Performance of the tetra-primer PCR technique compared to PCR-RFLP in the search for rs12979860 (C/T) and rs8099917 (T/G) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IFNL4 gene / Desempenho da técnica tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP na pesquisa de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) rs12979860 (C/T) e rs8099917 (T/G) no gene IFNL4

Single nucleotide polymorphisms (SNPs, rs12979860 e rs8099917) in the Interferon Lambda 4 gene (IFNL4, formerly IFNL3and/or IL28B) has been associated with failure in the innate immune response, sustained virological response in hepatitis C, and HTLV-1-associated myelopathy (HAM) development. To search for these polymorphisms several methodologies can be employed, such as sequencing, real-time or quantitative polymerase chain reaction (qPCR), restriction fragment length polymorphism analysis in PCR products (PCR-RFLP), and tetra-primer PCR. The present study compared the performance of the tetra-primer PCR in relation to the PCR-RFLP, both optimized in the Research HTLV Laboratory of the Center of Immunology of Instituto Adolfo Lutz in São Paulo. One hundred DNA samples obtained from patients of STD/Aids Reference Centre in São Paulo, previously analyzed for IL28B SNPs by PCR-RFLP were selected for analysis, after confirming that they represent all IL28B SNPs patterns described in the literature. The results obtained showed concordance between the PCR-RFLP and the tetra-primer PCR SNPs results, and because of the low cost, easy to perform, and minor employment of biological specimen and reagents, the tetra-primer PCR is of choice to be used in routine. (AU)

Polimorfismos de nucleotídeos únicos (single nucleotide polymorphisms, SNPs rs12979860 e rs8099917) no gene que codifica o Interferon Lambda 4 (IFNL4, antigamente IFNL3 e/ou IL28B) têm sido associados às falhas na resposta imune inata e resposta virológica sustentada na hepatite C, e a mielopatia associada ao HTLV-1 (HTLV-1-associated myelopathy, HAM). A pesquisa destes polimorfismos pode empregar diversas metodologias: sequenciamento, reação em cadeia da polimerase em tempo real ou quantitativa (quantitative polymerase chain reaction, qPCR), análise de fragmentos de restrição enzimática em produtos de PCR (restriction fragment length polymorphism in PCR products, PCR-RFLP) e a tetra-primer PCR. Este estudo comparou o desempenho da tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP, ambas otimizadas no Laboratório de Pesquisa em HTLV do Centro de Imunologia do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo. Foram selecionadas 100 amostras de DNA obtidas de pacientes do Centro de Referência e Treinamento em DST/Aids de São Paulo cujos SNPs na IL28B foram anteriormente determinados por PCR-RFLP e representaram todos os perfis descritos em literatura. Os resultados obtidos mostraram concordância entre elas, e pelo fato da tetra-primer PCR ter menor custo, ser de fácil execução, empregar menos tempo, insumos e material biológico, é a técnica de escolha para uso em rotina. (AU)

Dynamics of natural infection by Babesia bovis and Babesia bigemina in dairy cattle from an enzootic instability area in Northeastern Brazil / Dinâmica da infecção natural por Babesia bovis e Babesia bigemina em bovinos leiteiros de uma área de instabilidade enzoótica no Nordeste do Brasil

Abstract This study aimed to determine the dynamics of natural infection in the transmission of Babesia spp. to cattle in an enzootic instability area in Northeastern Brazil. Blood samples were collected from 30 calves located on two dairy farms to determine the packed cell volume (PCV) and the timing of the primo-infection using polymerase chain reaction (PCR) and their association with climatic factors and management practices. On Farm A, the determination of primo-infection was observed on average at 249.4 (±24.42) days of age for B. bigemina and at 252.6 (±17.07) days of age for B. bovis; there was no significant difference between the times of infection (P> 0.05). The infection coincided with a period of high rainfall in the region. On Farm B, primo-infection infection was not observed. There was no infection by Babesia spp. on Farm B due to the intensive use of acaricides that led to an absence of ticks. There was no significant difference between the average PCV of animals from Farms A and B (P> 0.05). The management practices on the properties, in addition to the weather conditions influenced the exposure of the animals to disease vectors and may have contributed to the maintenance of this enzootic area in Northeastern Brazil.

Resumo Este estudo teve como objetivo determinar a dinâmica da infecção natural na transmissão de Babesia spp. em bovinos de uma área de instabilidade enzoótica no Nordeste do Brasil. Foram coletadas amostras de sangue de 30 bezerras, proveniente de duas propriedades leiteiras para determinação do volume globular e da primo-infecção por meio da reação em cadeia da polimerase associando aos fatores climáticos e medidas de manejo. Na fazenda A, o período médio da primo-infecção para B. bigemina, determinado por meio da PCR, foi de 249,4 (±24,42) dias de idade, enquanto que para B. bovis foi aos 252,6 (±17,07) dias de idade, não existindo diferença estatística. A infecção coincidiu com o período de alta precipitação pluviométrica na região. Não houve infecção por Babesia spp. na fazenda B, na qual o uso intensivo de acaricidas determinou ausência de carrapatos. Não houve diferença significativa entre médias de VG dos animais das fazendas A e B. O manejo adotado nas fazendas estudadas, associado às condições climáticas, interferem na exposição dos animais aos vetores, podendo favorecer a manutenção de uma área de instabilidade enzoótica no Nordeste do Brasil.

Pesquisa de Mycoplasma em aves da família Psittacidae mantidas em diferentes cativeiros no Brasil Central / Research of Mycoplasma in the family Psittacidae kept in different captivities in Central Brazil

O presente estudo teve como objetivo investigar a presença de Mycoplasma gallisepticum e M. synoviae em diferentes espécies de psitacídeos cativos no Brasil Central. Um total de 300 amostras foram coletadas e corresponderam a 41 espécies de psitacídeos da fauna brasileira, provenientes do CETAS, criadouro comercial e criadouro conservacionista. Quatorze espécies apresentaram amostras positivas para M. gallisepticum destacando a maracanã-verdadeira (Primolius maracana) (01/02, 50%), a arara-canindé (Ara ararauna) (15/48, 33,3%) e a jandaia-verdadeira (Aratinga jandaia) (03/10, 30%). Amostras do CETAS obtiveram total de 21,62% (16/74) de amostras positivas, do criadouro comercial 15,7% (19/121) e do criadouro conservacionista 6,66% (7/105). Apenas três espécies foram positivas para M. synoviae sendo essas, a maracanã-pequena (Primolius maracana) (1/10 - 10%), arara-macao (Ara macao) (1/12, 8,3%) e arara-canindé (Ara ararauna) (2/48, 4,1%). O CETAS obteve 2,7% (2/74) de amostras positivas totais, enquanto o criadouro conservacionista obteve total de 1,9% (2/105) de amostras. Não ocorreram amostras positivas para M. synoviae no criadouro comercial. Os resultados mostraram um considerável número de amostras positivas para M. gallisepticum em espécies da família Psittacidae, indicando que estes animais podem ser uma fonte de infecção silenciosa para outras aves, uma vez que não apresentaram sintomatologia clínica.(AU)

The study aimed to investigate the presence of Mycoplasma gallisepticum and M. synoviae in different species of captive parrots, in Central Brazil. A total of 300 samples were collected from 41 brazilian species of Psittacidae at three captivities: Centro de Triagem de Animais Silvestres (CETAS), a conservation and a commercial captivity. Fourteen species presented positive samples for M. galisepticum, the most affected were blue-winged macaw (Primolius maracana) (01/02, 50%), blue-and-yellow macaw (Ara ararauna) (15/48, 33.3%), and jandaia parakeet (Aratinga jandaia) (03/10, 30%). CETAS facility showed 21.62% (16/74) of positive samples, while the commercial captivity showed 15.7% (19/121), and the conservation captivity 6.66% (7/105). Only three species presented positive samples for M. synoviae: blue-winged macaw (Primolius maracana) (1/10, 10%), scarlet macaw (Ara macao) (1/12, 8.3%) e blue-and-yellow macaw (Ara ararauna) (2/48, 4.1%). CETAS facility showed 2.7% (2/74) of positive samples, while the conservation captivity presented 1.9% (2/105), and no positive samples were found in the commercial captivity. Results showed a considerable number of positive samples for M. galisepticum in species of Psittacidae family, indicating that these animals can be a silent source of infection for other birds, since they did not present clinical symptoms.(AU)

Identificação de bactérias diazotróficas isoladas em cultivares de palma (Opuntia e Nopalea) usando o gene recA / Identification of diazotrophs isolated from palm cultivars (Opuntia and Nopalea) using the recA gene

Este trabalho teve como objetivo caracterizar filogeneticamente os isolados bacterianos da cultura da palma forrageira usando o gene recA. Para o isolamento caldódios de palma foram maceradas e inoculadas em meios semissólido semi-seletivo NFb, JNFb, LGI e LG sem adição de nitrogênio. Foram obtidos doze micro-organismos cuja a analise parcial do gene recA possibilitou a identificação dos gêneros Azospirillum, Bacillus e Methylobacterium.. Bactérias diazotróficas encontrados na cultura da palma podem ter uma grande função como bactéria promotora de crescimento. O gene recA mostrou-se bastante consistente para uso em filogenia molecular de bactérias. Observou-se ainda a presença de bactérias destes gêneros podem ter de grande interesse para futuros estudos considerando seu alto poder biotecnológico.

This study aimed to characterize phylogenetically isolated bacterial culture of Cactus Pear using the parcial gene recA. For isolation cladodes were macerated and inoculated in semi-selective semisolid media NFB, JNFb, LGI and LG without added nitrogen. Twelve micro-organisms were obtained whose analysis of partial gene recA enabled the identification of the genera Azospirillum, Bacillus and Methylobacterium. Diazotrophic bacteria found in the culture of Cactus Pear may have a great function as growth-promoting bacteria. The partial gene recA was shown to be quite consistent for use in molecular phylogeny of bacteria. We also observed the presence of bacteria of these genera may be of great interest for future studies considering its high power biotechnology.

Ocorrência de Listeria spp e de Listeria monocytogenes, em um matadouro-frigorífico de bovinos do estado de São Paulo / Occurrence of Listeria spp and Listeria monocytogenes, at a slaughterhouse bovine of the state of São Paulo

A ocorrência de Listeria spp. e de Listeria monocytogenes, foi avaliada em amostras ambientais por meio de suabes colhidos em matadouro-frigorífico de bovinos habilitado à exportação, localizado no Estado de São Paulo, Brasil. Após o pré-enriquecimento a 30 ± 1oC por 22 à 26h as amostras foram analisadas empregando o BAX® System Listeria. As amostras positivas para Listeria spp. foram submetidas à uma nova reação de PCR para a confirmação da presença de Listeria monocytogenes. Das 411 amostras ambientais analisadas, 62 (15,1%) foram positivas para Listeria spp. e 21 (5,1%) para Listeria monocytogenes (5,1%), o que mostrou sua persistência na planta de abate. Não foi detectada diferença estatística entre os períodos seco e chuvoso e entre as superfícies amostradas, porém diferença estatística foi encontrada entre setores. A superfície do piso e o setor de cortes apresentaram os maiores índices de positividade.

We evaluated the presence of Listeria spp. and Listeria monocytogenes in environmental samples by means of swabs collected the bovine slaughter plant enabled to export, located in the state of Sao Paulo, Brazil. After the pre-enrichment at 30±1oC for 22 to 26h the samples were analyzed using the BAX System Listeria. Those positive for Listeria spp. were submitted a second PCR reaction to confirm the presence of Listeria monocytogenes. From 411 environmental samples analyzed, 62 (15.1%) were positive for Listeria spp. and 21 (5.1%) for Listeria monocytogenes, which showed their persistence in the slaughter plant. There were no statistical differences between the rainy and dry

Patógenos periodontais: comparação entre cultura bacteriana e PCR em tempo real para teste diagnóstico / Periodontal pathogens: comparison between culture and real time PCR for diagnostic assay

A correta distinção dos microrganismos envolvidos na patogênese da doença periodontal, torna-se importante para o entendimento da sua progressão e adequado plano de tratamento. Métodos de identificação e quantificação foram desenvolvidos e são considerados extremamente sensíveis e precisos na caracterização das espécies bacterianas. Com isso a presente revisão mostra trabalhos existentes na literatura, os quais analisaram comparativamente os métodos de Reação em Cadeia da Polimerase em tempo real (qPCR) e cultura bacteriana com objetivo na identificação de periodontopatógenos. Através do método de cultura bacteriana é possível a identificação de novos microrganismos e realização de testes de sensibilidade a antibióticos. O qPCR é um teste microbiológico que identifica e quantifica espécies bacterianas, através da amplificação gênica de fragmentos de DNA pré-determinados, com alta sensibilidade, especificidade e dispendem menor tempo do operador quando comparados a cultura bacteriana. Assim para a escolha de um determinado teste diagnóstico deve-se levar em consideração não somente a sua precisão na identificação dos micro-organismos, mas também a relação custo-beneficio.

The correct distinguishment of microorganisms involved in the periodontal disease pathogen, it is important in the understanding of its progression and adequate treatment planning. Considering this fact, some molecular methods of identification and quantification were developed and are extremely sensitive and precise in the characterization of different bacteria species. The present study aimed to realize a literature review, including studies that realized a comparative analysis between bacterialculture and real time PCR methods in the identification of pathogens. The bacterial culture method can possibly identify new microorganisms and realize antibiotics sensitivity tests. The real time PCR is a microbiologic test that identifies and quantifies bacterial species, through gene amplification of predetermined DNA fragments, with high sensitivity and specificity, and need a shorter operation time of the operator when compared to thebacterial culture method. In this way, to determine a specific diagnostic test, should be considered not only its precision in the identification of microorganisms, but the cost-benefit relationship as well.

Diagnóstico de HPV anal em mulheres com NIC: prevenção de câncer do ânus? / Anal HPV diagnosis in women with NIC: anal cancer prevention?

Os objetivos deste estudo foram avaliar a frequência de HPV anal em pacientes com neoplasia intraepitelial cervical (NIC), verificar a concordância entre os subtipos encontrados nos dois locais e investigar os fatores que influenciaram a ocorrência de HPV anal em mulheres com NIC sem evidências clínicas de imunodepressão. Foram avaliadas 52 mulheres com idades entre 16 e 72 anos e diagnóstico de neoplasia intraepitelial cervical graus I, II e III. A identificação do DNA (ácido desoxirribonucleico) do HPV e de sete subtipos dos vírus foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase (PCR) em material colhido no ânus e colo uterino. Foram pesquisados fatores que poderiam contribuir para a infecção anal, como paridade, número de parceiros, tabagismo, manipulação e coito anal e o tipo de doença ginecológica. Das 52 mulheres, foi diagnosticado HPV na região anal em 25 (48 por cento), das quais 23 (44 por cento) também apresentavam HPV no colo uterino - resultado significativo para existência do HPV em portadoras de NIC. Em 16 (31 por cento) o HPV foi diagnosticado somente no colo uterino e em 11 (21 por cento) não foi identificado em colo ou ânus. Houve associação significativa nas variáveis paridade (p=0,02) e número de parceiros (p=0,04). Concluiu-se que: as mulheres com HPV genital têm mais probabilidade de serem acometidas por HPV anal; não há concordância unânime entre os subtipos do HPV do colo do útero e do ânus e a paridade e o número de parceiros contribuem para aumentar a incidência de HPV anal nas mulheres sem imunodeficiência e com HPV cervical.

This study aims were to assess the frequency of HPV anal infection in patients with cervical intra-epithelial neoplasia (CIN), to find out the relation between the found subtypes, when present in both regions, and investigate factors that influenced the occurrence of anal HPV in women with CIN. Fifty two women with age between 16 and 72 years and cervical intra-epithelial neoplasia (CIN) diagnosis, grades I, II and III were studied. Material from anus and uterine cervix were obtained to identify the virus deoxyribonucleic acid (DNA) and seven virus subtypes through polymerase chain reaction (PCR). Factors that could contribute to anal infection like number of children, number of sexual partners, smoking practice, anal manipulation and intercourse, and grade of gynecologic disease were investigate. From the fifty two women, anal HPV diagnoses happened in 25 (48 percent), and 23 (44 percent) of them had HPV in uterine cervix as well; this result was significant to the presence of anal HPV in patients with CIN. In 16 (31 percent) the HPV diagnosis occurred only in uterine cervix and in 11 (21 percent) no HPV was detected in anus and uterine cervix. In conclusion, women with cervical intra-epihelial neoplasia have more probability to be infected with anal HPV; there is no unanimous concordance among HPV sub-types in uterine cervix and anus and the number of children and sexual partners contribute to increase the anal infection incidence in women without immuno-deficiency, with cervical HPV infection.