Estudio comparativo entre los sistemas automatizados Vitek YBC® y Microscan Walk Away RYID® con los métodos fenotípicos convencionales para la identificación de levaduras de interés clínico / A comparative study between the Vitek YBC® and Microscan Walk Away RYID® automated systems with conventional phenotypic methods for the identification of yeasts of clinical interest

El objetivo de este trabajo fue comparar la identificación de levaduras de interés clínico por los métodos automatizados Vitek YBC® y Microscan Walk Away RYID® con los métodos fenotípicos convencionales. Se utilizaron 193 aislamientos de levaduras provenientes de muestras clínicas y cinco cepas controles. Todas las levaduras fueron identificadas por los métodos automatizados antes nombrados y los métodos fenotípicos convencionales de asimilación de carbohidratos, visualización de la morfología microscópica con agar harina de maíz y el uso de agar cromogénico. Para evaluar las variables se utilizaron tablas de contingencia de 2×2, Chi cuadrado de Mc Nemar, el índice Kappa, y se calcularon los valores de concordancia, así como los errores mayores y menores de los métodos automatizados. Las levaduras se dividieron en dos grupos: 1) de aislamiento frecuente y 2) de aislamiento poco frecuente. Los sistemas Vitek YBC® y Microscan Walk Away RYID® fueron concordantes en un 88,4 y 85,9% respectivamente, cuando se compararon con los métodos fenotípicos convencionales. Aunque ambos sistemas automatizados se pueden utilizar para la identificación de levaduras, la presencia de errores mayores y menores indica la posibilidad de identificaciones incorrectas, por lo tanto, el operador de estos equipos debe utilizar paralelamente pruebas fenotípicas como la visualización de la morfología microscópica en agar harina de maíz y el agar cromogénico, sobre todo frente a levaduras de aislamiento poco frecuente. Los sistemas automatizados son una herramienta valiosa, sin embargo, la experiencia y el criterio del microbiólogo son una fortaleza importante para asegurar la calidad de los resultados.

The aim of this study was to compare the identification of clinically relevant yeasts by the Vitek YBC® and Microscan Walk Away RYID® automated methods with conventional phenotypic methods. One hundred and ninety three yeast strains isolated from clinical samples and five controls strains were used. All the yeasts were identified by the automated methods previously mentioned and conventional phenotypic methods such as carbohydrate assimilation, visualization of microscopic morphology on corn meal agar and the use of chromogenic agar. Variables were assessed by 2×2 contingency tables, McNemar’s Chi square, the Kappa index, and concordance values were calculated, as well as major and minor errors for the automated methods. Yeasts were divided into two groups: 1) frequent isolation and 2) rare isolation. The Vitek YBC® and Microscan Walk Away RYID® systems were concordant in 88.4 and 85.9% respectively, when compared to conventional phenotypic methods. Although both automated systems can be used for yeasts identification, the presence of major and minor errors indicates the possibility of misidentifications; therefore, the operator of this equipment must use in parallel, phenotypic tests such as visualization of microscopic morphology on corn meal agar and chromogenic agar, especially against infrequently isolated yeasts. Automated systems are a valuable tool; however, the expertise and judgment of the microbiologist are an important strength to ensure the quality of the results.

Identificación de levaduras mediante la técnica convencional y dos técnicas automatizadas / Yeasts identification by the conventional technique and two automated techniques

El objetivo de este trabajo fue evaluar y comparar la identificación de levaduras por los métodos automatizados VitekYBC y MicroScan RYID versus la metodología de referencia (asimilación de carbohidratos). Se diseñó un estudio de corte transversal, aleatorio, a ciegas, comparativo y experimental con 193 cepas de levaduras provenientes de muestras clínicas y 5 cepas derivadas de ATCC, las cuales fueron identificadas por la metodología de referencia, acompañada de la morfología microscópica en agar harina de maíz, y por las metodologías automatizadas. Se usaron la prueba de Mc Nemar y el índice Kappa para evaluar si las variables del estudio se relacionaban entre sí y se calcularon los valores de sensibilidad, intervalos de confianza y porcentajes de concordancia. También se calcularon los errores muy mayores (VM), errores mayores (EM) y errores menores (Em) para las metodologías automatizadas. Los sistemas VitekYBC y MicroScanRYID fueron concordantes en un 88,4% (175/198) y 85,9% (170/198) respectivamente cuando se compararon con el método de referencia, por lo tanto, ambos sistemas automatizados se pueden utilizar como métodos de identificación, ya que mostraron una asociación estadísticamente significativa al compararlos con el método de referencia (p<0,05). El sistema VitekYBC presentó EM= 7,1% y Em= 4,5%, mientras que el sistema MicroScanRYID mostró EM= 11,1% y Em= 3,0%. Los métodos automatizados comparados en este estudio tienen niveles de concordancia aceptables, pero presentan EM y Em que pueden causar que el operador de estos equipos incurra en identificaciones incorrectas. Por lo tanto, es indispensable el uso de pruebas complementarias, como la visualización microscópica de la morfología en agar harina de maíz y los medios cromogénicos, cuando se realice la identificación de levaduras mediante sistemas automatizados. Estos sistemas son una herramienta valiosa para la identificación de levaduras, sin embargo, la experiencia del microbiólogo continúa siendo una fortaleza importante para asegurar la calidad de los resultados.

The objective of this work was to evaluate and to compare yeasts identification by the automated methods Vitek YBC and MicroScan RYID versus the reference methodology (carbohydrates assimilation). A comparative, blindly, random, transverse and experimental study was designed with 193 yeasts isolated from clinical samples and 5 strains derived from the ATCC, which were identified by the reference methodology, accompanied by microscopic morphology in corn meal agar, and by the automated methodologies. Kappa index and Mc Nemar test were used to evaluate the relationship among the variables and sensitivity, confidence intervals and agreement percentages were calculated for the automated methodologies. Very major (VM), major (EM), and minor errors (Em) were also calculated. Vitek® YBC and MicroScan RYID® systems were concordant in 88,4% (175/198) and 85,9% (170/198) respectively, when compared with the reference method, therefore, both automated systems can be used as identification methods since they showed an statistically significant association when were compared with the reference method (p<0,05). The Vitek YBC® system presented EM=7,1% and Em=4,5%, while the MicroScan RYID® system showed EM=11,1% and Em = 3,0%. The automated methods compared in this study have acceptable concordant agreement levels, but the presence of EM and Em can cause that the operator of these equipments incurs in incorrect identifications. Therefore, is indispensable the use of complementary tests as morphology microscopic visualization in corn meal agar and use of chromogenic agar when performing yeasts identification by automated methods. These systems are a valuable tool for the yeasts identification, however, the microbiologist experience continues to be an important strength to assure the quality of the results.

Presumptive Identification of Candida Species Using Candida ID / 대한임상미생물학회지

BACKGROUND: Candida ID is introduced as a new chromogenic medium that allows presumptive identification of Candida species. We evaluated this medium to identify Candida spp. isolated from clinical specimens. METHODS: A total of 200 yeast isolates from clinical specimens in Ewha Womans University Mokdong Hospital, from April 2001 to August 2001 were identified by using the Vitek YBC (Hazelwood, Mo., USA). The results were compared with those by Candida ID (bioMeriux, Marcy l'Etoile, France). RESULTS: Candida ID correctly identified 98.0% of Candida spp. including 100% of C. albicans and 98.9% of C. tropicalis compared with the Vitek YBC. Among 84 strains showing blue colored colony on Candida ID, 82 strains (98%) were correctly identified as C. albicans but 2 strains were identified as C. glabrata and C. guilliermondii by the Vitek YBC. Among 92 strains showing pink colored colony, 90 strains (98%) were identified as C. tropicalis, and 2 strains were identified as C. guilliermondii and C. lusitaniae by the vitek YBC. CONCLUSIONS: Candida ID provides a more rapid and easier presumptive identification of major Candida spp. isolated from clinical specimens.