JAK2-mutated acute myeloid leukemia: comparison of next-generation sequencing (NGS) and single nucleotide polymorphism array (SNPa) findings between two cases

JAK2 mutations are rare in de novo acute myeloid leukemia (AML), and JAK2-mutated acute myeloid leukemia (AML) patients usually have a previous history of myeloproliferative neoplasms (MPNs). Current advances in laboratory techniques, such as single nucleotide polymorphism array (SNPa) and next-generation sequencing (NGS), have facilitated new insight into the molecular basis of hematologic diseases. Herein, we present two cases of JAK2-mutated AML in which both SNPa and NGS methods added valuable information. Both cases had leukemogenic collaboration, namely, copy-neutral loss of heterozygosity (CN-LOH), detected on chromosome 9. One of the cases exhibited both JAK2 and IDH2 mutations, most likely having originated as an MPN with leukemic transformation, while the other case was classified as a de novo AML with JAK2, CEBPA, and FLT3 mutations.

Evidence of incipient speciation in astyanax scabripinnis species complex (teleostei: characidae)

Two populations of the Astyanax scabripinnis complex, isolated by a waterfall with over 100 meters depth and inhabiting different altitudes of the same river (1850 m a.s.l. and 662 m a.s.l.) were compared in reproductive data, geometric morphometry, tooth morphology, anal-fin rays counts, and karyotype, in order to test the hypothesis of speciation between the two populations. The results in the geometric morphometry analysis showed differences between the populations. Discriminant function analysis (DFA) and canonical variance analysis revealed sexual dimorphism. Secondary sexual characters, such as hooks in the anal fin rays of the males are absent in the lower altitude population. Both populations had the same macro karyotype structure, except for the absence of B chromosomes in the lower altitude population. The fluorescence in situ hybridization showed differences for both markers (18S rDNA and 5S rDNA), and reproductive data suggests pre-zygotic reproductive isolation among the two populations. The data showed the absence of gene flow, indicating that an incipient speciation process has occurred, which leads the two populations to follow independent evolutionary pathways.

Duas populações do complexo Astyanax scabripinnis isoladas por uma queda d´água de mais de 100 metros de altura e localizadas em diferentes altitudes do mesmo rio (662 m e 1850 m a.s.l.) foram comparadas através de dados de reprodução, cariótipo, morfometria geométrica, morfologia dentária, e número de raios da nadadeira anal, de modo a testar a hipótese de especiação entre as duas populações. Os resultados de morfometria geométrica mostraram diferenças entre as populações. A análise da função discriminante (DFA) e a análise de variância canônica (CVA) demonstraram a presença de dimorfismo sexual. Caracteres sexuais secundários, como ganchos em raios da nadadeira anal dos machos, estão ausentes na população de menor altitude. Ambas as populações têm a mesma macro estrutura cariotípica, exceto pela ausência de cromossomos B na população de menor altitude. A hibridação in situ mostrou diferenças para ambos os marcadores (rDNA 18S e rDNA 5S), e os dados de reprodução sugerem isolamento reprodutivo pré-zigótico entre as duas populações. Os dados mostram ausência de fluxo gênico, indicando que ocorreu um processo de especiação incipiente, o que leva as duas populações seguirem vias evolutivas independentes.

DNA barcode of parodontidae species from the La Plata river basin - applying new data to clarify taxonomic problems

In the past years, DNA barcoding has emerged as a quick, accurate and efficient tool to identify species. Considering the difficulty in identifying some Parodontidae species from the La Plata basin and the absence of molecular data for the group, we aimed to test the effectiveness of DNA barcoding and discuss the importance of using different approaches to solve taxonomic problems. Eight species were analyzed with partial sequences of Cytochrome c oxidase I. The mean intraspecific K2P genetic distance was 0.04% compared to 4.2% for mean interspecific K2P genetic distance. The analyses of distance showed two pairs of species with K2P genetic divergence lower than 2%, but enough to separate these species. Apareiodon sp. and A. ibitiensis, considered as the same species by some authors, showed 4.2% genetic divergence, reinforcing their are different species. Samples of A. affinis from the Uruguay and Paraguay rivers presented 0.3% genetic divergence, indicating a close relationship between them. However, these samples diverged 6.1% from the samples of the upper Paraná River, indicating that the latter represents a potentially new species. The results showed the effectiveness of the DNA barcoding method in identifying the analyzed species, which, together with the morphological and cytogenetic available data, help species identification.

Nos últimos anos o DNA barcoding surgiu como uma ferramenta rápida, precisa e eficiente para identificar espécies. Considerando a dificuldade na identificação de algumas espécies de Parodontidae da bacia do rio da Prata e da ausência de dados moleculares para o grupo, testamos a eficácia do código de barras de DNA e discutimos a importância do uso de diferentes abordagens para resolver problemas taxonômicos. Oito espécies foram analisadas com sequencias parciais do gene citocromo c oxidase I. A distância genética média K2P intraespecífica foi de 0,04% comparado com 4,2% para distância genética média K2P interespecífica. As análises de distância mostraram dois pares de espécies com divergência genética K2P inferior a 2%, mas o suficiente para separar estas espécies. Apareiodon sp. e A. ibitiensis, consideradas a mesma espécie por alguns autores, mostraram 4,2% de divergência genética, confirmando serem espécies diferentes. Amostras de A. affinis dos rios Uruguai e Paraguai apresentaram 0,3% de divergência genética, indicando um maior grau de relação entre elas, no entanto, esses exemplares divergiram em 6,1% em relação aos exemplares do alto rio Paraná, o que indica que estes últimos representam uma espécie potencialmente nova. Os resultados mostraram a eficácia do método de DNA barcoding na identificação das espécies analisadas, os quais, em conjunto com os dados morfológicos e citogenéticos disponíveis auxiliam na identificação inequívoca das espécies.

Caracterização citogenética para identificação dos níveis de ploidia em cinco espécies do gênero Mentha L / Citogenetic characterization to determination of ploidy level on five Mentha L. species

Neste trabalho foi feita a caracterização citogenética da: microsporogênese, tétrades, estimativa da viabilidade do pólen pelo método de coloração e contagem do número máximo de nucléolos por célula interfásica, para identificação dos níveis de ploidia, em cinco espécies do gênero Mentha L. Foram coletadas inflorescências em 30 plantas de cada espécie, em duas florações sucessivas, nos anos 2006 e 2007. As inflorescências foram tratadas em etanol-ácido acético (3:1), em temperatura ambiente durante seis horas, transferidas para álcool 70% (v/v) e conservadas em geladeira até análise. Nas análises da microsporogênese, tétrades e pólen o corante usado foi carmin propiônico 2% e na identificação dos nucléolos nitrato de prata (AgNO3). Os resultados demonstraram que as cinco espécies são poliplóides. M. crispa heptaplóide (2n=7x=84) com 11 nucléolos, M. spicata tetraplóide (2n=4x=48) com 8 nucléolos, M.x gentilis pentaplóide (2n=5x=60) com 12 nucleólos, M. piperita e M.x piperita ambas hexaplóides (2n=6x=72) com 8 e 9 nucléolos respectivamente. M. spicata e M. crispa mantiveram as mais altas porcentagens de células normais na microsporogênese, na formação de tétrades e na estimativa da viabilidade do pólen por coloração, sugerindo maior estabilidade meiótica quando comparados aos demais poliplóides estudados.

The cytogenetic characterization of five species of Mentha L. genus, including the data: regularity of microsporogenesis and tetrads, and polen viability, using the coloration method and the counting of the maximum number of nucleolus by interphasic cell were carried out in this study to identify the ploid levels. These analyses were performed from inflorescences collected in 30 plants of each species, during two successive florations in 2006 and 2007. Inflorescences were treated in 3:1 ethanol:acetic acid mixture at room temperature during six hours, then transferred to 70%(v/v) ethanol solution and refrigerated until the analysis. For microsporogenis, tetrad and pollen analysis, we used carmine propionic 2% (m/v) and for nucleolus identification, we used AgNO3 solution. It was possible to observe that all five species were polyploids. M. crispa heptaploid (2n=7x=84) with 11 nucleolus, M. spicata tetraploid (2n=4x=48) with 8 nucleolus, M. x gentilis pentaploid (2n=5x=60) with 12 nucleolus, M. piperita and M. x piperita both hexaploid (2n=6x=72) with 8 and 9 nucleolus respectively. M. spicata and M. crispa kept the highest percentual values of normal cells in microsporogenesis as well as in tetrads formation and pollen viability, suggesting a higher meiotic stability when compared to the other polyploids studied.

Trisomia parcial del cromosoma 6(q27): presentación de un caso / Partial trisomy of chromosome 6(q27): a case report

Presentamos un caso de un paciente de sexo masculino de 5 meses de edad, múltiple malformado. Mediante técnicas de citogenética clásica y bandeamiento G, se determino, trisomía parcial del brazo largo del cromosoma 6, (dup parcial 6 (q27). Una enfermedad cromosómica extremadamente rara, por lo que se busco una relación con otros casos similares reportados y la probable acción de los genes involucrados en esta región para la expresión de los signos clínicos reportados.

Actualización de síndrome de Down en el Instituto de Genética / Review about Down syndrome in the genetics institute

El presente documento contiene información sobre los aspectos más relevalentes que engloban a la cromosomopatía más frecuente, el Síndrome de Down (SD). Enfatizamos en la importancia de corroborar el diagnóstico clínico con el diagnóstico. Con el fin de tener una idea más concreta de la realidad actual en cuanto al SD en nuestro medio, se mencionan los resultados arciales del estudio de prevalencia de enfermedades genéticas en el Instituto de Genética (IG), obtenidos de expedientes de los pacientes correspondientes al periodo de enero de 1998 a dicembre de 2001, con cariotipo compatible con SD, periodo durante el cual se atenderon 89 casos de SD. la edad de derivación para el diagnóstico citogenético se realizó antes de primer año de vida en un75 por ciento. El número de casos fue similar para ambos sexos, el 85.9 porciento de los casos corresponden ala ciudad de La Paz y el 58 porciento de los casos corresponden a madres mayores de 34 años. el porcentaje de presentación de las características fenotípicas es variable en el SD. La alteracion cromosómica más frecuente es a trisomía libre (96,6 porciento). Los datos nacionales permitieron argumentar el proqué se debe realziar el diagnóstico precoz, la importancia del manejo integral y multidisciplinario de los pacientes con SD, la obligación ético moral que tiene el profesional médico de brindar la posibilidad de asesoramiento genético a los padres, familias y el establecer el seguimiento adecuado del paciente. Conclusiones y Recmendaicones: Para realziar el diagnóstico adecuado del Sd y su posterior manejo es imprescindible el estudio citogenético precoz. el manejo inadecuado y e tardío o inexistente diagnóstico citogenético dsminuye las oportunidades de pacientes con sociedad coadyuvando a una mejora calidad de vida del individuo y la familia.