Detection of the Omicron variant of SARSCoV-2 by restriction analysis targeting the mutations K417N and N440K of the spike protein / Detección de la Variante Ómicron del SARS-CoV-2 por análisis de restricción de dos mutaciones de la proteína de la espiga

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

Estudio Prospectivo Observacional: Determinar la Sensibilidad del Criterio Clínico usando la Escala de "Centor" versus el Test de Detección Rápida de Estreptococo para el diagnóstico de Faringitis Estreptocócica del Grupo A en el Centro de Salud Bárbara / Observational Prospective Study: Determine the Sensitivity of the Clinical Criteria using the "Centor" Scale versus the Rapid Streptococcal Screening Test for the diagnosis of Group A Streptococcal Pharyngitis at the Bárbara Health Center

Introducción: Las faringitis producidas por el estreptococo beta hemolítico del grupo A no se pueden distinguir clínicamente de las faringitis producidas por otros gérmenes, sin embargo la utilización de los criterios de Centor y el test de detección rápida de antígeno son de gran utilidad para determinar las probabilidades que estos sean causados por el estreptococo beta hemolítico del grupo A. En este estudio se comparó la sensibilidad entre ambos métodos. Objetivos: Se realizó un estudio para determinar la sensibilidad del criterio clínico en el diagnóstico de faringitis causada por Estreptococo en comparación a la sensibilidad del test de detección rápida de antígeno. Metodología: En el Centro de Salud Bárbara, se tomaron a los pacientes pediátricos que consultaron por dolor de garganta durante dos meses. Se puntuó según la escala de Centor y se tomó una muestra para el test de detección rápida de antígeno, luego, se comparó con el cultivo de orofaringe. Resultados: Se comparó la sensibilidad de ambos parámetros. Discusión: Un puntaje ≥ 3 puntos en la escala de Centor tuvo una sensibilidad de 81.8% y especificidad de 50%. Mientras que el RADT presentó una sensibilidad del 83.3% y especificidad de 84.2%.

Introduction: Pharyngitis caused by group A beta-hemolytic streptococci cannot be distinguished clinically from pharyngitis caused by other germs, however the use of the Centor criteria and the rapid antigen detection test are very useful to determine this pathogen. These are likely to be caused by group A beta hemolytic streptococcus. In this study the sensitivity between the two methods were compared. Objectives: A study was conducted to determine the sensitivity of clinical criteria in the diagnosis of pharyngitis caused by Streptococcus in comparison to the sensitivity of the rapid antigen detection test. Methodology: In the Barbara Health Center, pediatric patients who consulted for sore throat for two months were taken. It was scored according to the Centor scale and a sample was taken for the rapid antigen detection test, later these were compared with the oropharynx culture. Results: The sensitivity of both parameters were compared. Discussion: A score ≥ 3 points on the Centor scale had a sensitivity of 81.8% and specificity of 50%. While the RADT presented a sensitivity of 83.3% and specificity of 84.2%.

Evaluación de tres métodos de tamizaje para detección de Enterobacteriaceae productoras de carbapenemasas en hisopados rectales / Evaluation of three screening methods for detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in rectal swabs

Resumen Introducción: Las Enterobacteriaceae productoras de carbapenemasas (EPC) han tomado gran importancia en salud pública a una escala global, haciendo necesario implementar test rápidos para su detección oportuna. Objetivo: Evaluar tres metodologías para el tamizaje de EPC en hisopados rectales. Materiales y Métodos: Estudio prospectivo transversal. Se evaluaron 73 hisopados rectales por tres metodologías. Se realizó identificación y evaluación de susceptibilidad por sistemas automatizados y la producción de carbapenemasas se confirmó por test de Hodge modificado, sinergia con ácido borónico y EDTA. Resultados: Método 1 (ChromID CARBA®): detectó 20 muestras positivas (27,4%), 5 falsos positivos (6,9%), con índice de concordancia de 93,2%, sensibilidad 100% y especificidad de 90%. Método 2 (HB&L Carbapenemase®): detectó 17 muestras positivas (23,3%) y 3 falsos negativos (4,1%). La sensibilidad y especificidad fue 85 y 100% respectivamente, con concordancia de 95,9%. Método 3 (Xpert Carba-R®): detectó 19 muestras positivas (57,5 %) y 1 falso negativo (3,1%), sensibilidad 95%, especificidad 100% e índice de concordancia de 97%. Discusión: Existe amplia variedad de metodologías para búsqueda y detección rápida de microorganismos productores de carbapenemasas. La elección del método debe tener como requisito una buena sensibilidad y especificidad, rapidez y costo efectividad.

Background: Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) have taken great importance on public health at global scale, which makes it necessary to implement rapid test for its prompt detection. Aim: To evaluate three screening methods to detect CPE in rectal swabs. Material and Methods: Transverse study, prospective. Seventy three rectal swabs were evaluated by three methodologies. Microorganism identification and susceptibility testing were made using automated systems. Carbapenemase production was confirmed by modified Hodge test and synergy tests using boronic acid and EDTA. Results: The method 1 (ChromID CARBA®) detected 20 positive samples (27.4%), 5 false positives (6.9 %), with concordance index of 93.2%, sensitivity 100% and specificity of 90%. Method 2 (HB&L Carbapenemase®) detected 17 positive samples (23.3%) and 3 false negatives (4.1%). The sensitivity and specificity of the assay were 85% and 100%, with concordance index of 95.9%. Method 3 (Xpert Carba-R®) detected 19 positive samples (57.5%) and 1 false negatives (3.1%), sensitivity 95%, specificity 100% and concordance index of 97%. Discussion: There is a wide variety of methodologies for rapid detection of carbapenemase-producing microorganisms. Choosing the best method must have as requirement a good sensitivity, specificity, and cost-effectiveness.

Detección de anticuerpos IgM contra leptospiras por un sistema comercial ELISA-IgM / Detection of IgM antibodies to leptospires by using a commercial ELISA-IgM system

Introducción: la leptospirosis humana es una zoonosis sistémica y transmisible producida por bacterias invasivas del complejo Leptospira interrogans sensu lato. Numerosos métodos se utilizan para el serodiagnóstico de esta entidad clínica, dentro de los cuales se encuentra ELISA. Objetivos: aplicar un nuevo sistema serológico comercial de ELISA, para la pesquisa de anticuerpos IgM contra leptospiras e identificar los serogrupos de leptospiras presentes en los sueros positivos por este sistema. Métodos: de pacientes sospechosos de leptospirosis se estudiaron 27 y 61 sueros con anticuerpos contra leptospiras y sin estos, respectivamente. La técnica de microaglutinación con antígenos vivos (MAT) se utilizó como método de referencia. Los sistemas comerciales de SD Leptospira ELISA-IgM, SD flujo lateral Leptospira IgM y la hemoaglutinación indirecta (HAT) fueron comparativamente empleados. Resultados: 27 sueros con anticuerpos contra leptospiras resultaron positivos por SD Leptospira ELISA-IgM, 20 por SD flujo lateral Leptospira IgM y 9 por hemoaglutinación indirecta. De 61 sueros sin anticuerpos contra leptospiras, 9 y 8 resultaron positivos, respectivamente, por SD Leptospira ELISA-IgM y por SD flujo lateral Leptospira IgM. Los serogrupos Ballum y Canicola predominaron en los sueros positivos por el sistema comercial. La coincidencia entre SD Leptospira ELISA-IgM y la técnica de microaglutinación con antígenos vivos fue de 89,77 porciento. Conclusiones: SD Leptospira ELISA-IgM muestra una mayor positividad en los sueros estudiados, lo que avalaría su posible introducción en Cuba. Se confirma la amplia reactividad del antígeno usado en SD Leptospira ELISA-IgM, lo cual sugiere mantener una activa vigilancia de laboratorio sobre los serogrupos de leptospiras, a nivel nacional

Introduction: human leptospirosis is a communicable systemic zoonosis caused by the invasive bacteria Leptospira interrogans sensu lato complex. Numerous methods are used for serodiagnosis of this disease, including the ELISA tests. Objectives: to implement a new commercial serological ELISA test (SD Leptospira ELISA-IgM, SD Bioline, Korea) for screening of IgM antibodies and for identification of Leptospira serogroups in positive sera. Methods: twenty seven and sixty one sera, with/without IgM antibodies to leptospires, respectively, were studied. They had been taken from patients suspected of having leptospirosis. The microscopic agglutination test with live antigens (MAT) was the reference method. In addition, other commercial systems such as SD Leptospira IgM Lateral Flow and indirect hemagglutination (HAT) tests were comparatively used. Results: all the 27 sera with antibodies against Leptospira were positive according to SD Leptospira ELISA-IgM, 20 sera were found positive by SD Lateral Flow Igm test and 9 sera by the indirect HAT test. Of the 61 sera without antibodies to leptospires, 9 and 8 were positive by SD Leptospira ELISA-IgM and SD Leptospira IgM Lateral Flow test, respectively. Serogroups Canicola and Ballum were predominant in positive sera tested by the commercial system under evaluation. The agreement coefficient between SD Leptospira ELISA-IgM and MAT was 89.77 percent. Conclusions: SD Leptospira ELISA-IgM showed higher positivity rate than the other systems in the studied sera; this aspect would support its possible introduction in Cuba. The great reactivity of the antigen used in the system was confirmed, which indicates that active laboratory surveillance of leptospiral serogroups should be kept nationwide