Descripción de la micobiota de los tubos endotraqueales de pacientes de unidades de cuidados intensivos en Bogotá, Colombia / Description of the colonizing mycobiota of endotracheal tubes from patients admitted to two intensive care units in Bogotá, Colombia

Introducción. La colonización por microorganismos patógenos de los dispositivos médicos usados en las unidades de cuidados intensivos es un factor de riesgo para el aumento de infecciones asociadas con la atención en salud y, por lo tanto, al de la morbilidad y la mortalidad de los pacientes intubados. En Colombia, no se ha descrito la colonización por hongos de los tubos endotraqueales, con lo cual se podrían considerar nuevas opciones terapéuticas para el beneficio de los pacientes. Objetivo. Describir los hongos que colonizan los tubos endotraqueales de los pacientes en unidades de cuidados intensivos, junto con su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Materiales y métodos. Se realizó un estudio observacional, descriptivo, en dos centros hospitalarios durante 12 meses. Se recolectaron tubos endotraqueales de pacientes de las unidades de cuidados intensivos. Estos fueron procesados para cultivar e identificar hongos, y para establecer su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Resultados. Se analizaron 121 tubos endotraqueales obtenidos de 113 pacientes. De estos, el 41,32 % se encontró colonizado por los hongos Candida albicans (64,61 %), C. no-albicans (30,77 %), Cryptococcus spp. (3,08 %) o mohos (1,54 %). Todos los hongos evaluados presentaron una gran sensibilidad a los antifúngicos, con un promedio del 91 %. Conclusión. Se encontró colonización fúngica en los tubos endotraqueales de pacientes con asistencia respiratoria mecánica. El perfil de sensibilidad en estos pacientes fue favorable. Se requiere un estudio clínico para correlacionar los microorganismos colonizadores y su capacidad de generar infección.

Introduction. Medical device colonization by pathogenic microorganisms is a risk factor for increasing infections associated with health care and, consequently, the morbidity and mortality of intubated patients. In Colombia, fungal colonization of endotracheal tubes has not been described, and this information could lead to new therapeutic options for the benefit of patients. Objective. To describe the colonizing fungi of the endotracheal tubes from patients in the intensive care unit, along with its antifungal sensitivity profile. Materials and methods. We conducted a descriptive, observational study in two health centers for 12 months. Endotracheal tubes were collected from patients in intensive care units. Samples were processed for culture, fungi identification, and antifungal sensitivity profile assessment. Results. A total of 121 endotracheal tubes, obtained from 113 patients, were analyzed: 41.32 % of the tubes were colonized by Candida albicans (64.62%), C. non-albicans (30.77%), Cryptococcus spp. (3.08%) or molds (1.54%). All fungi evaluated showed a high sensitivity to antifungals, with a mean of 91%. Conclusion. Fungal colonization was found in the endotracheal tubes of patients under invasive mechanical ventilation. The antifungal sensitivity profile in these patients was favorable. A clinical study is required to find possible correlations between the colonizing microorganisms and infectivity.

Paraccoicidiomicosis, reflexión de una micosis diseminada: reporte de caso

Introducción: La paracoccidioidomicosis, es una micosis endémica en diferentes países de latinoamérica, incluyendo zonas de Colombia, con manifestación clínica muy variada ya que es considerada una enfermedad que puede ser crónica y sistémica. Objetivos: Exponer la importancia del examen clínico-estomatológico en la detección de diferentes entidades en sistema estomatognático, y el manejo multidisciplinario de paracoccidioidomicosis oral y sistémica. Caso clínico: paciente masculino en sexta década de vida, el cual presenta glosalgia y dolor de región ocular. Clínicamente presenta lesión de tipo granulomatoso en bordes laterales de lengua con evolución de hace 1 año aproximadamente, el resultado de la biopsia es paracoccidioidomicosis, se inicia manejo multidisciplinario con medicamentos intravenosos y orales, luego de 10 meses presenta resolución de este. Conclusiones: un buen interrogatorio, análisis de cuadro clínico y exámenes complementarios, son claves para un diagnóstico temprano y tratamiento oportuno, preservando la vida del paciente, especialmente en infecciones oportunistas como la paracoccidioidomicosis.

Introdução: A paracoccidioidomicose é uma micose endêmica em diferentes países da América Latina, incluindo áreas da Colômbia, com manifestação clínica muito variada por ser considerada uma doença que pode ser crônica e sistêmica. Objetivos: Expor a importância do exame clínico-estomatológico na detecção de diferentes entidades do sistema estomatognático e no manejo multidisciplinar da paracoccidioidomicose oral e sistêmica. Caso clínico: paciente do sexo masculino na sexta década de vida, que apresentava glossalgia e dor na região ocular. Clinicamente apresenta lesão tipo granulomatosa nas bordas laterais da língua com evolução de aproximadamente 1 ano, resultado da biópsia é paracoccidioidomicose, inicia-se manejo multidisciplinar com medicações endovenosas e orais, após 10 meses resolve. Conclusões: um bom questionamento, análise do quadro clínico e exames complementares são fundamentais para o diagnóstico precoce e tratamento oportuno, preservando a vida do paciente, principalmente nas infecções oportunistas como a paracoccidioidomicose.

Introduction: Paracoccidioidomycosis is an endemic mycosis in different Latin American countries, including areas of Colombia, with a very varied clinical manifestation since it is considered a disease that can be chronic and systemic. Objectives: To expose the importance of the clinical-stomatological examination in the detection of different entities in the stomatognathic system, and the multidisciplinary management of oral and systemic paracoccidioidomycosis. Clinical case: male patient in the sixth decade of life, who presented glossalgia and pain in the ocular region. Clinically, it presents a granulomatous-type lesion on the lateral edges of the tongue with evolution of approximately 1 year ago, the result of the biopsy is paracoccidioidomycosis, multidisciplinary management is started with intravenous and oral medications, after 10 months it resolves. Conclusions: a good questioning, analysis of the clinical picture and complementary tests are key to early diagnosis and timely treatment, preserving the patient's life, especially in opportunistic infections such as paracoccidioidomycosis.

Lactobacilluscrispatus dominance in the vaginalmicrobiome reduces the occurrence of spontaneouspreterm birth in women with a short cervical length / Dominância de Lactobacillus crispatus no microbioma vaginal reduz a ocorrênciade parto prematuro espontâneo em mulheres com encurtamento do colo uterino

Introduction: The majority of pregnant women with a short cervix will deliver at term and, thus, may unnecessarily receive advanced monitoring and treatment. It is still necessary to define more accurately which sub-population of women with a short cervix is at elevated risk for early delivery. Objective: To determine if vaginal microbiome composition influenced the rate of spontaneous preterm birth in women with a short cervical length. Methods: In an exploratory, observational prospective study, vaginal secretions were obtained from 591 women at 21­24 week gestation. Vaginal microbiome composition was determined by analyzing the V1­V3 region of the bacterial 16S ribosomal RNA gene. Results: Lactobacillus crispatus was numerically dominant in the vagina in 41.7% of subjects, followed by L. iners in 32% and Gardnerella vaginalis in 12%. In women whose cervix was ≤25mm, the sensitivity to predict an spontaneous preterm birth was 11.8%. However, when L. crispatus was not the dominant vaginal bacterium, this sensitivity increased to 81.8%. Similarly, in women with a cervical length ≤30mm, the sensitivity to predict an spontaneous preterm birth increased from 21.7 to 78.3% when L. crispatus was not the dominant vaginal bacterium.In women with a prior spontaneous preterm birth and a cervix ≤25 or ≤30mm, L. crispatus dominance was also associated with a reduced rate of spontaneous preterm birth in the current pregnancy (p<0.001). Conclusion: In pregnant women with a cervix ≤25mm or ≤30mm, the risk for an spontaneous preterm birth is increased if L. crispatus is not dominant in the vagina.

Introdução: A maioria das mulheres grávidas com colo do útero curto dará à luz a termo e, portanto, pode receber desnecessariamente monitoramento e tratamento avançados. Permanece a necessidade de definir com mais precisão qual subpopulação de mulheres com colo do útero curto está em risco elevado de parto prematuro. Objetivo: Determinar se a composição do microbioma vaginal influenciou a taxa de parto prematuro espontâneo em mulheres com colo curto. Métodos: Em um estudo prospectivo exploratório observacional, os conteúdos vaginais foram obtidos de 591 mulheres com 21­24 semanas de gestação. A composição do microbioma vaginal foi determinada pela análise da região V1­V3 do gene de RNA ribossômico bacteriano 16S. Resultados: Lactobacilluscrispatus foi numericamente dominante na vagina em 41,7% dos indivíduos, seguido por L. iners em 32% e Gardnerella vaginalis em 12%. Em mulheres cujo colo do útero era <25 mm, a sensibilidade para prever uma taxa de parto prematuro espontâneo foi de 11,8%. No entanto, quando L. crispatus não era a bactéria vaginal dominante, essa sensibilidade aumentou para 81,8%. Da mesma forma, em mulheres com comprimento cervical <30 mm, a sensibilidade para prever uma taxa de parto prematuro espontâneo aumentou de 21,7 para 78,3% quando L. crispatus não era a bactéria vaginal dominante. Em mulheres com taxa de parto prematuro espontâneo anterior e colo do útero <25 ou <30 mm, a dominância de L. crispatus também foi associada a uma taxa reduzida de taxa de parto prematuro espontâneo na gravidez atual (p<0,001). Conclusão: Em mulheres grávidas com colo do útero <25 ou <30 mm, o risco de parto prematuro espontâneo é aumentado se L. crispatus não for dominante na vagina.

Progress of Research on Gut Mycobiome and Chronic Liver Diseases / 胃肠病学

Gut mycobiome plays an important role in host’s health, and many chronic liver diseases are accompanied by gut fungi disorder. Gut mycobiome is involved in the development of liver diseases through direct colonization or indirectly through its metabolites and various regulatory factors. Regulation of intestinal fungi may provide a new strategy for the treatment of chronic liver disease. This article reviewed research methods for gut fungi and compositional changes in fungi associated with chronic liver diseases, explored the impact of gut mycobiome on liver disease pathogenesis, assessed its potential utility as therapeutic target,and objected to provide a reference for further research on liver diseases and gut mycobiome. Future researches should further explore the characteristics of intestinal fungi and their metabolites in various liver diseases so as to provide new methods for the prevention, diagnosis, and treatment of liver diseases.

Micobioma: diversidad fúngica en el cuerpo humano / Mycobiome: Fungal diversity in human body

Resumen Introducción: los hongos hacen parte de los microorganismos que se encuentran en el ser humano y que interactúan con bacterias, virus y archaeas. El equilibrio inter e intra-especies es importante para mantener la salud en los seres humanos. La mayoría de los estudios sobre el micobioma se han relacionado con estados de enfermedad causados por hongos, siendo de relevancia la exploración de las comunidades comensales en individuos sanos. Métodos: se realizó una búsqueda bibliográfica en PubMed, ScienceDirect, Scopus y Google Scholar, usando los términos mycobiome, intestinal fungi, skin mycobiome, vaginal mycobiome, fungal microbiome. Se incluyeron artículos desde 1996 hasta 2020, de revisión y de resultados de investigación en todos los idiomas. Resultados y discusión: existe variabilidad en las comunidades fúngicas en los sitios corporales según sus características intrínsecas y la relación con el medio ambiente. El estado de salud en los seres humanos puede estar influenciado por la densidad y diversidad fúngica, a diferencia de los individuos enfermos en quienes se evidencia una disminución en la diversidad y que se asocia con el oportunismo de agentes patógenos.

Abstract Introduction: Fungi are part of the microorganisms that are found in humans and interact with bacteria, viruses and archaeas. The balance inter and intra-species is important to maintain health in humans. Most studies on mycobiota have been related to disease states caused by fungi, the exploration of commensal communities in healthy individuals being relevant. Methods: literature search in PubMed, ScienceDirect, Scopus and Google Scholar, using the terms: mycobiome, intestinal fungi, skin mycobiome, vaginal mycobiome, fungal microbiome. Articles from 1996 to 2020, review and research results in all languages were included in this review. Results: Variability in fungal communities is determinated according to body site characteristics and the contact with the environment. Health status in humans can be influenced by fungal density and diversity, unlike sick individuals where there is evidence of a decrease in diversity and that is associated with the opportunism of pathogens.

Prenatal mold exposure is associated with development of atopic dermatitis in infants through allergic inflammation / Exposição pré-natal a mofo está associada ao desenvolvimento de dermatite atópicaem neonatos por reação alérgica

Abstract Objective Mold exposure in early life may be associated with development of atopic dermatitis; however, studies of this link are inconclusive and evidence for the underlying mechanism(s) is lacking. This study identified the association between the time of mold exposure and development of atopic dermatitis and investigated the underlying mechanisms. Method The association between atopic dermatitis and mold exposure was examined in the Cohort for Childhood Origin of Asthma and Allergic Diseases birth cohort study (n = 1446). Atopic dermatitis was diagnosed at 1 year of age by pediatric allergists. Exposure to mold was assessed by questionnaire. The Illumina MiSeq platform was used to examine the environmental mycobiome in 20 randomly selected healthy infants and 20 infants with atopic dermatitis at 36 weeks of gestation. Results Prenatal, but not postnatal, mold exposure was significantly associated with atopic dermatitis (adjusted odds ratio, 1.36; 95% confidence interval, 1.01-1.83). Levels of total serum IgE at 1 year of age were higher in infants with atopic dermatitis exposed to mold during pregnancy than in healthy infants not exposed to mold during pregnancy (p = 0.021). The relative abundance of uncultured Ascomycota was higher in infants with atopic dermatitis than in healthy infants. The relative abundance of uncultured Ascomycota correlated with total serum IgE levels at 1 year of age (r = 0.613, p < 0.001). Conclusion Indoor mold exposure during the fetal period is associated with development of atopic dermatitis via IgE-mediated allergic inflammation. Avoidance of mold exposure during this critical period might prevent the development of atopic dermatitis.

Resumo Objetivo A exposição ao mofo no início da vida pode estar associada ao desenvolvimento de dermatite atópica; contudo, os estudos sobre esse vínculo são inconclusivos e faltam evidências dos mecanismos subjacentes. Identificamos a associação entre o momento da exposição ao mofo e o desenvolvimento de dermatite atópica e investigamos os mecanismos subjacentes. Método A associação entre dermatite atópica e exposição a mofo foi examinada em um estudo de coorte de nascimento da Origem da Asma e de Doenças Alérgicas em Crianças (COCOA) (n = 1446). A dermatite atópica foi diagnosticada em pacientes com um ano de vida por pediatras alergistas. A exposição ao mofo foi avaliada por um questionário. A plataforma Illumina MiSeq foi utilizada para examinar o microbioma ambiental em 20 neonatos saudáveis escolhidos aleatoriamente e 20 com dermatite atópica a 36 semanas de gestação. Resultados A exposição pré-natal, porém não pós-natal, ao mofo foi significativamente associada à dermatite atópica (razão de chances ajustada, 1,36; intervalo de confiança de 95%, 1,01-1,83). Os níveis séricos totais de Imunoglobulina E (IgE) no primeiro ano de vida foram maiores em neonatos com dermatite atópica expostos a mofo durante a gravidez do que em neonatos não expostos a mofo durante a gravidez (p = 0,021). A abundância relativa de Ascomycota não cultivado foi maior em neonatos com dermatite atópica do que em neonatos saudáveis. A abundância relativa de Ascomycota não cultivado correlacionou-se com os níveis séricos totais de IgE no primeiro ano de vida (r = 0,613, p < 0,001). Conclusão A exposição ao mofo no ambiente domiciliar durante a gravidez está associada ao desenvolvimento de dermatite atópica por meio de reação alérgica mediada por IgE. A prevenção à exposição ao mofo durante o período crítico da gravidez pode prevenir o desenvolvimento de dermatite atópica.

Human mycobiome and diseases / 华西口腔医学杂志

The proportion of mycobiome is less than 1% of human microbiome. However, fungal community plays a key role in human health and diseases. With high-throughput sequencing applications, the structure and composition of mycobiome in the mouth, lung, gut, vagina, and skin have been analyzed, and the role of microbiome in diseases has been investigated. Mycobiome also influences the composition of bacteriome and includes key species that maintain the structure and function of microbial communities. Fungi also influence host immune responses. In this review, we summarized the mycobiome com-position at various sites and different diseases and the interactions between fungi-bacteria and fungi-host.