Estandarización de PCR en tiempo real para detección y cuantificación de los oncogenes E7 de seis Virus del Papiloma Humano de Alto Riesgo

El cáncer de cuello uterino es causado por la infección persistente del epitelio cervical con los genotipos de alto riesgo del Virus del Papiloma Humano. Para su detección se realizan pruebas moleculares que detectan el gen L1 del VPH. Este gen puede perderse hasta en el 11 % de los casos durante la integración del ADN viral en el genoma del hospedero originando falsos negativos. Por otra parte, el oncogén E7 se expresa durante todas las etapas de progresión de la enfermedad. El objetivo de este trabajo fue estandarizar una PCR en tiempo real del oncogén E7 (E7-qPCR) para genotipificación y cuantificación de 6 VPH-AR. Los resultados muestran que la E7- qPCR amplificó VPH-16, -18, -31, -33, -35 y -45 con una alta sensibilidad con límites de detección desde 102 copias, eficiencias entre 90 y 110 %, valores R2 > 0,97 y análisis de curva de fusión que revelan productos específicos.

Cervical cancer is caused by persistent infection of the cervical epithelium with the high-risk genotypes of the Human Papilloma Virus (HR-HPV). For its detection, molecular tests are carried out that detect the L1 gene of HPV. This gene can be lost in up to 11 % of cases during the integration of viral DNA into the host genome, causing false negatives. On the other hand, the E7 oncogene is expressed during all stages of disease progression. The aim of this work was to standardize a real-time PCR of the E7 oncogene (E7-qPCR) for genotyping and quantification of 6 HR-HPV. The results show that the E7-qPCR amplified HPV-16, -18, -31, -33, -35 and -45 with high sensitivity with detection limits from 102 copies, efficiencies between 90 and 110 %, R2 values >0,97 and melting curve analysis revealing specific products.

Report of two events of nosocomial outbreak and pseudo-outbreak due to contamination with Achromobacter spp / Comunicación de 2 eventos de brote y seudobrote nosocomial debido a contaminación con Achromobacter spp

Abstract Achromobacter spp. are increasingly recognized as emerging pathogens in immunocompromised patients or suffering cystic fibrosis, but unusual in immunocompetent hosts or individuals that underwent surgery. In this study we describe two simultaneous events attributable to two different Achromobacter spp. contaminated sources. One event was related to an episode of pseudo-bacteremia due to sodium citrate blood collection tubes contaminated with Achromobacter insuavis and the other to Achromobacter genogroup 20 infection and colonization caused by an intrinsically contaminated chlorhexidine soap solution. Both threatened the appropriate use of antimicrobials. Molecular approaches were critical to achieving the accurate species identification and to assess the clonal relationship, strengthening the need for dedicated, multidisciplinary and collaborative work of microbiologists, specialists in infectious diseases, epidemiologists and nurses in the control of infections to clarify these epidemiological situations.

Resumen Achromobacter spp. son reconocidas con mayor frecuencia como patógenos emergentes en pacientes con fibrosis quística e inmunodeprimidos, pero son inusuales en hospedadores inmunocompetentes o quirúrgicos. En este estudio describimos 2 eventos simultáneos atribuibles a 2 fuentes contaminadas con Achromobacter spp. Uno correspondió a un episodio de seudobacteriemia por tubos de citrato de sodio contaminados con Achromobacter insuavis y el otro a infecciones y colonizaciones debidas al uso de solución jabonosa de clorhexidina intrínsecamente contaminada con Achromobacter genogrupo 20. Ambos episodios pusieron en peligro el uso apropiado de antimicrobianos. Los enfoques moleculares fueron fundamentales para lograr la identificación precisa de las especies y evaluar la relación clonal de los aislamientos, lo que refuerza la necesidad del trabajo perseverante y multidisciplinario de microbiólogos, especialistas en enfermedades infecciosas, epidemiólogos y enfermeras en el control de infecciones para el esclarecimiento de estas situaciones epidemiológicas.

Virus de papiloma humano y lesión intraepitelial cervical enadolescentes embarazadas / Human papilloma virus and cervical intraepithelial lesion inpregnant adolescents

Objetivo: Comparar la presencia del Virus de Papiloma Humano (VPH) y de lesión Intraepitelial Cervical (LIE) en adolescentes embarazadas y no grávidas atendidas en la Maternidad Dr. Armando Castillo Plaza de Maracaibo, Venezuela. Método: Investigación comparativa con diseño no experimental transeccional y de campo; donde se incluyeron 46 adolescentes embarazadas (casos) y 46adolescentes no embarazadas (controles), escogidas mediante muestreo probabilístico aleatorio, a quienes se les realizó identificación de factores asociados a la patología, evaluación por citología cervicovaginal y Genotipificación del VPH por reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Resultados: se encontró que 32,6% de las embarazadas presentaron LIE de bajo grado (VPH o NIC 1) respecto a 21,7% en las no grávidas, común riesgo dos veces mayor (OR [IC95%]= 2,44 [1,05-5,65]). El diagnóstico molecular resultó positivo en la mitad del total de la muestra, siendo mayor en las embarazadas (52,1 vs. 47,9p<0,05);predominado las infecciones pro genotipos de alto riesgo 47,8vs 30,5; p <0,05). El VPH 16 resulto el más prevalente entre las embarazadas (21,7%) y la co-infección por genotipos debajo riesgo (6-11) en las no grávidas (17,4%) Conclusiones: las embarazadas adolescentes presentan una mayor prevalencia de LIE e infección genital por VPH, asociado a un riesgo significativo del doble de probabilidad de presentar una LIE respecto a las adolescentes no grávidas(AU)

Aim: To compare the presence of Human PapillomaVirus (HPV) and Squamous Intraepithelial Lesion (SIL)in pregnant and non-pregnant adolescents treated at the "Maternidad Dr. Armando Castillo Plaza" in Maracaibo, Venezuela. Patients and Methods: A comparative research with non-experimental transectional and field design was performed; where 46 pregnant adolescents (cases) and 46 non-pregnant adolescents (controls) was included, chosen by random probability sampling, who under went identification off actors associated with the pathology, evaluation by pap-smearand HPV genotyping by chain reaction of polymerase (PCR). Results: It was found that 32.6% of pregnant women had lowgrade SIL ( HPV or CIN 1) compared to 21.7% in non-pregnant women, with a risk twice higher (OR [95% CI] = 2.44 [1.05-5.65]). thee molecular diagnosis was positive in half of the total sample, being higher in pregnant women (52.1 vs. 47.9p <0.05);infections with high-risk genotypes predominated 47.8 vs 30.5;p <0.05). HPV 16 was the most prevalent among pregnant women (21.7%) and co-infection by low-risk genotypes (6-11) in non-pregnant women (17.4%). Conclusions: adolescent pregnant women have a higher prevalence of LIE and genital HPV infection, associated with a significant risk of twice the probability of presenting an LIE compared to non-pregnant adolescents(AU)

Assessment of genotyping markers in the molecular characterization of a population of clinical isolates of Fusarium in Colombia / Evaluación de marcadores de genotipificación en la caracterización molecular de una población de aislamientos clínicos de Fusarium en Colombia

Introduction: Fusarium is a very heterogeneous group of fungi, difficult to classify, with a wide range of living styles, acting as saprophytes, parasites of plants, or pathogens for humans and animals. Prevalence of clinical fusariosis and lack of effective treatments have increased the interest in the precise diagnosis, which implies a molecular characterization of Fusarium populations. Objective: We compared different genotyping markers in their assessment of the genetic variability and molecular identification of clinical isolates of Fusarium. Materials and methods: We evaluated the performance of the fingerprinting produced by two random primers: M13, which amplifies a minisatellite sequence, and (GACA)4, which corresponds to a simple repetitive DNA sequence. Using the Hunter Gaston Discriminatory Index (HGDI), an analysis of molecular variance (AMOVA), and a Mantel test, the resolution of these markers was compared to the reference sequencing-based and PCR genotyping methods. Results: The highest HGDI value was associated with the M13 marker followed by (GACA)4. AMOVA and the Mantel tests supported a strong correlation between the M13 classification and the reference method given by the partial sequencing of the transcription elongation factor 1-alpha (TEF1-α) and rDNA 28S. Conclusion: The strong correlation between the M13 classification and the sequencing-based reference together with its higher resolution demonstrates its adequacy for the characterization of Fusarium populations.

Introducción. Fusarium es un grupo heterogéneo de hongos, difícil de clasificar y con una amplia gama de estilos de vida, que actúa como saprófito, parásito de plantas o patógeno de humanos y animales. La prevalencia de la fusariosis clínica y la falta de tratamientos han incrementado el interés en su diagnóstico preciso, lo que conlleva la caracterización molecular de las poblaciones. Objetivo. Comparar marcadores de genotipificación en la evaluación de la variabilidad genética e identificación de aislamientos clínicos de Fusarium. Materiales y métodos. Se evaluó la huella genética producida por dos cebadores aleatorios: M13, que amplifica una secuencia minisatélite, y (GACA)4, que corresponde a una secuencia repetitiva de ADN. Utilizando el índice discriminatorio de Hunter Gaston (HGDI), el análisis de varianza molecular (AMOVA) y una prueba de Mantel, se comparó la resolución de estos marcadores con métodos de genotipificación basados en secuenciación y PCR. Resultados. El mayor HGDI se asoció con el marcador M13, seguido de (GACA)4. Las pruebas AMOVA y Mantel mostraron correlación entre las clasificaciones obtenidas con M13 y la referencia basada en la secuenciación parcial del factor de elongación de transcripción 1-alfa (TEF1-α) y el ADNr 28S. Conclusión. La fuerte correlación entre la clasificación obtenida con M13 y el método de referencia, así como su alta resolución, demuestran su idoneidad para la caracterización de poblaciones de Fusarium.

Detección y genotipificación del virus del papiloma humano de alto riesgo mediante PCR multiplex en tiempo real (RT-PCR VPH AR) / High risk human papillomavirus detection and genotyping by multiplex real time PCR (RT-PCR HR HPV)

Utilidad clínica de la prueba La relación causal entre el desarrollo de cáncer de cérvix y la infección con genotipos de alto riesgo (AR) del virus del papiloma humano (VPH), ha llevado al desarrollo de estrategias para su detección y caracterización genotípica, como una medida de prevención de este tipo de cáncer. Dado que la presencia del VPH no puede ser determinada mediante los hallazgos clínicos de la paciente, como tampoco en los hallazgos morfológicos en la citología ni en la detección de anticuerpos específicos contra el VPH (pruebas serológicas), su detección y genotipificación recaen en el uso de pruebas moleculares, las cuales en su mayoría están dirigidas a la detección del ADN de los genotipos de alto riesgo, usando la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional y en tiempo real (RT-PCR) [1]. La técnica de PCR permite la amplificación de regiones específicas del ADN del VPH en los genes L1, E6 y E7, los cuales, por sus variaciones en la secuencia, permiten la genotipificación del virus [2,3]. Las pruebas de detección de ADN y/o genotipificación del VPH son consideradas herramientas de tamización en cáncer de cérvix, que detectan la infección causada por VPH. Su aplicación está enfocada en la clasificación de anormalidades citológicas, monitoreo de infecciones persistentes, seguimiento postratamiento de lesiones intraepiteliales de alto grado y vigilancia epidemiológica en salud pública [4-6]. La utilización de la citología y las pruebas de detección de ADN del VPH, aumenta la sensibilidad de la tamización para la detección de cáncer de cérvix y reduce de manera significativa el riesgo de sufrir lesiones cervicales premalignas por un periodo de 5 años [2,7]

Evaluation of the melting temperature of TaqMan probes as a genotyping method for IDH1, IDH2, and H3F3A in pediatric astrocytomas / Evaluación del método de temperatura de disociación de sondas TaqMan para la genotipificación de IDH1, IDH2 y H3F3A en astrocitomas pediátricos

Abstract Background: Astrocytomas are cancer tumors of the central nervous system and represent the most common type of solid tumors during human childhood. In 2016, the World Health Organization established a molecular classification system to regroup tumor entities to achieve a more accurate diagnosis and a better clinical decision-making and selection of treatment in patients with these types of tumors. Methods: We evaluated a genotyping assay for rapid and cost-effective mutation detection in astrocytomas using TaqMan probes in an asymmetric polymerase chain reaction (PCR) assay. Results: Four diffuse astrocytomas (Grade II), three anaplastic astrocytomas (Grade III), and four glioblastomas (Grade IV) were sequenced, and all of them displayed the wild-type (WT) sequence. We tried to set up this melting analysis for the genotyping of pediatric astrocytomas by identifying the specific melting temperatures of the TaqMan probes due to the presence of the WT sequences in the isocitrate dehydrogenase 1 and 2 (IDH1 and IDH2) and H3.3 histone A genes (H3F3A). We used an IDH1-TaqMan probe to identify the WT status of IDH1 in two different WT deoxyribonucleic acid (DNA) templates (pilocytic and diffuse astrocytoma) and obtained four melting temperature values ranged from 65.6 to 92.2°C. Furthermore, only four out of 29 reactions displayed amplification of the DNA template. Sanger sequencing was faster and more reliable to detect the gene status in all the sequenced samples. Conclusions: We conclude that conventional Sanger sequencing remains the gold standard for the genotyping of pediatric astrocytomas.

Resumen Introducción: Los astrocitomas son un tipo de cáncer que afecta al sistema nervioso central y representan el tumor sólido más común durante la infancia. En el año 2016, la Organización Mundial de la Salud estableció un sistema de clasificación molecular para reagrupar tumores con identidades genéticas similares y lograr un diagnóstico más preciso, lo que lleva a tomar las decisiones clínicas idóneas al elegir el tratamiento de pacientes con este tipo de tumores. Métodos: Se evaluó un protocolo que involucra el uso de sondas TaqMan en un ensayo de reacción en cadena de la polimerasa asimétrica para la detección de mutaciones en astrocitomas. Se secuenciaron cuatro astrocitomas difusos (Grado II), tres astrocitomas anaplásicos (Grado III) y cuatro glioblastomas (Grado IV). Se intentó establecer las condiciones del análisis para la genotipificación de los astrocitomas pediátricos mediante la identificación de las temperaturas de disociación específicas de las sondas TaqMan producidas por la prescencia de las secuancias WT en los genes isocitrato deshidrogenasa 1 y 2 (IDH1, IDH2) y H3.3 histona A (H3F3A). Resultados: Los astrocitomas mostraron la secuencia wild type (WT) (silvestre) de los genes. Se utilizó una sonda TaqMan IDH1 para identificar el estado de este gen en dos templados WT de DNA (astrocitoma pilocítico y difuso) y se obtuvieron cuatro valores de temperatura de disociación (65.6-92.2 °C). Solo cuatro de las 29 reacciones mostraron amplificación de DNA. La secuenciación de Sanger fue más rápida y confiable para detectar el estado de los genes en todas las muestras. Conclusiones: La secuenciación de Sanger sigue siendo la técnica más práctica para la genotipificación de astrocitomas pediátricos.

Frequency and geographical distribution of genotypes and mating types of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii species complexes in Argentina / Frecuencia y distribución geográfica de genotipos y tipos sexuales de los complejos de especies Cryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii en Argentina

Abstract The aim of this work was to know the frequency and geographical distribution of genotypes and mating types of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii species complexes isolated from human infections in Argentina during the period from April 2009 to April 2011. A multicenter study was conducted, in which 372 isolates were obtained from 61 laboratories throughout the country. Of those, 98.8% of the isolates belonged to the C. neoformans species complex and 1.1% to the C. gattii species complex. Genotype VNI (MATa) was the most frequently isolated (n = 326, 87.6%), followed by VNII (MATa) (n = 22, 5.9%), the recently described VNII-VNIV (aADa) hybrid (n = 14, 3.8%), VNIV (MATa) (n=4, 1.1%), VNIII (aADa) hybrid (n = 1, 0.3%), and VNIII (aADa) hybrid (n = 1, 0.3%). The Argentine Central region showed the greatest number of cases and genotype diversity. Interestingly, a relative high frequency was observed in genotype VNII (MATa) in the Cuyo, Northeast and Northwest regions and, also in VNII-VNIV (aADa) hybrids in the Northwest region. C. gattii species complex was isolated at a low rate; 3 VGI (MATa) and 1 VGII (MATa) isolates were obtained from the Northwest and Central regions. In conclusion, this study shows that genotype frequencies seem to vary among regions in Argentina and reveals a relatively high frequency of rare hybrids in the Northwest region. Further regional clinical and environmental studies may help to elucidate if those varia-tions in frequencies are associated with the existence of regional ecological niches or any other regional factors.

Resumen El objetivo de! trabajo fue conocer la frecuencia y la distribución geográfica de genotipos y tipos sexuales de aislados pertenecientes a los complejos de especies Cryptococcus neoformansy Cryptococcus gattii obtenidos de infecciones humanas en Argentina. Entre abril de 2009 y abril de 2011 se realizó un estudio multicéntrico del que se obtuvieron 372 aislados de 61 laboratorios de diferentes zonas del país. El 98,8% de los aislados pertenecieron al complejo C. neoformansy el 1,1% al complejo C. gattii. El genotipo VNI (MATa) fue el más frecuente (n = 326; 87,6%), le siguieron VNII (MATa) (n = 22; 5,9%), el híbrido VNII-VNIV (aADa) (n = 14; 3,8%), VNIV (MATa) (n =4; 1,1%) y los híbridos VNIII (aADa) (n = 1; 0,3%) y VNIII (aADa) (n = 1; 0,3%). La región Centro mostró el mayor número de casos y la mayor diversidad de genotipos. Cabe destacar que el genotipo VNII (MATa) tuvo una frecuencia relativamente alta en las regiones de Cuyo, Noreste y Noroeste. En esta última región, también fue alta la frecuencia del híbrido VNII-VNIV (aADa). La frecuencia de aislamiento de miembros del complejo C. gattii fue baja: se obtuvieron 3 aislados VGI (MATa) y 1 VGII (MATa) de las regiones Centro y Noroeste. En conclusión, este estudio muestra que las frecuencias de genotipos varían entre las distintas regiones de Argentina y señala la presencia de híbridos poco comunes en una frecuencia relativamente alta dentro de la región Noroeste. Contar con mayor número de estudios clínicos y ambientales regionales podría ayudar a elucidar si tales variaciones están asociadas a la existencia de nichos ecológicos particulares o a algún otro factor regional.

Diversity of Achromobacter species recovered from patients with cystic fibrosis, in Argentina / Diversidad de las especies de Achromobacter recuperadas de pacientes con fibrosis quística en Argentina

Abstract Different phenotype-based techniques and molecular tools were used to describe the distribution of different Achromobacter species in patients with cystic fibrosis (CF) in Argentina, and to evaluate their antibiotic resistance profile. Phenotypic identification was performed by conventional biochemical tests, commercial galleries and MALDI-TOF MS. Genetic approaches included the detection of A. xylosoxidans specific marker blaoxa-114, the amplificaron and sequencing of the 16S rRNA gene, nrdA and blaOXA complete sequence, and MLST analysis. Phenotypic approaches, even MALDI-TOF, rendered inconclusive or misleading results. On the contrary, concordant results were achieved with the nrdA sequencing or sequence type (ST) analysis, and the complete blaOXA sequencing, allowing a reliable discrimination of different Achromobacter species. A. xylosoxidans accounted for 63% of Achromobacter infections and A. ruhlandii accounted for 17%. The remaining species corresponded to A. insuavis, A. dolens, A. marplatensis and A. pulmonis. Antimicrobial susceptibilities were determined by the agar dilution method according to CLSI guidelines. Piperacillin, piperacillin/tazobactam and car-bapenems were the most active antibiotics. However, the emergence of carbapenem-resistant isolates was detected. In conclusion, prompt and accurate identification tools were necessary to determine that different Achromobacter species may colonize/infect the airways of patients with CF. Moreover, antimicrobial therapy should be administered based on the susceptibility profile of individual Achromobacter sp. isolates. © 2019 Asociación Argentina de Microbiología. Published by Elsevier España, S.L.U. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).

Resumen Se emplearon diversas técnicas fenotípicas y moleculares para describir la distribución de diferentes especies del género Achromobacter en pacientes con fibrosis quística (FQ) en Argentina, y se evaluó el perfil de resistencia a los antibióticos. Se realizó la identificación fenotípica por pruebas bioquímicas convencionales, galerías comerciales y MALDI-TOF MS. El enfoque genético incluyó la detección del marcador especie-específico de A. xylosoxidans bla[PRESERVECIRC]tu, la amplificación y la secuenciación de los genes ARNr 16S, nrdA y secuencia completa de blaOXA, y el análisis por MLST. Los enfoques fenotípicos, incluso la técnica de MALDI-TOF, proporcionaron resultados no concluyentes o erróneos. Por el contrario, se obtuvieron resultados concordantes entre la secuenciación del gen nrdA o el análisis de secuenciotipos (ST) y la secuenciación completa de blaOXA, lo que permitió una discriminación confiable de las diferentes especies de Achromobacter. A. xylosoxidans representó el 63% de las infecciones por Achromobacter y A. ruhlandii representó el 17%. Las especies restantes correspondieron a A. insuavis, A. dolens, A. marplatensis y A. pulmonis. Se determinó la sensibilidad a antimicrobianos por el método de dilución en agar de acuerdo al CLSI. Los antibióticos más activos fueron piperacilina, piperacilina/tazobactam y carbapenemes. Sin embargo, se detectó la emergencia de aislamientos resistentes a carbapenemes. En conclusión, resultaron necesarias herramientas de identificación rápida y precisas para determinar las diferentes especies del género Achro-mobacter capaces de colonizar/infectar las vías respiratorias de los pacientes con FQ. Asimismo, la terapia antimicrobiana debería llevarse a cabo en función del perfil de sensibilidad de los aislamientos individuales de Achromobacter spp. © 2019 Asociacion Argentina de Microbiología. Publicado por Elsevier Espana, S.L.U. Este es un artículo Open Access bajo la licencia CC BY-NC-ND (https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/).

Prueba de concepto de una pcr multiplex de primera generación (cualitativa) para detección del oncogén e7 de vphs de alto riesgo

Introducción: Infección persistente con el virus de papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR) causa cáncer de cuello uterino (CCU). Existen ensayos moleculares para la detección y la genotipificación del gen L1 de VPH, sin embargo, L1 puede perderse durante la integración viral. La expresión e integración del oncogén E7 es fundamental para el desarrollo de CCU. Objetivo: Estandarizar una PCR multiplex (mPCR) del oncogén E7 (E7-mPCR) para genotipificación de los VPH-AR de mayor frecuencia en CCU (VPH-16, -18, -31, -33, -45 y -52). Métodos: Se obtuvieron cepillados cervicales de voluntarias y se analizaron amplificando por PCR el gen L1 con subsecuente hibridación reversa. Posteriormente, se escogieron 59 muestras positivas para VPH-AR y se analizaron por E7-mPCR. Resultados: Se evidenció una elevada concordancia entre los resultados del ensayo E7- mPCR y los de la PCR de L1 (concordancia observada de 95,1%, Kappa de Cohen = 0,88), encontrándose mayor número de infecciones por VPH- AR en el 15,8% con E7-mPCR. Conclusión: E7-mPCR es una herramienta diagnóstica con alta concordancia y económica que puede adaptarse a una plataforma de mayor complejidad para procesar y detectar mayor cantidad de muestras y genotipos de VPH-AR.

Introduction: The persistent infection of the high-risk Human Papiloma Virus (VPH-AR in Spanish) causes uterine cervix cancer (CCU in Spanish). There are molecular essays for detection and genotyping of gen L1 of VPH. However, L1 may get lost during the viral integration. The expression and integration of oncogene E7 is fundamental for the development of CCU. Objective: To standardize a multiplex PCR (mPCR) of oncogene E7 (E7-mPCR) for genotyping the VPH- AR of highest frequency in CCU (VPH-16, -18, -31, -33, -45 y -52). Method: We obtained cervix brushing simples from volunteers and we analyzed them by amplifying the L1 gene through PCR with a subsequent reverse hybridization. After that, we chose 59 positive VPH- AR samples and we analyzed them for E7-mPCR. Results: We found out a high concordance between the results of the essay E7-mPCR and those of L1 PC (Observed concordance was of 95.1%, Cohen's Kappa = 0.88), and we revealed a higher number of infections for VPH-AR in a 15.8% with E7-mPCR. Conclusion: E7-mPCR is an economic diagnostic tool with high concordance which can be adapted to a platform with more complexity to process and detect a higher number of samples and VPH-AR genotypes.

Introdução: a infecção persistente com o virus de papiloma humano de alto risco (HPV-AR) causa cáncer de colo do útero (CCU). Existem ensaios moleculares para detecção e para a genotipificação do gene L1 de HPV; contudo, L1 pode ser perdido durante a integrado viral. A expressão e integração do oncogênese E7 é fundamental para o desenvolvimento do CCU. Objetivo: padronizar uma PCR multiplex (mPCR) do oncogênese E7 (E7-mPCR) para genotipificação dos HPV-AR de maior frequência no CCU (HPV-16, -18, -31, -33, -45 e -52). Métodos: foram realizadas raspagens com escova cervical rodada em voluntárias e foram analisadas a partir da amplificação do gene L1 por PCR com subsequente hibridação inversa. Em seguida, foram escolhidas 59 amostras positivas para HPV-AR, as quais foram analisadas por E7-mPCR. Resultados: foi evidenciada elevada concordância entre os resultados do ensaio E7-mPCR e os da PCR de L1 (concordância observada de 95,1%, Kappa de Cohen = 0,88), encontrando-se maior número de infecções por HPV-AR em 15,8% com E7-mPCR. Conclusão: E7-mPCR é uma ferramenta diagnóstica com alta concordância e económica que pode ser adaptada a uma plataforma de maior complexidade para processar e detectar maior quantidade de amostras e genótipos de HPV-AR.

Resistance to antiretroviral therapy (ART) in patients with HIV/AIDS after therapeutic failure / Resistencia a la terapia antirretroviral (TAR) en pacientes VIH/SIDA en fracaso terapéutico

Abstract Introduction: HIV replication and the suboptimal use of antiretrovirals are directly related to the appearance of resistant mutations. The objective of this study was to describe the resistance mutations (RMs) present in HIV infected patients who experienced antiretroviral treatment failure between 2002 and 2015 in Cali, Colombia. Method: 403 genotypes of adult patients with HIV/AIDS who received ART and experienced virological failure were analyzed. With informed consent, resistance genotype testing was performed using TRUGENE HIV-1; the RMs were defined according to the International AIDS Society-2015 list. The sample was subdivided by periods (2002-2006 vs 2007-2015) and early versus late genotyping. Mutations with ≥15 points to some ARV were considered, according to the Stanford HIV database. Results: comparing the periods, there were more RMs for non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) in 2007-2015 than in 2002-2006 (85% vs. 60%, respectively, p<0.0001), but protease inhibitors were less affected in 2007-2015 than in 2002-2006 (11% vs. 29%, respectively, p < 0.001). The M184V and K103 N mutations were the most frequent RMs in reverse transcriptase (RT) for NRTIs and NNRTIs, respectively. A total of 67.5% were early genotypes. There was a higher prevalence of certain RMs in late genotypes compared to early ones, mainly for RMs to PIs (D30N, L90M) and NRTIs (M41L, D67N, K70R, L210W); but a lower prevalence of RMs to NNRTIs (Y181C). Conclusion: the late resistance genotypes were associated with higher levels of resistance mutations, mainly to the NNRTI and NRTI families, limiting their use as a rescue therapy alternative. (Acta Med Colomb 2019; 44. DOI:https://doi.org/10.36104/amc.2019.1546).

Resumen Introducción: la replicación del VIH y la utilización subóptima de antirretrovirales, se relacionan directamente con la aparición de mutaciones de resistencias. el objetivo del estudio fue describir las mutaciones de resistencia (mdr) presentes en pacientes infectados por vih que fracasaron a la terapia antirretroviral entre 2002 y 2015 en cali, colombia. Metodología: se analizaron 403 genotipos de pacientes adultos con VIH/SIDA que recibían TAR y experimentaban fracaso virológico. Bajo consentimiento informado, se llevó a cabo la prueba de genotipo de resistências usando TRUGENE HIV-1, se definieron las MDR según el listado de International AIDS Society-2015. Se subdividió la muestra por periodos (2002-2006 vs 2007-2015) y momento de genotipificación temprano versus tardio. Mutaciones con ≥15 puntos a algún ARV fueron consideradas, según la HIV-database de Stanford. Resultados: comparando los periodos, en 2007-2015 hubo mayor afectación de MDR para los inhibidores no nucleosídicos de la transcriptasa reversa (ITINAN) frente a 2002-2006 (85% vs. 60%, respectivamente, p<0.0001), pero menor afectación en 2007-2015 frente a 2002-2006 para inhibidores de la proteasa (11% vs. 29%, respectivamente p < 0.001). Mutaciones M184V y K103N fueron las MDR más frecuentes en la retrotranscriptasa (RT) para ITIAN e ITINAN, respectivamente. El 67.5% fueron genotipos considerados tempranos. Mayor prevalencia de ciertas MDR cuando el genotipo fue tardío frente al temprano, principalmente para MDR a IP (D30N, L90M), ITIAN (M41L, D67N, K70R, L210W), pero menor para MDR a ITINAN (Y181C). Conclusion: los estudios de genotipo de resistencias realizados tardiamente, se asociaron con mayores niveles de mutaciones que confieren resistencias, principalmente a las familias de ITINAN e ITIAN, limitando su uso como alternativa terapéutica de rescate. (Acta Med Colomb 2019; 44. DOI:https://doi.org/10.36104/amc.2019.1546).

Distribution of polymorphism rs693 of ApoB gene in a sample of Colombian Caribbeans / Distribución del polimorfismo rs693 en el gen de la apolipoproteína B en una muestra caribeños colombianos

Abstract Introduction: Several studies have reported that the single nucleotide polymorphism rs693 of Apo lipoprotein B gene is associated with high levels of plasma lipids and high body mass index, which are risk factors for cardiovascular diseases. The distribution of this single nucleotide polymorphism and its association with the phenotype depend on the genetic background of each population. Objective: To evaluate the distribution of single nucleotide polymorphism rs693 and its association with lipid profile and body mass index in a sample of Colombian Caribbeans. Methods: 108 non-related adult subjects of both gender were included in this study. Body mass index and lipid profile that included total cholesterol, triglycerides, Low Density Lipoprotein and High Density Lipoprotein were determined. The single nucleotide polymorphism rs693 was determined by Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment Length Polymorphism from genomic DNA followed by digestion with the restriction enzyme XbaI. The chi-square test was used to analyze the genotype distribution of rs693 and the genotype-phenotype association was evaluated through different inheritance model. Results: The genotype frequencies for single nucleotide polymorphism rs693 were CC (45.0%), TT (16.5%) and CT (38.5%). The allele frequencies were C (64.0%) and T (36.0%). The single nucleotide polymorphism was in Hardy-Weinberg equilibrium in the studied sample. No association of the single nucleotide polymorphism rs693 with lipid profile nor the body mass index was found (p >0.05). Conclusion: There is no significant association between single nucleotide polymorphism rs693 and body mass index nor lipid profile, in a sample of Colombian Caribbeans.

Resumen Introducción: Varios estudios han informado que el polimorfismo de un solo nucleótido rs693 del gen de la apolipoproteína B se asocia con altos niveles de lípidos plasmáticos e índice de masa corporal, los cuales son factores de riesgo para enfermedades cardiovasculares. La distribución de este polimorfismo y su asociación con el fenotipo dependen del antecedente genético de cada población. La población caribeña colombiana es producto de la mezcla de tres grupos étnicos principales: africano, amerindio y caucásico. Objetivo: Evaluar la distribución del polimorfismo rs693 y su asociación con el perfil lipídico y el índice de masa corporal en una muestra de sujetos caribeños colombianos. Métodos: Fueron incluidos en este estudio 108 sujetos adultos de ambos sexos y no relacionados. Se determinaron el índice de masa corporal y el perfil lipídico; de éste se incluyó colesterol total, triglicéridos, lipoproteínas de baja densidad y lipoproteína de alta densidad. El polimorfismo rs693 se determinó mediante Reacción en Cadena de la Polimerasa del ADN genómico seguida por digestión con la enzima de restricción XbaI. Se utilizó la prueba de ji cuadrado para analizar la distribución del genotipo de rs693 y se evaluó la asociación genotipo-fenotipo a través de diferentes modelos de herencia. Resultados: Las frecuencias genotípicas para rs693 fueron CC (45.0%), TT (16.5%) y TC (38.5%). Las frecuencias alélicas fueron C (64.0%) y T (36.0%). El polimorfismo rs693 estaba en equilibrio de Hardy-Weinberg en la muestra estudiada y no presentó asociación con el perfil lipídico ni con el índice de masa corporal (p >0.05). Conclusión: No existe asociación significativa del polimorfismo rs693 con el índice de masa corporal ni con el perfil lipídico en una muestra de caribeños colombianos.

Evaluación genómica en ganado Holstein Colombiano, usando genotipos imputados a densidad media / Genomic Evaluation of Colombian Holstein Cattle Using Imputed Genotypes at Medium Density

RESUMEN Objetivo. El objetivo de este estudio fue determinar la precisión y el sesgo de predicción de valores genómicos directos (VGD) usando genotipos imputados a densidad media, en características productivas y reproductivas en ganado Holstein de Antioquia, Colombia. Materiales y métodos. Fueron genotipificados 31 animales con el chip Illumina BovineLD, 64 con el chip Illumina BovineSNP50v2 y 48 con el chip Illumina BovineHD. La imputación se realizó usando dos paneles de SNPs (6K y 40K) a una densidad 44K, usando el programa FINDHAP.f90 v4. Los efectos de los SNPs fueron estimados mediante el método bayes C, usando genotipos de baja densidad (6K) y genotipos imputados a una densidad media (44_imputado). La precisión y el sesgo de los VGDs fueron determinados mediante validación cruzada. Las características evaluadas fueron: producción de leche (PL), porcentaje de proteína (PRO), porcentaje de grasa (GRA), puntaje de células somáticas (SCS), intervalo entre partos (IEP) y días abiertos (DA). Resultados. Las precisiones de VGD (rpVGD.EBV) en todas las características evaluadas oscilaron entre 0.19 y 0.24 y el sesgo (bVGD.EBV) entre 0.03 y 0.16 cuando se usó el panel 6K y usando el panel 44K_imputado las precisiones fueron mayores, oscilado entre 0.24 y 0.33 y sesgo entre 0.03 y 0.26. Conclusiones. La precisión de predicción de los VGDs fue mayor cuando se usaron genotipos imputados a densidad media, en comparación con la precisión de predicción obtenida empleando genotipos de baja densidad. Por lo cual, en este estudio se concluye que la imputación de genotipos es muy útil dado que aumenta la confiabilidad de la evaluación genómica.

ABSTRACT Objective. The goal of this study was to determine the accuracy and bias of direct genomic values (DGV) using imputed genotypes at medium density in yield- and reproduction-related traits for Holstein cattle from Antioquia, Colombia. Materials and Methods. A total of 31 animals were genotyped with the Illumina BovineLD chip, 64 with Illumina BovineSNP50v2 and 48 with Illumina BovineHD. Two SNP panels (6K and 40K) were imputed to a density of 44K using the FINDHAP.f90 v4 program. The effects of the SNPs were estimated using the Bayes C method, using low-density (6K) genotypes as well as medium-density imputed genotypes (44_imputed). The accuracy and bias of the DGVs were determined by cross-validation. The evaluated traits were: milk yield (MY), percentage of protein (PP), percentage of fat (PF), somatic cell score (SCS), calving interval (CI) and open days (OD). Results. When using the 6K panel, the accuracy values for DGV (rpDGV.EBV) in all the studied traits ranged from 0.19 to 0.24, and the bias (bDGV.EBV) from 0.03 to 0.16. In contrast, using the 44K_imputed panel generated higher accuracy values ranging from 0.24 to 0.33 and a bias ranging from 0.03 to 0.26. Conclusions. The accuracy of prediction the DGV was higher with genotypes imputed to medium densities when compared to the accuracy of prediction obtained using low-density genotypes. Therefore, in this study it is concluded that the imputation of genotypes is very useful, because it improves the reliability of the genomic evaluation.

Resistencias transmitidas del VIH-1 en pacientes sin exposición previa a terapia antirretroviral (Naïve) Cali-Colombia 2008-2015 / Transmitted HIV-1 resistance in never exposed to antiretroviral therapy patients, Cali-Colombia 2008-2015

Objetivo: Determinar la frecuencia de resistencias transmitidas en pacientes VIH no expuestos a terapia antirretroviral. Metodología: Estudio transversal, entre 2008 y 2015 participaron 342 pacientes mayores de 18 años, con infección VIH-1, sin exposición a antirretrovirales, con genotipo de resistencias previo al inicio con antirretrovirales y consentimiento informado. Se incluyeron mutaciones de resistencias definidas por Organización Mundial de Salud (OMS)-2009 e internacional AIDS Society-USA 2015. Se recolectaron características sociodemográficas y clínicas relacionadas con VIH. Resultados: Edad promedio 32±10,5 años; 74% hombres. Al genotipo, mediana de carga viral 26.802 copias/mL, y 343 células T-CD4/mm3 . Según lista de Organización Mundial de Salud-2009 la frecuencia de mutaciones fue 3.2% y considerando mutaciones de internacional AIDS Society y base de datos VIH-Stanford, esta fue 7.9%. Mutaciones más comunes: K103N/S (2.1%), Q58E (2%), V108I y E138A (1.2%). Mutaciones en transcriptasa reversa 4.4% para inhibidores no nucleosídicos y 1.2% para nucleosídicos; para inhibidores de proteasa 2.3%. En pacientes con probable infección retroviral <1 año, la prevalencia de resistencias transmitidas, según la lista de OMS-2009, fue 7.3%, mientras que, con infección ≥1 año fue 1.6% (p=0.008). Conclusión: En pacientes con probable infección <1 año, la frecuencia de mutaciones transmitidas superó el umbral recomendado por la Organización Mundial de Salud para implementar genotipo de resistencias.

Introduction: This study determined the frequency of transmitted drug resistance in patients not exposed to ART, attended in Cali-Colombia. Methodology: A cross-sectional study between 2008 and 2015 involved 342 patients older than 18 years, with confirmed HIV infection, without exposure to antiretrovirals, with resistance genotype prior to initiation of antiretroviral and informed consent. Resistance mutations defined by WHO-2009 and international AIDS Society-USA 2015 were included. Sociodemographic and clinical characteristics related to HIV were also collected. Results: The mean age was 32 ± 10.5 years; 74% were men. At the time of genotype, median viral load was 26,802 copies / mL, and 343 T-CD4 / mm3 cells. According to the WHO-2009 list, the frequency of mutations was 3.2% and considering the AIDS Society-USA list and the Stanford HIV database mutations, this reached 7.9%. The most common mutations were K103N/S (2.1%), Q58E (2%), V108I and E138A (1.2%). Reverse transcriptase mutations were found in 4.4% for non-nucleoside inhibitors and 1.2% for nucleoside; for protease inhibitors were 2.3%. In patients with retroviral infection <1 year, the transmitted resistances prevalence, using only the WHO-2009 list, reach 7.3%, while in those with ≥1 year only was 1.6% (p=0.008). Conclusions: The frequency of transmitted mutations in naïve patients with retroviral infection <1 year exceeded the prevalence threshold recommended by the WHO to implement the resistance genotype.

Diagnóstico molecular, citogenético y anatomohistopatológico del Síndrome Freemartin en hembras bovinas en Colombia / Molecular, cytogenetic and anatomohistopatologic diagnostic of freemartin syndrome on females cattle in

El síndrome Freemartin es un estado de intersexualidad de muchas de las hembras bovinas provenientes de parto múltiple heterosexual (macho - hembra). Éste se origina en la vida fetal entre los 30 y 40 días de gestación producto del intercambio transplacentario de células mediante anastomosis vasculares, presentándose fenómenos de quimerismo 60XX/XY en varios tejidos, y esterilidad consecuente. En el presente trabajo se tomaron 106 muestras de sangre de terneras provenientes de parto múltiple heterosexual, se realizó extracción de ADN de leucocitos y se buscó la amplificación del gen SRY asociado al cromosoma "Y" mediante PCR y lectura en gel de agarosa. 90 terneras (84.9%) de las 106 amplificaron SRY, verificando el quimerismo 60XX/XY, y 16 terneras (15.1%) que no amplificaron el gen, libres del síndrome quimérico y por lo tanto, aptas reproductivamente. El análisis citogenético realizado mediante cultivo de linfocitos demostró la presencia del cromosoma "Y" en linfocitos de hembras positivas a SRY y la ausencia del quimerismo en hembras SRY negativas. El análisis anatómico post mortem de tractos reproductivos de hembras positivas a SRY detectó anormalidades características del síndrome tales como, clítoris hipertrofiados y atresias ductales cervicales. El análisis histopatológico de placas de gónadas de estos animales evidenció la presencia de ovotestículos. El presente estudio confirma la utilidad de las técnicas de biología molecular como herramientas diagnósticas del síndrome, para el aprovechamiento de hembras de reemplazo al servicio del hato bovino.

Freemartin syndrome is a intersexuality condition developed in many of the female calfs born from heterosexual multiple calvings (male female). This originates in the fetal development between 30 and 40 days of gestation with transplacental exchange of cells through vascular anastomosis, occurring 60XX/XY chimerism in various tissues, and consequent sterility. In this paper was took blood samples from 106 female calves born from a multiple heterosexual calving. DNA was extracted from leucocytes and searched the SRY gene amplification associated with the Y chromosome by PCR and reading in agarose gel. 90 of 106 samples (84.9%) was amplified the SRY gene, verifying the 60XX/XY chimerism, and 16 samples (15.1%) that did not amplify the gene. Cytogenetic analysis using lymphocytes cell cultures showed the presence of Y chromosome in samples positive for SRY and absence of chimerism in SRY negative samples. The postmortem analysis of female reproductive tracts of SRY positive calves, shows anatomical abnormalities such as clitoris hypertrophia and cervical atresia. Histological examination of gonads of these animals confirmed the presence of ovotestis. This study confirms the usefulness of molecular biology techniques as diagnostic tools of the syndrome, for the use of replacement females in cattle.

Determinación del ensamblaje genético de aislados axénicos colombianos de Giardia intestinalis / Genetic assemblages of axenic Colombian cultures of Giardia intestinalis

Resumen Objetivo: Genotipificar muestras de Giardia aisladas de pacientes de tres regiones geográficas de Colombia. Materiales y métodos: Se examinaron 22 aislados de G. intestinalis, los primeros descritos cultivados axénicamente de origen colombiano por medio del análisis del polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP) del gen glutamato deshidrogenasa (gdh). Resultados y conclusión: El patrón del RFLP mostró que todos los aislados pertenecían al ensamblaje A, específicamente al AI; resultado confirmado por secuenciación. Con este estudio se pretende contribuir al conocimiento de los genotipos circulantes de Giardia intestinalis en Colombia.

Abstract Objective: To genotype samples of G. intestinalis isolated from patients of three Colombian regions. Materials and methods: 22 isolates of Giardia (all of them established as axenic cultures) were examined by analyzing restriction fragment length polymorphism (RFLP) of the glutamate dehydrogenase gene (gdh). Results and conclusion: The RFLP patterns showed that all of the Giardia isolates belonged to the assembly A, specifically to AI. This result was confirmed by sequencing. This study aims to contribute to the knowledge of circulating genotypes of Giardia intestinalis in Colombia.

Medidas de autocuidado y genotipificación del virus papiloma humano en mujeres de la Unidad de Patología Cervical, Hospital Carlos Van Buren / Self-care measures and genotyping of human papillomavirus in women from Cervical Pathology Unit, Hospital Carlos Van Buren

OBJETIVO: Identificar las características biosociales, medidas de autocuidado y genotipoficación del virus papiloma humano en mujeres con papanicolaou alterado en la primera consulta de la Unidad Patología Cervical, Hospital Carlos Van Buren, Valparaíso, 2013. MATERIAL Y MÉTODO: Cuantitativo, descriptivo y transversal. Aprobada por Comité Ético-Científico. Muestra de 50 mujeres que previa firma de consentimiento informado, se les aplicó un cuestionario y se les tomó muestras cervicales para genotipificación VPH con técnica PCR e Hibridación. RESULTADOS: 26% con edad entre 25-34 años, 58% tiene a lo menos cuarto medio, 66% tuvieron primera relación sexual entre los 15-19 años, 48% presentaron test positivos para VPH alto riesgo, 26% tiene antecedentes de otras infecciones de transmisión sexual, 26% no se realiza el Pap de forma regular y 90% no utiliza preservativo. DISCUSIÓN: Conocer algunas características biosociales de la población permite examinar estrategias gubernamentales en la prevención de la adquisición del VPH y por ende del desarrollo de cáncer cervicouterino, como son: educación sexual, estilos de vida saludables, estrategias para adhesión a la toma del Pap, entre otras. Además se hace necesario ampliar estudios e investigaciones en estos temas que permitan contribuir en la vida sexual de la mujer y de la sociedad.

OBJECTIVE: To identify the biosocial characteristics, self-care measures and human papillomavirus (HPV) genotypes in women with altered Pap at the first consultation at the Cervical Pathology Unit, in Hospital Carlos Van Buren, Valparaiso, 2013. METHODS: Quantitative, descriptive and transversal. Approved by the Ethics Committee of Hospital Carlos Van Buren. Fifty women provided informed consent and answered a questionnaire. Cervical samples were taken for HPV genotyping performed by PCR and hybridization. RESULTS: 26% of women were aged between 25-34 years, 58% finished high school, 66% had their first sexual encounter between 15-19 years, 48% tested positive for high risk HPV, 26% have a history of other sexually transmitted infections, 26% do not undertake regular Pap exams and 90% do not use condoms. DISCUSSION: Knowledge of biosocial characteristics of this population permits examination of government strategies in HPV prevention and thus the development of cervical cancer, such as: sex education, healthy lifestyles, strategies for access to Pap testing, among others. In addition, it is necessary to expand research on issues that contribute to the sexual life of women and society.

Especies de Candida aisladas de muestra vaginal y orina de pacientes oncológicos del Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (INEN), Lima, Perú. Genotipificación de Candida albicans / Candida species isolated from urine and vaginal samples from cancer patients treated at the National Institute of Neoplastic Diseases (INEN), Lima, Peru. Fingerprinting of Candida albicans

Introducción: Candida albicans sigue siendo la levadura aislada con mayor frecuencia en pacientes inmunodeprimidos. El análisis del ADN polimórfico amplificado al azar es usado para evaluar la similitud entre cepas de una misma especie y asociar genotipos particulares a caracteres fenotípicos de los aislados. Objetivo: Determinar la variabilidad genética entre cepas de C. albicans aisladas de muestras de orina y vaginal de pacientes oncológicos portadores de catéter urinario, hospitalizados en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (INEN) en Lima. Material y Métodos: En seis meses de vigilancia, se buscaron cepas de levaduras de muestras de orina e hisopado vaginal, caracterizándolas fenotipicamente según los métodos convencionales en micología médica y la susceptibilidad antifúngica por método de difusión en agar. El ADN extraído de las cepas de C. albicans se genotipificó por el método Random Amplified Polymorphic DNA o RAPD, usando tres partidores arbitrarios en forma independiente, generando dendrogramas de similitud para su análisis. Resultados: En el período estudiado de 60 pacientes se aislaron 15 cepas de C. albicans y 2 de C. glabrata, de orina (13) e hisopado vaginal (4). Todas las cepas fueron susceptibles a Anfotericina B, itraconazol, fluconazol y voriconazol. El dendrograma evidenció variabilidad genética entre los aislados de C. albicans y registró dos ramas con índice de similitud (Sab) sobre 90% entre cinco cepas relacionadas por tipo de muestra y servicio de hospitalización, sugiriendo un probable brote. Conclusiones: Este estudio evidenció variabilidad genética entre las cepas de C. albicans, asì como un posible brote de levaduras en pacientes con cáncer atendidos en el INEN en Lima, Perú.

Asociación entre presencia del virus del papiloma humano y hallazgos anatomo-patológicos / Association between the presence of human papilloma virus and pathological findings

OBJETIVO: Determinar por reacción en cadena de la polimerasa la presencia del virus del papiloma humano en pacientes femeninas, quienes acudieron a un tamizaje de lesiones en cuello uterino en la red ambulatoria del Municipio Francisco Linares Alcántara (Edo. Aragua) y asociar la presencia de virus del papiloma humano con hallazgos anatomo-patológicos. MÉTODOS: Luego de obtener el consentimiento informado se tomó una muestra de hisopado vaginal a 301 pacientes, a quienes se les realizó citología y colposcopia. Se aisló ADN para la genotipificación mediante ensayos de reacción en cadena de la polimerasa acoplados a digestión con enzimas de restricción. Se efectuaron pruebas estadísticas para analizar la relación entre la presencia de virus del papiloma humano y las variables: edad, inicio de relaciones sexuales, número de parejas sexuales y hallazgos citológicos y colposcópicos. RESULTADOS: Se obtuvieron 43 muestras positivas para virus del papiloma humano 17 fueron 16 (39,53.%), 3 virus del papiloma humano 18 (6,98 %), 1 virus del papiloma humano 33 (2,33 %), 14 muestras presentaron coinfección (32,56 %) y en 8 muestras (18,60 %) no ocurrió digestión con las enzimas utilizadas. Existen relaciones estadísticas significativas entre la presencia de virus del papiloma humano y las variables analizadas. CONCLUSIÓN: La presencia de genotipos de alto riesgo en el 48,84 % de las pacientes con virus del papiloma humano, es una situación preocupante, dada la vinculación de dichos genotipos al desarrollo de cáncer de cuello uterino

OBJECTIVE: To determine by Polymerase Chain Reaction the presence of the human papillomavirus in female patients attending a screening for lesions of uterine neck in the outpatient network of Francisco Linares Alcantara Municipality and to relate the results to anatomopathological findings. METHODS: After obtaining informed consent from patients, samples of vaginal swabs were taken from 301 women that were used for cytology and colposcopy studies. Also, DNAs were isolated and they were used for Polymerase Chain Reaction test coupled to restriction enzyme digestion. Statistical tests were performed to analyze the relationship between the human papillomavirus positivity and the variables: stratus age, the onset of sexual activity, number of sexual couple, cytology and colposcopy findings. RESULTS: Out of 43 human papillomavirus positive samples, 17 (39.53 %) were genotype 16, 3 (6.98 %) genotype 18 and 1 (12.33.%) genotype 33; 14 (32.56 %) samples showed coinfection and 8 (18.60 %), samples were not digested with the restriction enzymes used. The relationship between the presence of human papillomavirus and the others studied variables (stratus age, the onset of sexual activity, number of sexual couple and cytological results) was statistically significant. CONCLUSIONS: The presence of human papillomavirus genotypes, of so-called high risk in the 48.84 % of the women with a positive HPV test is a particular concern, because they are associated with the development of cervical cancer.

Molecular identification and genotyping of Streptococcus mutans from saliva samples of children in Medellin, Colombia / Identificación molecular y genotipificación de Streptococcus mutansde muestras de saliva de niños de Medellín, Colombia

Abstract Introduction and objective: Tooth decay is one of the most prevalent infectious diseases of the oral cavity. The aim of this study was to determine the prevalence of Streptoccocus mutans and its genotypes in saliva samples from 6 and 7 year old children with and without dental caries. Materials and methods: Forty seven saliva samples were obtained from 6-7 year-old children, randomly selected from a Public School in Medellin, Colombia. Oral examinations in order to determine the DMF-T Index (Decay, Missing and Filling Teeth) were carried out. Isolates were identified by the Streptoccocus sobrinus and Streptococcus mutans PCR, API 20STREP and 16S rRNA sequence analysis. Genotypes c, e, f and k were detected by PCR. Results: Prevalence of S. mutanswas 14.9%. Of the 47 saliva samples, 57.4% (27) corresponded to children with dental caries, and 8.5% (4) were positive for S. mutans genotype c, 2.1% (1 each) genotype f genotype k, and genotype cand k, respectively. Conclusion: Prevalence of S. mutanswas lower than in previous studies of Colombian children with similar demographic characteristics. Streptoccocusmutans'genotype c, fand kwere found in children with caries but not in the group without caries. This is the first report of S. mutans genotype kin Colombia; this genotype requires further study to clarify its relation with dental caries and cardiovascular disease in Colombia.

Resumen Introducción y objetivo: La caries dental es una de las enfermedades infecciosas de la cavidad oral más comunes en el mundo. El objetivo de este estudio fue determinar la prevalencia de Streptococcus mutansy sus genotipos en muestras de saliva de niños de 6 y 7 años, con y sin caries dental. Materiales y métodos: Cuarenta y siete (47) muestras de saliva fueron obtenidas de niños de 6-7 años, seleccionados aleatoriamente de una escuela pública en Medellín, Colombia. Se realizaron evaluaciones orales para determinar el índice COP-D (número de dientes permanentes cariados, obturados y perdidos). Los aislamientos fueron identificados mediante PCR para diferenciación de S. sobrinusy S. mutans, API-20STREP y análisis de ARNr 16S. Se determinaron mediante PCR los genotipos c e, fy ken las cepas identificadas como S. mutans. Resultados: La prevalencia de S. mutansfue 14,9%. De las 47 muestras de saliva, 57,4% (27) correspondieron a niños con caries dental, y 8,5 % (4), fueron positivas para S. mutans genotipo c, 2,1 % (1 cada una) genotipo f genotipo ky genotipo cy k, respectivamente. Conclusión: La prevalencia de S. mutansfue menor que la reportada en estudios previos de niños colombianos con características demográficas similares. Se encontró presencia de genotipos c, fy kde S. mutansen niños con caries dental, pero no en el grupo de niños sin caries dental. Este es el primer estudio en reportar la presencia del genotipo ken Colombia. Es necesario realizar más investigaciones en nuestro país para aclarar la relación de S. mutans genotipo k con caries dental y enfermedad cardiovascular.

Análisis de los polimorfismos europeos en el gen lactasa entre grupos étnicos del Caribe Colombiano / Analysis of the european polymorphisms in lactase gene between ethnic groups in the Colombian Caribbean / Análise dos polimorfismos europeus no gene lactasa entre os grupos etnicos do Caribe Colombiano

La prevalencia de hipolactasia tipo adulto está influenciada por la etnicidad y la geografía. Los genotipos CC y GG, de los SNPs C/T-13910 y G/A-22018, respectivamente determinan hipolactasia en ciertos grupos étnicos y países del mundo. El objetivo de este estudio fue analizar estos SNPs en muestras de los tres grupos étnicos que habitan el Caribe Colombiano. Trescientos sesenta y un sujetos, agrupados como afrodescendientes, indígenas y mestizos, fueron genotipificados usando PCR/RFLP. El análisis genético se hizo mediante Arlequin 3.11 y las frecuencias genotípicas fueron comparadas con Statgraphics Centurion XVI. Solamente el SNP C/T-13910 mostró equilibrio de Hardy- Weinberg y no hubo desequilibrio de ligamiento entre los SNPs estudiados. La frecuencia del genotipo CC-13910 fue 90% en afrodescendientes, 95% en indígenas y 80% en mestizos. En indígenas la frecuencia de GG-22018 fue 23% pero dicho genotipo no se halló en afrodescendientes y mestizos. El genotipo AA-22018 no se halló en indígenas. Ningún grupo presentó el genotipo TT-13910. Las frecuencias genotípicas fueron estadísticamente diferentes entre los grupos estudiados y las de los genotipos CC-13910 y GG-22018 no concordaron con las frecuencias fenotípicas reportadas en otros estudios. Los resultados sugieren que la posibilidad diagnóstica de hipolactasia mediante genotipificación de estos polimorfismos es escasa en el Caribe Colombiano.

The prevalence of adult-type hypolactasia is influenced by ethnicity and geography. The CC and GG genotypes of the SNPs C/T-13910 and G/A-22018, respectively indicate hypolactasia in certain ethnic groups worldwide. The aim of this study was to analyse these SNPs in samples of the three ethnic groups that inhabit the Colombian Caribbean. Three hundred and sixty-one subjects were genotyped using PCR/RFLP. These subjects were grouped as being of African descent, Indigenous and Mestizo. The genetic analysis was performed through Arlequin 3.11 and genotype frequencies were compared with Statgraphics Centurion XVI. Only SNP C/T-13910 showed Hardy-Weinberg equilibrium and there was no linkage disequilibrium between the SNPs. The frequency of CC-13910 was 90% in Afro-descendant, 95% in indigenous people and 80% in mestizos.The frequency of GG-22018 was 23% in indigenous people, but this genotype was not present in afro-descendants and Mestizos. The indigenous people did not have AA-22018, and none of the groups had TT-13910. The genotype frequencies were statistically different among the groups studied and the frequencies of CC-13910 and GG-22018 were not in concordance with the phenotype frequencies reported in other papers. The results suggest that diagnostic possibility of hypolactasia by genotyping of those polymorphisms in the Colombian Caribbean population is scarce.

A prevalência da hipolactasia primária tipo adulto é influenciada pela etnicidade e a geografia. Os genótipos CC e GG, dos SNPs C/T-13910 e G/A-22018, respectivamente, são determinantes da hipolactasia em alguns grupos étnicos e países do mundo. O objetivo do presente estudo foi analisar estes SNPs em amostras dos três grupos étnicos do Caribe Colombiano. Trezentas e sessenta e uma pessoas reunidas como afrodescendentes, indígenas e mestiços foram genotipificadas utilizando PCR/RFLP. A análise genética foi realizada usando o software Arlequin 3.11 e as frequências genotípicas foram comparadas com o Statgraphics Centurion XVI. Somente o SNP C/T-13910 mostrou equilíbrio de Hardy-Weinberg e não houve desequilíbrio de ligamento entre os SNPs estudados. A frequência do genótipo CC-13910 foi de 90% para afrodescendentes, 95% para indígenas e 80% em mestiços. Nos indígenas a frequência de GG-22018 foi de 23% mas tal genótipo não esteve presente na população de afrodescendentes e mestiços. O genótipo AA-22018 não foi encontrado em indígenas. Nenhum grupo apresentou o genótipo TT-13910. As frequências genotípicas foram estatisticamente diferentes entre os grupos avaliados e as dos genótipos CC-13910 e GG-22018, não concordaram com as frequências fenotípicas relatados em outros estudos. Os resultados sugerem que a possibilidade diagnóstica de hipolactasia através de genotipificação destes polimorfismos é escassa em populações do Caribe Colombiano.