The conventional diagnosis challenge: Real-time PCR and nested PCR correlation with the scoring system for individuals at high-risk of Pneumocystis jirovecii pneumonia

Introduction. Pneumocystis jirovecii is an opportunistic fungus that affects mainly people living with HIV (CD4 cell count lower than 200 cells/ml) and other immunosuppressed patients. Since P. jirovecii does not grow on routine mycological media, diagnosis of P. jirovecii pneumonia relies on indirect evidence of its presence in respiratory samples. Objectives. To associate the results of direct immunofluorescence and two molecular methods with a score to predict P. jirovecii pneumonia in patients with AIDS. Materials and methods. A prospective study was conducted with 40 patients. A respiratory sample collected before treatment was subjected to direct immunofluorescence using the Merifluor kit, to nested PCR targeting the mitochondrial large subunit ribosomal RNA, and to the VIASURE real-time PCR kit. Results. These three techniques revealed P. jirovecii in 6, 12, and 15 samples, respectively. All positive samples by direct immunofluorescence were positive by nested PCR, and all positive samples by nested PCR amplified by real-time PCR. There was a statistically significant association between the P. jirovecii pneumonia score and the molecular methods. Two patients were early diagnosed and responded well to treatment. Conclusion. Molecular methods, especially real-time PCR, are recommended for early diagnosis of P. jirovecii pneumonia in AIDS patients.

Introducción. Pneumocystis jirovecii es un hongo oportunista que afecta principalmente a personas con HIV (recuento de CD4 menor de 200 células/ml) y a otros pacientes inmunosuprimidos. Como P. jirovecii no crece en los medios micológicos de rutina, el diagnóstico de neumonía por P. jirovecii se basa en la evidencia presente en muestras respiratorias. Objetivos. Asociar los resultados de la inmunofluorescencia directa y los de dos métodos moleculares con un puntaje para predecir la neumonía causada por P. jirovecii en pacientes con sida. Materiales y métodos. Se realizó un estudio prospectivo de 40 pacientes. Se recolectó una muestra respiratoria antes del inicio de tratamiento y se sometió a una prueba de inmunofluorescencia directa con el kit Merifluor, una PCR anidada para la amplificación de la subunidad larga del ribosoma mitocondrial y una PCR en tiempo real usando el kit VIASURE. Resultados. Estas tres técnicas evidenciaron la presencia de P. jirovecii en 6, 12 y 15 muestras, respectivamente. Todas las muestras positivas por inmunofluorescencia directa fueron positivas en la PCR anidada y todas las muestras positivas en la PCR anidada amplificaron por PCR en tiempo real. Se encontró una asociación estadística entre los valores de la neumonía causada por P. jirovecii y los métodos moleculares. Dos pacientes con diagnóstico temprano respondieron satisfactoriamente al tratamiento. Conclusión. Se recomiendan los métodos moleculares, especialmente la PCR en tiempo real, para el diagnóstico temprano de neumonía causada por P. jirovecii en pacientes con sida.

Virus respiratorios y características clínico-epidemiológicas en los episodios de infección respiratoria aguda / Respiratory viruses and clinical- epidemiological characteristics in episodes of acute respiratory infection

RESUMEN Con el objetivo de determinar la frecuencia viral y las características clínico-epidemiológicas en los episodios de infección respiratoria aguda de pacientes del Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja en Lima, se analizó la información de los episodios de pacientes que requirieron al menos una prueba de inmunofluorescencia directa desde el 1 de enero del 2017 al 31 de diciembre del 2018. Se identificaron 1153 episodios en 707 pacientes. La mediana de la edad fue de 1 año y el 55% fueron del sexo masculino. La frecuencia viral fue del 13,4%; el virus respiratorio sincitial se identificó en el 10,7% de los episodios. La frecuencia viral fue mayor en los menores de 1 año (16,2%); en aquellos con enfermedad congénita respiratoria (38,9%) y durante el otoño (24,2%). Los síntomas más comunes fueron tos (70,3%) y fiebre (53,4%); y los principales diagnósticos fueron neumonía viral (31,8%) y bronquiolitis (23,4%). Se concluye que la frecuencia viral respiratoria estuvo relacionada con la edad, estacionalidad y patología preexistente.

ABSTRACT The aim of the study was to determine the viral frequency and clinical-epidemiological characteristics in the episodes of acute respiratory infection in patients of the Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja in Lima, the information of the episodes of patients who required at least one direct Immunofluorescence test from January 1, 2017 to December 31, 2018 was analyzed. 1153 episodes were identified in 707 patients. The median age was 1 year and 55% were male. The viral frequency was 13.4%; respiratory syncytial virus was identified in 10.7% of the episodies. The viral frequency was higher in children under 1 year of age (16.2%); in those with congenital disease respiratory (38.9%) and during the autumn (24.2%). The most common symptoms were cough (70.3%) and fever (53.4%); and the main diagnoses, viral pneumonia (31.8) and bronchiolitis (23.4%). It is concluded that the respiratory viral frequency was related to age, seasonality and pre-existing pathology.

Virus respiratorios y características clínico-epidemiológicas en los episodios de infección respiratoria aguda / Respiratory viruses and clinical- epidemiological characteristics in episodes of acute respiratory infection

RESUMEN Con el objetivo de determinar la frecuencia viral y las características clínico-epidemiológicas en los episodios de infección respiratoria aguda de pacientes del Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja en Lima, se analizó la información de los episodios de pacientes que requirieron al menos una prueba de inmunofluorescencia directa desde el 1 de enero del 2017 al 31 de diciembre del 2018. Se identificaron 1153 episodios en 707 pacientes. La mediana de la edad fue de 1 año y el 55% fueron del sexo masculino. La frecuencia viral fue del 13,4%; el virus respiratorio sincitial se identificó en el 10,7% de los episodios. La frecuencia viral fue mayor en los menores de 1 año (16,2%); en aquellos con enfermedad congénita respiratoria (38,9%) y durante el otoño (24,2%). Los síntomas más comunes fueron tos (70,3%) y fiebre (53,4%); y los principales diagnósticos fueron neumonía viral (31,8%) y bronquiolitis (23,4%). Se concluye que la frecuencia viral respiratoria estuvo relacionada con la edad, estacionalidad y patología preexistente.

ABSTRACT The aim of the study was to determine the viral frequency and clinical-epidemiological characteristics in the episodes of acute respiratory infection in patients of the Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja in Lima, the information of the episodes of patients who required at least one direct Immunofluorescence test from January 1, 2017 to December 31, 2018 was analyzed. 1153 episodes were identified in 707 patients. The median age was 1 year and 55% were male. The viral frequency was 13.4%; respiratory syncytial virus was identified in 10.7% of the episodies. The viral frequency was higher in children under 1 year of age (16.2%); in those with congenital disease respiratory (38.9%) and during the autumn (24.2%). The most common symptoms were cough (70.3%) and fever (53.4%); and the main diagnoses, viral pneumonia (31.8) and bronchiolitis (23.4%). It is concluded that the respiratory viral frequency was related to age, seasonality and pre-existing pathology.

Rabia en Potos flavus identificados en el departamento de madre de dios, Perú / Rabies in Potos flavus identified in Madre de Dios, Peru

El Potos flavus es un mamífero nocturno que habita en bosques neotropicales desde Centroamérica hasta Sudamérica. Se realizó un estudio de cuatro casos de rabia en Potos flavus ocurridos desde abril de 2012 en el departamento de Madre de Dios en Perú, captados como parte de la vigilancia epidemiológica. Los análisis realizados en el laboratorio de referencia regional de Madre de Dios determinaron presencia de antígeno del virus de la rabia en tres de las muestras de tejido encefálico, dichos resultados fueron corroborados en el Laboratorio de Zoonosis Virales del Instituto Nacional de Salud del Perú mediante inmunofluorescencia directa, la tipificación no identificó ninguna de las variantes conocidas en murciélagos o en perros. La ocurrencia de cuatro casos de rabia en Potos flavus suma evidencias de la emergencia de un nuevo reservorio del virus de la rabia y que ha sido reportada previamente en el mismo departamento el año 2007.

The Potos flavus is a nocturnal mammal that lives in neotropical forests from Central America to South America. A study of four cases of rabies in Potos flavus was conducted; these occurred in April 2012 in the Madre de Dios region in Peru and were collected as part of epidemiological surveillance. The analysis performed in the regional reference laboratory of Madre de Dios determined the presence of the rabies virus antigen in three of the brain tissue samples. Results were verified in the Laboratory of Viral Zoonoses of the Peruvian National Institute of Health by direct immunofluorescence. The typification did not identify any of the known variants in bats or dogs. The occurrence of four cases of rabies in Potos flavus adds evidence of the emergence of a new reservoir of the rabies virus previously reported in the same region in 2007.