uso de medicamentos, sendo que hormônio de crescimento (43 por cento), esteroides sexuais (30 por cento), tiroxina (11,9 por cento) e oxandrolona (9,5 por cento) foram os mais utilizados. A comparação da idade da gestação no momento em que ocorreu o parto com dificuldade no aprendizado mostrou razão de prevalência de 1,71 (p>0,05). CONCLUSÃO: a implantação baixa dos cabelos é o estigma mais prevalente nas pacientes com cariótipo 45,X e as alterações clínicas mais comuns são as cardiovasculares, otites, hipertensão arterial e disfunções tireoidianas, porém não apresentam correlação com o cariótipo.

PURPOSE: to examine the association between cytogenetic characteristics and clinical and epidemiological changes in patients with Turner syndrome (TS). METHODS: Forty-two patients were included. Data were collected using a standardized questionnaire in interviews conducted with the responsible person and, when possible, with the patient. A detailed physical examination was performed. The association between karyotype, stigmata and clinical disorders were examined using the χ2 test. RESULTS: Sixty-four percent of TS patients were 45,X; 26,2 percent 45,X/46,X;7 percent 45,X/46Xi(Xq), and 2,3 percent 45,X/46,X,Del(Xq). Regardless of the karyotype, all patients had short stature. Low hair implantation was more frequent in patients with 45,X (p=0.03). Cardiovascular abnormalities (45 percent), otitis (43 percent), thyroid dysfunction (33 percent) and hypertension (26.6 percent) were the most frequent clinical disorders, but without correlation with the karyotype. Anthropometric measurements revealed a positive linear correlation of waist and hip circumference with age (r=0.9, p=0.01). Thirty-one patients (74 percent) were using or had previously used growth hormone (43 percent), sex steroids (30 percent), thyroxine (11.9 percent) or oxandrolone (9.5 percent). Comparison between gestational age at birth and learning difficulties showed a prevalence ratio of 1.71 (p>0.05). CONCLUSION: Low hair implantation is the most prevalent stigma in patients with a 45,X karyotype and the most common clinical changes were cardiovascular problems, otitis, thyroid dysfunction and hypertension; however, they did not show any correlation with the karyotype.

Anormalidades cromossômicas em casais com história de aborto recorrente / Chromosomal abnormalities in couples with history of recurrent abortion

OBJETIVO: verificar a prevalência e as características clínicas de casais com história de abortos de repetição e anormalidade cromossômica atendidos em nosso serviço. MÉTODOS: foram avaliados retrospectivamente todos os casais encaminhados de janeiro de 1975 a junho de 2008 por história de abortos de repetição. Foram incluídos no estudo somente aqueles casais, em que a análise cromossômica feita com o cariótipo por bandas GTG foi realizada com sucesso. Foram coletados dados clínicos referentes às suas idades, bem como o número de abortamentos, natimortos, crianças polimalformadas, nativivos por casal e resultado do exame de cariótipo. Para comparação da frequência das alterações cromossômicas encontradas em nosso estudo com as da literatura, bem como entre os diferentes subgrupos de nossa amostra, foi utilizado o teste exato de Fisher (p<0,05). RESULTADOS: a amostra foi composta de 108 casais. As idades variaram de 21 a 58 anos entre os homens (média de 31,4 anos) e de 19 a 43 anos entre as mulheres (média de 29,9 anos). O número de abortos oscilou de dois a nove (média de 3,2). Alterações cromossômicas foram observadas em um dos parceiros em dez casais (9,3%) e corresponderam, respectivamente, a três casos (30%) de translocação recíproca [dois de t(5;6) e um de t(2;13)], dois (20%) de translocação Robertsoniana [um de der(13;14) e um de der(13;15)], cinco (50%) de mosaicismo (mos) [dois casos de mos 45,X/46,XX, um de mos 46,XX/47,XXX, um de mos 46,XY/47,XXY e um de mos 46,XY/47,XYY] e um (10%) de inversão cromossômica [inv(10)]. Em um dos casais, a parceira apresentava duas alterações concomitantes: t(2;13) e der(13;14). Anormalidades cromossômicas foram verificadas em 5% dos casais com história de dois abortamentos, em 10,3% com três abortos e 14,3% com quatro ou mais abortos...

PURPOSE: to asses the prevalence and clinical characteristics of couples with history of recurrent spontaneous abortion and chromosome abnormality, attended at the present service. METHODS: all the couples referred to our service due to history of recurrent spontaneous abortion, from January 1975 to June 2008, were evaluated. Only the ones whose chromosome karyotype analysis by GTG bands has been successfully made were included in the study. Clinical data on their age, as well as on the number of abortions, stillbirth, multiple malformations, livebirth per couple, and the result of the karyotype exam were collected. Fisher’s exact test (p<0.05) has been used to compare the incidence of chromosome alterations found in our study, with data in the literature. RESULTS: there were 108 couples in the sample. Their ages varied from 21 to 58 years old among the men (average of 31.4 years old), and from 19 to 43 among the women (average of 29.9 years old). In ten couples, one of the mates (9.3%) presented chromosome alterations, which corresponded respectively to three cases (30%) of reciprocal translocation [two of t(5;6) and one of t(2;13)], two (20%) of Robertsonian translocation [two of der(13;14) and one of der(13;15)], five(50%) of mosaicism (mos) [two cases of mos 45,X/46,XX, one of mos 46,XX/47,XXX, one of mos 46,XY/47,XXY and one of mos 46,XY/47,XYY] and one (10%) of chromosome inversion [inv(10)]. In one of the couples, the female presented two concomitant alterations: t(2;13) and der(13;14). Chromosome abnormalities were found in 5% of the couples with a history of two abortions, in 10.3% with three abortions, and in 14.3% with four or more abortions. CONCLUSIONS: the incidence of chromosome abnormalities seen in our study (9.3%) was similar to most of the studies carried out in the last 20 years, varying from 4.8 to 10.8%...

Rhodotorula spp. isoladas de hemocultura no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo: características clínicas e microbiológicas / Rhodotorula spp. isolated from blood cultures in Hospital das Clínicas School of Medicine University of São Paulo: clinical and microbiological aspects

Foi realizado um estudo para verificar a ocorrência de leveduras do gênero Rhodotorula, em hemocultura por um período de 8 anos. Os pacientes identificados foram descritos clinicamente segundo variáveis de interesse incluindo dados sobre terapêutica e desfecho. Determinou-se também as concentrações inibitórias mínimas de 20 cepas frente a diferentes antifúngicos de acordo com NCCLS e EUCAST. Realizou-se tipagem molecular através da cariotipagem eletroforética em campo pulsátil.

A study was conducted to verify the frequency of occurrence of Rhodotorula spp. from blood cultures over an 8-year period, clinically and microbiologically characterizing patients affected, including data regarding antifungal treatment and outcome. The minimal inhibitory concentrations of antifungal agents were determined against 20 isolates. Molecular typing of the strains were performed using pulsed field gel electrophoresis method.