RESUMO
Abstract Introduction: Non-syndromic orofacial clefts have a complex etiology due to the contribution from both genetic and environmental risk factors, as well as the interaction between them. Among the more than 15 susceptibility loci for non-syndromic orofacial clefts with considerable statistical and biological support, the IRF6 is the most validated gene by the majority of studies. Nonetheless, in genetically heterogeneous populations such as Brazilian, the confirmation of association between non-syndromic orofacial clefts and IRF6 common variants is not a consolidated fact and unrecognized IRF6 variants are poorly investigated. Objective: The aim of this study was to investigate the association of IRF6 polymorphisms with non-syndromic orofacial clefts development in a population from northeast Brazil. Methods: Blood samples of 186 non-syndromic orofacial clefts patients and 182 controls from Rio Grande do Norte, Brazil, were obtained to analyze IRF6 polymorphisms (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516) by real-time polymerase chain reaction. Non-syndromic orofacial clefts patients were classified in cleft lip and palate, cleft palate only and cleft lip only groups. Results: The genotype and allele frequencies of single nucleotide polymorphism rs2235371 in IRF6 showed significant differences in patients with cleft palate when compared to the controls, whereas no association was shown between rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516 and non-syndromic orofacial clefts. Conclusion: The association found between rs2235371 and isolated cleft palate should be interpreted with caution due to the low number of individuals investigated, and more studies with larger sample size are needed to confirm these association. In addition, there is a lack of association of the rs642961, rs2236907 and rs861019 polymorphisms with non-syndromic orofacial clefts susceptibility.
Resumo Introdução: As fendas orofaciais não sindrômicas possuem uma etiologia complexa devido à contribuição de fatores de risco genéticos e ambientais, assim como a interação entre eles. Dentre os mais de 15loci de susceptibilidade para as fendas orofaciais não sindrômicas com considerável suporte estatístico e biológico, o IRF6 é o gene mais validado pela maioria dos estudos. Apesar disso, em populações geneticamente heterogêneas como a brasileira, a confirmação da associação entre as fendas orofaciais não sindrômicas e as variantes mais comuns do IRF6 ainda não é um fato consolidado e outras variantes não tão conhecidas IRF6 são pouco investigadas. Objetivo: O objetivo deste estudo foi investigar a associação de variados polimorfismos do IRF6 com o desenvolvimento das fendas orofaciais não sindrômicas em uma população do nordeste do Brasil. Método: Amostras de sangue de 186 pacientes com fendas orofaciais não sindrômicas e 182 controles do estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram obtidas para analisar os polimorfismos do IRF6 (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516) por reação em cadeia da polimerase em tempo real. Os pacientes com fendas orofaciais não sindrômicas foram classificados em fenda labiopalatina, fenda palatina isolada e fenda labial isolada. Resultados: As frequências genotípica e alélica do polimorfismo de único nucleotídeo rs2235371 no IRF6 mostraram-se significativamente diferentes em pacientes com fenda palatina isolada quando comparadas às dos controles, enquanto que nenhuma associação foi encontrada entre rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516 e risco para o desenvolvimento das fendas orofaciais não sindrômicas. Conclusão: A associação encontrada entre rs2235371 e fenda palatina isolada deve ser interpretada com cautela devido ao baixo número de indivíduos investigados, sendo necessários mais estudos com um tamanho amostral maior para confirmar essa associação. Além disso, não foram encontradas associações significativas entre os demais polimorfismos do IRF6 rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516 e a susceptibilidade às fendas orofaciais não sindrômicas.
Assuntos
Humanos , Fenda Labial/genética , Fissura Palatina/genética , Fatores Reguladores de Interferon/genética , Polimorfismo Genético , Brasil , Predisposição Genética para Doença , GenótipoRESUMO
A infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) é uma das mais comuns infecções ao redor do mundo. Aproximadamente, 20% dos pacientes infectados eliminam espontaneamente o vírus, porém a maioria dos indivíduos infectados desenvolve infecção crônica com amplo espectro de lesões hepáticas, desde inflamação leve até cirrose. A resposta imune do hospedeiro exerce grande influência sobre o desfecho da infecção pelo VHC. O objetivo deste trabalho foi analisar a influência dos polimorfismos genéticos de citocinas na susceptibilidade ou persistência da infecção por VHC e no clareamento espontâneo em uma amostra de pacientes da população do Rio de Janeiro (Brasil). Os polimorfismos genéticos das citocinas TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 e 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) e IFNG (+874) foram analisados por PCR-SSP em 245 pacientes com hepatite C crônica (HCC), 41 pacientes que alcançaram o clareamento viral espontâneo e 189 indivíduos controle saudáveis. Além disso, os polimorfismos próximos ao gene da citocina IL28B (rs12979860, rs12980275 e rs8099917) foram analisados por PCR em tempo real em todos os grupos...
Hepatitis C virus infection is one of the most common blood-borne infections worldwide. Approximately, 20% of infected patients successfully eliminate the virus, whereas the majority of patients develop chronic infection with a wide spectrum of liver lesions, ranging from a minimal inflammation to cirrhosis. The host's immune response is an important correlate of HCV infection outcome and disease progression. The aim of this study was to explore the possibility of the inheritance of cytokine gene polymorphisms as a candidate for susceptibility to persistent HCV infection or HCV clearance in a sample of Rio de Janeiro (Brazil) population. Genetic polymorphisms in the cytokines TNFA (-308), TGFB1 (codon 10 and 25), IL10 (-1082, -592), IL6 (-174) and IFNG (+874) were analyzed by polymerase chain reaction-sequence-specific primer (SSP) in 245 chronic hepatitis C (HCC) patients, 41 spontaneous recovery (SR) patients and 189 healthy volunteers. Further, IL28B (rs12979860, rs12980275 and rs8099917) were assessed by real-time PCR in all groups...
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Cirrose Hepática/terapia , Citocinas/análise , Hepacivirus/metabolismo , Hepatite C Crônica/patologia , Polimorfismo Genético , Citocinas/genética , Hepacivirus/patogenicidade , Hepatite C Crônica/complicações , Hereditariedade/genéticaRESUMO
Objetivo - Avaliar se polimorfismos nos genes CETP (proteína transferidora de ésteres de colesterol) e APOE (apolipoproteína E) influenciam no peso e na resposta do perfil lipídico ao tratamento com G. cambogia. Métodos - Trinta e três pacientes com sobrepeso ou obesidade receberam diariamente uma dose de 2,4g de extrato padronizado de G. cambogia (52,4% de ácido-hidroxicítrico). Antes do início do tratamento e após oito semanas, dados antropométricos e perfil lipídico foram obtidos. Resultados - Após o período de tratamento, não foi possível perceber diferenças na resposta sobre o perfil lipídico entre portadores e não portadores do alelo APOE*2, ou do alelo APOE*4. Uma diferença modesta, porém não significante, foi encontrada na comparação entre portadores e não portadores do alelo B2 (gene CETP) para os níveis de colesterol HDL (p=0,086) e triglicerídeos (p= 0,098). Em relação ao peso, não foram detectadas diferenças na resposta ao tratamento entre os genótipos. Conclusão - Os resultados sugerem que a variante no gene CETP pode estar envolvida na modulação dos níveis de HDL-c após o tratamento com G. cambogia. Entretanto, uma investigação em uma amostra maior será necessária para confirmar esses resultados.
Objective - To investigate the influence of polymorphisms of the CETP (cholesterol ester transfer protein) and APOE (apolipoprotein E) genes on weight changes and lipid levels during the treatment with G. cambogia. Methods - Thirty three patients with overweight or obesity received a daily dose of 2.4 grams of a standardized extract of G. cambogia (52.4% hydroxycitric acid). Before the start of treatment and after eight weeks, lipid profile and anthropometric data were obtained. Results - After the treatment, there were no significant differences in the response of serum lipids between carriers and noncarriers of the allele APOE*2 and APOE*4. A slight difference, but not significant, was observed in the comparison between carriers and noncarriers of allele B2 (CETP gene) for HDL cholesterol levels (p=0,086) and triglycerides levels (p= 0,098). There were no significant differences in the weight after treatment according to genotypes. Conclusion - The results suggest that the variant in the CETP gene may be associated with levels of HDL-c after treatment with G. cambogia. However, an investigation in a larger sample is needed to confirm these results.
Assuntos
Humanos , Proteínas de Transferência de Ésteres de Colesterol , Garcinia cambogia , Farmacogenética , Polimorfismo de Nucleotídeo ÚnicoRESUMO
CONTEXT: Genotyping of single nucleotide polymorphism (SNP C/T-13910) located upstream of the lactase gene is used to determine adult-type hypolactasia/lactase persistence in North-European Caucasian subjects. The applicability of this polymorphism has been studied by comparing it with the standard diagnostic methods in different populations. OBJECTIVE: To compare the lactose hydrogen breath test with the genetic test in a sample of the Colombian Caribbean population. METHODS: Lactose hydrogen breath test and genotyping of SNP C/T-13910 were applied to 128 healthy individuals (mean age 35 ± 1). A positive lactose hydrogen breath test was indicative of hypolactasia. Genotyping was done using polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism. The kappa index was used to establish agreement between the two methods. RESULTS: Seventy-six subjects (59%) were lactose-maldigesters (hypolactasia) and 52 subjects (41%) were lactose-digesters (lactase persistence). The frequencies of the CC, CT and TT genotypes were 80%, 20% and 0%, respectively. Genotyping had 97% sensitivity and 46% specificity. The kappa index = 0.473 indicates moderate agreement between the genotyping of SNP C/T-13910 and the lactose hydrogen breath test. CONCLUSION: The moderate agreement indicates that the genotyping of the SNP C/T-13910 is not applicable to determine adult-type hypolactasia/lactase persistence in the population participating in this study.
CONTEXTO: A genotipagem do SNP C/T-13910 localizado corrente acima do gene da lactase é usada para determinar hipolactasia e persistência da lactase tipo adulto em indivíduos caucasianos do Norte da Europa. A aplicabilidade deste polimorfismo tem sido estudada em comparação com métodos padronizados de diagnóstico em diferentes populações. OBJETIVO: Comparar o teste de hidrogênio expirado após a ingestão de lactose com o teste genético em uma mostra da população do Caribe Colombiano. MÉTODOS: O teste de hidrogênio expirado após a ingestão de lactose e a genotipagem do SNP C/T-13910 foram aplicados em 128 sujeitos sadios (idade media 35 ± 1). O teste de hidrogênio positivo foi indicativo de hipolactasia. A genotipagem foi feita pelo método "polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism". O índice Kappa foi utilizado para estabelecer a concordância entre os dois métodos. RESULTADOS: Setenta e seis indivíduos (59%) foram mau digestores da lactose (hipolactasia) e 52 outros (41%) foram digestores da lactose (persistência da lactase). As frequências dos genotipos CC, CT e TT foram 80%, 20% e 0%, respectivamente. A genotipagem mostrou 97% da sensibilidade e 46% da especificidade. O índice kappa: 0,473 indicou moderada concordância entre os dois métodos. CONCLUSÃO: A moderada concordância indica que a genotipagem do SNP C/T-13910 nao é aplicável para determinar hipolactasia tipo adulto/persistência da lactase na população estudada.
Assuntos
Adolescente , Adulto , Idoso , Feminino , Humanos , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Adulto Jovem , Intolerância à Lactose/diagnóstico , Intolerância à Lactose/genética , Teste de Tolerância a Lactose/métodos , Testes Respiratórios/métodos , Colômbia/etnologia , Genótipo , Reação em Cadeia da Polimerase , Polimorfismo de Fragmento de Restrição , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Valor Preditivo dos Testes , Sensibilidade e EspecificidadeRESUMO
A cárie dentária destaca-se ainda como a principal doença relacionada à cavidade bucal de crianças e adolescentes. Pesquisas recentes têm buscado evidências de um componente genético na sua etiologia. Sabe-se que as enzimas metaloproteinases da matriz (MMPs) participam da formação do esmalte dentário e tem-se sugerido o envolvimento destas no desenvolvimento e na progressão da lesão cariosa. Dessa maneira, objetivou-se identificar associações entre polimorfismos nos genes MMP2, MMP9, MMP13, MMP20 e TIMP2 e a doença cárie em uma população brasileira. A amostra constituiu-se de 505 crianças e adolescentes, com média de idade de 9,0 anos (±3,1), em atendimento nas clínicas de Odontopediatria da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Ao exame clínico avaliaram-se os índices CPO-D e/ou ceo-d. Os responsáveis ou cuidadores responderam a um questionário sobre dados sócio-demográficos, hábitos de higiene bucal e dieta. Amostras de saliva foram coletadas como fonte de DNA genômico e através do método Taqman, por PCR em tempo real, realizou-se a genotipagem das regiões rs243265(C/T), rs17576(A/G), rs2252070(C/T), rs7492661(A/G) e rs7501477(G/T) nos genes MMP2, MMP9, MMP13, MMP20 e TIMP2, respectivamente. A freqüência dos alelos e genótipos foi observada entre crianças com dentição hígida e com experiência de cárie. A média do índice ceo-d foi 2,35 (±2,85) e do índice CPO-D foi 0,73 (±1,53). Nos genes MMP2, MMP13 e TIMP2 os alelos polimórficos foram observados em maior freqüência nos indivíduos com experiência de cárie, com associação significativa para o gene MMP13 (p=0,004). Para o gene MMP13, houve diferença significativa na distribuição dos genótipos entre os grupos com e sem experiência de cárie (p=0,04) e carrear o genótipo GG apresentou-se como um fator protetor para o desenvolvimento desta patologia (OR=0,53; 95% IC 0,31-0,92). Para o gene MMP20, a distribuição dos genótipos apresentou diferença significante no grupo de caucasianos (p=0,03)...
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Criança , Adolescente , Suscetibilidade à Cárie Dentária , /genética , Metaloproteinase 9 da Matriz/genética , /genética , /genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Estudos Transversais , Estudos Observacionais como AssuntoRESUMO
Age-related macular degeneration (AMD) is the most frequent cause of irreversible blindness in the elderly in developed countries. Although the etiology of AMD remains largely unknown, numerous studies have suggested that both genes and environmental risk factors significantly influence the risk of developing AMD. Recently, single nucleotide polymorphisms, DNA sequence variations found within the complement factor H (CFH) gene, have been found to be strongly associated with the development of AMD. Several other genes have had at least one positive association finding and deserve further exploration. The purpose of this review is to provide an extensive report of the current data of AMD genetics and the contribution of this knowledge helps to the better understanding of its pathophysiology.
A degeneração macular relacionada à idade (DMRI) é a causa mais frequente de cegueira irreversível em idosos em países desenvolvidos. Apesar da etiologia da DMRI ainda permanecer desconhecida, numerosos estudos tem sugerido que tanto fatores genéticos quanto ambientais influenciam significativamente no risco do desenvolvimento da doença. Recentemente, polimorfismos de base única, variações na sequência de DNA encontradas no gene fator H do complemento (CFH), tem sido fortemente associado com o desenvolvimento da DMRI. Muitos outros genes tiveram ao menos um resultado positivo para esta associação e merecem estudos posteriores. O objetivo dessa revisão é proporcionar descrição atual dos dados publicados.
Assuntos
Humanos , Degeneração Macular/genética , Progressão da Doença , Frequência do Gene , Predisposição Genética para Doença/genética , Polimorfismo Genético , Fatores de RiscoRESUMO
Avaliamos a influência do transplante renal (Tx) e de "polimorfismos de nucleotídeos isolados" (SNPs), na região promotora do gen codificador da proteína C reativa, sob os níveis de PCR, em 50 pacientes com doença renal crônica em terapia dialítica. Os níveis de PCR foram avaliados no período pré-Tx, no primeiro e segundo anos pós-Tx. Inicialmente, os pacientes foram divididos em três grupos de acordo com os percentis (25, 50 e 75) dos níveis de PCR no período pré-Tx. Em seguida, avaliamos os genótipos para 2 SNPs, um bi-alélico na posição -409 (G->A) e um tri-alélico (C->T->A) na posição -390. Na análise geral os níveis de PCR decresceram significativamente no primeiro ano pós-Tx e tiveram uma elevação, não significativa, no segundo ano após o transplante. Após a divisão por percentis, observamos que nos pacientes cujos níveis de PCR se situavam dentro da normalidade (percentis 25 e 50), este marcador se manteve estável ao longo do estudo, enquanto houve uma significativa e progressiva redução dos níveis de PCR, pós-Tx, nos pacientes do percentil 75 (p=0,002). Todos os pacientes apresentaram o genótipo -409GG, quando avaliados para o SNP nesta posição. Quando avaliados para a posição -390, não foram encontrados pacientes com o alelo "A", havendo 15 pacientes com o genótipo "CC", 11 "TT" e 24 "CT". A média geral dos níveis de PCR diferiu significativamente entre os indivíduos de diferentes genótipos (p=0,019). A presença do alelo "T" associou-se a níveis mais elevados de PCR no pré-transplante (p=0,007) e no primeiro ano pós (p=0,001), fato não observado no segundo ano (p=0,146). Concluímos que o Tx reduz os níveis de PCR em pacientes com PCR previamente elevada. SNPs na posição -390 da região promotora do gen codificador da PCR influenciam os níveis basais desta proteína, de tal forma que o alelo "C" se associa com os menores níveis de PCR e o alelo "T" com os maiores. Em nossos pacientes, esta influência deixou de ser observada no segundo ano pós-Tx.
We evaluated the influence of kidney transplantation (Tx), as well as single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the "C" reactive protein (CRP) gene promoter region on CRP levels in 50 patients with chronic kidney disease under dialysis. CPR levels were evaluated at pre-Tx, as well as during the first and second years post-Tx. Initially, patients were divided into tree groups according to pre-Tx CRP percentiles (25, 50 and 75). At the same time, we evaluated the genotypes for 2 SNPs, a bi-allelic (G->A) at the -409 position and a tri-allelic (C->T->A) at the -390 position. In general analysis, CRP levels was significantly reduced in the first year and increased, not significantly, in the second year post Tx. Upon dividing the groups, the patients with CRP levels under the normal range (25th and 50th percentiles) presented stable, whereas there was a progressive and significant reduction in the post Tx CRP levels in patients in the 75th percentile (p=0.002). All patients presented the -409GG genotype. When evaluated for the -390 position, the "A" allele was not found and there were 15 "CC" pts, 11 "TT" and 24 "CT". CRP general means were different among patients with different genotypes (p=0.019). Also, allele "T" presence was associated with higher CRP levels in the pre-Tx (p=0.007) and first year post (p=0.001), but not at the second year post-Tx (p=0.146). We concluded that Tx reduces CRP levels in patients with previously high CRP. SNPs at the -390 position of the CRP gene promoter region influence CRP´s basal levels in such a way that the "C" allele correlates with the lowest and the "T" with the highest. We did not observe this influence in our patients at the second year post-Tx.
Assuntos
Humanos , Masculino , Feminino , Proteína C-Reativa , Inflamação , Falência Renal Crônica , Transplante de Rim , Polimorfismo de Nucleotídeo ÚnicoRESUMO
Dados de investigações familiares, de estudos comgêmeos e da genômica do Mycobacterium leprae, bemcomo observações sobre a epidemiologia da hanseníase,têm apontado a importância da genética humanacomo determinante do curso da doença desde a resistênciaà dicotomia imunológica que definem os pólostuberculóide e virchowiano. Nesse contexto, estudosde varredura genômica e de associação têm apontadoalgumas regiões genômicas cujas variações são candidatasa fatores de risco para a doença. Entretanto, asassociações já descritas são discretas e não se replicamem todos os estudos, o que evidencia a distinção entreos fatores de risco para diferentes populações, alémde divergências nos desenhos destes estudos, comocausadores destas controvérsias. Assim, esta revisão temo propósito de compilação dos dados já descritos paraas diversas regiões genômicas humanas que devemparticipar do controle genético da hanseníase
Data from familiar investigations, studies involving twins and from Mycobacterium leprae genomic, as well epidemiological observations of leprosy have shown the importance of the human genetic as determinant of the diseases course, from the resistance, to the immunological dichotomy which defines tuberculoid and lepromatous poles. Thus, studies using genome-wide scan and association methods have shown some genomic regions whose alterations are candidates to risk factors for leprosy. However, these associations are weak and are not repeated in all different studies, which put in evidence the divergence in risk factors for different populations as well in design studies as causatives of this controversial data. In this manner, this review has as purpose the data collection which have already been described about human genomic regions that must participate in the genetic control of leprosy.
Assuntos
Humanos , Genoma Humano/genética , Hanseníase/genética , Polimorfismo de Nucleotídeo Único , Predisposição Genética para Doença , Complexo Principal de Histocompatibilidade , Fator de Necrose Tumoral alfa , Fatores de Risco , Lectina de Ligação a Manose , Linfotoxina-alfa , Receptores Toll-Like , Receptores de CalcitriolRESUMO
Galectina-3 é uma proteína multifuncional altamente expressa em câncer de tiróide. O gene de galectina-3 (LGALS3) apresenta vários candidatos a SNPs anotados, no entanto a relação entre estes SNPs e variações fenotípicas específicas relevantes à saúde não foi avaliada. Neste estudo, investigamos SNPs do LGALS3 e uma possível associação destes com a tumorigênese tiroidiana. A presença de SNPs do LGALS3 em linhagens de carcinoma de tiróide (WRO, NPA, TPC-1, ARO), tecidos tiroidianos de 55 pacientes com diagnóstico de bócio multinodular ou carcinoma papilífero e linfócitos do sangue periférico de 45 indivíduos saudáveis foi avaliada por seqüenciamento e SSCP. A análise da seqüência codificadora do LGALS3 mostrou que o sítio T98P apresenta uma grande variação genotípica, visto que observamos os padrões homozigoto (AA ou CC) e heterozigoto (AC). Em linhagens de carcinoma de tiróide, o genótipo da NPA no sítio T98P do LGALS3 é CC, enquanto TPC-1, WRO e ARO são AC. As freqüências genotípicas do T98P do LGALS3 observadas em bócio multinodular (AC= 67 por cento, AA= 23 por cento, CC= 10 por cento) e carcinoma papilífero (AC= 68 por cento, AA= 20 por cento, CC= 12 por cento) foram semelhante à freqüência observada na população controle (AC= 60 por cento, AA= 24 por cento, CC= 16 por cento). Em conclusão, não observamos associação entre o genótipo T98P do LGALS3 e o fenótipo de tumor benigno ou maligno de tiróide.
Galectin-3 is a multifunctional protein highly expressed in thyroid cancer. The galectin-3 gene (LGALS3) has several annotated candidates SNPs, however the relationship between galectin-3 SNPs and specific phenotypic variations relevant to health has not been evaluated. In this study, we investigated SNPs in the galectin-3 gene and a putative association with thyroid tumorigenesis. The presence of LGALS3 SNPs in thyroid carcinoma cell lines (NPA, TPC-1, WRO, ARO), thyroid tissues of 55 patients with multinodular goiter or papillary carcinoma diagnosis and lymphocytes of peripherical blood of 45 healthy individuals was evaluated by sequencing and SSCP. The analysis of LGALS3 coding sequence showed that the T98P site presents a great genotypic variation, since we observed both homozygous (AA or CC) and heterozygous (AC) patterns. In thyroid carcinoma cell lines, the genotype of NPA in the LGALS3 T98P site is CC, while TPC-1, WRO and ARO are AC. The genotypic frequency of T98P SNP observed in multinodular goiter (AC= 67 percent; AA= 23 percent; CC= 10 percent) and papillary carcinoma (AC= 68 percent; AA= 20 percent; CC= 12 percent) were similar to the frequency observed in the control population (AC= 60 percent, AA= 24 percent, CC= 16 percent). In conclusion, no association between LGALS3 T98P genotype and the phenotype of the benign or malignant thyroid tumor was observed.