Identificación directa de microorganismos a partir de muestras de orina y hemocultivos utilizando MALDI-TOF / Direct identification of microorganisms in urine and blood cultures samples, using MALDI-TOF MS

RESUMEN

Objetivo: evaluar la utilidad de la identificación directa de microorganismos en muestras de orina y hemocultivos empleando la tecnología MALDI-TOF MS, mediante el análisis de concordancia en la identificación, tiempo necesario para la obtención de un resultado y costos asociados a cada método de identificación. Materiales y métodos: estudio descriptivo de febrero de 2017 a octubre de 2017. Se seleccionaron a conveniencia 180 muestras de orinas y 129 hemocultivos de pacientes de la Clínica El Rosario, Medellín, se realizó identificación del microorganismo directamente de la muestra y a partir del cultivo por MALDI-TOF (Vitek® MS‚ bioMérieux). Se analizaron los costos y tiempo, para determinar la utilidad de esta tecnología en los procesos del laboratorio de microbiología. Resultados: En el 79,6% de las orinas positivas y en el 76% de los hemocultivos se obtuvo una identificación de microorganismos directamente por MALDI-TOF MS. El tiempo de identificación directa tuvo una media de 6 horas y por cultivo una media de 29 horas. El costo total por aislamiento identificado de forma directa (sin incluir el valor del equipo) fue de $8.200 (2,58 USD) en muestras de orina y de $9.720 (3,06 USD) en hemocultivos positivos. El equipo introduce un costo variable en cada identificación de acuerdo con el número de identificaciones que se realicen en el laboratorio. Conclusiones: Estos resultados confirman la utilidad del MALDI-TOF MS para generar identificaciones más rápidas cuando se utiliza directamente en muestras clínicas, sin embargo, tiene un bajo desempeño en la identificación directa de bacterias gram positivas, siendo necesario evaluar otros protocolos que mejoren la identificación directa. El costo de los consumibles es bajo, pero la adquisición de esta tecnología introduce un costo variable que depende del volumen de muestras identificadas en el laboratorio.

ABSTRACT

Objective: To evaluate the utility of the direct identification of microorganisms in urine and blood cultures samples, using MALDI-TOF by evaluating concordance for identification, time to obtain an identification result and associated costs. Materials and Methods: A descriptive study from February to October 2017 in 180 urine samples and 129 positive blood cultures samples of patients from the El Rosario Clinic in Medellin- Colombia. The clinical samples were processed directly for microorganisms identification by using MALDI-TOF (Vitek® MS‚ bioMérieux). This result was compared with the result obtained with Maldi tof -MS done for the cultured microorganism. An analysis of cost and time to achieve an identification result was made to determinate the utility of this technology in the laboratory procedures. Results: 79,6 % of positive urines and the 76 % of blood cultures were identified directly from the sample by MALDI-TOF. MALDI-TOF applied directly had a mean time for obtaining an identification of 6 hours compared to 29 hours to obtain an identification from cultures. The cost of direct identification was $8.200 (2,58 USD) in urine samples and $9.720 (3,06 USD) in blood cultures (without including the equipment cost). This cost is variable depending of the number of identifications that the laboratory performs. Conclusions: These results support the usefulness of MALDI-TOF for getting rapid identification results using the direct methodology in clinical samples. However, the capability to identify gram positive bacteria needs to be improved. The incorporation of this methodology in microbiology laboratories may improve the opportunity in the etiological diagnosis and should have a positive impact on patient care.