RESUMO
Dermatophagoides farinae (Der f), one of the main species of house dust mites, produces more than 30 allergens. A recently identified allergen belonging to the alpha-tubulin protein family, Der f 33, has not been characterized in detail. In this study, we used bioinformatics tools to construct the secondary and tertiary structures and predict the B and T cell epitopes of Der f 33. First, protein attribution, protein patterns, and physicochemical properties were predicted. Then, a reasonable tertiary structure was constructed by homology modeling. In addition, six B cell epitopes (amino acid positions 34-45, 63-67, 103-108, 224-230, 308-316, and 365-377) and four T cell epitopes (positions 178-186, 241-249, 335-343, and 402-410) were predicted. These results established a theoretical basis for further studies and eventual epitope-based vaccine design against Der f 33.
Assuntos
Animais , Tubulina (Proteína)/química , Alérgenos/química , Epitopos de Linfócito T/química , Epitopos de Linfócito B/química , Dermatophagoides farinae/química , Antígenos de Dermatophagoides/química , Tubulina (Proteína)/genética , Tubulina (Proteína)/imunologia , Alérgenos/genética , Alérgenos/imunologia , Estrutura Molecular , Estrutura Terciária de Proteína , Mapeamento de Epitopos , Epitopos de Linfócito T/genética , Epitopos de Linfócito B/genética , Biologia Computacional , Análise de Sequência de Proteína , Dermatophagoides farinae/genética , Dermatophagoides farinae/imunologia , Antígenos de Dermatophagoides/genética , Antígenos de Dermatophagoides/imunologiaRESUMO
To obtain the recombinant group 2 allergen product of Dermatophagoides farinae (Der f 2), the Der f 2 gene was synthesized by RT-PCR. The full-length cDNA comprised 441 nucleotides and was 99.3 percent identical to the reference sequence (GenBank AB195580). The cDNA was bound to vector pET28a to construct plasmid pET28a(+)-Der f 2, which was transformed into E. coli BL21 and induced by IPTG. SDS-PAGE showed a specific band of about 14kDa in the hole cell lysate. s estiated by chroatography, about 3.86 g of the recobinant product as obtained, which conjugated with serum IgE from asthmatic children. The protein had a signal peptide of 17 amino acids. Its secondary structure comprised an alpha helix (19.86 percent), an extended strand (30.82 percent), and a random coil (49.32 percent). The subcellular localization of this allergen was predicted to be at mitochondria. Furthermore, its function was shown to be associated with an MD-2-related lipid-recognition (ML) domain. The results of this study provide a solid foundation for large-scale production of the allergen for clinical diagnosis and treatent of allergic disorders.
Com a finalidade de obter o produto recombinante do alergeno grupo 2 do Dermatophagoides farinae (Der f2), o gene Der f2 foi sintetizado por RT-PCR. O cDNA continha 441 nucleotídeos e era idêntico em 99,3 por cento à sequência de referência (GenBank AB195580). O cDNA foi ligado ao vetor pET28a para construir o plasmídeo pET28a(+)-Der f2, o qual foi introduzido por transformação em E. coli BL21 e induzido por IPTG. Em SDS-PAGE foi vista mia banda específica de 14 kDa no lisado celular. Conforme estimado por cromatografia, cerca de 3,86 mg do produto recombinante foi obtido, que reagia com IgE sérica de crianças asmáticas. A proteína continha um peptídeo sinal de 17 amino ácidos. Sua estrutura secundária consistia de uma alfa hélice (19,86 por cento), uma fita estendida (30,82 por cento), e uma sequência randômica (49,32 por cento). A localização subcelular desse alergeno foi predita ocorrer nas mitocôndrias. Sua função foi associada com o domínio de reconhecimento lipídico (ML) relacionado a MD-2. Os resultados desse estudo permitem a produção em larga escala do alergeno para o diagnóstico clínico e tratamento das doenças alérgicas.