Autocoleta de swab nasofaríngeo e teste molecular em pool testing como estratégias para detecção de coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2): viabilidade em estudantes de medicina da Universidade Federal de Minas Gerais, 2021 / Autocolección de hiopados nasofaríngeos y pruebas moleculares en pool testing como estrategias para la detección del Coronavirus Síndrome Respiratorio Agudo Severo 2 (SARS-CoV-2): viabilidad en estudiantes de medicina de la Universidad Federal de Minas Gerais, Brasil, 2021 / Self-collected nasopharyngeal swab and molecular test using pool testing as strategies to detect severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2): feasibility in medical students at the Universidade Federal de Minas Gerais, Brazil, 2021

Objetivo: Demonstrar a viabilidade da utilização combinada da autocoleta de swab nasofaríngeo e pool testing para detecção do SARS-CoV-2 em inquéritos epidemiológicos. Métodos: A experiência envolveu amostra de 154 estudantes da Universidade Federal de Minas Gerais, que realizaram a autocoleta do swab nasofaríngeo em cabines individuais e sem supervisão. O teste molecular foi realizado utilizando-se a técnica de pool testing. Resultados: A obtenção de amostras durou cerca de 5 minutos por pessoa. Realizou-se análise para detecção de RNA endógeno em 40 amostras e os resultados indicaram que não houve falhas decorrentes da autocoleta. Nenhum dos pools detectou presença de RNA viral. O custo da realização do teste molecular (RT-PCR) por pool testing com amostras obtidas por autocoleta foi cerca de dez vezes menor do que nos métodos habituais. Conclusão: As estratégias investigadas mostraram-se economicamente viáveis e válidas para a pesquisa de SARS-CoV-2 em inquéritos epidemiológicos.

Objetivo: Demostrar la viabilidad del uso combinado de la auto recolección de swabs nasofaríngeos y tests por agrupamiento (pool testing) para la detección del SARS-CoV-2 en encuestas epidemiológicas. Métodos: La prueba involucró a una muestra de 154 estudiantes de la Universidade Federal de Minas Gerais, quienes realizaron e autorecolectado del hisopo nasofaríngeo en cabinas individuales sin supervisión. La prueba molecular se realizó utilizando la técnica de prueba de grupo. Resultados: La obtención de muestras duró unos 5 minutos por persona. Se realizó un análisis para detectar ARN endógeno en 40 muestras y los resultados indicaron que no hubo fallas derivadas de la autorecolección. Ninguno de los grupos detectó la presencia de ARN viral. El costo de realizar una prueba molecular (RT-PCR) por pool con muestras obtenidas por auto-recolección fue aproximadamente 10 veces menor que con los métodos habituales. Conclusión: Las estrategias investigadas demostraron ser económicamente viables y válidas para la investigación del SARS-CoV-2 en encuestas epidemiológicas.

Objective: To show the feasibility of the combined use of self-collected nasopharyngeal swab and pool testing to detect SARS-CoV-2 in epidemiological surveys. Methods: This experience included a sample of 154 students at the Universidade Federal de Minas Gerais, who performed self-collected nasopharyngeal swab in individual cabins and without supervision. The molecular test was performed using the pool testing technique. Results: It took each person 5 minutes to collect the sample. An analysis was performed to detect endogenous RNA in 40 samples. The results showed that there were no failures resulting from self-collection. None of the pools detected the presence of viral RNA. The cost of molecular testing (RT-PCR), by pool testing, with samples obtained by self-collection was about ten times lower than the usual methods. Conclusion: The strategies that were investigated proved to be economically feasible and valid for the research on SARS-CoV-2 in epidemiological surveys.

Validación y evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real in house para la detección de SARS-CoV-2 usando un gen específico RdRp y control endógeno GAPDH / Validation and evaluation of RT-PCR real time in house test to detection of SARS-CoV-2 using specific RdRp gene and GAPDH endogen control

RESUMEN Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para los genes RdRP de SARS-CoV-2 y GAPDH de humanos; este último fue usado como control endógeno. Se evaluó la especificidad y sensibilidad; además, se evaluó otros parámetros como la robustez, la repetibilidad, reproducibilidad, comparabilidad y el límite de detección. La sensibilidad, especificidad, los valores predictivos positivo y negativo, la robustez, comparabilidad y la repetibilidad-reproducibilidad de la prueba de RT-PCR en tiempo real dúplex fue de 100%, con un límite de detección de 100 copias/µL, de acuerdo con los criterios de aceptación establecidos para validación del protocolo. Esta prueba estandarizada es una buena alternativa para el diagnóstico de COVID-19; además, la prueba fue aplicada de manera exitosa en personas sospechosas de la enfermedad permitiendo controlar el número de falsos negativos.

ABSTRACT The present work validated and evaluated a duplex real-time RT-PCR using specific primers and probes for genes RdRp from SARS-CoV-2 and GAPDH from humans; the latter was used as an endogenous control in all reactions. We evaluated the specificity, the sensitivity, the robustness, the reproducibility, the repeatability, the comparability, and the limit of detection. The predictive positive and negative values (PPV and PNV, respectively) and all the parameters evaluated using our duplex real-time RT-PCR was 100%. The detection limit was 100 copies/µL according to the acceptance criteria established for the validation of this protocol. Our duplex real-time RT-PCR demonstrated to be a good alternative for the diagnosis of COVID-19; in addition, this PCR was used adequately in suspicion of COVID-19, allowing it to control the number of false-negatives.