Evaluación de una técnica de hibridación reversa para identificación rápida de micobacterias en Chile / Evaluation of a reverse hybridization assay for the identification of Mycobacterium in Chile

Objective: Identification for Mycobacterium assay based in the new technology of reverse hybridization DNA probe assay was evaluated (Line Probe Assays-LiPAs). Methods: 74 strains belonging to 23 mycobacterial species or complex classified previously by classical biochemical methods, genetic probes and PRA (patterns of restriction analysis), with and without specific pattern expected to be identified at specie level were analysed.The utilized test, GenoType CM (Hain Lifescience, Nehren, Alemania), is able of identifying 14 of the most common mycobacterial species after a multiplex PCR technique targeting a 23S rRNA gene region followed by reverse hybridization technology. Results: Sensitivity of 94.0 percent (95 percent CI: 84.4-98.0 percent) and specificity of 88.0 percent (95 percent CI:46.7-99.3 percent) were obtained with the assay. Conclusion: GenoType CM is an appropriated tool for the identification of Mycobacteria, rapid, sensitive, operational in the current working conditions of the National Reference Laboratory of Mycobacteria in Chile and it might constitute a real breakthrough for shortening the time delay in the procedure, providing a better opportunity to use treatment only in cases where it is required.

Objetivos: Se evalúa una técnica para la identificación de micobacterias basada en la nueva tecnología de hibridación en tiras con sondas (Line Probe Assays-LiPAs). Métodos: Se analizaron 74 cepas, correspondientes a 23 especies y/o complejos, preclasificadas mediante pruebas bioquímicas tradicionales, sondas genéticas y PRA (análisis de patrones de restricción), identificables y no identi-ficables a nivel de especie por el kit utilizado. El kit evaluado, GenoType CM (Hain Lifescience, Nehren, Alemania), permite la identificación genética molecular de 14 de las especies micobacterianas más comunes, mediante una PCR múltiple e hibridación reversa del producto en tiras con sondas de regiones genéticas de ARNr de 23S. Resultados: Con la utilización de este ensayo para identificación de Micobacterias se obtuvo 94,0 por ciento(CI95 por ciento 84,4-98,0) de sensibilidad y 88,0 por ciento (CI95 por ciento 46,7-99,3) de especificidad totales. Conclusiones: Se concluye que GenoType CM constituye una herramienta adecuada para la identificación de micobacterias, rápida, sensible, operativa en las actuales condiciones de trabajo del Laboratorio de Referencia Nacional de Micobacterias en Chile y que podría constituir un avance para el acortamiento en los tiempos que demora el proceso, lo que implica una mejor oportunidad de aplicación de tratamiento sólo en los casos en que éste sea requerido.

Nuevos métodos para el diagnóstico de la tuberculosis / New methods for the diagnosis of tuberculosis

La magnitud del problema mundial de la tuberculosis y su potencial de incremento han conducido a la necesidad de mejorar los métodos de diagnóstico como una de las estrategias conducentes al control de la enfermedad. Los nuevos métodos incluyen pruebas moleculares para la detección directa, medios de cultivo rápido y novedosos procedimientos de identificación. Para la detección directa de micobacterias se dispone hoy de pruebas basadas en la amplificación de los ácidos nucleicos, cuya sensibilidad supera a la de la baciloscopia y es cercana a la de los cultivos, pero con mayores costos que los procedimientos tradicionales.La automatización para detectar el crecimiento en medios de cultivo produjo un cambio radical en la micobacteriología, pues con ella se logró disminuir considerablemente el tiempo requerido para aislar el M. tuberculosis (MTB); la combinación de métodos de detección rápida permite en la actualidad mejores tasas de aislamiento y la demostración más precoz del crecimiento. Las nuevas alternativas han logrado aumentar tanto la sensibilidad como la especificidad y la rapidez diagnósticas; sin embargo, es necesario mejorar aún más los métodos de diagnóstico de esta enfermedad de modo que se combinen el mejor desempeño y la simplicidad de los procedimientos con la disminución de los costos.

The magnitude of the global tuberculosis problem and its potential for increase have led to efforts to improve the diagnostic methods as one of the leadingcontrol strategies. New diagnostic tools have been developed, including direct detection tests, rapid culture media and identification methods. For the direct detection of mycobacteria, tests based on nucleic acid amplification have been implemented, with higher sensitivity than the direct smear, close to that of the cultures; however, they are still expensive methods. Availability of the automated cultures resulted in a radical change in mycobacteriology, reducing the time required for the isolation ofMycobacterium tuberculosis. The combination of rapid methods has increased the rates of isolation and decreased the time required for the detection of growth. Different tools for identifying mycobacteria have also been developed, aimed at improving theperformance of traditional biochemical methods and achieving species identification in a few hours. The new diagnostic alternatives have succeeded in improving the sensitivity, specificity and speed in the diagnosis of tuberculosis; however, the challengeremains to reduce their cost and to make them more accessible in countries where the problem with this disease is still serious.