Utility of endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration (EBUS-TBNA) with rapid on-site evaluation (ROSE) for the molecular classification of progressive breast cancer / Utilidad de la aspiración transbronquial con aguja guiada por ultrasonido endobronquial con evaluación rápida in situ para la clasificación de cáncer de mama progresivo

Abstract Evidence of endobronchial ultrasound-guided transbronchial needle aspiration (EBUS-TBNA) in extrathoracic malignancy is limited but emergent. The technique plays a vital role in the diagnosis of mediastinal lesions, staging, and restaging of lung cancer. Its usefulness for the evaluation and molecular classification of progressive breast cancer is described in 7 patients. Stations 7, 11L, and 11R were punctured. Cellblocks, immunohistochemistry and digital analysis were developed in 100% of the cases for molecular classification. This procedure requires multidisciplinary evaluation, image analysis, and evaluation of the general condition of the patient, as well as the risks and benefits. Additionally, it is essential teamwork with a pathology group that performs the rapid on-site evaluation (ROSE), in order to ensure the quality of the samples and molecular characterization.

Resumen Evidencia de la aspiración transbronquial con aguja guiada por ultrasonido endobronquial en malignidad extratorácica es limitada pero emergente. Esta técnica desempeña un papel vital en el diagnóstico de lesiones mediastinales, estadificación y reestadificación del cáncer pulmonar. Se describe su utilidad para la evaluación y la clasificación molecular del cáncer de mama en progresión de siete pacientes. Se puncionaron las estaciones (ganglionares) 7, 11L y 11R. Se desarrollaron bloques celulares, inmunohistoquímica y análisis digital en el 100% de los casos para clasificación molecular. Este procedimiento requiere una evaluación multidisciplinaria, análisis de imágenes y la evaluación del estado general de la paciente, lo mismo que los riesgos y los beneficios. Adicionalmente, es esencial el trabajo conjunto con un grupo de patología que realice la evaluación rápida en sala (ROSE), para así asegurar la calidad de las muestras y la caracterización molecular.

Rapid assessment of institutional research ethics capacity: a case study from Zambia / Evaluación rápida de la capacidad institucional de investigación ética: un estudio de caso en Zambia / Avaliação rápida da capacidade institucional de ética em pesquisa: um estudo de caso na Zâmbia

Abstract: Recently, there has been a remarkable increase in biomedical research being conducted in low and middle-income countries. This increase has brought attention to the need for high quality research ethics systems within these countries and a greater focus on research ethics training. Though most programs tend to concentrate on training individuals, less attention has focused on institutions as the target of such training. In this paper we demonstrate a rapid approach to evaluating institutional research capacity. The method adapts the Octagon Model, which evaluates institutional research ethics using eight domains: basic values and identity, organization of activities, implementation, relevance, proper skills, financing and administration, target groups, and working environment. The framework was applied to the University of Zambia in order to conduct a baseline assessment of university research ethics capacity. Internal and external assessments were conducted. The domains of working environment and proper skills scored highest, while relevance, target groups and identity scored lower. Consistent with previous work, a systems approach to evaluating institutional research development capacity can provide a rapid assessment of an institutional bioethics program. This case study reveals the strengths and weaknesses of the university's research ethics program and provides a framework for future capacity growth.

Resumen: Recientemente, ha habido un notable aumento en la investigación biomédica en países de ingresos bajos y medianos. Este aumento ha llamado la atención sobre la necesidad de sistemas éticos de investigación de alta calidad en estos países y un mayor enfoque en la formación en ética de la investigación. Aunque la mayoría de los programas tienden a concentrarse en la formación de los individuos, menos atención se ha centrado en las instituciones como objetivo de dicha formación. En este trabajo se demuestra un enfoque rápido para evaluar la capacidad de investigación institucional. El método adapta el modelo Octagon, que evalúa la ética institucional de la investigación utilizando ocho dominios: valores básicos e identidad, organización de actividades, implementación, relevancia, habilidades adecuadas, financiamiento y administración, grupos objetivo y ambiente de trabajo. El marco se aplicó a la Universidad de Zambia, con el fin de realizar una evaluación inicial de la capacidad de ética de la investigación universitaria. Se realizaron evaluaciones internas y externas. Los ámbitos del entorno de trabajo y de las competencias apropiadas obtuvieron el puntaje más alto, mientras que la relevancia, los grupos objetivo y la identidad obtuvieron calificaciones más bajas. De acuerdo con trabajos previos, un enfoque sistémico para evaluar la capacidad de desarrollo institucional de la investigación puede proporcionar una evaluación rápida de un programa institucional de bioética. Este estudio de caso revela las fortalezas y debilidades del programa de ética de la investigación de la universidad y proporciona un marco para el futuro crecimiento de la capacidad.

Resumo: Recentemente, tem havido um notável aumento na investigação biomédica em países de renda baixa e média. Este aumento tem chamado a atenção para a necessidade de sistemas éticos de pesquisa de alta qualidade nesses países e um maior foco na formação em ética em pesquisa. Embora a maioria dos programas tende a se concentrar na formação dos indivíduos, menos atenção centrou-se em instituições como objetivo dessa formação. Este trabalho demonstra uma aproximação rápida para avaliar a capacidade de pesquisa institucional. O método adapta o modelo Octagon, que avalia a ética institucional de pesquisa usando oito domínios: valores básicos e identidade, organização das atividades, implementação, pertinência, competências adequadas, financiamento e administração, os grupos-alvo e ambiente de trabalho. O quadro foi aplicado para a Universidade da Zâmbia, a fim de fazer uma primeira avaliação da capacidade de ética em pesquisa universitária. Foram realizadas avaliações internas e externas. Os campos do ambiente trabalho e competências adequadas, obtiveram a maior pontuação, enquanto a relevância, grupos-alvo e identidade obtiveram qualificações inferiores. De acordo com trabalhos anteriores, uma abordagem sistêmica para avaliar a capacidade dedesenvolvimento institucional de pesquisa pode fornecer uma avaliação rápida de um programa institucional de bioética. Este estudo de caso revela os pontos fortes e pontos fracos do programa de ética em pesquisa da Universidade e fornece uma estrutura para o crescimento futuro da capacidade.

Taxones superiores de hormigas como sustitutos de la riqueza de especies, en una cronosecuencia de bosques secundarios, bosque primario y sistemas agroforestales en la Amazonía Oriental, Brasil / Ants' higher taxa as surrogates of species richness in a chronosequence of fallows, old-grown forests and agroforestry systems in the Eastern Amazon, Brazil

ResumenLa deforestación es una de las principales causas de pérdida de biodiversidad en todo el mundo. Las hormigas son clave como ingenieras del ecosistema, por lo tanto, la pérdida de la diversidad de hormigas puede indicar la pérdida de funciones cruciales de los ecosistemas. El objetivo de este estudio fue evaluar la riqueza de hormigas del suelo y estimar si los niveles superiores (Subfamilia y Género) pueden ser usados como sustitutos para estimar la riqueza de especies en diferentes estados de sucesión del bosque (bosque primario, bosque secundario y sistema agroforestal) en la Amazonía Oriental. Fueron muestreadas 65 parcelas en el estado de Maranhão y Pará entre 2011 y 2014. El esquema de muestreo siguió el procedimiento de Biología de Suelos Tropicales y Fertilidad (TSBF). Primero caracterizamos los tipos de vegetación de acuerdo con su edad y luego se estimó la riqueza de especies. Para evaluar si los taxones superiores pueden utilizarse como sustitutos utilizamos funciones lineales y exponenciales y correlación de Pearson. En total, se identificaron 180 especies distribuidas en 60 géneros. Los resultados mostraron que la riqueza fue superior en el bosque secundario intermedio (88) y avanzado (76) y fue menor en el sistema agroforestal (38) y bosque ribereño primario (35). El género fue el mejor sustituto para estimar la riqueza de especies de hormigas a través de los diferentes tipos de sucesión vegetal, explicando entre el 72-97 % (P < 0.001) de la variabilidad total de especies. Nuestros resultados confirman que el uso del nivel de género es un excelente sustituto para estimar la riqueza de especies de hormigas en la región y tanto los bosques en regeneración y sistemas agroforestales pueden contribuir en la conservación de la comunidad de hormigas en la Amazonía Oriental.

Abstract:Deforestation in Amazon forests is one of the main causes for biodiversity loss worldwide. Ants are key into the ecosystem because act like engineers; hence, the loss of ants' biodiversity may be a guide to measure the loss of essential functions into the ecosystems. The aim of this study was to evaluate soil ant's richness and to estimate whether higher taxa levels (Subfamily and Genus) can be used as surrogates of species richness in different vegetation types (fallows, old-growth forests and agroforestry systems) in Eastern Amazon. The samples were taken in 65 areas in the Maranhão and Pará States in the period 2011-2014. The sampling scheme followed the procedure of Tropical Soil Biology and Fertility (TSBF). Initially, the vegetation types were characterized according to their age and estimated species richness. Linear and exponential functions were applied to evaluate if higher taxa can be used as surrogates and correlated with the Pearson coefficient. In total, 180 species distributed in 60 genera were identified. The results showed that ant species richness was higher in intermediate fallows (88) and old secondary forest (76), and was lower in agroforestry systems (38) and mature riparian forest (35). The genus level was the best surrogate to estimate the ant's species richness across the different vegetation types, and explained 72-97 % (P < 0.001) of the total species variability. The results confirmed that the genus level is an excellent surrogate to estimate the ant's species richness in the region and that both fallows and agroforestry systems may contribute in the conservation of Eastern Amazon ant community. Rev. Biol. Trop. 65 (1): 279-291. Epub 2017 March 01.

Rapid reassessment of the eutrophication status of Kingston Harbour, Jamaica using the zooplankton community / Reevaluación rápida del estado de eutrofización del puerto de Kingston, Jamaica utilizando la comunidad de zooplancton

Previous extensive studies of zooplankton distribution in the eutrophic Kingston Harbour established that it was being continuously contaminated. We assessed the community in 2011, 17 years after a previous study and five years after the introduction of a tertiary waste water system. Sampling was conducted for four weeks at eight stations identical to those sampled in a previous study. We used horizontal surface tows with a 200µm net. A total of 73 zooplankton taxa were identified and copepods dominated with 20 species. Mean total abundances were high, ranging from a minimum of 2 383 animals m-3 in the southern region of Hunts Bay to 194 166 animals m-3at the Inner Harbour. Five zooplankton taxa (Acartia tonsa, Paracalanus spp., Temora turbinata, Penilia avirostris and Lucifer faxoni) that were previously identified as indicators, were again important in the Harbour. The overall zooplankton abundances were similar and in some cases higher than the previous study. There was no significant improvement in the water quality since the introduction of the treatment system at Soapberry. This may be a result of unknown nutrient inputs or of nutrient remaining in the sediments.

Extensos estudios previos de la distribución de zooplancton en el Puerto de Kingston estableció que ha sido contaminado continuamente. Evaluamos la comunidad en el 2011, 17 años después de un estudio previo y cuatro años después de la introducción de un sistema de lagunas de aguas residuales terciarias. Utilizamos arrastres superficiales horizontalescon una red de 200 µm. Se identificó un total de 73 taxones de zooplancton y copépodos de los cuales los predominaron 20 especies. La media de las abundancias totales fueron altas y los valores oscilaron entre un mínimo de 2 383 animales m-3 en la zona sur de Bahía Hunts a 194 166 animales m-3 en lo interior del puerto. Cinco taxones de zooplancton (Acartia tonsa, Paracalanus spp., T. turbinata, Penilia avirostris y Lucifer faxoni) identificados previamente como indicadores, fueron importantes de nuevo en la Bahía. La abundancia total de zooplancton fue similar y en algunos casos superior a la del estudio anterior. No hubo mejoría significativa en la calidad del agua desde la introducción del sistema de tratamiento terciario en Soapberry. Esto puede ser resultado de la entrada continua de nutrientes desconocidos y no regulados en los sedimentos.

Using fish assemblages in different habitats to develop a management plan for the Upper Essequibo Conservation Concession, Guyana

The Upper Essequibo Conservation Concession is a reserve in central-eastern Guyana managed by Conservation International. The site is uninhabited by people and poorly studied. The first scientific fish survey was in 2007 in conjunction with the filming of the BBC nature documentary Lost Land of the Jaguar. Aquatic habitats were primarily flowing water, ranging from the main channel of the Essequibo River to small forest creeks. Ponds and seasonally flooded forests were uncommon. Large predatory fishes were abundant in the Essequibo River. Fishes tolerant of low oxygen levels were common in flooded forests and small forest creeks. There was zero similarity between the fish assemblages of the Essequibo River and flooded forests / small forest creeks. The rest of the habitats and fish assemblages formed a continuum between these extremes. Imminent threats to the Upper Essequibo Conservation Concession include logging, mining, and over-fishing. Because of the heterogeneous distribution of fish assemblages, and because each threat will differentially affect different habitats, a two-pronged approach focusing on the ends of the habitat / fish assemblage continuum should be implemented in order to conserve the entire fish biodiversity of the Upper Essequibo Conservation Concession.

La Upper Essequibo Conservation Concession es una reserva en Guyana centro-oriental, administrada por Conservation International. El sitio está deshabitada por personas y mal estudiado. El primer estudio científico de peces fue en 2007 junto con la filmación del BBC documental naturaleza Lost Land of the Jaguar. Hábitats acuáticos fueron el canal principal del Río Essequibo a quebradas pequeñas del bosque. Lagos pequeños y bosques inundados estacionalmente eran infrecuentes. Grandes peces depredadores abundaban en el Río Essequibo. Peces tolerantes con bajos niveles de oxígeno eran comunes en quebradas pequeñas del bosque y bosques inundados. Hubo cero similitud entre las comunidades de peces del Río Essequibo y bosques inundados / quebradas pequeñas del bosque. El resto de los hábitats y comunidades de peces forma un continuum entre estos extremos. Las amenazas inminentes a la Upper Essequibo Conservation Concession incluyen deforestación, la minería y sobrepesca. Debido a la distribución heterogénea de comunidades de peces y porque cada amenaza diferencialmente afectarán a diferentes hábitats, un enfoque doble centrándose en los extremos del hábitat / comunidades de peces continuum debe aplicarse con el fin de conservar la biodiversidad de peces entero de la Upper Essequibo Conservation Concession.

Evaluación rápida del desempeño de la red pública de servicios de salud de Suba en el logro de los atributos de la atención primaria de salud - APS / Avaliação rápida do desempenho da rede pública de serviços de saúde de Suba no alcance dos atributos da atençãoprimária de saúde - APS / Quick assessment on the performance of the public network of health services in Suba, within the achievements of the primary health services - APS

Se analiza el desempeño de la red del Hospital de Suba II Nivel ESE en el cumplimiento de los atributos de la APS. Se realizó una evaluación rápida que adapta la metodología propuesta por Starfield y validada por Macinko en Brasil, la cual comprende encuestas a los usuarios, profesionales, coordinadores y decisores de los servicios. Los atributos estudiados son comparados con las percepciones de los actores de instituciones ambulatorias similares del sector privado. Se encontró diferencia significativa del principio de integralidad a favor del sector público y, además, que la percepción de salud de los usuarios adultos está asociada significativamente con la evaluación positiva de la prestadora de servicios de salud y el carácter público de la misma. No obstante, existe una baja calificación del enfoque familiar y orientación comunitaria, aspectos entre otros que requieren correctivos que permitan al Hospital contribuir a mejorar la salud y la equidad en salud en esta localidad.

This study evaluated the performance of a primary health care (PHC) strategy implemented by a public health care network lead by Suba Hospital. The study was based on a rapid assessment approach that adapted Starfield’s methodology and was validated by Macinko in Brazil. It included surveys for patients, professionals, coordinators and decision-makers. Their perceptions are compared with those of actors in private outpatient settings. This study demonstrated significant perceived gains in comprehensiveness in the public sector, and also found that users’perceptions of health are significantly associated with the positive assessment of the institution providing primary health care services and with the public nature of the institution. However, findings also indicated poor performance with regards to family and community orientation and particular elements of other important attributes of CPHC. Strategies must be oriented to address these problems in order to allow Suba Hospital to improve its contribution to population health and equity in health.

O estudo analisa o desempenho da rede do hospital de Suba II Nível ESE no cumprimento dos atributos da APS. Realizou-se uma avaliação rápida que adapta a metodologia proposta por Starfield e validada por Mocinko no Brasil, a qual compreende pesquisas dos usuários, profissionais, coordenadores e decisórios do serviço. Os atributos estudados são comparados com as percepções dos atores de instituições ambulatórias similares do setor privado. Encontrou-se uma diferença significativa do principio da integralidade a favor do setor público, como também, que a percepção da saúde dos usuários adultos está associada significativamente com a avaliação positiva da prestadora de serviços de saúde e o caráter público da mesma. Não obstante, existe uma baixa qualificação do enfoque familiar e orientação comunitária, aspectos entre outros que requerem corretivos que permitam ao hospital contribuir para melhorar a saúde e a igualdade na saúde nesta localidade.

Adverse reactions from community directed treatment with ivermectin (CDTI ) for onchocerciasis and loiasis in Ondo State, Nigeria

Onchocerciasis is an endemic disease in Ondo state, Nigeria. Community directed distribution of ivermectin is currently on-going in some local government areas of the state. Randomly selected persons (2 331 males and 2 469 females) were interviewed using a modified rapid assessment procedure for Loa loa (RAPLOA) to assess community directed treatment with ivermectin. The retrospective study evaluated the coverage, impacts and adverse reactions to the drug treatment. A questionnaire was administered by house-to-house visit in six local government areas, implementing community directed treatment with ivermectin (CDTI) in this bioclimatic zone. A total of 2,398 respondents were reported to have participated in the treatment. The overall ivermectin coverage of 49.96% was recorded (range 0 - 52% in different communities). Adverse reactions from ivermectin administration were experienced in 38% of individuals. Diverse adverse reactions experienced included predominantly itching (18.50%); oedema, especially of the face and the limbs (8.2%); rashes (3.4%) and body weakness (2.4%). Expulsion of intestinal worms occurred in 0.96% of the respondents. The occurrence of adverse reactions in relation to age categories was statistically significant. Neither fatal nor severe adverse reactions were reported by respondents. Significantly, despite experienced adverse reactions, continued participation, acceptability and compliance to ivermectin treatment was expressed by the various communities. This attitude is in consonance with the African Programme for Onchocerciasis Control (APOC) objectives. Rev. Biol. Trop. 56 (4): 1635-1643. Epub 2008 December 12.

La oncocercosis es endémica en el estado Ondo, Nigeria. Se seleccionaron 4 800 personas al azar para evaluar con encuesta retrospectiva la cobertura, efectos y reacciones al tratamiento farmacológico con ivermectina administrado por la misma comunidad. La cobertura global de ivermectina fue 50 % con reacciones adversas en 38 % de los individuos. Estas fueron comezón picazón (18%), edema, especialmente de la cara y las extremidades (8%), erupciones cutáneas (3%) y debilidad (2%); dependieron de la edad y no hubo reacciones más graves. La expulsión de las lombrices intestinales se produjo en 96% de los encuestados. A pesar de las reacciones adversas, hubo continuidad, aceptación y cumplimiento del tratamiento con ivermectina, en consonancia con los objetivos del Programa Africano para el Control de Oncocercosis (APOC).

A vision for regular, rapid assessments of the tropical northwestern Atlantic's coral reefs / Una visión para evaluaciones periódicas y rápidas de los arrecifes de coral del Atlántico tropical noroccidental

The Atlantic and Gulf Rapid Reef Assessment (AGRRA) Program, consisting of non-fixed, transect- based visual surveys, provides "snapshot" characterizations of a number of structurally or functionally important benthic and fish indicators on tropical northwestern Atlantic (TNWA) coral reefs and Brazil. To ameliorate the confounding factors inherent in multiyear temporal variation, a region-wide collaborative program for conducting rapid reef assessments at regular (five-year) intervals in sites that are representative of each sub-region of the TNWA is proposed. Member institutions of the Association of Marine Laboratories of the Caribbean (AMLC) and individual colleagues are invited to join in developing the vision. Rev. Biol. Trop. 54 (Suppl. 3): 23-29. Epub 2007 Jan. 15.

El Programa de Evaluación Rápida del Atlántico y el Golfo (AGRRA, por sus siglas en inglés) consiste en sondeos visuales no-fijos, basados en transectos, que permiten caracterizaciones puntuales de un número de peces y organismos bénticos que sean estructural o funcionalmente importantes como indicadores en arrecifes del Atlántico tropical noroeste (ATNO) y de Brasil. Para disminuir los factores de confusión inherentes a variaciones temporales multianuales, se propone un programa de colaboración a nivel regional, que sirva para conducir evaluaciones rápidas de los arrecifes en intervalos regulares (cinco años), en los sitios que sean representativos de cada sub-región del ATNO. Se invita a las instituciones miembro de la Asociación de Laboratorios Marinos y del Caribe (ALMC), así cómo a colegas individuales para participar en el desarrollo de esta visión.