Dificultades en la detección de genomas del nuevo coronavirus 2 (SARS CoV-2) / Pandemic and social inequiality: the popular neighborhoods of the Buenos Aires suburbs in preventive social isolation

RESUMEN El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados científicos de calidad. La reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en inglés) es considerada el "patrón de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infección. Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposición viral. El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la detección del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos. Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelación, el almacenamiento y la descongelación, y a la inactivación térmica de la virulencia. Además, las señales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad. Por otra parte, las muestras con escaso material biológico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuirá a reducirlas. Sin embargo, la mayoría de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular. Los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos. Las farmacopeas sugieren que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Mejorar la detección por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales.

ABSTRACT Emerging respiratory viral infections like the severe coronavirus disease (CoVID 19) caused by novel coronavirus 2 (SARS-CoV-2) require quality results for science-based responses. The reverse transcriptase polymerase chain reaction (rRT-PCR) is considered the gold standard for detecting SARS-CoV-2 (particularly in the acute phase of infection). The aim of the present work was to analyze pitfalls during the search of viral genomes. False negative conclusions are result of sampling timing, performances of swabbing, storage, and thawing and heat-infectivity inactivation. Samples with low biologic material also lead to false negatives. Qualitative controls to detect the presence of human DNA are available in several kits but they were not calibrated for quantification of human cell loads. Moreover, negativity cannot be reported for samples with delayed signals for the internal control (due to deficiency in extraction and/or retro transcription and/or or to the presence of rRT-PCR inhibitors). The viral RNA that may have stick on gloves, on tubes, caps, etc. may produce false positives. The International Pharmacopoeias recommend for external contamination to test at least 10% of the samples. Couples of 10 negative contiguous to 10 positive controls randomly distributed should be therefore included in each series of 100 rRT-PCR tests. These improvements increase the cost of each determination (at least by 20% only for the reactants) and require additional resources.

Dificultades en la detección de genomas del Nuevo Coronavirus 2 (SARS COV-2) / SARS Coronavirus 2 (SARS CoV 2) genome detection pitfalls

El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados científicos de calidad. La reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en inglés) es considerada el "patrón de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infección. Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposición viral. El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la detección del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos. Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelación, el almacenamiento y la descongelación, y a la inactivación térmica de la virulencia. Además, las señales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad. Por otra parte, las muestras con escaso material biológico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuirá a reducirlas. Sin embargo, la mayoría de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular. Los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos. Las farmacopeas sugieren que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Mejorar la detección por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales.

Exactitud del diagnóstico neuropsicológico: Factores que pueden conducir a un diagnóstico incorrecto y cómo evitarlos / Neuropsychological Diagnostic Accuracy: Factors That Might Lead to a Wrong Diagnosis and How to Avoid Them

Los falsos positivos y los falsos negativos en la evaluación neuropsicológica pueden ocurrir debido a diferentes razones y pueden tener consecuencias graves tales como la administración de un tratamiento innecesario que puede causar efectos adversos y la incapacidad de proporcionar un tratamiento oportuno a los pacientes. Por lo tanto, es importante saber qué tanto podemos confiar en el diagnóstico. Los resultados de las pruebas son insuficientes para este fin. Como punto de partida, debemos establecer hipótesis sobre la condición del paciente utilizando la información que hemos recopilado de varias fuentes. Adicionalmente, es necesario utilizar información sobre las propiedades psicométricas de las pruebas, los valores predictivos y las tasas base de los trastornos neurocognitivos y de las puntuaciones bajas. En ausencia de esta información, la interpretación de los resultados debe ser cautelosa. En este artículo se discuten varias estrategias que pueden contribuir a mejorar la precisión diagnóstica.

False positives and false negatives in neuropsychological assessment can occur due to different reasons and they could have serious consequences such as the administration of an unnecessary treatment that may cause adverse effects and failure to provide timely treatment to patients. Therefore, it is important to know how confident we can be in the diagnosis. Tests scores are insufficient to this end. As a starting point, we need to establish hypotheses about the patient's condition using the information we have collected from several sources. We also need to use information about the psychometric properties of the tests, predictive values and base rates of neurocognitive disorders and low scores. Whenever this information is lacking the interpretation of performance should be cautious. Several strategies are discussed that may contribute to improve diagnostic accuracy

Validez diagnóstica de la escala de alvarado en pacientes con dolor abdominal sugestivo de apendicitis, en un hospital de tercer nivel, del sur de bogotá

El dolor abdominal agudo es uno de los síntomas por los que un paciente asiste al servicio de urgencias de cualquier hospital, a nivel mundial, representando entre un 5 y 10% del total de consultas, constituyéndose para el médico de urgencias y especialistas interconsultados, un reto, dado que encierra varias patologías, que pueden ser o no quirúrgicas y que de no ser diagnosticadas, correcta y oportunamente, se pueden convertir en fatales, como la apendicitis, la condición patológica y quirúrgica, la que, frecuentemente, se ve enfrentado el cirujano general. El paciente, se puede presentar con signos y síntomas muy variados, que van desde un cuadro claro de apendicitis o no tener signos ni síntomas que sugieran, como diagnóstico, esta patología, por lo cual, se han desarrollado escalas que faciliten o aporten ayuda al médico para un correcto diagnóstico y posterior tratamiento. La escala de Alvarado hace parte de estas ayudas diagnósticas, siendo un método económico, no invasivo, rápido y confiable. Se evaluó por medio de este proyecto, la validez de la escala en la USS Tunal de IIII nivel, al ser uno de los hospitales más grandes y concurridos de Bogotá; para ello, se tomó una muestra de 161 pacientes y valorando cada parámetro de la escala, además, de comparar el puntaje dado por la misma y el diagnóstico histopatológico. Los resultados permiten concluir que la escala es sensible, pero no específica para el diagnóstico de apendicitis.

Acute abdominal pain is one of the symptoms which a patient attends the emergency room of any hospital worldwide, representing a 5 to 10% of those consultations; this represents for the emergency doctor and specialists interconsulted a challenge, because it contains several conditions that may or may not be surgical and not be diagnosed properly and promptly can be fatal, within these, is appendicitis, pathological and surgical condition which most often is faced the surgeon general. The patient may present with signs and varied symptoms ranging from a clear picture of appendicitis, or have no signs or symptoms suggestive as this pathology diagnosis; so scales have been developed to facilitate or provide help to the doctor for a correct diagnosis and subsequent treatment; Alvarado makes the scale of these diagnostic aids, being a non-invasive, fast and reliable economical method. Was evaluated by means of this project the validity of the scale in the USS Tunal IIII level to be one of the largest and busiest hospitals in Bogota, for this sample of 161 patients was taken Hospital and rated each parameter in addition to comparing the scores given by the same scale and histopathological diagnosis. The results show that the scale is sensitive but not specific for the diagnosis of appendicitis.

Influencia de factores perinatales en la pesquisa neonatal de hiperplasia adrenal congénita en Ciudad de La Habana y La Habana / Influence of perinatal factors on the neonatal screening of congenital adrenal hyperplasia in Ciudad de La Habana

Introducción: los costos económicos y psicosociales asociados con los resultados falsos positivos de la pesquisa neonatal de hiperplasia adrenal congénita son altos. Objetivos: identificar los factores perinatales que intervienen en la elevación y en el tiempo de normalización de los valores de 17 hidroxiprogesterona (17OHP), en pacientes no afectados por hiperplasia adrenal congénita. Métodos: se realizó un estudio descriptivo longitudinal retrospectivo en 1 114 pacientes procedentes de Ciudad de La Habana y La Habana, con resultados falsos positivos en la pesquisa, desde enero/2007 hasta junio/2010. Se identificaron las diferencias en la frecuencia de los factores perinatales reconocidos en este grupo con una muestra de población general, y otra integrada por enfermos de hiperplasia adrenal congénita. Resultados: de los pacientes falsos positivos, el 50,7 por ciento pertenecía al sexo masculino y 49,3 por ciento al femenino. El 54,7 por ciento nació por cesárea, y el 82 por ciento no presentó sufrimiento fetal agudo, aquellos con menor edad gestacional y peso al nacer más bajo presentaron niveles medios de 17OHP más elevados. El 68,1 por ciento normalizó la 17OHP al cumplir un mes de vida, independientemente del tipo de parto y de la presencia de sufrimiento fetal agudo; pero la edad gestacional y el peso al nacer tuvieron correlación inversa con la persistencia de su elevación. Predominó el parto eutócico en los neonatos enfermos y normales, y la cesárea en los falsos positivos. La media de la edad gestacional y del peso al nacer fue significativamente menor en los casos en el primer grupo, comparada con la de los grupos restantes. Conclusiones: la prematuridad y el bajo peso al nacer tuvieron una influencia significativa sobre la elevación y la persistencia de los valores de 17OHP, no así el tipo de parto y el sufrimiento fetal agudo(AU)

Introduction: the psychosocial and economic costs associated with the false-positive results of the neonatal screening of congenital adrenal hyperplasia are high. Objectives: to identify the perinatal factors to get involved in the rise and in the normalization time of values of 17 hydroprogesterone (17OHP) in patients not involved by a congenital adrenal hyperplasia. Methods: a retrospective, longitudinal and descriptive study was conducted in 1 114 patients from Ciudad de La Habana and La Habana with false-positive results according to screening from January, 2007 to June, 2010. Authors identified the differences in frequency of perinatal factors recognized in this group with a sample of general population, and other including congenital adrenal hyperplasia patients. Results: from the false-positive patients, the 50,7 percent was of male sex and the 49,3 percent to the female one. The 54,7 percent was born by cesarean section and the 82 percent has not acute fetal suffering, those small for the gestational age and lower birth weight had mean levels of 17OHP higher. The 68,1 percent normalized the OHP at one month of life, independently the type of labor and of the presence of acute fetal suffering but the gestational age and the birth weight had an inverse correlation with the persistence of its rise. There was predominance of eutocia labor in the sick and normal neonates and the cesarean section in the false-positive ones. The mean of gestational age and of the birth weight was significantly minor in the cases of the first group, compared with the remaining groups. Conclusions: the prematurity and the low birth weight had a significant influence on the rise and the persistence of values of 17OHP, but not the type of labor and the acute fetal suffering(AU)

Human papillomavirus false positive cytological diagnosis in low grade squamous intraepithelial lesion

The purpose of this study was to investigate the number of Human Papillomavirus false positive cytological diagnosis in low grade squamous intraepithelial lesions (LSIL). Three hundred and two women who assisted to an Out-Patient Gynecologic Clinic in Maracaibo, Venezuela, were recruited for this study. Each patient had the Pap smear and a cervical swab for Hybrid Capture 2 (HC2). Three cytotechnologists reviewed the Pap smears and two pathologists rescreened all of them. The cytotechnologists reported 161 (53.3 percent) Pap smears negatives for intraepithelial lesion (IL) or malignancy, and 141 cases (46.7 percent) with epithelial abnormalities. They reported 46 percent of 302 patients with HPV infection in Pap smear slides. The pathologists found that 241 (79.8 percent) Pap smears were negatives for IL or malignancy and 61 (20.2 percent), with abnormal Pap smears. They found 14.6 percent HPV infection in all Pap smears (p<0.0001; 46 percent vs 14.6 percent). The HC2 study showed that 47 samples (15.6 percent) were positive for HPV. The study found that 114 Pap smears (False Positive: 85 percent) of 134 reported by the cytotechnologists and 24 (False Positive: 43 percent) of 56 cytologies reported by the pathologists as LSIL, were negative for HPV infection determined by HC2 (p<0.00003). The present study suggests that the cytotechnologists overdiagnosed cellular changes associated with HPV infection in the Pap smear, increasing the FP cytological diagnosis of LSIL.

El presente trabajo tuvo por objeto el investigar el número de falsos positivos reportados en la citología cervicovaginal (CCV) de la presencia del Virus del Papiloma Humano (VPH) con diagnóstico de Lesión Intraepitelial Escamosa de bajo grado (LIE-BG). Se estudiaron 302 mujeres que asistieron a la Consulta de Patología de Cuello Uterino del Hospital Manuel Noriega Trigo, en Maracaibo, Venezuela. A cada paciente se le practicaron una CCV y muestra para la captura de híbridos 2 (CH2). Tres citotecnólogos y 2 patólogos estudiaron las CCV. Los citotecnólogos reportaron 161(53,3 por ciento) de CCV negativas para lesión intraepitelial o malignidad y 141 casos (46,7 por ciento) con anomalías epiteliales. Éstos encontraron 46 por ciento de presencia de VPH en las 302 CCV. Los patólogos reportaron 241 CCV (79,8 por ciento) negativas y 61 CCV (20,2 por ciento) anormales. Estos encontraron en 14,6 por ciento de las CCV, la presencia de VPH (p < 0, 0001; 46 por ciento vs 14,6 por ciento). La CH2 mostró que 47 muestras (15, 6 por ciento) fueron positivas a VPH. Esta investigación mostró que 112 CCV de 134 (Falso Positivo: 85 por ciento) reportados por los citotecnólogos y 24 de 56 CCV (Falso Positivo: 43 por ciento) reportados por los patólogos como LIE-BG, fueron negativos a la infección del VPH determinados por la CH2 (p < 0,00003). La investigación sugiere un sobrediagnóstico de la presencia de cambios celulares debidos al VPH en la CCV, por parte de los citotecnólogos, incrementando los falsos positivos de la presencia del VPH en CCV con diagnóstico de LIE-BG.

Metabolitos del efavirenz como probable causa de falsos-positivos en test inmunológico para benzodiacepinas en orina / False-positive immunoassay results for urine benzodiacepines probably caused by efavirenz metabolites

En el tratamiento del síndrome de inmunodeficiencia adquirida (SIDA) una de las drogas antirretrovirales usadas es el efavirenz (EFV). Existe una asociación entre el consumo de drogas de abuso y la probabilidad de adquirir el SIDA, razón por la cual se solicita su investigación en orina. Como método de screening para detectar el consumo de estas drogas se utilizan habitualmente los ensayos inmunológicos. Una característica especial de estos métodos son las reacciones cruzadas que pueden presentarse con sustancias estructuralmente relacionadas dando origen a resultados falsos positivos.Al analizar 18 muestras de orina de pacientes con SIDA, se observó un 78% de resultados falsos positivos para benzodiacepinas (BZD) cuando fueron analizados mediante el ensayo inmunológico Triage® (Ascend Multi Immune Assay). El estudio confirmatorio por cromatografía gaseosa acoplada a espectrometría de masa (GC-MS) reveló la ausencia de BZD en todos los casos y el 100% de los resultados falsos positivos observados correspondieron a las muestras de los pacientes tratados con EFV. Con el propósito de dilucidar el origen de esta reacción cruzada fueron aislados el EFV y sus metabolitos de las muestras de orina, mediante extracción en fase sólida (SPE) y cromatografía en capa delgada de alta resolución (HPTLC), e identificados por cromatografía gaseosa- espectrometría de masa (GC-MS y GC-MS/MS/MS).Los resultados obtenidos en este estudio indicarían que los metabolitos del EFV (8-OH-EFV y/o 7-OH-EFV) y no el EFV podrían ser los responsables de la reacción cruzada observada en el ensayo inmunológico.

Efavirenz (EFV) is an antiretroviraldrug used in the acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) treatment. Immunoassay techniques have been widely used for abuse drug screening test. The presence of structurally related substances in urine samples can interfere by cross reactionscausing false positive results. High percentage of false positive results (78%) for benzodiazepines (BDZ) had been established for 18 urine samples assayed by immunoassay test Triage® (Ascend Multi Immune Assay). Gas chromatography-mass spectrometry(GC-MS) evaluation was negative for BDZ for all cases. One hundred percent (100%) of the positive results came from patients treated with EFV. With the aim to determine the cause of this cross- reaction, EFV and its metabolites were isolated by solid phase extraction(SPE) and high performance thin-layer chromatography (HPTLC) and then, identified by gas chromatography mass spectrometry (GC-MS and GC-MS/MS/MS). GC-MS/MS/MS analysis showed that EFV metabolites (8-OH-EFV and/or 7-OH-EFV) could probably be responsible for the cross reaction observed in the immunologic assays.