Caracterização molecular da ORF-I proveniente de pacientes com diferentes perfis clínicos / Molecular characterization of ORF-I from patients with different clinical profiles

RESUMO

INTRODUÇÃO: O HTLV-1 é o agente etiológico de doenças humanas, tais como leucemia/linfoma de célula T do adulto (ATLL), paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV (HAM/TSP), dermatite infectiva associada ao HTLV-1 (DIH), entre outras. Estima-se que cerca de 5-10 milhões de pessoas estejam infectadas pelo HTLV-1 no mundo e apesar dessa infecção ser endêmica em diferentes regiões geográficas, ainda permanece sem métodos terapêuticos eficazes. O genoma desse retrovírus é composto por duas fitas simples de RNA, com os genes gag, pol, env e uma região próxima à extremidade 3' conhecida como pX. A região pX contém quatro quadros abertos de leitura (ORFs) que codificam proteínas regulatórias específicas. A ORF-I codifica as proteínas p12 e p8, que quando expressas em quantidades equivalentes favorecem a infectividade e persistência viral. Mutações gênicas específicas na ORF-I do HTLV-1 podem alterar o padrão de expressão e, consequentemente, a concentração relativa destas proteínas, implicando na alteração da persistência viral e no desfecho da infecção. OBJETIVO: Caracterizar a ORF-I do HTLV-1 de pacientes com diferentes perfis clínicos. MATERIAL E MÉTODOS: Inicialmente foi realizada a anotação completa do principal genoma do HTLV-1 (ATK1), utilizado como sequência referência para a caracterização molecular da ORF-I. Em seguida, 1530 sequências da ORF-I provenientes de indivíduos assintomáticos e com HAM/TSP foram submetidas a análise de dataming para busca de associações entre mutações, carga proviral e sintomatologia. Para avaliar o grau de conservação genética da ORF-I em outros perfis clínicos, amostras de 23 pacientes assintomáticos, 11 pacientes com DIH, 13 com ATLL e 16...

ABSTRACT

INTRODUTION The HTLV-1 is the etiological agent of some human diseases, such asadult T-cell leukaemia/lymphoma (ATLL), HTLV-1-associated myelopathy/tropicalspastic paraparesis (HAM/TSP), infective dermatitis associated to HTLV-1 (IDH),among others. It is estimated that approximately 5-10 million people are infected withHTLV-1 in the world and although this infection is endemic in different geographicregions, it still remains without effective therapeutic methods. The genome of thisretrovirus is composed of two single strands of RNA, with the genes gag, pol, env and aregion near the 3' end, known as pX. The pX region contains four open reading frames(ORFs) that encode specific regulatory proteins. The ORF-I encodes the p12 and p8proteins, which when expressed in equivalent concentrations favor infectivity and viralpersistence. Specific mutations in HTLV-1 ORF-I may alter the expression and,consequently, the relative concentration of these proteins, implying in viral persistence alteration and outcome of infection. OBJECTIVE: Characterize the HTLV-1 ORF-Ifrom patients with different clinical profiles. MATERIAL AND METHODS: First, thecomplete annotation of the main genome of HTLV-1 (ATK1), used as a referencesequence for the molecular characterization of ORF-I, was initially performed. Then,1530 ORF-I sequences from asymptomatic and HAM/TSP individuals were submitted todataming analysis to search associations. To assess the ORF-I genetic conservation statusin other clinical profiles, samples from 23 asymptomatic patients, 11 patients with IDH,13 with ATLL and 16 with...