Molecular characterization of a new Begomovirus isolated from five weeds species collected in tomato crops in Valle del Cauca / Caracterización molecular de un nuevo begomovirus aislado de cinco especies de arvenses colectadas en cultivos de tomate en valle del cauca

RESUMEN

RESUMEN Las arvenses son hospederos alternos de begomovirus (Geminiviridae), los cuales facilitan su persistencia y propagación a cultivos de interés agronómico, como el tomate. El objetivo de esta investigación fue obtener el genoma completo de un begomovirus bipartita encontrado en Amaranthus dubius, Rivina humilis, Rhynchosia minima, Desmodium sp. y Caesalpinia sp., las cuales fueron colectadas en cultivos de tomate en Ginebra y Cerrito, Valle del Cauca. El genoma del begomovirus fue obtenido utilizando amplificación por círculo rodante y digestión con las enzimas EcoRI y EcoRV, las cuáles cortan el componente genómico A y B, respectivamente. Estos fragmentos fueron clonados, secuenciados y analizados. Finalmente, se verificó la presencia de este begomovirus en todas las arvenses mediante PCR específico. Se obtuvieron tres clonas EcoRI y cinco clonas EcoRV. Los fragmentos que portan los componentes A y B presentan un tamaño de 2 584 y 2 543 nt, respectivamente. El análisis de secuencia de nucleótidos del genoma begomoviral A con otros begomovirus previamente reportados, mostró la mayor identidad (90,9 %) con el virus del mosaico dorado de Rhynchosia de Yucatán. Tomando como base el criterio de demarcación actual para las especies de Begomovirus establecido por el Comité Internacional de Taxonomía de Virus, el geminivirus aislado de las arvenses A. dubius, R. humilis, R. minima, Desmodium sp. y Caesalpinia sp., constituye una nueva especie begomoviral. Con base en la sintomatología observada en campo, se propone el nombre de Virus del mosaico dorado de Rhynchosia de Colombia para designar a esta nueva especie.

ABSTRACT

ABSTRACT The weeds are alternative hosts of begomoviruses (Geminiviridae), which facilitate their persistence and propagation to crops of agronomic interest, such as tomatoes. The objective of this investigation was to obtain the complete genome of a bipartite begomovirus found in Amaranthus dubius, Rivina humilis, Rhynchosia minima, Desmodium sp. and Caesalpinia sp., which were collected in tomato crops in Ginebra and Cerrito, Valle del Cauca. The genome of the begomovirus was obtained using rolling circle amplification and digestion with the enzymes EcoRI and EcoRV, which cut the genomic component A and B, respectively. These fragments were cloned, sequenced, and analyzed. Finally, the presence of this begomovirus in all weeds was verified by specific PCR. Three EcoRI clones and five EcoRV clones were obtained. The fragments carrying components A and B have a size of 2 584 and 2 543 nt, respectively. The analysis of the nucleotide sequence of the begomoviral A genome with other previously reported begomoviruses showed the highest identity (90.9 %) with the Rhynchosia golden mosaic virus Yucatán. Based on the current demarcation criterion for the Begomovirus species established by the International Committee on Taxonomy of Viruses, the geminivirus isolated from the weeds A. dubius, R. humilis, R. minima, Desmodium sp. and Caesalpinia sp., constitutes a new begomoviral species. Based on the symptoms observed in the field, the name of the Rhynchosia golden mosaic Colombia virus is proposed to designate this new species.