Estudio del desempeño de dos métodos de detección de antígenos rápidos en hisopados combinados y en hisopados nasofaríngeos para la detección de SARS-CoV-2 / Performance study of two rapid antigen detection methods in combined swabs and nasopharyngeal swabs for detection of SARS-CoV-2

Resumen Se realizó una comparación del desempeño de los métodos rápidos de detección de antígenos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson y Panbio de Abbott versus una reacción en cadena de la polimerasa con retrotranscripción en tiempo real (RT-PCR) de Roche en un triage de demanda espontánea de pacientes febriles de un hospital público, para la detección de COVID-19. Se procesaron 36 hisopados de pacientes sospechosos por los tres métodos. La concordancia entre ambos métodos con la RT-PCR fue del 97%. La sensibilidad de los métodos de detección de antígenos versus la RT-PCR fue del 83% y la especificidad fue del 100%. El valor predictivo positivo (VPP) fue del 100% y el valor predictivo negativo (VPN) fue del 97%. La muestra que resultó discordante presentó un ciclo umbral (Ct) de 29,8. El método para detección de antígenos tuvo un desempeño aceptable, incluso con resultados de sensibilidad mayores que los declarados por los fabricantes (84% para el Veritor System y 93,3% para el Panbio).

Abstract A comparison of the performance of the rapid antigen detection methods for the diagnosis of SARS-CoV-2 Veritor System from Becton Dickinson and Panbio from Abbott versus a real-time polymerase chain reaction with reverse transcription (RT-PCR) Roche in a spontaneous demand triage of febrile patients of a public hospital was made, for the detection of COVID-19. Thirty six swabs from suspected patients were processed by the three methods. The concordance between both methods with RT-PCR real time was 97%. The sensitivity of the antigen detection methods versus RT-PCR real time was 83% and specificity was 100%. The positive predictive value (PPV) was 100% and the negative predictive value (NPV) was 97%. The sample that was discordant presented a threshold point (Ct) of 29.8. The method for antigen detection resulted in an acceptable performance, even with S results higher than those declared by the manufacturers (84% for the Veritor System and 93.3% for the Panbio).

Resumo Uma comparação do desempenho dos métodos rápidos de detecção de antígenos para o diagnóstico deSARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson e Panbio de Abbott versus uma reação em cadeia da polimerasecom transcrição reversa em tempo real (RT-PCR) da Roche em uma triagem de demanda espontâneade pacientes febris de um hospital público, para a detecção de COVID-19. Foram processadas 36 amostrasde esfregaços de pacientes suspeitos pelos três métodos e a concordância entre os dois métodos com aRT-PCR foi de 97%. A sensibilidade dos métodos de detecção de antigenos versus a RT-PCR foi de 83% ea especificidade de 100%. O valor preditivo positivo (VPP) foi de 100% e o valor preditivo negativo (VPN)foi de 97%. A amostra que resultou discordante apresentou um ciclo limiar (Ct) de 29,8. O método paradetecção de antígenos teve um desempenho aceitável, mesmo com resultados de sensibilidade superioresaos declarados pelos fabricantes (84% para o Veritor System e 93,3% para o Panbio).

PREX2 gene's expression in gastric antral epithelial cells of patients with H. pylori infection / Expressão do gene PREX2 em células epiteliais antrais gástricas em pacientes com infecção por H. pylori

ABSTRACT BACKGROUND: The Prex2 protein is a member of the Rac family proteins that belongs to small G proteins with a critical role in cell migration, cell proliferation, and apoptosis through its effects on PI3K cell signaling pathway and phosphatase activity of PTEN protein. The effect of PREX2 gene expression has been shown in some cancer cells. A survey of PREX2 gene expression in gastric antral epithelial cells of gastric cancer patients with Helicobacter pylori various genotypes infection can conduct to better understanding H. pylori infection's carcinogenesis. METHODS: In a case-control study, PREX2 gene expression was evaluated in gastric antral biopsy samples on four groups of patients referred to Sanandaj hospitals, including gastritis with (n=23) and without (n=27) H. pylori infection and gastric cancer with (n=21) and without (n=32) H. pylori infection. Each gastric biopsy sample's total RNA was extracted and cDNA synthesized by using Kits (Takara Company). The PREX2 gene expression was measured using the relative quantitative real-time RT-PCR method and ΔΔCt formula. RESULTS: The PREX2 gene expression increased in gastric antral biopsy samples of gastritis and gastric cancer patients with H. pylori infection (case groups) than patients without H. pylori infection (control groups) 2.38 and 2.27 times, respectively. The patients with H. pylori vacA s1m1 and sabB genotypes infection showed a significant increase of PREX2 gene expression in gastric cancer antral epithelial cells. CONCLUSION: H. pylori vacA s1m1 and sabB genotypes have the positive correlations with PREX2 gene expression in gastric antral epithelial cells of gastritis and gastric cancer patients.

RESUMO CONTEXTO: A proteína Prex2 é membro das proteínas da família Rac que pertencem a pequenas proteínas G com um papel crítico na migração celular, na proliferação celular e na apoptose através de seus efeitos na via de sinalização celular PI3K e atividade fosfatase da proteína PTEN. O efeito da expressão genética PREX2 tem sido mostrada em algumas células cancerosas. Um levantamento da expressão genética PREX2 em células epiteliais antrais gástricas de pacientes infectados com vários genótipos de Helicobacter pylori pode conduzir a um melhor entendimento da carcinogênese da infecção por H. pylori. MÉTODOS: Em estudo de caso-controle, a expressão genética PREX2 foi avaliada em amostras de biópsia antral gástrica em quatro grupos de pacientes encaminhados aos hospitais de Sanandaj, incluindo gastrite com (n=23) e sem (n=27) infecção por H. pylori e de câncer gástrico com (n=21) e sem (n=32) infecção por H. pylori. O RNA total de cada amostra de biópsia gástrica foi extraído e cDNA sintetizado por meio de kits (Takara Company). A expressão genética PREX2 foi medida utilizando-se o método RT-PCR em tempo real quantitativo relativo e a fórmula ΔΔCt. RESULTADOS: A expressão genética PREX2 aumentou em amostras de biópsia antral gástrica de pacientes com gastrite e câncer gástrico com infecção por H. pylori (grupos de casos) em relação aos sem infecção por H. pylori (grupos de controle) 2,38 e 2,27 vezes, respectivamente. Os pacientes com infecção por genótipos H. pylori vacA s1m1 e sabB apresentaram um aumento significativo da expressão genética PREX2 em células epiteliais antrais de câncer gástrico. CONCLUSÃO: Os genótipos H. pylori vacA s1m1 e sabB têm correlações positivas com a expressão genética PREX2 em células epiteliais antrais gástricas de pacientes com câncer gástrico e gastrites.

Diagnóstico laboratorial do SARS-CoV-2 por transcrição reversa seguida de reação em cadeia da polimerase em tempo real (RT-PCR) / Laboratory diagnosis of SARS-CoV-2 by real time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR)

O diagnóstico da COVID-19 está alicerçado na clínica do paciente, nos exames de imagem e no diagnóstico laboratorial. O exame de detecção do ácido nucleico viral por transcrição reversa (RT) seguido da reação em cadeia da polimerase em tempo real (PCR) foi rapidamente o primeiro método de diagnóstico laboratorial estabelecido e permanece como o padrão ouro. Esta narrativa descritiva é resultado de uma busca referenciada onde o ponto focal foi descrever o diagnóstico laboratorial do SARS-CoV-2 por RT-PCR. O diagnóstico laboratorial do SARS-CoV-2 por RT-PCR envolve as etapas de extração do RNA, transcrição reversa para obtenção do DNA complementar e a reação em cadeia da polimerase. A detecção da amplificação do material genético é realizada pela medida de fluorescência emitida. Entre as várias amostras biológicas que podem ser utilizadas, aquela que tem apresentado mais praticidade e precisão é a de swab da nasofaringe. A coleta da amostra deve ser, idealmente, realizada até sete dias a partir do início dos sintomas. Quando o SARS-CoV-2 é detectado na RT-PCR, o diagnóstico de COVID-19 é confirmado. No entanto, um único resultado de SARS-CoV-2 não detectado em paciente sintomático não exclui o diagnóstico. O exame não tem apresentado reações cruzadas com outros patógenos respiratórios. Contudo, o exame é caro e demorado, e pode resultar em falso negativo devido ao momento inadequado da coleta da amostra, coleta e manuseio impróprio de amostras e material genético viral insuficiente no sítio de coleta. Lacunas diagnósticas ainda permanecem na triagem de assintomáticos e na detecção de vírus vivos na convalescença.

The diagnosis of COVID-19 is based on the patient's clinic, imaging tests and laboratory diagnosis. The detection of viral nucleic acid by reverse transcription (RT) followed by real-time polymerase chain reaction (PCR) was quickly the first established laboratory diagnosis method and remains the gold standard. This descriptive narrative is a result of a referenced search where the focal point was to describe the laboratory diagnosis of SARS-CoV-2 by RT-PCR. The laboratory diagnosis of SARS-CoV-2 by RT-PCR involves the RNA extraction, reverse transcription to obtain complementary DNA, and the polymerase chain reaction steps. The detection of genetic material amplification is carried out by measuring the emitted fluorescence. Among the various biological samples that can be used, the one that has shown the most practicality and precision is the nasopharyngeal swab. Sample collection should be performed, ideally, within 7 days from the symptoms onset. When SARS-CoV-2 is detected by RTPCR, the diagnosis of COVID-19 is confirmed. However, a single result of undetected SARS-CoV-2 in a symptomatic patient does not exclude the diagnosis. The test has not shown cross-reactions with common respiratory pathogens. However, the test is costly and timeconsuming, a false-negative result may arise due to inadequate sample collection time, improper samples collection and handling, and insufficient viral genetic material at the collection site. Diagnostic gaps remain on asymptomatic patients screening, and in the detection of live viruses in convalescence.

Gene expression profile of Protamines and Transition Nuclear Proteins in bovine testis / Expressão gênica de protaminas e proteínas nucleares de transição em testículos bovinos

Protamines (PRM) are the major DNA-binding proteins in the sperms nucleus and can pack the DNA into than 5% of the volume of a somatic cell nucleus. It is already know that bulls only have the PRM1 protein on mature spermatozoa while most mammals also have the PRM2. Transition nuclear proteins (Tnps) and PRMs are fundamental to DNA integrity. It has already been reported the influence of PRM on chromatin structures, generating low fertility. However, molecular mechanisms underlying these effects are not known. The relative expression of PRM1, PRM2, PRM3, Tnp1 and Tnp2 was determined by real time RT-PCR, using bovine specific primers and β-actin as endogenous control. Quantification of mRNA relative expression showed a higher expression of PRM1 compared to the other genes. The PRM3 mRNA had the lowest relative expression. A significant (p < 0.05) and positive correlation was found between PRM1 and PRM2 (r = 0.518), PRM2 and Tnp1 (r = 0.750), PRM2 and Tnp2 (r = 0.706), PRM3 and Tnp1 (r = 0.542), PRM3 and Tnp2 (r = 0.731) and between Tnp1 and Tnp2 (r = 0.820). Since most of the knowledge about protamine 2 in bovine is based on a work from 1990 and according to new studies we know that PRM1 and PRM2 are important to bull fertility, more research is needed to elucidate the real function of protamines on bovines.

Protaminas (PRM) são as principais proteinas ligantes do DNA espermático e podem compactar o núcleo do espermatozóides em menos de 5% do volume de uma célula somática. Ká se sabe que o touro produz apenas a PRM1 em espermatozoide maduro, enquanto a maioria dos mamíferos também produz a PRM2. As proteínas nucleares de transição (Tnps) e as PRMs são fundamentais para a integridade do DNA. Já foi descrita a influência das protaminas na estrutura da cromatina e a associação destas com a fertilidade. Entretanto, os mecanismos moleculares que geram mudanças na cromatina espermática são desconhecidos. A expressão relativa da PRM1, PRM2, Tnp1 e Tnp2 foi determinada para dez testículos de touros oriundos de matadouros comerciais, utilizando a técnica de RT-PCR em tempo real, com primers específicos para bovinos e a B-actina como controle endogeno. Ao quantificar a expressão relativa do RNAm, detectou-se alta expressão relativa da PRM1, em comparação aos outros genes. A expressão relativa da PRM3 foi a menor de todos os genes. Foram encontradas correlações positivas e significantes (p < 0,05) entre PRM1 e PRM2 (r = 0,518), PRM2 e Tnp1 (r = 0,750), PRM2 e Tnp2 (r = 0,706), PRM3 e Tnp1 (r = 0,542), PRM3 e Tnp2 (r = 0,731) e entre Tnp1 e Tnp2 (r = 0,820). Visto que a maioria dos conhecimentos sobre a PRM2 estão baseados em um trabalho de 1990 e, de acordo com recentes estudos se sabe que a PRM1 e a PRM2 são importantes para a fertilidade do touro, mais estudos são necessários para determinar a real função das protaminas em touros.

Citotoxicidade, genotoxicidade e expressão gênica em células da polpa dental humana sensibilizadas por cimentos endodônticos / Citotoxicity, genotoxicity and gene expression in human dental pulp cells sensitized by endodontic sealers extracts

O sucesso dos tratamentos endodônticos está relacionado ao correto diagnóstico das alterações pulpares, à qualidade do preparo biomecânico e da obturação dos canais radiculares, bem como à compatibilidade entre os cimentos obturadores com os tecidos adjacentes ao canal. Atualmente a busca de bom comportamento biológico destes cimentos se faz de extrema importância. O presente estudo teve como objetivo analisar a citotoxicidade e a genotoxicidade dos extratos de três cimentos endodônticos e seus efeitos sobre a expressão dos genes BMP2, ALP, RUNX2, BGLAP, OPN e DMP1 em células da polpa dental humana. Foram utilizadas células primárias de tecidos pulpares de terceiro molar com rizogênese incompleta. Cimentos endodônticos foram depositados em placas de 24 poços e armazenados a 37°C por 6 h; cada espécime foi colocado em contato com 2,7 ml de meio de cultura (DMEM-F12) e as amostras foram incubadas por 24 h, a 37°C. Extratos originais (1:1) de cada material foram diluídos em série até 1:32 e analisados quanto a citotoxicidade pelo ensaio de MTT. Após a obtenção de uma diluição que não fosse extremamente tóxica e não interferisse demasiadamente na replicação celular (subdose), foi realizado o teste de micronúcleo para avaliação da genotoxicidade dos materiais. A expressão dos genes foi verificada por RT-PCR em tempo real, em 6, 12 e 24 h. O RNA total foi isolado e retrotranscrito. Os testes de citotoxicidade indicaram que a sobrevivência celular foi afetada pelos extratos na seguinte ordem: EndoREZ > AH Plus > RoekoSeal ≥ MTA. O EndoREZ propiciou o maior número de micronúleos no ensaio de genotoxicidade. A quantificação relativa indicou que em 24 h, o AH Plus e o EndoREZ agiram de modo similar, aumentando a expressão da OPN e reduzindo a ALP; o RoekoSeal gerou expressão da OPN decrescente com o tempo de contato, reduziu a expressão ALP e do gene RUNX2. O MTA foi o material que menos interferiu, de maneira geral, na expressão dos genes de interesse.

The success of endodontic therapy is related to the correct pulp and periapical alterations diagnosis; to the good biomechanical instrumentation and to the root canal sealing quality; to the compatibility between the endodontic sealers and the root canal surrounding tissues as well. Nowadays, the seeking for a sealer with good biological behavior is extremely important. The aim of this study was to analyze the cytotoxicity and the genotoxicity of three endodontic sealers and their effects on the expression of the genes BMP-2, ALP, RUNX2, BGLAP, SPP1 and DMP1 in human dental pulp cells. Primary cells from the 5th passage obtained from pulp tissue of third molar with incomplete rizogenesis were used in this study. Endodontic sealers were placed in 24 well plates and stored at 37°C for 6 hours. After that, each specimen was covered with 2.7 ml of cell culture media (DMEM-F12) and incubated afterwards at 37°C for 24 h. Original extracts (1:1) of each material were serially diluted up to 1:32 and the citotoxicity was analyzed by MTT assay. After obtaining extracts subdose, non very toxic or non interfering on cell replication, genotoxicity was evaluated by micronucleus test. The gene expression was accessed by Real Time RT-PCR, after extracts exposure of 6, 12 and 24 h. Total RNA was isolate and retrotranscribed. The citotoxicity test has showed that cell survival was affected in the following order: EndoREZ > AH Plus > Roeko Seal ≥ MTA. EndoREZ has caused the highest score in micronucleus assay. Relative quantification indicated that at 24 h, AH Plus and EndoREZ increased OPN and reduced ALP; RoekoSeal has caused decreasing OPN expression over time, and has also reduced ALP and RUNX2 expressions. In general, MTA has less interfered at genes expressions.

Citotoxicidade, genotoxicidade e expressão gênica em células da polpa dental humana sensibilizadas por cimentos endodônticos / Citotoxicity, genotoxicity and gene expression in human dental pulp cells sensitized by endodontic sealers extracts

O sucesso dos tratamentos endodônticos está relacionado ao correto diagnóstico das alterações pulpares, à qualidade do preparo biomecânico e da obturação dos canais radiculares, bem como à compatibilidade entre os cimentos obturadores com os tecidos adjacentes ao canal. Atualmente a busca de bom comportamento biológico destes cimentos se faz de extrema importância. O presente estudo teve como objetivo analisar a citotoxicidade e a genotoxicidade dos extratos de três cimentos endodônticos e seus efeitos sobre a expressão dos genes BMP2, ALP, RUNX2, BGLAP, OPN e DMP1 em células da polpa dental humana. Foram utilizadas células primárias de tecidos pulpares de terceiro molar com rizogênese incompleta. Cimentos endodônticos foram depositados em placas de 24 poços e armazenados a 37°C por 6 h; cada espécime foi colocado em contato com 2,7 ml de meio de cultura (DMEM-F12) e as amostras foram incubadas por 24 h, a 37°C. Extratos originais (1:1) de cada material foram diluídos em série até 1:32 e analisados quanto a citotoxicidade pelo ensaio de MTT. Após a obtenção de uma diluição que não fosse extremamente tóxica e não interferisse demasiadamente na replicação celular (subdose), foi realizado o teste de micronúcleo para avaliação da genotoxicidade dos materiais. A expressão dos genes foi verificada por RT-PCR em tempo real, em 6, 12 e 24 h. O RNA total foi isolado e retrotranscrito. Os testes de citotoxicidade indicaram que a sobrevivência celular foi afetada pelos extratos na seguinte ordem: EndoREZ > AH Plus > RoekoSeal ≥ MTA. O EndoREZ propiciou o maior número de micronúleos no ensaio de genotoxicidade. A quantificação relativa indicou que em 24 h, o AH Plus e o EndoREZ agiram de modo similar, aumentando a expressão da OPN e reduzindo a ALP; o RoekoSeal gerou expressão da OPN decrescente com o tempo de contato, reduziu a expressão ALP e do gene RUNX2. O MTA foi o material que menos interferiu, de maneira geral, na expressão dos genes de interesse

The success of endodontic therapy is related to the correct pulp and periapical alterations diagnosis; to the good biomechanical instrumentation and to the root canal sealing quality; to the compatibility between the endodontic sealers and the root canal surrounding tissues as well. Nowadays, the seeking for a sealer with good biological behavior is extremely important. The aim of this study was to analyze the cytotoxicity and the genotoxicity of three endodontic sealers and their effects on the expression of the genes BMP-2, ALP, RUNX2, BGLAP, SPP1 and DMP1 in human dental pulp cells. Primary cells from the 5th passage obtained from pulp tissue of third molar with incomplete rizogenesis were used in this study. Endodontic sealers were placed in 24 well plates and stored at 37°C for 6 hours. After that, each specimen was covered with 2.7 ml of cell culture media (DMEM-F12) and incubated afterwards at 37°C for 24 h. Original extracts (1:1) of each material were serially diluted up to 1:32 and the citotoxicity was analyzed by MTT assay. After obtaining extracts subdose, non very toxic or non interfering on cell replication, genotoxicity was evaluated by micronucleus test. The gene expression was accessed by Real Time RT-PCR, after extracts exposure of 6, 12 and 24 h. Total RNA was isolate and retrotranscribed. The citotoxicity test has showed that cell survival was affected in the following order: EndoREZ > AH Plus > Roeko Seal ≥ MTA. EndoREZ has caused the highest score in micronucleus assay. Relative quantification indicated that at 24 h, AH Plus and EndoREZ increased OPN and reduced ALP; RoekoSeal has caused decreasing OPN expression over time, and has also reduced ALP and RUNX2 expressions. In general, MTA has less interfered at genes expressions