Utilidad de la implementación de un método molecular automatizado en el diagnóstico de agentes causales de infecciones de transmisión sexual / Usefulness of the implementation of an automated molecular method in the diagnosis of causal agents of sexually transmitted infections / Utilidade da implementação de um método molecular automatizado no diagnóstico de agentes causais de infecções sexualmente transmissíveis

Resumen Se presentan los resultados obtenidos en los primeros meses desde la implementación del diagnóstico de agentes causales de infecciones de transmisión sexual (ITS) por PCR en tiempo real en un sistema automatizado. Se estudiaron 46 muestras endocervicales y 39 muestras de uretra masculina, por examen microscópico en fresco, coloración de Gram, cultivo en agar sangre, agar Thayer Martin, galerías miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. y Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, Francia) y PCR múltiple para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis . Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EE.UU.). Mediante PCR múltiple se detectó un agente vinculado a ITS en el 48,7% de las muestras uretrales y en el 21,7% de las muestras endocervicales, además de 5 casos de coinfección. El 18,8% de las infecciones se diagnosticaron sólo por PCR. Estos datos demuestran que mediante PCR se optimizó el diagnóstico de ITS en personas de ambos sexos.

Abstract The results obtained in the first months after the implementation of the diagnosis of causative agents of sexually transmitted infections (STIs) by real- time PCR in an automated system are presented. Forty-six endocervical samples and 39 male urethral samples were studied by fresh microscopic examination, Gram staining, blood agar culture, Thayer Martin agar, miniaturised galleries to investigate Ureaplasma spp. and Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, France), and multiplex PCR for Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis and Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, USA). Using multiplex PCR, an agent linked to STIs was detected in 48.7% of the urethral samples and in 21.7% of the endocervical samples, in addition to 5 cases of coinfection. A total of 18.8% of the infections were diagnosed only by PCR. These data show that PCR optimised the diagnosis of STIs in people of both sexes.

Resumo São apresentados os resultados obtidos nos primeiros meses a partir da implementação do diagnóstico de agentes causadores de infecções sexualmente transmissíveis (ISTs) por PCR em tempo real em um sistema automatizado. Quarenta e seis amostras endocervicais e 39 amostras uretrais masculinas foram estudadas por exame microscópico fresco, coloração de Gram, cultura de ágar sangue, ágar Thayer Martin, galerias miniaturizadas para investigar Ureaplasma spp. e Mycoplasma hominis (Mycoplasma IST3, bioMérieux, França) e PCR múltiplo para Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis e Trichomonas vaginalis (BDMaxTM System, Becton Dickinson, EUA). Utilizando PCR múltiplo, um agente ligado a IST foi detectado em 48,7% das amostras uretrais e em 21,7% das amostras endocervicais, além de 5 casos de coinfecção; 18,8% das infecções foram diagnosticadas apenas por PCR. Esses dados mostram que através do PCR foi otimizado o diagnóstico de IST em pessoas de ambos os sexos.

Etiología de las infecciones de transmisión sexual (ITS) diagnosticadas por la técnica de PCR múltiple-hibridación en población colombiana de la ciudad de Medellín atendida en el Laboratorio Clínico VID / Etiology of sexually transmitted infections (STIs) diagnosed by multiplex PCR-hibridization assay technique in a Colombian population attending the VID Clinical Laboratory in Medellin

Introducción. Las infecciones de transmisión sexual (ITS) son y seguirán siendo un serio problema de salud pública en todo el mundo según los datos de la OMS, con el agravante que la mayoría de los casos son asintomáticos y, además, no existe otro reservorio distinto al humano. El diagnóstico se puede realizar con pruebas tradicionales y moleculares, estas últimas incluyen la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), de las cuales existen varios tipos, entre ellas, la PCR múltiple que tiene la capacidad de detectar ITS polimicrobianas a partir de una sola muestra. El objetivo de este estudio fue establecer cuáles fueron las infecciones de transmisión sexual más frecuentes en diferentes grupos de pacientes, así como determinar la utilidad del uso de la técnica de PCR múltiple en el diagnóstico de las ITS. Metodología. Se trata de un estudio observacional de corte transversal realizado entre los años 2021 y 2022 con pacientes que acudieron al servicio de diagnóstico del Laboratorio Clínico VID por sospecha de ITS. Las muestras recolectadas fueron evaluadas utilizando una prueba comercial basada en la técnica de PCR múltiple e hibridación. Las muestras procesadas fueron: orina e hisopados de endocérvix, uretra, recto, faringe y úlceras. Resultados. Se estudiaron 1.027 pacientes, de estos, 228 (22,2 %) fueron positivos para diferentes agentes de trasmisión sexual, distribuidos así: 50 (21,9 %) mujeres, 129 (56,6 %) hombres heterosexuales y 49 (21,5 %) hombres que tenían sexo con hombres (HSH). La edad promedio de las mujeres fue 30 años, y la de ambos grupos de hombres fue 36 años. Los microorganismos más frecuentemente identificados en mujeres fueron: C. trachomatis (A-K) en 28,6 %, seguido de virus herpes simplex tipo 2 (VHS-2) en 26,8 % y N. gonorrhoeae en 17,9 %. En hombres heterosexuales fueron C. trachomatis (A-K) en 37,5 %, N. gonorrhoeae en 21,5 % y VHS-2 en 18,7 %. En HSH fueron C. trachomatis (L1-L3) en 32,7 %, seguido de N. gonorrhoeae en 27,6 %, y de C. trachomatis (A-K) y VHS-2, ambos en 13,8 %. En 11 hombres heterosexuales, 8 HSH y en 6 mujeres, se identificó infección polimicrobiana. Conclusiones. C. trachomatis (A-K) fue el microorganismo más prevalente causante de ITS, seguido de N. gonorrhoeae en ambos grupos de hombres, y de VHS-2 en las mujeres, muy similar a lo reportado a nivel mundial. La prueba de PCR múltiple permite la detección de infecciones polimicrobianas comúnmente asociadas a ITS y el diagnóstico es preciso y confiable, incluso en pacientes asintomáticos

Sexually transmitted infections (STIs) are and will continue to be a serious public health problem throughout the world according to WHO data, with the aggravating factor that most cases are asymptomatic and, furthermore, there is no other reservoir other than humans. The diagnosis can be made with traditional and molecular tests, the latter include the polymerase chain reaction (PCR), of which there are several types, among them, multiplex PCR that has the capacity to detect polymicrobial STIs from a single sample. The objective of this study was to establish which were the most frequent sexually transmitted infections in different groups of patients, as well as to determine the usefulness of the multiplex PCR technique in the diagnosis of STIs. Methodology. This is an observational, cross-sectional study carried out between 2021 and 2022 with patients who attended the VID Clinical Laboratory for suspected STIs. The collected samples were evaluated using a commercial test based on the multiplex PCR technique and hybridization. The samples processed were: urine and swabs from endocervix, urethra, rectum, pharynx, and ulcers. Results. The study included 1,027 patients, of these, 228 (22.2%) were positive for different sexually transmitted agents, distributed as follows: 50 (21.9%) women, 129 (56.6%) heterosexual men and 49 (21.5%) men who had sex with men (MSM). The average age of the women was 30 years, and that of both groups of men was 36 years. The microorganisms most frequently identified in women were: C. trachomatis (A-K) in 28.6%, followed by herpes simplex virus type 2 (HSV-2) in 26.8% and N. gonorrhoeae in 17.9%. In heterosexual men they were C. trachomatis (A-K) in 37.5%, N. gonorrhoeae in 21.5% and HSV-2 in 18.7%. In MSM they were C. trachomatis (L1-L3) in 32.7%, followed by N. gonorrhoeae in 27.6%, and C. trachomatis (A-K) and HSV-2, both in 13.8%. Polymicrobial infection was identified in 11 heterosexual men, 8 MSM, and 6 women. Conclusions. C. trachomatis (A-K) was the most prevalent STI-causing microorganism, followed by N. gonorrhoeae in both groups of men, and HSV-2 in women, very similar to that reported worldwide. The multiplex PCR test allows the detection of polymicrobial infections commonly associated with STIs and the diagnosis is accurate and reliable, even in asymptomatic patients

Estudio multicéntrico argentino sobre la utilidad del panel BCID2 del Sistema FilmArrayTM en la detección de bacteriemias / Argentine multicenter study on the usefulness of the BCID2 panel of the FilmArray™ System in the detection of bacteremia

Resumen El panel BCID2 de BioFire® (BioFire, Salt Lake City, EE.UU.) utiliza un análisis de PCR múltiple a partir de hemocultivos positivos con resultados en una hora. El objetivo de este estudio fue determinar el desempeño del método a partir de hemocultivos positivos de pacientes sépticos en 5 hospitales de la Argentina. Se incluyeron 121 pacientes y 124 episodios. Con respecto a la identificación microbiana, la sensibilidad global y la correspondiente a los microorganismos incluidos en la base de datos fue del 94% y 97% respectivamente. La sensibilidad del BCID2 para detectar CTX-M, KPC, NDM, VIM, IMP, mecA/C, vanA/B fue del 100% y la especificidad fue del 99% para NDM y VIM y del 100% para el resto. Esto llevó a cambios en el tratamiento antimicrobiano en 57/98 episodios (58%). El panel BCID2 es una herramienta importante para la adecuación del tratamiento antimicrobiano de pacientes con sepsis.

Abstract The BioFire® BCID2 panel (BioFire, Salt Lake City, UT) uses multiplex PCR analysis from positive blood cultures with results within one hour. The objective of this study was to determine the performance of the method from positive blood cultures of septic patients in 5 hospitals in Argentina. A total of 121 patients and 124 episodes were included. With regard to microbial identification, the global sensitivity and that corresponding to the microorganisms included in the database was 94% and 97%, respectively. The sensitivity of BCID2 to detect CTX-M, KPC, NDM, VIM, IMP, mecA/C, vanA/B was 100% and the specificity was 99% for NDM and VIM and 100% for the rest. This led to changes in antimicrobial treatment in 57/98 episodes (58%). The BCID2 panel is an important tool for the adequacy of antimicrobial treatment of patients with sepsis.

Resumo Estudo multicêntrico argentino sobre a utilidade do painel BCID2 do Sistema FilmArray™ na detecção de bacteremia O painel BCID2 de BioFire® B (BioFire, Salt Lake City, EUA) utiliza uma análise de PCR múltipla de hemoculturas positivas com resultados em uma hora. O objetivo deste estudo foi determinar o desempenho do método a partir de hemoculturas positivas de pacientes sépticos em 5 hospitais da Argentina. Cento e vinte e um pacientes e 124 episódios foram incluídos. No que se refere à identificação microbiana, a sensibilidade global e correspondente aos microrganismos incluídos na base de dados foi de 94% e 97%, respectivamente. A sensibilidade do BCID2 para detectar CTX-M, KPC, NDM, VIM, IMP, mecA/C, vanA/B foi de 100% e a especificidade foi de 99% para NDM e VIM e 100% para o resto. Isso levou a mudanças no tratamento antimicrobiano em 57/98 episódios (58%). O painel BCID2 é uma ferramenta importante para a adequação do tratamento antimicrobiano de pacientes com sepse.

El diagnóstico de Infecciones de Transmisión Sexual por la técnica de biología molecular es la mejor estrategia para su diagnóstico oportuno y específico. Un caso clínico / The diagnosis of Sexually Transmitted Infections by the molecular biology technique is the best strategy for its timely and specific diagnosis. A clinical case

Resumen Se presenta el caso de un paciente a quien se le diagnosticó una Infección de Transmisión Sexual (ITS) por la técnica de PCR múltiple y en quién se logró por esta técnica, detectar cuatro agentes diferentes simultáneamente: Neisseria gonorreae, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum/parvum y Trichomonas vaginalis, situación esta, que no hubiera sido posible utilizando el procedimiento estándar.

Summary Here we report the case of a patient with a Sexually Transmitted Disease (STI) in whom four different agents were detected by a multiple PCR technique: Neisseria gonorreae, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum / parvum and Trichomonas vaginalis. This detection of multiple agents would not have been possible using conventional procedures.

Utilidad del sistema FilmArrayTM en la optimización del tratamiento antimicrobiano de pacientes con bacteriemia / FilmArrayTM BCID panel usefulness for the optimization of the antimicrobial treatment in patients with bacteremia / Utilidade do sistema FilmArrayTM na otimização do tratamento antimicrobiano de pacientes com bacteremia

Resumen La bacteriemia es una de las principales causas de muerte en todo el mundo y se asocia con alto costo. Los resultados rápidos obtenidos desde los hemocultivos positivos son una herramienta importante para la optimización temprana del tratamiento antimicrobiano. Los objetivos de este trabajo fueron evaluar el rendimiento del panel BCID del sistema FilmArrayTM y determinar su impacto en la adecuación del tratamiento antimicrobiano. Se analizaron 127 episodios de bacteriemia. Un porcentaje significativo de los tratamientos (45,8%) fueron cambiados en base a este resultado. La identificación global correcta fue del 89,2% y del 97,2% para los microorganismos incluidos en la base de datos, en tanto que la sensibilidad para la detección de los genes mecA y KPC fue del 100%. El panel BCID de FilmArrayTM es un método rápido y confiable para la detección de los microorganismos relacionados a bacteriemia y de alto impacto en la decisión terapéutica.

Abstract Bacteremia is one of the leading causes of death worldwide and is associated with high cost. The rapid results obtained from positive blood cultures are an important tool for early optimization of antimicrobial therapy. The objectives of this work were to evaluate the performance of the BCID panel of the FilmArrayTM system and determine its impact on the adequacy of the antimicrobial treatment. One hundred and twenty seven episodes of bacteremia were analyzed. A significant percentage of the treatments (45.8%) were changed based on this result. The correct global identification was 89.2% and 97.2% for the microorganisms included in the database, while the sensitivity for the detection of the mecA and KPC genes was 100%. The FilmArrayTM BCID panel is a fast and reliable method for the detection of microorganisms related to bacteremia and has a high impact on the therapeutic decision.

Resumo A bacteremia é uma das principais causas de morte no mundo e está associada a alto custo. Resultados rápidos obtidos de hemoculturas positivas são uma ferramenta importante para a otimização precoce da terapia antimicrobiana. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desempenho do painel BCID do sistema FilmArrayTM e determinar seu impacto na adequação do tratamento antimicrobiano. Foram analisados 127 episódios de bacteremia. Percentual significativo dos tratamentos (45,8%) foi alterado com base nesse resultado. A correta identificação global foi de 89,2% e 97,2% para os microrganismos incluídos na base de dados, enquanto a sensibilidade para detecção dos genes mecA e KPC foi de 100%. O painel FilmArrayTM BCID é um método rápido e confiável para a detecção de microrganismos relacionados à bacteremia e tem alto impacto na decisão terapêutica.

Estudio colaborativo sobre la utilidad del panel Meningitis/Encephalitis FilmArray (Biofire) en el diagnóstico de pacientes con sospecha de meningitis o encefalitis / Collaborative study on the usefulness of the Meningitis/Encephalitis FilmArray (Biofire) panel in the diagnosis of patients with suspected meningitis or encephalitis / Estudo colaborativo sobre a utilidade do painel Meningitis/Encephalitis FilmArray (Biofire) no diagnóstico de pacientes com suspeita de meningite ou encefalite

Resumen El tratamiento inicial para pacientes con sospecha de meningitis bacteriana aguda depende de una evaluación diagnóstica rápida y una terapia antimicrobiana adecuada. El panel de Meningitis/Encephalitis FilmArray (ME) (BioFire Diagnostics, Salt Lake City, EE.UU.) utiliza análisis de PCR múltiple e incluye 14 microorganismos; los resultados se obtienen directamente del LCR en 1 h. Los objetivos de este estudio fueron: a) determinar el rendimiento del ME y b) establecer el impacto del resultado obtenido en el tratamiento antimicrobiano de pacientes con meningoencefalitis. Se incluyeron 112 pacientes y 26 episodios de meningitis. Del total de resultados positivos con el panel para bacterias y hongos, 4/13 no se aislaron de cultivos y correspondieron a pacientes con tratamiento antimicrobiano. De los 26 episodios, los resultados condujeron a cambios terapéuticos en 21 casos. El ME es una herramienta rápida y útil para adecuar un tratamiento antimicrobiano en pacientes con meningoencefalitis.

Abstract The initial treatment for patients with suspected acute bacterial meningitis depends on a rapid diagnostic evaluation and adequate antimicrobial therapy. The Meningitis/Encephalitis FilmArray panel (ME) (BioFire Diagnostics, Salt Lake City, USA) uses multiplex PCR analysis and includes 14 microorganisms; the results are obtained directly from the CSF in 1 h. The objectives of this study were: a) to determine the performance of ME and b) to establish the impact of the result obtained on the antimicrobial treatment of patients with meningoencephalitis. A number of 112 patients and 26 episodes of meningitis were included. Of the total positive results for bacteria and fungi with the panel, 4/13 were not isolated from cultures and corresponded to patients with antimicrobial treatment. Of the 26 episodes, the results led to therapeutic changes in 21 cases. ME is a quick and useful tool to adapt antimicrobial treatment in patients with meningoencephalitis.

Resumo O tratamento inicial para pacientes com suspeita de meningite bacteriana aguda depende de uma avaliação diagnóstica rápida e terapia antimicrobiana adequada. O painel de Meningitis/Encephalitis FilmArray (ME) (BioFire Diagnostics, Salt Lake City, EUA) usa análise PCR multiplex e inclui 14 microrganismos; os resultados são obtidos diretamente do LCR em 1 h. Os objetivos deste estudo foram: a) determinar o desempenho do ME e b) estabelecer o impacto do resultado obtido no tratamento antimicrobiano de pacientes com meningoencefalite. 112 pacientes e 26 episódios de meningite foram incluídos. Do total de resultados positivos com o painel para bactérias e fungos, 4/13 não foram isolados das culturas e corresponderam a pacientes em tratamento antimicrobiano. Dos 26 episódios, os resultados levaram a alterações terapêuticas em 21 casos. ME é uma ferramenta rápida e útil para adaptar o tratamento antimicrobiano em pacientes com meningoencefalite.

Implementación del método de FilmArrayTM en pacientes pediátricos con infecciones severas / Implementation of the FilmArrayTM method in pediatric patients with severe infections / Implementação do método de matriz do FilmArrayTM em pacientes pediátricos com infecções graves

Se evaluó la implementación del método de PCR múltiple FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EE.UU.) en 21 niños con infección respiratoria aguda baja, 3 con meningoencefalitis, y un caso de sepsis. Se registraron el tiempo de demora hasta obtener el resultado y adecuar el tratamiento, los días de internación, los patógenos detectados y el costo de la incorporación de esta metodología. En los niños estudiados con FilmArrayTM el resultado estuvo disponible a los 90 minutos desde la toma de la muestra. Se detectaron patógenos no demostrados por los métodos disponibles, como Rhinovirus, además de diagnosticar coinfección viral; el tiempo promedio de estadía resultó 5 días. Se estimó reducir un 40% el costo global de internación. La implementación de FilmArrayTM resultó sencilla y se pudo incorporar a la sistemática de trabajo. Si bien esta experiencia incluyó un bajo número de pacientes, aportó información que demuestra el potencial de esta metodología para un mejor manejo del paciente crítico.

The implementation of multiple PCR FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, USA) for 21 children with low acute respiratory infection, 3 with meningoencephalitis, and 1 case of sepsis was evaluated. Delay time until the result was obtained and the treatment adapted, hospitalization days, pathogens detected and the cost of incorporating this methodology were all recorded. In the children studied with FilmArrayTM the result was available 90 minutes after the sample was taken. Pathogens were not demonstrated by the available methods, such as Rhinovirus, apart from diagnosing viral coinfection, the average length of stay was 5 days. It was estimated to reduce the overall cost of hospitalization by 40%. The implementation of FilmArrayTM was simple and could be incorporated into the work system. Although this experience included a low number of patients, it provided information that demonstrates the potential of this methodology for better management of the critical patient.

Foi avaliada a implementação do método de PCR múltiplo FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EUA) em 21 crianças com infecção respiratória aguda baixa, 3 com meningoencefalite e um caso de sepse. O tempo de atraso foi registrado até a obtenção do resultado e a adaptação do tratamento, dias de internação, patógenos detectados e o custo da incorporação dessa metodologia. Nas crianças estudadas com o FilmArrayTM, o resultado ficou disponível 90 minutos após a coleta da amostra; foram detectados os patógenos não demonstrados pelos métodos disponíveis, como o Rinovírus, além de diagnosticar a coinfecção viral; o tempo médio de permanência foi de 5 dias. Foi estimado reduzir o custo total da hospitalização em 40%. A implementação do FilmArrayTM foi simples e pôde ser incorporada à sistemática de trabalho. Embora essa experiência tenha incluído um número de pacientes baixo, forneceu informações que demonstram o potencial dessa metodologia para um melhor gerenciamento do paciente crítico.

Estandarización de PCR múltiple en tiempo real para el diagnóstico de sida y leucemia en Felis silvestris catus / Standardization of Multiplex Real-Time PCR for the diagnosis of Feline Immunodeficiency Virus (FIV) and Feline Leukemia Virus (FeLV) in Felis silvestris catus / Padronização da PCR múltipla em tempo real para o diagnóstico de AIDS e leucemia em Felis silvestris catus

Resumen Las enfermedades producidas por virus como sida y leucemia son altamente prevalentes en felinos domésticos, debido a su facilidad de transmisión, presentan signos clínicos similares a otras infecciones que pueden generar dificultades en el diagnóstico, por lo tanto, se deben analizar mediante pruebas de laboratorio; los exámenes disponibles en la actualidad presentan algunas desventajas, por ello se estandarizó una PCR múltiple en tiempo real con sondas Taqman que fue diseñada para detección de infección con el virus de inmunodeficiencia felina (VIF), el virus de leucemia felina (VLFe) o mixtas. Se calculó la sensibilidad (0,53/0,26) y la especificidad (0,46/0,74) para leucemia y sida respectivamente con la metodología de Broemeling que considera que la prueba de referencia contra la cual se compara no es un referente verdadero (Gold standard), según estos resultados se concluye que es necesario aumentar el tamaño de muestra; sin embargo, la PCR múltiple es una metodología muy sensible, fue validada de forma In silico y presentó resultados congruentes al realizarla in vivo.

Abstract Diseases such as Feline Immunodeficiency Virus (VIF) and Feline Leukemia Virus (VLFe) are highly prevalent in domestic cats, due to their ease of transmission. Clinical signs are similar to other infections causing difficulties in diagnosis, therefore, they should be analyzed by laboratory tests; Currently available tests have some disadvantages, a multiplex real-time PCR was standardized with Taqman probes, designed for detection of infection with VIF, VLFe or both. Sensitivity (0.53/0.26) and specificity (0.46/0.74) for VLFe and VIF respectively, were calculated with Broemeling's methodology, which considers that the reference test against which it is compared is not a Gold standard, according to these results it is necessary to increase the sample size; However, multiplex PCR is a very sensitive methodology, it was validated In silico form and presented congruent results when performed in vivo.

Resumo Doenças causadas por vírus como AIDS e leucemia são altamente prevalentes em gatos domésticos, devido a sua facilidade de transmissão com sinais clínicos semelhantes a outras infecções que podem causar dificuldades no diagnóstico, portanto devem ser analisados ​​por exames laboratoriais; Os testes atualmente disponíveis têm algumas desvantagens, portanto uma PCR em tempo real múltipla foi padronizada com sondas Taqman para a detecção de infecção pelo vírus da imunodeficiência felina (FIV), vírus da leucemia felina (VLFe) ou misto . A sensibilidade (0,53 /0,26) e a especificidade (0,46/0,74) para leucemia e AIDS foram calculadas, respectivamente, com a metodologia de Broemeling, que considera que o teste de referência com o qual é comparado não é um referência verdadeira (teste de ouro), de acordo com esses resultados, conclui-se que é necessário aumentar o tamanho da amostra, entretanto, a PCR múltipla é uma metodologia muito sensível, foi validada na forma silico e apresentou resultados congruentes quando realizada in vivo.

Diagnóstico etiológico en meningitis y encefalitis por técnicas de biología molecular / Etiologic diagnosis in meningitis and encephalitis molecular biology techniques

Introducción: El estudio etiológico de las infecciones del sistema nervioso central se ha realizado tradicionalmente con cultivos bacterianos y con reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para virus herpes simple (VHS). Los cultivos bacterianos pueden disminuir su rendimiento en pacientes que hayan usado antibióticos previos a la toma de muestra, y el solicitar PCR solo para virus VHS reduce el diagnóstico etiológico a un solo agente. El objetivo de este trabajo fue determinar las causas infecciosas en meningitis y encefalitis en niños, utilizando conjuntamente la microbiología convencional y la biología molecular, con el fin de mejorar el diagnóstico etiológico de estas enfermedades. Pacientes y método: Se estudiaron 19 pacientes con sospecha de meningitis y encefalitis, de manera prospectiva, hospitalizados en el hospital Luis Calvo Mackenna en Santiago de Chile, entre el 1 de marzo de 2011 y el 30 de marzo de 2012. Luego de obtener el consentimiento informado, a las muestras de LCR se les realizó examen citoquímico, cultivo, PCR múltiple bacteriana (N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae) y PCR en tiempo real para HSV-1 y 2, VVZ, VEB, CMV, VHH-6 y enterovirus. Se recabaron datos clínicos y epidemiológicos desde la ficha clínica del paciente. Resultados: De los 19 pacientes analizados 2 (10%) fueron diagnosticados por métodos microbiológicos convencionales y 7 (37%) al adicionar biología molecular (p = 0,02). Tres pacientes presentaron meningitis por S. pneumoniae, uno por Enterobacter cloacae, 2 pacientes meningoencefalitis por VHS-1 y uno meningitis por VVZ. Conclusiones: La adición de la PCR a los métodos microbiológicos convencionales de diagnóstico en las infecciones del sistema nervioso central aumenta significativamente la probabilidad de detectar el agente causal. La incorporación rutinaria del diagnóstico molecular permitiría un manejo más oportuno y racional.

Introduction: The aetiological study of infections of the central nervous system has traditionally been performed using bacterial cultures and, more recently, using polymerase chain reaction (PCR) for herpes simplex virus (HSV). Bacterial cultures may not have good performance, especially in the context of patients who have received antibiotics prior to sampling, and a request for HSV only by PCR reduces the information to only one aetiological agent. The aim of this study is to determine the infectious causes of meningitis and encephalitis, using traditional microbiology and molecular biology to improve the aetiological diagnosis of these diseases. Patients and method: A prospective study was conducted on 19 patients with suspected meningitis, admitted to the Luis Calvo Mackenna Hospital in Santiago, Chile, from March 1, 2011 to March 30, 2012. After obtaining informed consent, the CSF samples underwent cytochemical study, conventional culture, multiplex PCR for the major producing bacterial meningitis (N. meningitidis, S. pneumoniae, H. influenzae), real-time single PCR for HSV-1 and 2, VZV, EBV, CMV, HHV-6 and enterovirus. Clinical and epidemiological data were also collected from the clinical records. Results: Of the 19 patients analysed, 2 were diagnosed by conventional methods and 7 by adding molecular biology (increase to 37%). Three patients had meningitis due to S. pneumoniae, one due to Enterobacter cloacae, 2 patients meningoencephalitis HSV-1, and one VZV meningitis. Conclusions: The addition of PCR to conventional diagnostic methods in CNS infections increases the probability of finding the causal agent. This allows a more adequate, timely and rational management of the disease.

Primer reporte de un caso importado de Malaria por plasmodium ovale curtisi en Paraguay, confirmado por diagnóstico molecular / First report of an imported case of plasmodium ovale curtisi malaria in Paraguay confirmed by molecular diagnosis

En países donde el Plasmodium ovale no es común, los microscopistas tienden a identificarlo de manera errónea como Plasmodium vivax. En este trabajo reportamos la identificación de la especie P. ovale curtisi por el método de PCR múltiple semianidada (SnM-PCR) y la secuenciación de la subunidad pequeña del gen del ARN 18S, en un paciente paraguayo de 44 años de edad que vino en el 2.013 de Guinea Ecuatorial, África Occidental, a quien se le diagnosticó una infección por P. vivax por microscopía convencional. El empleo de métodos moleculares para la identificación de casos importados de infección con especies del género Plasmodium es uno de los objetivos principales en el control y la prevención de la malaria en Paraguay, teniendo en cuenta que el país se encuentra en fase de pre-eliminación de la enfermedad.

In countries where Plasmodium ovale is not common, the microscopists often mistakenlyidentify it as Plasmodium vivax. Here, we report the identification of the specie P. ovalecurtisi by the Seminested Multiplex PCR (SnM-PCR) technique and sequencing of the 18ssuRNA gene in a 44-year old Paraguayan male who came in 2013 from the EquatorialGuinea, Western Africa, and was diagnosed as having P. vivax infection by conventionalmicroscopy. Molecular biology tools for the identification of imported cases of infectionwith species of the genus Plasmodium is one of the main goals in the control andprevention of malaria in Paraguay, considering that the country is in the pre-eliminationphase of the disease.

Direct detection of toxigenic Bacillus cereus in dietary complement for children and cassava starch / Detección directa de Bacillus cereus toxigénicos en complementos dietarios para niños y en almidón de yuca / Detecção direta de Bacillus cereus toxigênicos em suplementos alimentares para crianças e amido de mandioca

Bacillus cereus is a food contaminant and a known human pathogen that can cause emetic and diarrheal syndromes. In this study we evaluated the presence of toxigenic B. cereus by multiplex PCR directly in dietary complement for children and cassava starch samples collected on Medellin, Colombia. Of 75 dietary complement for children samples evaluated, 70.7% were contaminated with toxigenic B. cereus and four different toxigenic consortia were detected: I: nheA, hblC, cytK (9.8%), II: nheA, hblC (2%), III: hblC, cytK (41.2%), IV: hblC (47%). Of 75 cassava starch samples, 44% were contaminated with toxigenic B. cereus and four different toxigenic consortia were determined: I: nheA, hblC, cytK (48.5%), II: nheA, hblC, cytK, cesB (3%), III: hblC, cytK (30.3%), IV: hblC (18.2%). In general, in dietary complement for children only enterotoxigenic consortia were detected while in cassava starch the enterotoxigenic consortia predominated over the emetic. Multiplex PCR was useful to detect toxigenic B. cereus contamination allowing direct and simultaneous detection of all toxin genes in foods. This study is the first in Colombia to evaluate toxigenic B. cereus, providing information of importance for microbiological risk evaluation in dried foods.

Bacillus cereus es un contaminante de alimentos conocido por ser patogénico para los humanos, causando síndromes de vómito y diarrea. En este estudio se evaluó la presencia de B. cereus toxigénicos utilizando PCR múltiple directamente en complementos dietarios para niños y en almidón de yuca colectados en Medellín, Colombia. De 75 muestras de complemento dietario para niños, 70,7% estuvieron contaminadas con B. cereus toxigénicos y se detectaron cuatro diferentes consorcios toxigénicos: I: nheA, hblC, cytK (9,8%), II: nheA, hblC (2%), III: hblC, cytK (41.2%), IV: hblC (47%). De 75 muestras de almidón de yuca, 44% estuvieron contaminadas con B. cereus toxigénicos y se determinaron cuatro diferentes consorcios toxigénicos: I: nheA, hblC, cytK (48.5%), II: nheA, hblC, cytK, cesB (3%), III: hblC, cytK (30,3%), IV: hblC (18.2%). En general, en los complementos dietarios para niños sólo se detectaron consorcios enterotoxigénicos, mientras que en el almidón los consorcios enterotoxigénicos predominaron sobre el emético. La PCR múltiple fue de utilidad para detectar contaminación con B. cereus toxigénicos permitiendo la detección directa y simultánea de todos los genes tóxicos en los alimentos. Este estudio es el primero en Colombia en evaluar B. cereus toxigénicos y proporciona información importante para la evaluación de riesgos microbiológicos en los alimentos pulverizados.

Bacillus cereus é um contaminante de alimentos e é conhecido por ser patogénico nos seres humanos ocasionando síndromes de vômitos e diarreia. Neste estudo foi avaliada a presença de B. cereus toxigênicos por PCR multiplex diretamente em complementos da dieta para crianças e amido de mandioca, em amostras coletadas em Medellín, na Colômbia. De 75 amostras dos complementos da dieta para crianças, 70,7% estiveram contaminadas com B. cereus toxigênicos e foram detectados quatro diferentes consórcios: I: nheA, hblC, cytK (9,8%), II: nheA, hblC (2%), III: hblC, cytK (41,2%), IV: hblC (47%). De 75 amostras de amido de mandioca, 44% estiveram contaminadas com B. cereus toxigênicos e quatro consórcios diferentes foram determinados: I: nheA, hblC, cytK (48,5%), II: nheA, hblC, cytK, cesB (3%) III: hblC, cytK (30,3%), IV: hblC (18,2%). Em geral, nos complementos da dieta para crianças foram detectados apenas consórcios enterotoxigênicos, não obstante no amido os consórcios enterotoxigênicos predominaram sobre o emético. A PCR multiplex foi útil para detectar contaminação com B. cereus toxigênico permitindo a detecção direta e simultânea de todos os genes tóxicos em alimentos. Este estudo é o primeiro na Colômbia em avaliar B. cereus toxigênico e providencia informação importante para a avaliação de riscos microbiológicos em alimentos pulverizados.

De genes de toxinas pirogénicas y toxinas exfoliativas en aislamientos clínicos de staphylococcus aureus en colombia

Introducción: staphylococcus aureus está asociado con graves enfermedades sistémicas causadas por superantígenos (toxinas pirogénicas y exfoliativas). Métodos: 100 aislamientos clínicos de S. aureus se identificaron por método automatizado y PCR, la prevalencia de genes de superantígenos por PCR múltiple y las correlaciones mediante la prueba exacta de Fischer. Resultados: en 38 aislamientos se observó que la prevalencia de los genes de enterotoxinas, toxina del síndrome de choque tóxico y toxinas exfoliativas fue 44%, 7% y 4%, respectivamente. La única correlación significativa (p = 0,045) fue entre la presencia de los genes de superantígenos y los aislamientos hospitalarios. Conclusiones: existe una alta prevalencia de genes de enterotoxinas y una baja de genes de toxinas exfoliativas y del síndrome de choque tóxico en aislamientos de S. aureus en esta población. Esta es la primera investigación que presenta datos de prevalencia de superantígenos en Colombia, y proporciona nueva información para América Latina.

Introduction: staphylococcus aureus is associated with serious systematic diseases caused by super antigens (pyogenic and exfoliating toxins). Methods: 100 clinical isolations for S. Aureus were identified by automatic methods and PCR, the prevalence of super antigen genes by multiple PCR and the correlations thru the Fischer exact test. Results: 38 isolation cases were observed and the prevalence of the enterotoxin genes, toxins of the syndrome of toxic shock and exfoliating toxins was 44%, 7% and 4% respectively. The only significant correlation found (p=0.045) was between the presence of the super antigen genes and the clinical isolations. Conclussion: there is a high prevalence of enterotoxin genes and a low prevalence of exfoliating genes and the syndrome of toxic shock in isolation of S.Aureus in this population. This is the first investigation that yields data of prevalence of super antigens in Colombia and provides new information for Latin America.

Introdução: staphylococcus aureus está associado a graves enfermidades sistêmicas causadas por superantígenos (toxinas pirogênicas e esfoliativas). Métodos: cem isolamentos clínicos de S. aureus foram identificados por método automatizado e PCR, a prevalência de penas de superantígenos por PCR múltiplos e correlações mediante a prova exata de Fischer. Resultados: em 38 isolamentos observou-se que a prevalência dos genes de en-terotoxinas, toxina da síndrome de choque tóxico e toxinas esfoliativas foi 44%, 7% e 4%, respectivamente. A única correlação significativa (p = 0,045) foi entre a presença dos genes de superantígenos e os isolamentos hospitalares. Conclusões: existe uma alta prevalência de genes de enterotoxinas e uma baixa de genes de toxinas esfoliativas e da síndrome do choque tóxico em isolamento de S. aureus nessa população. Esta é a primeira pesquisa que apresenta dados de prevalência de superantígenos na Colômbia e propicia nova informação para América Latina.

Determinación Microbiológica y Molecular de Listeria sp. y Listeria monocytogenes en Cerdas a nivel de una planta beneficiadora en EUA

Con el objeto de comparar la técnica de PCR múltiple con el método microbiológico comercial para la determinación de la presencia de Listeria spp. y Listeria monocytogenes en alimentos, se llevó a cabo un muestreo en una planta procesadora de cerdas de descarte ubicada en Estados Unidos de Norteamérica (EUA). A 160 cerdas sacrificadas, se le tomaron muestras de ganglios sub-ilíacos, ganglios ileocecales, contenido cecal e hisopado de la superficie de las canales. Adicionalmente se tomaron muestras del ambiente de la planta y de cortes de carne. Un total de 708 muestras se procesaron con ambas técnicas. Mediante técnicas microbiológicas, el 5,2% resultaron positivas a Listeria spp. y el 0,14% a L. monocytogenes. Mediante la técnica de PCR 4,1% resultaron positivas a Listeria spp. y 0,85% positivas a L. monocytogenes. No se observó diferencias significativas (P > o = 0,05) entre estos valores. Se determinó una incidencia del 1,9% de Listeria spp. en los hisopados de la superficie de las canales de las cerdas evaluadas. Por otro lado, se identificó L. monocytogenes, en el 5% de las muestras de cortes de carne. En relación a los ganglios, los sub-ilíacos presentaron 6,3% de incidencia a Listeria spp. y de 1,3% a L. monocytogenes no encontrándose en ganglios ileocecales. Para el contenido cecal la incidencia a Listeria spp. fue de 19% y para L. monocytogenes fue de 2,5%. En el ambiente el 4,2% de las muestras resultaron positivas a Listeria spp. y ninguna a L. monocytogenes. Al comparar los resultados logrados entre ambas técnicas no hubo diferencia significativa entre los valores obtenidos con las muestras de los hisopados de las canales y la de los ganglios ileocecales. Si hubo diferencia significativa entre los resultados de contenido cecal P = 0,0168 < 0,05 y de los ganglios sub-ilíacos P = 0,0038 < 0,05. La utilización de la técnica de PCR múltiple, permitió que los resultados se obtuvieran en 8 h, luego del segundo período de enriquecimiento de cada muestra, y con el método microbiológico convencional el procedimiento tomó 8 días. La incorporación de la metodología molecular en el proceso de verificación del status microbiológico en la industria de alimentos, resulta una mejora para la efectividad y la dinámica en los sistemas de seguridad alimentaria.

Listeria spp. and Listeria monocytogenes presence in a cull sows processor plant in USA, was evaluated by and PCR multiplex method. 160 cull sows were surveyed after slaughter. Samples were collected from sub-iliac node, iliocecal node, cecal content and carcass swabs. Additionally samples were taken from environment plant and from raw meat ready to be processed. A total of 708 samples were processed. Using traditional microbiology method were found 5.2% of samples positive to Listeria spp. and 0.14% to L. monocytogenes. With PCR multiplex 4.1% were positive to Listeria spp. and 0.85% to L. monocytogenes. There was not significant difference (P > or = 0.05) in the results obtained with PCR multiplex and traditional microbiology procedures. In relation with the raw material that leaves the slaughter area to be processed inside the same plant, Listeria spp. was observed in 1.9% swabs carcass, and 5% of raw sow meat sampled. Listeria spp. was identified in 6.3% and L. monocytogenes in 1.3% of subiliac nodes. It was not any iliocecal node positive to Listeria. Samples supposedly related with the infection source in the process plant, cecal content sample were 19% positive to Listeria spp. and 2.5% to L. monocytogenes. Environmental samples were 4.2% positive to Listeria spp. There were not differences between the conventional microbiology procedure and PCR multiplex technique for this pathogen when carcass swabs and ilicecal node were evaluated with both techniques. Differences were observed between the samples from cecal content and sub-iliac node P = 0.0168 < 0.05 and P = 0.0038 < 0.05 respectively. With the PCR multiplex technique, results were obtained in 8 hours after the second enrichment culture period of the each sample. With traditional microbiological it took 8 days. The incorporation of molecular methodology in the verification process for microbiological controls in the food industry, would allow an important improvement of the effectiveness and dynamics in the food safety systems implanted at the food industries.