Statistical analysis of 484 Mycobacterium tuberculosis genomes reveals an association between single nucleotide polymorphisms on ponA1 gene and LAM and Haarlem lineages / Análisis estadístico de 484 genomas de Mycobacterium tuberculosis revela una asociación entre los polimorfismos de un solo nucleótido en el gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem

Abstract Objectives: Evaluate the association between rifampicin resistance and the presence of at least one SNP in the rpoB and ponA1 genes and the spoligotype defined lineages. Material and Methods: This study analyzed two databases of 484 genomes of M. tuberculosis from strains isolated from patients in the cities of Lima and Callao, for which the odds ratio (OR) was calculated considering belonging to a certain spoligotype defined lineages as an exposure factor. Results: No statistically significant association (ρ value> 0.05) was found between the presence of at least one SNP in the rpoB gene and the lineages included in the study (LAM, Haarlem, T and Beijing). However, a statistically significant association was found between the presence of at least one SNP in the ponA1 gene and the LAM and Haarlem lineages (ρ value <0.05). An association was found between the P631S SNP in the ponA1 gene and the LAM and Haarlem lineages; and the A516T SNP, of this same gene, presented an association with the LAM lineage. Likewise, an association was found between rifampicin resistance and the LAM lineage. Conclusions: The presence of SNPs in the ponA1 gene is associated with the LAM and Haarlem lineages.

Resumen Objetivos: Evaluar la asociación entre la resistencia a rifampicina y la presencia de al menos un SNP en los genes rpoB y ponA1 y los linajes definidos por espoli gotipos. Material y Métodos: Este estudio analizó dos bases de datos de 484 genomas de M. tuberculosis de cepas aisladas de pacientes de las ciudades de Lima y Callao, para lo cual se calculó el odds ratio (OR) considerando la pertenencia a determinado linaje definido por espoligotipos como un factor de exposición. Resultados: No se encontró una asociación estadísticamente significativa (valor de ρ >0.05) entre la presencia de al menos un SNP en el gen rpoB y los linajes incluidos en el estudio (LAM, Haarlem, T y Beijing). No obstante, se halló una asociación estadísticamente significativa entre la presencia de al menos un SNP en el gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem (valor de ρ <0.05). Se encontró una asociación entre el SNP P631S del gen ponA1 y los linajes LAM y Haarlem; y el SNP A516T, de este mismo gen, presentó una asociación con el linaje LAM. Asimismo, se halló una asociación entre la resistencia a rifampicina y el linaje LAM. Conclusiones: La presencia de SNPs en el gen ponA1 está asociada con los linajes LAM y Haarlem.

Susceptibilidad de M. tuberculosis a drogas antituberculosas, determinada por dos técnicas, en el estado Sucre, Venezuela / usceptibility of M. tuberculosis to antituberculosis drugs as determined by two methods, in Sucre state, Venezuela

El objetivo de este trabajo fue evaluar la resistencia a isoniacida (INH), rifampicina (RIF), estreptomicina (STR) y etambutol (EMB) de 59 cepas de Mycobacterium tuberculosis, aisladas en el período agosto 2005-diciembre 2006, en el estado Sucre, Venezuela, empleando el método de proporciones de Canetti y de nitrato reductasa. Se encontró 6,3% de resistencia primaria y 14,3% de adquirida. Una cepa fue considerada MDR, al presentar resistencia a RIF e INH. Se comparó la prueba de nitrato reductasa con el método de las proporciones, encontrándose 100% de concordancia entre los resultados de los dos métodos para INH, RIF y EMB, y 95,65% para STR. Además, la prueba nitrato reductasa produjo resultados en 10 a 14 días, comparado con 42 días para el método de proporciones, por lo que la primera se postula como una alternativa muy valiosa para acortar el tiempo de respuesta en la valoración de la susceptibilidad de M. tuberculosis. La secuencia del gen rpoB en la cepa resistente a RIF demostró la presencia de una mutación no descrita anteriormente en la región hipervariable de 81 pares de bases, donde se ha reportado el mayor número de mutaciones de cepas resistentes a RIF. Esta mutación produjo un cambio en el codón 456 de TCG > CAG. Al comparar nuestros resultados con los hallados en el último estudio de prevalencia de resistencia realizado en el estado, se demuestra una disminución en la circulación de cepas resistentes en la zona de estudio.

The objective of this study was to evaluate the resistance to isoniazid (INH), rifampicin (RIF), streptomycin (STR) and ethambutol (EMB), with the Canetti’s proportions method (PM) and the nitrate reductase assay (NRA) of 59 clinical strains of Mycobacterium tuberculosis, isolated in the period of august 2005 to december 2006, in Sucre state, Venezuela. Primary and acquired drug resistance was 6.3% and 14.3%, respectively. Only one strain was found to be multidrug resistant (MDR). The overall agreement between the NRA and PM was 100% for INH, RIF and EMB, and 96% for STR. The time to obtain results was 10 to 14 days for the NRA, compared to 42 days for the PM. The NRA was easy to perform and therefore represents a useful tool for rapid and accurate determination of drug-resistant M. tuberculosis. The sequence of the rpoB gene of the RIF resistant strain demonstrated a never described mutation (change in the codon 456; TCG > CAG) in the hypervariable region of 81 base pairs where most of the mutations of the RIF resistant strains have been reported. Comparison of our results with those of the last resistance prevalence study carried out in the years 1998-1999, shows a decrease in the studied area.