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Whole-exome sequencing in familial keratoconus: the challenges of a genetically complex disorder / Sequenciamento do exoma no ceratocone familiar: os desafios de uma doença genética complexa
Magalhães, Otávio de Azevedo; Kowalski, Thayne Woycinck; Wachholz, Gabriela Elis; Schuler-Faccini, Lavinia.
  • Magalhães, Otávio de Azevedo; Hospital Banco de Olhos de Porto Alegre. Porto Alegre. BR
  • Kowalski, Thayne Woycinck; Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Porto Alegre. BR
  • Wachholz, Gabriela Elis; Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Porto Alegre. BR
  • Schuler-Faccini, Lavinia; Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Porto Alegre. BR
Arq. bras. oftalmol ; 82(6): 453-459, Nov.-Dec. 2019. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-1038691
ABSTRACT
ABSTRACT

Purpose:

The underlying genetic causes of keratoconus are essentially unknown. Here, we conducted whole-exome sequencing in 2 Brazilian families with keratoconus.

Methods:

Whole-exome sequencing was performed on 6 keratoconus-affected individuals of 2 unrelated pedigrees from Southern Brazil. Pathogenic variants were identified in a modified Trio analysis (1 parent and 2 children) using candidate gene filtering. All the affected subjects underwent detailed corneal tomographic evaluation. Clinically relevant variants that were present in affected individuals at minor allele frequencies <1% were examined in the 1000 Genomes Project single nucleotide polymorphism ABraOM and transcription gene (RefSeq and Ensembl) databases.

Results:

In family 1, a sequence variant in chromosome 1 (q21.3) was observed within the filaggrin gene. All the tested family members shared a heterozygous missense pathogenic variant in the c.4678C>T position. In family 2, exome analysis demonstrated a sequence variant in chromosome 16 (q24.2) within the gene encoding zinc finger protein 469 (ZNF469). Members of family 2 shared a heterozygous missense variant in the c.1489G>A position. In addition, the exomes of the 2 families were examined for shared genetic variants among all affected individuals. Filtering criteria did not identify any rare sequence variants in a single gene segregated in both families.

Conclusion:

Our findings show that a complete genotype-phenotype correlation could not be identified, suggesting that keratoconus is a genetically heterogeneous disease. In addition, we believe that whole-exome sequencing-based segregation analysis is probably not the best strategy for identifying variants in families with isolated keratoconus.
RESUMO
RESUMO

Objetivos:

As causas genéticas subjacentes do ceratocone são essencialmente desconhecidas. Aqui, realizamos o sequenciamento de todo exoma de duas famílias brasileiras com ceratocone.

Métodos:

O sequenciamento total do exoma foi realizado em 6 indivíduos com ceratocone de duas famílias distintas do sul do Brasil. Variantes patogênicas foram identificadas em uma análise no formato de trio-modificada (um dos pais e dois filhos) usando a filtragem de genes candidatos. Todos os indivíduos afetados passaram por avaliação de tomografia de córnea. Variantes clinicamente relevantes que estavam presentes em indivíduos afetados em menores frequências alélicas <1% foram avaliadas na base de dados de polimorfismo de nucleotídeo único do 1000 Genomes Project ABraOM e do gene de transcrição (RefSeq e Ensembl).

Resultados:

Na família 1, uma variante de sequência no cromossomo 1 (q21.3) foi observada dentro do gene da filagrina. Todos os membros dessa família compartilhavam uma mutação missense na posição c.4678C>T. Na família 2, a análise do exoma demonstrou uma variante alélica no cromossomo 16 (q24.2) dentro do gene que codifica a proteína de dedo de zinco 469 (ZNF469). Os membros dessa família compartilham uma mutação missense heterozigota na posição c.1489G>A. Além disso, os exomas das duas famílias foram avaliados para variantes genéticas compartilhadas entre todos os indivíduos afetados. Os critérios de filtragem não identificaram variantes de sequência rara em um único gene segregado em ambas as famílias.

Conclusão:

Nossos achados indicam que uma completa correlação genótipo-fenótipo não pode ser identificada, sugerindo que o ceratocone é uma doença geneticamente heterogênea. Além disso, acreditamos que análises de segregação baseadas no sequenciamento de todo exoma provavelmente não é a melhor estratégia para identificar variantes em famílias isoladas com ceratocone.
Subject(s)


Full text: Available Index: LILACS (Americas) Main subject: Exome Sequencing / Keratoconus Type of study: Prognostic study Limits: Adult / Female / Humans / Male Language: English Journal: Arq. bras. oftalmol Journal subject: Ophthalmology Year: 2019 Type: Article Affiliation country: Brazil Institution/Affiliation country: Hospital Banco de Olhos de Porto Alegre/BR / Universidade Federal do Rio Grande do Sul/BR

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LILACS

LIS


Full text: Available Index: LILACS (Americas) Main subject: Exome Sequencing / Keratoconus Type of study: Prognostic study Limits: Adult / Female / Humans / Male Language: English Journal: Arq. bras. oftalmol Journal subject: Ophthalmology Year: 2019 Type: Article Affiliation country: Brazil Institution/Affiliation country: Hospital Banco de Olhos de Porto Alegre/BR / Universidade Federal do Rio Grande do Sul/BR