Theoretical pneumococcal vaccine coverage: analysis of serotypes isolated from inpatients at a tertiary care hospital / Cobertura vacinal pneumocócica teórica: análise de sorotipos isolados de pacientes internados em hospital terciário

ABSTRACT Objective: To evaluate Streptococcus pneumoniae serotypes isolated from an inpatient population at a tertiary care hospital, in order to determine the theoretical coverage of the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV13) and the 23-valent pneumococcal polysaccharide vaccine (PPV23). Methods: This was a cross-sectional study involving 118 inpatients at the Hospital São Lucas, in the city of Porto Alegre, Brazil, whose cultures of blood, cerebrospinal fluid, or other sterile body fluid specimens, collected between January 2005 and December 2016, yielded pneumococcal isolates. The theoretical vaccine coverage was studied in relation to the serotypes identified in the sample and their relationship with those contained in the pneumococcal vaccines available in Brazil. Results: The majority of the population was male (n = 66; 55.9%), with a median age of 57 years (interquartile range: 33-72 years). The most common manifestation was pneumonia, and the pneumococcus was most commonly isolated from blood cultures. More than one fourth of the study population had some degree of immunosuppression (n = 34; 28.8%). Of the total sample, 39 patients (33.1%) died. There were no significant associations between mortality and comorbidity type, ICU admission, or need for mechanical ventilation. The theoretical vaccine coverage of PPV23 alone and PCV13 plus PPV23 was 31.4% and 50.8%, respectively. Conclusions: If the patients in this sample had been previously vaccinated with PCV13 plus PPV23, theoretically, 50.8% of the cases of invasive pneumococcal disease that required hospital admission could potentially have been prevented. Invasive pneumococcal disease should be prevented by vaccination not only of children and the elderly but also of adults in their economically productive years, so as to reduce the socioeconomic costs, morbidity, and mortality still associated with the disease, especially in underdeveloped countries.

RESUMO Objetivo: Avaliar os sorotipos de Streptococcus pneumoniae isolados de uma população internada em um hospital terciário para verificar a cobertura vacinal teórica das vacinas conjugada pneumocócica 13-valente (VCP13) e pneumocócica polissacarídica 23-valente (VPP23). Métodos: Estudo transversal envolvendo 118 pacientes internados no Hospital São Lucas, na cidade de Porto Alegre (RS), cujas amostras de cultura de sangue, líquor ou outro líquido estéril apresentaram isolados de pneumococos entre janeiro de 2005 e dezembro de 2016. A cobertura vacinal teórica foi estudada em relação aos sorotipos observados na amostra e sua relação com os contidos nas vacinas pneumocócicas disponíveis no Brasil. Resultados: A maioria da população era masculina (n = 66; 55,9%), com mediana de idade de 57 anos (intervalo interquartil: 33-72 anos). O agravo mais frequente foi pneumonia, e o pneumococo foi mais frequentemente isolado em hemocultura. Mais de um quarto da população estudada tinha algum grau de imunossupressão (n = 34; 28,8%). Na amostra geral, 39 pacientes (33,1%) foram a óbito. Não houve associações significativas do número de óbitos com o tipo de comorbidades, internação em UTI ou necessidade de ventilação mecânica. A cobertura vacinal teórica da VPP23 e da combinação VCP13 + VPP23 foi de 31,4% e 50,8%, respectivamente. Conclusões: Nesta amostra, se os pacientes tivessem sido previamente vacinados com a combinação VCP13 seguida de VPP23, teoricamente, 50,8% dos casos de doença pneumocócica invasiva que necessitaram de internação hospitalar poderiam ter sido prevenidos potencialmente. Essa doença deve ser prevenida com a vacinação não só de crianças e idosos, mas também de adultos em idade economicamente ativa, para reduzir o custo socioeconômico, a morbidade e a mortalidade ainda associados à doença, especialmente em países subdesenvolvidos.

Molecular Characterization of Group B Streptococcus Serotypes By Multiplex Polymerase Chain Reaction / Caracterização molecular dos sorotipos de estreptococos do grupo b por reação multiplex pcr

OBJECTIVE: Group B Streptococcus (GBS) serotypes (Ia, Ib and II to IX) are classified based on variations in their capsular polysaccharide; their prevalence differs between different geographic areas. We examined the prevalence of all GBS serotypes in rectal and vaginal swab samples obtained from 363 pregnant women followed at a Brazilian referral center (Hospital da Mulher Professor Doutor José Aristodemo Pinotti); bacterial susceptibility to antibiotics was further determined. METHOD: Prevalence of positive GBS was evaluated by latex agglutination and by multiplex PCR analysis; bacterial susceptibility to antibiotics, such as clindamycin, erythromycin, levofloxacin, linezolid, penicillin and tetracycline was determined by the disk diffusion method. RESULTS: (a) standard GBS culture and the multiplex PCR analysis tested positive for 83 swabs, collected from 72 women (prevalence of GBS colonization: 72/363; 20%); the most prevalent Serotype was Ia (n=43/83; 52%), followed by serotype V (n=14/83; 17%); according to anatomical origin, serotype Ia accounted for 27/59 (46%) and 16/24 (67%) of the vaginal and rectal samples, respectively; PCR also identified serotypes Ib, II, III and VI. Serotype VI is rarely described and had not been previously reported in Brazil or in Latin America. (b) The latex agglutination test only identified 44 positive samples, all of which were serotyped: 34 of these samples (77%) had serotypes matching those identified by multiplex PCR. (c) Only one sample (serotype Ia) showed resistance to erythromycin and clindamycin. CONCLUSION: Regional studies on GBS serotypes prevalence are essential to guide immunoprophylactic interventions (vaccines) and the implementation of adequate antibiotic prophylaxis or treatment. In this study, the incidence of the serotype VI, a new and rare serotype of GBS was described for the first time in a Brazilian population.

OBJETIVO: Os sorotipos (Ia, Ib e II ao IX) do estreptococo do grupo B (GBS) são classificados baseado nas variações em seus polissacarídeos capsulares; sua prevalência difere entre diferentes áreas geográficas. Nós examinamos a prevalência de todos os sorotipos do estreptococo do grupo B em amostras de swabs vaginal e retal obtidas de 363 mulheres seguidas em um centro de referência brasileiro, o Hospital da Mulher Professor Doutor José Aristodemo Pinotti; a susceptibilidade bacteriana a antibióticos foi também determinada. MÉTODO A prevalência de estreptococo do grupo B positivo foi avaliada por aglutinação em látex e através de análise por multiplex PCR; susceptibilidade bacteriana a antibióticos, tais como clindamicina, eritromicina, levofloxacin, linezolide, penicilina e tetraciclina foi determinada pelo método de disco difusão. RESULTADOS: (a) Tanto a cultura padrão para estreptococo do grupo B quanto a análise por multiplex PCR testaram positivos para 83 swabs. A prevalência para colonização por GBS foi 20%. O sorotipo Ia foi o mais prevalente (n= 43/83; 52%), seguido pelo sorotipo V (n= 14/83; 17%); De acordo com a origem anatômica, o sorotipo Ia positivou 27/59 (46%) e 16/24 (67%) das amostras vaginais e retais, respectivamente; o teste de PCR também identificou os sorotipos Ib, II, III, VI. O sorotipo VI é raramente descrito e não reportado no Brasil ou na América Latina até esta data. (b) O teste de aglutinação em látex somente identificou 44 amostras positivas, todas das quais foram sorotipadas: 34 destas amostras (77%) tiveram os sorotipos coincidindo com aqueles identificados pela multiplex PCR. (c) Somente uma amostra (sorotipo Ia) mostrou resistência a eritromicina e clindamicina. CONCLUSÃO: Estudos regionais sobre a prevalência dos sorotipos do estreptococo do grupo B são essenciais para guiar medidas imunoprofiláticas (vacinas) e a implementação de adequada antibiótico profilaxia. Neste estudo, a incidência do sorotipo VI foi descrita pela primeira vez na população Brasileira, um novo e raro sorotipo do estreptococo do grupo B.

Antimicrobial susceptibility of Streptococcus pneumoniae isolated from patients in the northeastern macroregion of São Paulo state, Brazil, 1998-2013 / Suscetibilidade antimicrobiana de Streptococcus pneumoniae isolados de pacientes na macrorregião nordeste do estado de São Paulo, Brasil, entre 1998 e 2013

ABSTRACT Introdution: There are reports worldwide about the increase in infections caused by Streptococcus pneumoniae resistant to antimicrobials. Objective: Evaluate the susceptibility profile of serotypes of Streptococcus pneumoniae associating them with pneumococcal invasive diseases (PID), as well as antimicrobial therapies. Method: This is a retrospective cross-sectional research involving secondary data from 1998 to 2013, in the northeastern macroregion of São Paulo state, Brazil, composed of Araraquara, Barretos, Franca and Ribeirão Preto regions, with 90 municipalities. At Instituto Adolfo Lutz (IAL), isolated strains from patients with PID were subjected to identification, serotyping and antimicrobial susceptibility testing. Results: From 796 strains analyzed, 14.8% (n = 118) were resistant to penicillin, being 3% (n = 24) with intermediate resistance and 11.8% (n = 94) with full resistance, especially in patients with meningitis. Moreover, resistance to ceftriaxone was 5.3%: 34 (4.3%) with intermediate resistance and 8 (1%) with full resistance. We point out that the greatest level of resistance profiles was observed against sulfamethoxazole/trimethoprim (SMT): 350 (49.4%). On the other hand, antimicrobial susceptibility was described above 90% to chloramphenicol: 99.6% (n = 696), erythromycin: 94.7% (n = 664), ceftriaxone: 94.7% (n = 754) and fully susceptible to vancomycin. Among the 18 most common serotypes, 9V and 14 showed less susceptibility to SMT, to penicillin and ceftriaxone; 19A to SMT and penicillin; 1 to SMT; 12F and 3 to chloramphenicol; 6A to SMT; 6B 23F to erythromycin and penicillin. Conclusion: Monitoring of Streptococcus pneumoniae antimicrobial resistance is essential to guide the appropriate empirical treatment of pneumococcal disease.

RESUMO Introdução: Em todo o mundo existem relatos de aumento das infecções causadas por Streptococcus pneumoniae resistentes aos antimicrobianos. Objetivo: Avaliar o perfil de suscetibilidade dos sorotipos de Streptococcus pneumoniae, associando-os com as doenças invasivas pneumocócicas (DIP), bem como com as terapias antimicrobianas. Método: Trata-se de um seguimento retrospectivo com enfoque em dados secundários de 1998 a 2013, na macrorregião nordeste do estado de São Paulo, Brasil, composta pelas regiões de Araraquara, Barretos, Franca e Ribeirão Preto, com 90 municípios. No Instituto Adolfo Lutz (IAL), as cepas isoladas de pacientes com DIP foram submetidas a identificação, sorotipagem e teste de suscetibilidade aos antimicrobianos. Resultados: Das 796 cepas analisadas, 14,8% (n = 118) apresentaram resistência a penicilina, sendo 3% (n = 24) com resistência intermediária e 11,8% (n = 94) com resistência plena, principalmente em pacientes com meningite. Para ceftriaxona, a resistência foi de 5,3%: 34 (4,3%) com resistência intermediária e 8 (1%) com resistência plena. Há de salientar que o maior nível de resistência das cepas foi observado para sulfametoxazol/trimetoprima (SMT): 350 (49,4%). Por outro lado, a suscetibilidade foi descrita acima de 90% para cloranfenicol: 99,6% (n = 696); eritromicina: 94,7% (n = 664); ceftriaxona: 94,7% (n = 754) e total para vancomicina. Entre os 18 sorotipos mais frequentes, 9V e 14 apresentaram menor suscetibilidade a SMT, penicilina e ceftriaxona; 19A a SMT e penicilina; 1 a SMT; 12F e 3 a cloranfenicol; 6A a SMT; 6B a eritromicina e 23F a penicilina. Conclusão: O monitoramento da resistência antimicrobiana do Streptococcus pneumoniae é fundamental para direcionar o tratamento empírico das doenças pneumocócicas.

Frequency, serotyping and antimicrobial resistance pattern of Salmonella from feces and lymph nodes of pigs / Isolamento, sorotipagem e padrões de resistência a antimicrobianos de Salmonella em fezes e linfonodos de suínos

Salmonellosis is a foodborne disease caused by bacteria of the genus Salmonella, being pigs and pork-products potentially important for its occurrence. In recent decades, some serovars of Salmonella have shown increase of resistance to conventional antimicrobials used in human and animal therapy, with serious risks for public health. The aim of this study was to evaluate feces (n=50), mediastinal (n=50), mesenteric (n=50) and mandibular (n=50) lymph nodes obtained from slaughter houses for Salmonella spp. Positive samples were serotyped and subjected to an in vitro antimicrobial susceptibility test, including the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production. Salmonella species were identified in 10% (20/200) of total samples. From these, 20% (10/50) were identified in the submandibular lymph nodes, 18% (9/50) in the mesenteric lymph nodes, 2% (1/50) in feces and 0% (0/50) in the mediastinal lymph nodes. The serotypes found were Salonella Typhimurium (55%), S. enterica subsp. enterica 4,5,12: i: - (35%), S. Brandenburg and S. Derby with 5% (5% each). All strains showed resistance to at least one antimicrobial; 90% were resistant to four or more antimicrobials, and 15% were multidrug-resistant. Resistance to ciprofloxacin, tetracycline and nalidixic acid was particularly prevalent amongst the tested serovars. Here, we highlighted the impact of pigs in the epidemiological chain of salmonellosis in domestic animals and humans, as well as the high antimicrobial resistance rates of Salmonella strains, reinforcing the necessity for responsible use of antimicrobials for animals as an emergent One Health issue, and to keep these drugs for human therapy approaches.(AU)

Nas últimas décadas, o aumento de cepas circulante de Salmonella concomitantemente a resistência microbiana tem despertado a preocupação dos órgãos de Saúde Pública. Deste modo, o objetivo do presente trabalho foi pesquisar a presença de Salmonella a partir de fezes (n=50), linfonodos mediastinos (n=50), mesentéricos (n=50) e submandibular (n=50) oriundos de um abatedouro suíno. As cepas isoladas foram sorotipadas e testadas quanto a resistência antimicrobiana. A presença de Salmonella isolada foram em 10% (20/200) do total de amostras, sendo 20% dos linfonodos submandibulares, 18% dos linfonodos mesentéricos e 2% das fezes. Os sorotipos encontrados foram S. Typhimurium (55%), S. enterica subsp. enterica 4,5,12: i: - (35%), S. Brandenburg (5%) e S. Derby (5%). Todas a cepas apresentaram resistência a pelo menos um antimicrobiano testado, sendo 90% resistente pelo menos quatro antimicrobianos. Destes, 15% foram classificadas como multidrogas resistentes. Os antimicrobianos mais resistentes entre os sorovares isolados foram a ciprofloxacina, tetraciclina e o ácido nalidixico. A presença de cepas de Salmonella resistente a antimicrobianos na espécie suína tem gerado um grande impacto epidemiológico entre homem e animal, reforçando cada vez mais a necessidade do uso adequado de drogas principalmente relacionado com o tema "One Health".(AU)

Characterization of Streptococcus suis through serotyping, SE-AFLP and virulence profile / Caracterização de Streptococcus suis por sorotipagem, SE-AFLP e perfil de virulência

Streptococcus suis is one of most important pathogens in the swine industry worldwide. Despite its importance, studies of S. suis characterization in South America are still rare. This study evaluates S. suis isolates from distinct Brazilian states, from 1999 to 2004, and its molecular and serological characterization. A total of 174 isolates were studied. S. suis identification was confirmed by PCR and isolates were further serotyped and genotyped by SE-AFLP and amplification of virulence markers. Serotype 1, 2, 3, 4, 7, 18, 22 and 32 were identified among the studied isolates, and only 4% were characterized as non-typeable. The mrp+/epf+/sly+ genotype was the most frequent. The SE-AFLP analysis resulted in 29 patterns distributed in three main clusters with over 65% of genetic similarity. Isolates presented a slight tendency to cluster according to serotype and origin; however, no further correlation with virulence genotypes was observed.(AU)

Streptococcus suis é um dos patógenos de maior importância para indústria suinícola mundial. Apesar de sua importância, a caracterização de isolados de S. suis na América do Sul ainda é pouco descrita. O presente estudo descreve a avaliação de isolados de S. suis provenientes de diferentes Estados brasileiros, e sua caracterização sorológica e molecular. Foram avaliados 174 isolados de S. suis e os mesmos foram submetidos a SE-AFLP e pesquisa de marcadores de virulência. Os sorotipos 1, 2, 3, 4, 7, 18, 22 e 32 foram identificados dentre os isolados estudados e apenas 4% foram caracterizados como não tipáveis. O perfil de virulência mrp+/epf+/sly+ foi o mais frequente. A análise do SE-AFLP resultou em 29 perfis distribuídos em três grupos principais com mais de 65% de similaridade genética. Os isolados apresentaram tendência de se agrupar segundo origem e sorotipo; no entanto, não foi observada correlação entre os grupamentos e os perfis de virulência.(AU)

Genotypic profile of Listeria monocytogenes isolated in refrigerated chickens in southern Rio Grande do Sul, Brazil / Perfil genotípico de Listeria monocytogenes isolada em frango refrigerados comercializados na região sul do Rio Grande do Sul, Brasil

ABSTRACT: Listeria monocytogenes is of notable concern to the food industry, due to its ubiquitous nature and ability to grow in adverse conditions. This study aimed to determine the genotypic profile of L. monocytogenes strains isolated from refrigerated chickens marketed in the southern part of Rio Grande do Sul, Brazil. The strains of L. monocytogenes isolated were characterized by serotyping and Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). Three different serotypes (1/2a, 1/2b and 4e) were evaluated by PFGE, and the macrorestriction patterns utilizing enzymes AscI and ApaI, revealed five different pulsotypes. The presence of such varied genotypic profiles demonstrates the prevalence of L. monocytogenes contamination of chicken processing environments, which combined with ineffective cleaning procedures, allowing the survival, adaptation and proliferation of these pathogens, not only in the processing environment, but also in local grocery stores.

RESUMO: Listeria monocytogenes é uma notável preocupação para a indústria de alimentos, devido à sua natureza ubíqua e a capacidade de se multiplicar em condições adversas. Este estudo objetivou determinar o perfil genotípico de L. monocytogenes isolada a partir de frangos refrigerados comercializados na região sul do Rio Grande do Sul, Brasil. As cepas de L. monocytogenes foram selecionadas e caracterizadas por sorotipagem e Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE). Três sorotipos diferentes (1/2a, 1/2b e 4e) foram avaliados por PFGE, e a combinação dos padrões de macrorestrição utilizando as enzimas AscI e ApaI revelou cinco diferentes pulsotipos. A presença de diferentes perfis genotípicos demonstra a importância da contaminação no ambiente de processamento de frangos, o qual, juntamente com procedimentos de limpeza ineficazes, permitem a sobrevivência, adaptação e proliferação desses patógenos, não somente no ambiente de processamento, mas também no local de comercialização destes produtos.

Characterization of Salmonella species from pork meat in Tolima, Colombia / Caracterización de las especies de Salmonella en carne porcina en Tolima, Colombia / Caracterização de espécies de Salmonella a partir de carne de porco em Tolima, Colômbia

Background: Salmonella is a Gram-negative bacterium and the principal cause of human gastroenteritis that originates from the consumption of animal products.Objective: to determine serotype and antibiotic resistance of Salmonella spp. isolated from pork meat and environmental samples in 6 slaughterhouses and 14 butcheries in Tolima, Colombia. Methods: slaughterhouses and butcheries were selected depending on their slaughter capacity and compliance with good manufacturing practices. Samples (n = 507) were taken from carcasses, the environment, and fomites (i.e., surfaces of knives, hooks, floor, siphons, work surfaces, and transport trucks), then cultured in Salmonella selective media. Following this, the isolated Salmonella spp. was identified using a conventional biochemical test and genus antiserum (Poli A + Vi). The Kauffman-Whyte scheme was used for serotyping and the agar diffusion method (Kirby-Bauer) was used to determine antibiotic sensitivity. Results:Manhattan, Derby, Typhimurium, Javiana, Muenster, Hvittingfoss, Sinsfort, Kattbus, and Saint Paul serotypes of Salmonella were isolated from both pork meat and environmental samples, being Derby the most common serotype. Salmonella isolates showed antibiotic multiresistance mainly to tetracycline, lincomycin and nalidixic acid. Conclusion: several Salmonella serotypes are present in slaughterhouses and meat samples from butcheries, and they show similar antibiotic resistance patterns. This work represents the first report on Salmonella serotypes in slaughterhouses and pork meat from butcheries in Tolima, Colombia.

Antecedentes: Salmonella es una bacteria Gram-negativa y la principal causa de gastroenteritis en humanos transmitida por consumo de alimentos de origen animal.Objective: determinar el serotipo y la resistencia antibiótica de Salmonella spp. aisladas de carne porcina y muestras ambientales en 6 plantas de beneficio y 14 expendios en Tolima, Colombia. Métodos:las plantas de beneficio y los expendios fueron seleccionados dependiendo del volumen de animales sacrificados y el establecimiento de las buenas prácticas de manufactura. Las muestras (n = 507) fueron tomadas de las carcasas, ambiente y fómites (i.e. superficie de cuchillos, ganchos, piso, sifones, mesones y camiones de transporte), cultivadas en medios de cultivo selectivos para Salmonella. Las Salmonella spp., aisladas fueron identificadas mediante purnas bioquímicas convencionales y antisuero de género (Poli A + Vi). La sero-tipificación fue llevada a cabo a través del esquema Kauffman-Whyte y la sensibilidad antibiótica a través del método de difusión en agar (Kirby-Bauer).. Resultados: fueron aislados los serotipos de Salmonella Manhattan, Derby, Typhimurium, Javiana, Muenster, Hvittingfoss, Sinsfort, Kattbus y Saint Paul tanto de carne porcina como muestras ambientales, siendo el serotipo Derby el más frecuente. Los aislamientos mostraron patrones de multi-resistencia antibiótica, principalmente a tetraciclina, lincomicina y ácido nalidíxico. Conclusión: diversos serotipos de Salmonella fueron aislados de muestras de plantas de beneficio y expendios de carne porcina y estos demostraron patrones similares de resistencia antibiótica. Este trabajo representa el primer reporte de serotipos de Salmonella en plantas de beneficio y expendios de carne porcina en Tolima, Colombia.

Antecedentes: a Salmonella é uma bactéria Gram-negativa e causa principal de gastroenterite humana transmitida por consumo de produtos de origem animal. Objetivo: determinar o serotipo e de resistência a antibióticos de Salmonella spp. isolada a partir de carne de porco e amostras ambientais em 6 frigoríficos e lojas 14 açougues em Tolima, Colômbia. Métodos: abatedouros e açougues foram selecionados de acordo com o volume de animais sacrificados eo estabelecimento de boas práticas de manufatura. As amostras (n = 507) foram retirados de cadáveres, meio ambiente e fômites (ou seja, superfícies de facas, ganchos, piso, sifões, mésons e caminhões de transporte), cultivadas em meios de cultura de Salmonella seletiva e a isolada Salmonella spp., foram identificados usando e anti-soro de teste género bioquímica convencional (Poli A + Vi). A sorotipagem foi realizada utilizando esquema de Kauffman-Whyte e teste de sensibilidade aos antibióticos foi feito pelo método de difusão em ágar (Kirby-Bauer). Resultados: ''o'' sorotipos de Salmonella de Manhattan,= o surotipos de Salmonella Derby, Typhimurium, Javiana, Muenster, Hvittingfoss, Sinsfort, Kattbus e Saint Paul foram isolados de ambas as carnes de porco e amostras ambientais, sendo o sorotipo Derby o mais frequente. Os isolados de Salmonella apresentaram padrões de multirresistência aos antibióticos, principalmente para tetraciclina, lincomicina e ácido nalidíxico. Conclusão: vários sorotipos de Salmonella estão presentes em matadouros e lojas amostras de carne de porco de talho e mostram padrões similares de resistência a antibióticos. Este trabalho representa o primeiro relato de sorotipos de Salmonella em abatedouros e açougues de carne de porco em Tolima, Colômbia.

Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods / Identificação de novas flagelinas codificadas por fliC em Escherichia coli isoladas de animais domésticos utilizando RFLP-PCR e sequenciamento

Identification of Escherichia coli requires knowledge regarding the prevalent serotypes and virulence factors profiles allows the classification in pathogenic/non-pathogenic. However, some of these bacteria do not express flagellar antigen invitro. In this case the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) and sequencing of the fliC may be suitable for the identification of antigens by replacing the traditional serology. We studied 17 samples of E. coli isolated from animals and presenting antigen H nontypeable (HNT). The H antigens were characterized by PCR-RFLP and sequencing of fliC gene. Three new flagellin genes were identified, for which specific antisera were obtained. The PCR-RFLP was shown to be faster than the serotyping H antigen in E. coli, provided information on some characteristics of these antigens and indicated the presence of new genes fliC.

A identificação da Escherichia coli requer conhecimento sobre os sorotipos e fatores de virulência prevalentes permitindo a classificação em patogênico/não patogênico. No entanto, algumas destas bactérias não expressam o antígeno flagelar in vitro. Neste caso, o PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) e o sequenciamento do gene fliC podem ser adequados para a identificação desses antígenos, substituindo a sorologia tradicional. Nesta pesquisa foram estudadas 17 amostras de E. coli isoladas de animais e que apresentavam antígeno H não tipável (HNT). Os antígenos H foram caracterizados por PCR-RFLP e sequenciamento do gene fliC. Três novos genes da flagelina foram identificados, para os quais anti-soros específicos foram obtidos. A técnica PCR-RFLP mostrou-se mais rápida que a sorotipagem do antígeno H em E. coli, fornecendo informações sobre algumas características desses antígenos e indicou a presença de novos genes fliC.

Sorotipos e perfis genéticos de cepas de Bordetella pertussis isoladas na cidade de São Paulo, 2006-2008 / Serotypes and genetic profiles of Bordetella pertussis strains isolated in the city of São Paulo, 2006-2008

OBJETIVO: O conhecimento de Bordetella pertussis circulante na América Latina é limitado. Portanto, o objetivo deste estudo foi usar a técnica da eletroforese em campo pulsado e a sorotipagem para caracterizar cepas de B. pertussis isoladas na cidade de São Paulo (SP). MÉTODOS: Este estudo, conduzido entre 2006 e 2008, analisou 652 swabs de nasofaringe coletados de casos suspeitos e comunicantes de coqueluche, provenientes de 37 hospitais sentinela de São Paulo. Foram realizadas as técnicas da eletroforese em campo pulsado e sorotipagem em 91 (70%) cepas de B. pertussis, escolhidas aleatoriamente. RESULTADOS: Noventa e sete por cento das cepas de São Paulo foram sorotipadas como Fim3. Foram identificados 14 perfis genéticos pela eletroforese em campo pulsado; o mais prevalente (57%) também é o mais prevalente nos EUA. CONCLUSÕES: Esses dados, em conjunto com ações da vigilância, podem ter um impacto nas estratégias de prevenção e controle de coqueluche na região, oferecendo informações úteis para a introdução de estratégias novas de vacinação e redução do risco de transmissão para bebês menores de 6 meses de idade.

OBJECTIVE: Knowledge of Bordetella pertussis circulating in Latin America is limited. Therefore, the goal of this study was to use pulsed-field gel electrophoresis and serotyping to characterize B. pertussis strains isolated in the city of São Paulo, Brazil. METHODS: This study, conducted between 2006 and 2008, analyzed 652 nasopharyngeal swabs from suspected pertussis cases and contacts, collected from 37 sentinel hospitals in São Paulo. Randomized samples of 91 (70%) strains of B. pertussis were subtyped by pulsed-field gel electrophoresis and serotyping. RESULTS: Ninety-seven percent of strains from São Paulo were serotyped as Fim3. Fourteen pulsed-field gel electrophoresis profiles were identified; the most prevalent (57%) is also the most prevalent in the USA. CONCLUSIONS: These data, in conjunction with surveillance activities, may impact strategies regarding prevention and control of pertussis in the region, providing useful information for introduction of new vaccination strategies and reduction of risk of transmission to infants less than 6 months of age.

Streptococcus do grupo B em gestantes infectadas pelo HIV: políticas institucionais e taxas de infecção na américa latina e estudo da colononização, sorotipos e perfil de susceptibilidade antimicrobiana em uma corte de gestantes no rio de janeiro / Group B Streptococcus in HIV-infected pregnant women: institutional policies and infection rates in Latin America and the colononização study, serotypes and antimicrobial susceptibility profile in a court of pregnant women in January

A prevenção da doença estreptocócica neonatal ainda não está efetivamente implementada em muitos centros no Brasil e na América Latina, e pouco se conhece da epidemiologia das infecções estreptocócicas em gestantes infectadas pelo HIV. Objetivos: O objetivo desse estudo foi avaliar a prevalência e fatores de risco associados à colonização pelo Estreptococo do Grupo B (EGB), em gestantes infectadas pelo HIV, identificar os sorotipos e o perfil de susceptibilidade antimicrobiana e, adicionalmente, descrever as políticas institucionais de prevenção à doença estreptocócica invasiva precoce em neonatos em centros de prevenção da transmissão vertical do HIV da América Latina. Métodos: A primeira etapa do projeto consistiu de um estudo seccional prospectivo em uma coorte de gestantes infectadas pelo HIV e seus recém-natos no Hospital Federal dos Servidores do Estado (HFSE) – Rio de Janeiro, e a segunda etapa compreendeu um inquérito epidemiológico das práticas e políticas de prevenção da doença neonatal estreptocócica em 12 Centros de prevenção da transmissão vertical do HIV da América Latina...

Resultados: A taxa global de colonização anovaginal nas gestantes da coorte do HFSE foi 31 por cento; os sorotipos predominantes foram Ib e Ia e todas as amostras positivas para EGB foram sensíveis à penicilina. No inquérito epidemiológico realizado nos Centros da América Latina, nove apresentaram políticas de prevenção para doença estreptocócica neonatal e sete centros realizavam o rastreio para EGB rotineiramente nas gestantes, com uma taxa de colonização anovaginal de 8,3 por cento. Conclusão: A taxa de colonização pelo EGB no HFSE foi alta e o sorotipo Ib foi o mais freqüente. Esforços para implementar políticas de prevenção da doença estreptocócica e vigilância continuada se fazem necessários para compreender melhor o impacto da colonização pelo EGB em gestantes infectadas pelo HIV e seus recém-natos na América Latina...

Identificação sorológica e relação filogenética de Salmonella spp. de origem suína / Serological identification and phylogenetic relationship of Salmonella spp. pig origin

Salmonella spp. é um importante patógeno zoonótico que pode ser disseminado ao longo da cadeia produtiva de suínos. Objetivou-se avaliar a incidência de Salmonella spp. em fezes de suínos de terminação na granja, no pré-abate e amostras ambientais, identificar os sorovares e estabelecer a relação filogenética entre os isolados. Foram realizadas três coletas em lotes diferentes de suínos alojados na granja de terminação e nos mesmos animais após o transporte ao frigorífico totalizando 90 parcelas e 9 amostras ambientais. O transporte não influenciou na porcentagem de isolamento do microrganismo (p>0,05). Das 99 amostras, 50 (50,5 por cento) foram identificados como Salmonella spp., sendo identificado uma multiplicidade de sorovares: Agona (30 por cento), Typhimurium (26 por cento), Minnesota (24 por cento), Infantis (18 por cento) e Panama (2 por cento). Os dendrogramas demonstraram homologia entre isolados dos diferentes sorovares agrupados em clusters. A similaridade foi independente do local de isolamento indicando a presença de vários clones. As principais fontes de infecção determinadas foram a contaminação cruzada entre animais e ambiente e o consumo de ração contaminada. A diversidade de sorovares e a homologia entre eles indicam origem comum, demonstrando necessidade de monitoramento de bactérias zoonóticas e de implantação de medidas de controle mais eficazes para Salmonella spp. em suínos.

Salmonella spp. is an important zoonotic pathogen that can spread along the production chain of swines. The objective was to evaluate the incidence of Salmonella spp. in feces of swines in termination phase in the farm, in the pre-slaughter and environmental samples, identify the serotypes and establish a phylogenetic relationship among the isolates. Three collections were done in different batches of pigs housed in the termination pen and in the same animals after transport to the slaughterhouse totaling 90 plots and 9 environmental samples. The transport does not influenced the percentage of isolation of the microorganism (p>0.05). Of the total of 99 samples, 50 (50.5 percent) were identified as Salmonella spp., and was identified a variety of serovars: Agona (30 percent), Typhimurium (26 percent), Minnesota (24 percent), Infantis (18 percent) and Panama (2 percent). Dendrograms showed homology among isolates of different serovars grouped into clusters. The similarity was independent of the local of isolation, indicating the presence of several clones. The main sources of infection were cross-contamination between animals and environment and the consumption of contaminated feed. The diversity of strains and homology among the isolates indicates a common origin, demonstrating a need for monitoring of zoonotic bacterias and the deployment of more effective control measures for Salmonella spp. in swines.

Prevalência de sorotipos e resistência antimicrobiana de cepas invasivas do pneumococo em crianças: análise de 9 anos / Prevalence of serotypes and antimicrobial resistance of invasive strains of pneumococcus in children: analysis of 9 years

OBJETIVO: Avaliar o perfil de sorotipos e a sensibilidade aos antimicrobianos de cepas de pneumococo obtidas de crianças e as implicações na formulação de vacinas pneumocócicas. MÉTODOS: Cepas de pneumococo isoladas no Hospital de Clínicas da Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia (MG), a partir de pacientes com doença invasiva, foram enviadas ao Instituto Adolfo Lutz, São Paulo (SP), para confirmação da identificação, sorotipagem e determinação da sensibilidade aos antimicrobianos. RESULTADOS: De abril de 1999 a dezembro de 2008, foram avaliadas 142 cepas de pneumococo obtidas de crianças de até 5 anos de idade. Setenta e cinco (52,8 por cento) eram de pacientes do sexo masculino, e a idade variou de 1 a 60 meses (média de 19±15,4 meses e mediana de 15 meses). Os diagnósticos clínicos mais comuns foram pneumonia [92 casos (64,8 por cento)] e meningite [33 casos (23,2 por cento)], e as principais fontes de recuperação foram sangue [61 amostras (43 por cento)], líquido pleural [52 (36,6 por cento)] e liquor [28 (19,7 por cento)]. Os sorotipos mais comuns foram o 14, 5, 6B, 1, 6A, 18C, 19A, 3, 9V, 19F, 23F, 9N e 10A. Foram detectadas 14 (9,9 por cento) cepas penicilina-resistentes, restritas aos sorotipos 14, 6B, 19F, 19A e 23F e predominantes no período de 2004 a 2008 (p = 0,000). Foi detectada sensibilidade diminuída ao cotrimoxazol (79,5 por cento), à eritromicina e à clindamicina (11,3 por cento cada) e à ceftriaxona (5,6 por cento). CONCLUSÕES: A resistência à penicilina foi detectada em 9,9 por cento das cepas e predominou no período de 2004 a 2008. Foram identificados 20 diferentes sorotipos de pneumococo, e a cifra de cobertura pela vacina 7-valente atualmente disponível (PN CRM7) é de 71,9 por cento.

OBJECTIVE: To determine the prevalence of serotypes and antimicrobial susceptibility of strains of pneumococcus in children and to evaluate the implications for vaccine formulation. METHODS: Strains of pneumococcus obtained from children admitted with invasive diseases were isolated at Hospital de Clínicas of Universidade Federal de Uberlândia, Uberlândia, Brazil, and sent to Instituto Adolfo Lutz, São Paulo, Brazil, for further identification, serotyping, and determination of antimicrobial susceptibility. RESULTS: From April 1999 to December 2008, 142 strains of pneumococcus, obtained from children under 5 years of age, were analyzed. Seventy-five (52.8 percent) patients were male, and the age ranged from 1 to 60 months (mean age = 19±15.4 months; median = 15 months). The most common diagnoses were pneumonia [92 cases (64.8 percent)] and meningitis [33 cases (23.2 percent)]. The strains were mostly isolated from blood [61 samples (43 percent)], pleural fluid [52 samples (36.6 percent)], and cerebrospinal fluid [28 samples (19.7 percent)]. The most common serotypes were 14, 5, 6B, 1, 6A, 18C, 19A, 3, 9V, 19F, 23F, 9N, and 10A. There were 14 [9.9 percent] penicillin-resistant strains, which was detected only in the following serotypes: 14, 6B, 19F, 19A, and 23F, being predominant from 2004 to 2008 (p = 0.000). There was reduced susceptibility to co-trimoxazole (79.5 percent), erythromycin and clindamycin (11.3 percent each), and ceftriaxone (5.6 percent). CONCLUSIONS: Penicillin resistance was detected in 9.9 percent of the strains, being predominant from 2004 to 2008. Twenty different pneumococcal serotypes were identified, and 71.9 percent of the serotypes were represented in the 7-valent conjugate vaccine (PN CRM7) currently available.

Characterization of Listeria monocytogenes isolated from a fresh mixed sausage processing line in Pelotas-RS by PFGE / Caracterização de Listeria monocytogenes isoladas em uma linha de processamento de lingüiça mista frescal em Pelotas-RS por PFGE

Listeria monocytogenes is a bacterium capable to adhere to the surfaces of equipment and utensils and subsequently form biofilms. It can to persist in the food processing environmental for extended periods of time being able to contaminate the final product. The aim of this study was to trace the contamination route of L. monocytogenes on a fresh mixed sausage processing line, from raw material to the final product. The isolates obtained were characterized by serotyping and molecular typing by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using the restriction enzymes ApaI and AscI. L. monocytogenes was detected in 25 percent of the samples. The samples of raw material were not contaminated, however, the microorganism was detected in 21 percent of the environmental samples (food contact and non-food contact), 20.8 percent of the equipments, 20 percent of the food worker's hands, 40 percent of the mass ready to packaging and in all the final products samples, demonstrating that the contamination of final product occurred during the processing and the importance of cross contamination. PFGE yielded 22 pulsotypes wich formed 7 clusters, and serotyping yielded 3 serotypes and 1 serogroup, however, the presence of serotypes 4b and 1/2b in the final product is of great concern for public health. The tracing of contamination showed that some strains are adapted and persisted in the processing environment in this industry.

Listeria monocytogenes é uma bactéria com capacidade de formar biofilmes e de colonizar superfícies de equipamentos e utensílios. Esse microrganismo pode persistir por longos períodos em plantas de processamento de alimentos, sendo capaz de contaminar o produto final. O objetivo deste estudo foi traçar a rota de contaminação de L. monocytogenes em uma linha de processamento de lingüiça mista frescal, desde a matéria-prima até o produto final. Os isolados obtidos foram caracterizados por sorotipagem e por tipagem molecular, através de Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), usando as enzimas de restrição ApaI and AscI. L. monocytogenes foi detectada em 25 por cento das amostras. Nenhuma amostra da matéria-prima apresentava o patógeno, entretanto, o microrganismo foi detectado em 21 por cento das amostras ambientais (com e sem contato com o alimento), 20,8 por cento dos equipamentos, 20 por cento das amostras de mãos de manipuladores, 40 por cento da massa pronta para o embutimento, e em todas as amostras do produto final. Isso demonstra que a contaminação do produto final ocorreu durante o processamento, e a importância da contaminação cruzada. PFGE produziu 22 pulsotipos e a sorotipagem produziu 3 sorotipos e 1 sorogrupo, entretanto, a presença dos sorotipos 4b e 1/2b no produto final é de grande importância para a saúde pública. Os perfis de macrorestrição mostraram que algumas cepas são adaptadas e persistiram no ambiente de processamento dessa indústria.

Streptococcus pneumoniae: estudo das cepas isoladas de liquor / Streptococcus pneumoniae: a study of strains isolated from cerebrospinal fluid

OBJETIVO: Determinar a freqüência dos sorotipos capsulares e a susceptibilidade antimicrobiana de cepas de Streptococcus pneumoniae, assim como dar suporte à indicação de vacinas disponíveis e ao uso de antimicrobianos. MÉTODOS: Neste estudo retrospectivo, foram adotadas metodologias padronizadas para identificar, sorotipar e determinar a susceptibilidade à penicilina, cefotaxima e vancomicina. O estudo foi realizado com cepas de pneumococo isoladas de liquor em pacientes atendidos nos hospitais públicos e em três hospitais particulares do Distrito Federal no período de janeiro de 1995 a dezembro de 2004. A identificação e a determinação de susceptibilidade a antimicrobianos foi realizada no Laboratório Central de Saúde Pública no Distrito Federal. A sorotipagem foi realizada no Instituto Adolfo Lutz. RESULTADOS: Foram isoladas 232 cepas de pneumococo, compreendendo 126 cepas (54,31 por cento) de pacientes do sexo masculino. A idade dos pacientes variou de 0 a 62 anos, sendo agrupados em faixas etárias de 0 a 5, 6 a 17, 18 a 50 e acima de 50 anos. Identificaram-se 36 sorotipos distintos. Desses destacaram-se oito: 14, 6B, 18C, 5, 19F, 23F, 9V e 6A. O teste de oxacilina caracterizou 67 cepas resistentes à penicilina; dessas, 47 foram confirmadas pelo E teste com resistência de nível intermediário. Nenhuma cepa apresentou resistência de alto nível. CONCLUSÃO: A resistência do pneumococo à penicilina apresentou um aumento gradativo nos últimos 10 anos no Distrito Federal. Os sorotipos mais isolados na faixa etária de 0 a 5 anos foram também os mais envolvidos na resistência à penicilina, e estão incluídos na vacina 7-valente.

OBJECTIVE: To determine the frequency of capsular serotypes and the antimicrobial susceptibility of strains of Streptococcus pneumoniae, as well as to provide recommendations on the use of available vaccines and antimicrobial drugs. METHODS: In this retrospective study, standard procedures were followed to identify, serotype, and determine bacterial susceptibility to penicillin, cefotaxime, and vancomycin. Pneumococcal strains were isolated from the cerebrospinal fluid (CSF) of patients admitted to nine public and three private hospitals in Distrito Federal, Brazil, between January 1995 and December 2004. Identification and antimicrobial susceptibility tests were carried out at the Central Laboratory of Public Health (Laboratório Central de Saúde Pública). Serotyping was performed at Instituto Adolfo Lutz. RESULTS: A total of 232 pneumococcal strains were isolated, including 126 (54.31 percent) strains from male patients. Patients had an age range of 0 to 62 years and were distributed into four age groups: 0 to 5, 6 to 17, 18 to 50, and above 50. From the 36 distinct serotypes identified, eight were more prevalent: 14, 6B, 18C, 5, 19F, 23F, 9V, and 6A. The oxacillin test identified 67 penicillin-resistant strains, out of which 47 were confirmed by the E test as having intermediate level of resistance. None of the strains exhibited high-level resistance. CONCLUSIONS: Pneumococcal resistance to penicillin has gradually increased over the last 10 years in Distrito Federal. Serotypes more frequently isolated in the 0 to 5 years age group were the same involved in penicillin-resistance, all of which are covered by the 7-valent vaccine.

Surto de bacteriemia por Pseudomonas aeruginosa na unidade de hemodiálise de um hospital de Campinas, Säo Paulo, Brasil / Outbreak of Pseudmonas aeruginosa bacteremia in a Hemodialysis Center in Campinas, Säo Paulo, Brazil

Foram analisadas amostras de água e de dializados coletados de diferentes pontos do sistema de hemodiálise de um Centro de Hemodiálise de um Hospital de Campinas, Säo Paulo, Brasil, após um surto de bacteriemia ocorrido em setembro de 1996. As amostras foram submetidas à contagem de bactérias heterotróficas e pesquisa de coliformes totais, assim como foram realizadas as hemoculturas dos pacientes com bacteriemia. As cepas isoladas e identificadas com Pseudomonas aeruginosa foram submetidas à sorotipagem e à piocinotipagem e, naquelas pertecentes ao mesmo sorotipo e piocinotipo, procurou-se determinar o perfil de sensibilidade aos agentes antimicrobianos e o ribotipo. Quanto à pesquisa de Pseudomonas, 80(por cento) das amostras correspondentes à segunda coleta foram positivas e em todas as amostras referentes à terceira coleta foram isoladas Pseudomonas aeruginosa ou Bulkholderia cepacia. Apenas uma cepa de P.aeruginosa de água pertencia aos mesmos sorotipos (O15) e piocinotipo (P10) daqueles obtidos dos pacientes. A compatibilidade genética das amostras das duas origens, verificada pela ribotipagem, sugere um veículo comum na propagaçäo da infecçäo. (AU)

Between September 11 and 20, 1996, an outbreak of bacteremia occurred in patients undergoing hemodialysis at one dialysis center in Campinas, São Paulo, Brazil. Water and dialysate samples as well asblood samples from patients with bacteremia were collected for bacteriological analysis. All Pseudomonasaeruginosa strains were serotyped and pyocin-typed. P. aeruginosa strains belonging to the same serotype(O15) and pyocin type (P10) were submitted to antimicrobial susceptibility testing and to ribotyping using two restriction enzymes, EcoRI and BamHI. The high concentrations of bacteria detected in all hemodialyzers and their heavy rate of contamination (86.7%) by Pseudomonas aeruginosa or Burkholderia cepacia showed that this dialysis center was operating in inadequate conditions. One strain of P. aeruginosa isolated from hemodialyzer and the strains recovered from blood cultures of patients showed similar phenotypical and genetic traits which suggest a common source of infection in this oubreak. We report the potential risk forpatients undergoing hemodialysis to acquire infections due to the inadequate practice of reusing disposabledialyzers during the reprocessing procedures. (AU)