Molecular analysis of a fragment of bovine leukemia virus env gene by Nested-PCR in dairy cows from Pasto, Nariño / Análisis molecular de un fragmento del gen env del virus de leucosis bovina, por PCR anidada en vacas lecheras de Pasto, Nariño / Análise molecular pela reação em cadeia da polimerase de um fragmento do gene env do vírus de leucose bovina aninhada em vacas leiteiras de Pasto, Nariño

Abstract: Introduction: Routine diagnosis for bovine leukemia is performed using indirect serologic tests, although it is recommended to use polymerase chain reaction (PCR), which allows a reliable diagnosis in early stages and in young animals. Moreover, by amplifying the DNA, it is possible to sequence fragments of the virus, which allows to identify genotypes and to construct phylogenetic trees. Objective: To analyze a fragment of the env gene of bovine leukemia virus (BLV) isolated from indirect ELISA-positive animals in dairy farms in the municipality of Pasto (Nariño). Materials and methods: Once the presence of BLV was established in 48 animals over two years old in seven dairy farms in the municipality of Pasto by indirect ELISA test, a nested PCR test was performed to confirm diagnosis and to sequence a fragment of the env gene in positive animals and their daughters. The sequences obtained were compared with the seven genotypes described worldwide by MEGA 6 program. Results: The sequences of the compared fragments do not differ from those described; but they allow their grouping into different clusters according to their similarity. The genotypes found in these farms correspond to genotype 1 and 2 described in the literature. Conclusions: Only one genotype was found on farms with proper recovery and adequate biosecurity measures, and on farms with less control in management and recovery practices, both genotypes described for the region were evident.

Resumen: Introducción: El diagnóstico de rutina para la leucosis bovina se realiza con pruebas serológicas indirectas, aunque se recomienda usar la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), que permite un diagnóstico confiable en fases iniciales y en animales jóvenes. Además, mediante la amplificación del ADN se pueden secuenciar fragmentos del virus, que permite identificar los genotipos presentes y construir árboles filogenéticos. Objetivo: Analizar un fragmento del gen env del virus de leucosis bovina (VLB) aislado de animales positivos a ELISA indirecta en fincas lecheras del municipio de Pasto, Nariño. Materiales y métodos: Una vez establecida la presencia del VLB en 48 animales mayores de dos años en siete fincas lecheras del municipio de Pasto mediante la prueba de ELISA indirecta, se realizó una prueba de PCR anidada para confirmar el diagnóstico y secuenciar un fragmento del gen env en los animales positivos y sus hijas. Las secuencias obtenidas se compararon con los siete genotipos descritos en el mundo mediante el programa MEGA 6. Resultados: Las secuencias de los fragmentos comparados no difieren de las descritas; pero permiten su agrupación en diferentes clústeres de acuerdo con su similitud. Los genotipos encontrados en estas fincas corresponden al genotipo 1 y 2 descritos en la literatura. Conclusiones: En las fincas con reposición propia y adecuadas medidas de bioseguridad solo se encontró un genotipo y en las fincas con menor control en las prácticas de manejo y de reposición se encontraron los dos genotipos descritos para la región.

Resumo: Introdução: O diagnóstico de rotina para a leucose bovina se realiza com provas serológicas indiretas, mesmo que se recomenda usar a reação em cadeia da polimerase (PCR), que permite um diagnóstico confiável em fases iniciais e em animais jovens. Além do mais, mediante a amplificação do ADN se podem sequenciar fragmentos do vírus, que permite identificar os genótipos presentes e construir árvores filogenéticas. Objetivo: Analisar um fragmento do gene env do vírus de leucose bovina (VLB) isolado de animais positivos a ELISA indireta em fazendas leiteiras do município de Pasto, Nariño. Materiais e métodos: Uma vez estabelecida a presença do VLB em 48 animais maiores de dois anos em sete fazendas leiteiras do município de Pasto mediante a prova de ELISA indireta, se realizou uma prova de PCR aninhada para confirmar o diagnóstico e sequenciar um fragmento do gene env nos animais positivos e suas filhas. As sequências obtidas foram compararam com os sete genótipos descritos no mundo mediante o programa MEGA 6. Resultados: As sequências dos fragmentos comparados não diferem das descritas; mas permitem a sua agrupação em diferentes clusters de acordo com sua similitude. Os genótipos encontrados nestas fazendas correspondem ao genótipo 1 e 2 descritos na literatura. Conclusões: Nas fazendas com reposição própria e adequadas medidas de biossegurança somente se encontrou um genótipo e nas fazendas com menos controle nas práticas de manejo e de reposição se encontraram os dois genótipos descritos para a região.

Frecuencia de los transcriptos p190BCR-ABL y p210BCR-ABL en una población colombiana con leucemia mieloide crónica (LMC) usando RT-PCR cualitativa / Detection of p190BCR-ABL AND p210BCR-ABL fusion transcripts in patients with chronic myeloid leukemia (CML) using qualitative RT-PCR / Frequência dos transcritos p190BCR-ABL e p210BCR- ABL numa população colombiana com leucemia mielóide crônica (LMC) usando RT-PCR qualitativa

Introducción: la leucemia mieloide crónica (LMC) se caracteriza por la presencia del cromosoma Filadelfia (Ph) que resulta de la translocación recíproca balanceada t(9;22)(q34;q11); este marcador cromosómico se encuentra con menor frecuencia en pacientes con leucemia linfoide aguda (LLA). Objetivo: determinar la frecuencia de las fusiones génicas BCR-ABL, que codifican para los transcriptos p210BCR-ABL y p190 BCR-ABL en pacientes colombianos con diagnóstico de LMC, en diferentes fases de la enfermedad o de su tratamiento. Materiales y métodos: estudio descriptivo de corte transversal de 31 pacientes con LMC (15-78 años). El análisis se hizo a partir de muestras de sangre periférica con la técnica PCR anidada cualitativa para las isoformas P210 BCR-ABL (b3a2 e b2a2) y P190 BCR-ABL (e1a2). Resultados: se detectó el transcripto p210BCR-ABL en 29 de los 31 casos (93,6%). En ellos se identificaron las fusiones génicas b2a2 (16/29; 55,2%), b3a2 (10/29; 34,5%) y la coexpresión b3a2 y b2a2 (3/29; 10,3%). Conclusión: la fusión génica b2a2 fue la más frecuente en esta población con LMC.

Introduction: Chronic myelogenous leukemia (CML) is characterized by the presence of the Philadelphia chromosome (Ph), resulting from the balanced reciprocal translocation t(9;22)(q34;q11). This marker chromosome is found less frequently in patients suffering from acute lymphoblastic leukemia. Objective: To determine the frequency of BCR-ABL gene fusions encoding the p210BCR-ABL y p190 BCR-ABL transcripts in Colombian patients diagnosed with CML in different stages of the disease and/or its treatment. Materials and methods: Cross sectional, descriptive study of thirty one CML patients (aged 15-78). Analysis was carried out through qualitative nested PCR for the isoforms P210 BCR-ABL (b3a2 e b2a2) and P190 BCR-ABL (e1a2), and based on peripheral blood samples. Results: In 29 of the 31 patients (93.6%) transcript p210BCR-ABL was detected; b2a2 and b3a2 gene fusions and the coexpression b3a2 y b2a2 were identified in 55.2% (16/29), 34.5% (10/29) and 10.3% (3/29) of the cases, respectively. Conclusion: b2a2 gene fusion was the most frequent in this CML population.

Introdução: a leucemia mielóide crônica (LMC) caracteriza- se pela presença do cromossomo Filadélfia (Ph) que resulta da translocação recíproca balanceada t(9;22)(q34;q11); este marcador cromossômico se encontra com menor frequência em pacientes com leucemia linfoide aguda (LLA). Objetivo: determinar a frequência das fusões genéticas BCR-ABL, que codificam para os transcritos p210BCR-ABL e p190 BCR-ABL em pacientes colombianos com diagnóstico de LMC, em diferentes fases da doença ou de seu tratamento. Materiais e métodos: estudo descritivo de corte transversal de 31 pacientes com LMC (15-78 anos). A análise se fez a partir de mostras de sangue periférico com a técnica PCR aninhada qualitativa para as isoformas P210 BCR-ABL (b3a2 e b2a2) e P190 BCR-ABL (e1a2). Resultados: detectou-se o transcrito p210BCR-ABL em 29 dos 31 casos (93,6%). Neles se identificaram as fusões genéticas b2a2 (16/29; 55,2%), b3a2 (10/29; 34,5%) e a co-expressão b3a2 e b2a2 (3/29; 10,3%). Conclusão: a fusão genética b2a2 foi a mais frequente nesta população com LMC.

Distribution of Hepatitis C virus (HCV) genotypes in seropositive patients in the state of Alagoas, Brazil / Distribuição de genótipos do Vírus da hepatite C (HCV) em pacientes soropositivos no Estado de Alagoas, Brasil

We determined the frequency of hepatitis C virus (HCV) genotypes in anti-HCV seropositive patients in the state of Alagoas, Brazil, by means of nested-reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-nested-PCR) followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) of amplified fragments of the 5ïNCR. The nested-PCR with genotype-specific primers from the core region was carried out when detection was not possible by the first approach. Detectable HCV-RNA was present in 115 (74.7 percent) of 154 serum samples. Genotype 1 was the most frequent (77.4 percent), against 20.9 percent of genotype 3 and 0.8 percent of genotype 2. Subtype 1b was predominant (65.2 percent), followed by subtypes 1a (8.7 percent), and 3a (6.1 percent). Coinfection (1a/3a) was detected in 0.8 percent of the samples. Indeed, there was no significant differences in the prevalence of genotype 1 compared to what has been obtained from anti-HCV seropositive patients from other locations in Brazil. Here we report for the first time the genotype 2 in the state of Alagoas.

A frequência de genótipos do vírus da hepatite C (HCV) em pacientes soropositivos anti-HCV no estado de Alagoas, Brasil, foi determinada através da RT-PCR aninhada da região 5'NCR seguida pela análise do polimorfismo de comprimento dos fragmentos de restrição (RFLP). A RT-PCR aninhada utilizando primers genótipo-específicos da região core foi efetuada quando não foi possível determinar o genótipo pelo primeiro método. Níveis detectáveis de HCV-RNA estavam presentes em 115 (74,7 por cento) das 154 amostras de soro. O genótipo 1 foi o mais freqüente (77,4 por cento), contra 20,9 por cento do genótipo 3 e 0,8 por cento do genótipo 2. O subtipo 1b foi predominante (65,2 por cento), seguido pelos subtipos 1a (8,7 por cento) e 3a (6,1 por cento). Co-infecção (1a/3a) foi detectada em 0,8 por cento das amostras. Não foram encontradas diferenças significativas quanto à prevalência do genótipo 1 em relação ao que tem sido obtido de pacientes soropositivos anti-HCV de outras localidades do Brasil. Este é o primeiro relato da presença do genótipo 2 no estado.