Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para a genotipagem dos vírus dengue, zika, chinkungunya e febre amarela / Development of bioinformatics tools for the genotyping of dengue, zika, chinkungunya and yellow fever virus

RESUMO

INTRODUÇÃO: Os Arbovírus transmitidos por mosquitos, como Dengue (DENV),Chikungunya (CHIKV), Zika (ZIKV) e Febre Amarela (YFV), são considerados importantes desafios para a saúde pública. Além do cenário causado pelo DENV, responsável por epidemias há décadas e endêmico em quase todo o país, a introdução do CHIKV e do ZIKV no Brasil traz grande preocupação. Os Arbovírus são transmitidos por mosquitos do gênero Aedes,particularmente Ae. aegypti e suas doenças relacionadas resultam em aumento dos custos financeiros associados ao diagnóstico e ao tratamento. MATERIAIS E MÉTODOS: Para facilitar o diagnóstico e o desenvolvimento de estratégias de prevenção e tratamento de forma eficiente, foram desenvolvidas ferramentas de bioinformática capazes de genotipar esses vírus baseando-se em modelos evolutivos apropriados de forma automática, precisa e rápida. Nesta plataforma, sequências destes arbovírus são selecionadas no Genbank por meio de um Sistema Configurável Automático de Mineração (SCAM), para obter um conjunto eficiente de sequências referências que foram utilizadas no desenvolvimento das ferramentas.RESULTADOS: Este processo envolveu o alinhamento das sequências referências seguidas por reconstruções de árvores filogenéticas. Para atribuir os genótipos às sequências dos usuários, a ferramenta analisa as sequências uma a uma, através da identificação pelo programa BLAST, seguido pelo alinhamento com o programa ClustalW e posteriormente com a reconstrução filogenética utilizando o programa PAUP*. A classificação genotípica ocorre quando as sequencias do usuário se agrupam filogeneticamente com o bootstrap igual ou superior a 70%. CONCLUSÃO: Essas novas ferramentas de genotipagem automáticas fornecem uma classificação precisa para esses arbovírus mesmo quando as sequências do usuário são oriundas de tecnologias de última geração (NGS), lendo, portanto, fragmentos curtos.

ABSTRACT

INTRODUCION: Mosquito-borne Arboviruses such as Dengue (DENV), Chikungunya (CHIKV), Zika (ZIKV) and Yellow Fever (YFV) are considered major public health challenges. In addition to the scenario caused by DENV, which has been responsible for epidemics for decades and endemic throughout most of the country, the introduction of CHIKV and ZIKV in Brazil is a major concern. Arboviruses are transmitted by mosquitoes of the genus Aedes, particularly Ae. Aegypti and its related diseases result in increased financial costs associated with diagnosis and treatment. MATERIAL AND METHODS: To facilitate the diagnosis, prevention and treatment strategies efficiently, bioinformatics tools have been developed for the genotyping of these viruses based on appropriate evolutionary models in na automatically, accurately and rapidly manner. In this platform, sequences of these arboviruses are selected in Genbank by means of an Automatic Mining Configurable System (SCAM), to obtain an efficient set of reference sequences that were used in the development of the tools. RESULT: This process involved the alignment of the reference sequences followed by phylogenetic tree reconstructions. To assign the genotypes to the user sequences, the tool analyzes the sequences one by one, through identification by the BLAST program, followed by the alignment with the ClustalW program and later with the phylogenetic reconstruction using the PAUP* program. The genotypic classification occurs when the user sequences are grouped phylogenetically with the bootstrap equal to or greater than 70%. CONCLUSION: These new automatic genotyping tools provide an accurate classification for these arboviruses even when the user sequences are derived from next-generation technologies (NGS), thus reading short fragments.