RESUMO
La papa (Solanum tuberosum) Diacol Capiro es uno de los cultivares con mayor producción y consumo interno en Colombia, siendo los departamentos de Cundinamarca y Boyacá, los principales productores. Este cultivo, se ve afectado por un complejo de virus, que disminuye la calidad de los tubérculos y los rendimientos. En este trabajo, se evaluó la prevalencia de los virus de ARN: PLRV, PVY, PVX, PVS, PVV, PYVV, PMTV y PVB, en brotes de tubérculos-semilla certificados, provenientes de la sabana Cundiboyacense, mediante RT-qPCR. Los resultados revelan la ocurrencia de siete de los ochos virus en las muestras, con niveles de infección de 100 % (PVS, PVX y PYVV), 75 % (PLRV), 50 % (PVY), 37,5 % (PMTV) y 12,5 % (PVB). Adicionalmente, con el fin de obtener información de los genomas de los virus detectados, se utilizó secuenciación de alto rendimiento (HTS), de una muestra compuesta (bulk) de brotes, siendo posible obtener el genoma completo del PLRV y el genoma parcial del PVY. Los análisis filogenéticos realizados con dichas secuencias ubicaron a los virus PLRV y PVY en clados, conformados por aislamientos colombianos, con niveles de identidad superiores al 97 %. Estos hallazgos evidencian la necesidad de fortalecer los programas de certificación de tubérculos-semilla de papa en el país, mediante la utilización de pruebas moleculares de detección viral.
Diacol-Capiro is one of the most important potato (Solanum tuberosum) cultivars in Colombia with most production concentrated in the provinces of Cundinamarca and Boyacá. Unfortunately, this crop is seriously affected by several viruses that compromise the quality of tubers and yields. In this work, it was evaluated the prevalence of the RNA viruses: PLRV, PVY, PVX, PVS, PVV, PYVV, PMTV, and PVB in certified tuber-seed sprouts produced in the highlands of Cundinamarca and Boyacá by RT-qPCR. Results revealed a prevalence of 100 % for PVS, PVX, and PYVV; 75 % for PLRV, 50 % for PVY, 37.5 % for PMTV, and 12.5 % for PVB. Additionally, high-throughput sequencing from a sprout´s bulk sample was used to gather genomic information of infecting viruses, which resulted in a partial PVY sequence, and a complete PLRV genome. Phylogenetic analysis revealed that both assemblies cluster within clades comprising other Colombian isolates with more than 97 % nucleotide sequence identity. These findings highlight the need to update potato seed-tuber certification programs in Colombia with the implementation of more sensitive molecular tests.
RESUMO
A survey was conducted in 30 fields located at three different altitudes in Cartago, Costa Rica's main potato producing area. Twenty plants were sampled per farm, for a total of 600 samples with 200 samples per altitude. ELISA was used with commercial reagents to independently test for PVX, PVY, PVM, PVA, PVS, PLRV, PMTV, PAMV, PVV, PVT, APLV, APMoV and TRSV. The presence of the following viruses was determined: PVX (77 %), PAMV (62 %), PLRV (42 %), TRSV (42 %), PVT (39 %), PVV (37 %), PMTV (31%), PVY (30 %), PVS (19 %), PVM (13 %), PVA (8 %), and APMoV (8%). APLV was not detected in any sample. This is the first report in Costa Rica of the presence of the viruses PMTV, PAMV, PVV, PVT and APMoV. A high viral incidence in the tuber seed production area as well as a high rate of mixed infections is reported.
En Cartago, la zona productora de papa más importante de Costa Rica, se realizó un muestreo en 30 fincas ubicadas a tres altitudes. Se recolectaron 20 plantas por finca y 200 muestras por altitud. Todas las muestras se analizaron independientemente mediante ELISA, para PVX, PVY, PVM, PVA, PVS, PLRV, PMTV, PAMV, PVV, PVT, APLV, APMoV y TRSV, utilizando reactivos comerciales. Se identificó la presencia de PVX (77 %), PAMV (62 %), PLRV (42 %), TRSV (42 %), PVT (39 %), PVV (37 %), PMTV (31 %), PVY (30 %), PVS (19 %), PVM (13 %), PVA (8 %), y APMoV (8 %). No se detectó APLV en ninguna de las muestras analizadas. Se informan por primera vez la presencia en Costa Rica de los virus PMTV, PAMV, PVV, PVT y APMoV. Se informa la alta incidencia viral en la zona dedicada a la producción de tubérculos como semilla y la alta tasa de infecciones mixtas.