The Human Variome Project country node of Argentina in the first two years of activity: past, present and future / El nodo Argentino del Proyecto Varioma Humano en los primeros dos años de actividad: pasado, presente y futuro

ABSTRACT

The Human Variome Project (HVP) is an international effort aiming systematically to collect and share information on all human genetic variants. It has been working for years in collaboration with local scientific societies by establishing systems to collect every genetic variant reported in a country and to store these variants within a database repository LOVD (Argentinian chapter ar.lovd.org). Formally established in 2017 in the Argentinian Node, up to June 2019 we collected more than 25,000 genetic variants deposited by 17 different laboratories. Nowadays the HVP country nodes represent more than 30 countries. In Latin America there are four country nodes Argentina, Brazil, Mexico and Venezuela; the first two interacted recently launching the LatinGen database. In the present work we want to share our experience in applying the HVP project focusing on its organization, rules and nomenclature to reach the goal of sharing genetic variants and depositing them in the Leiden Open Variation Database. Contributing laboratories are seeking to share variant data to gain access all over the country. It is one of our goals to stimulate the highest quality by organizing courses, applying current nomenclature rules, sponsoring lectures in national congresses, distributing newsletter to serve the Argentinian genomics community and to stimulate the interaction among Latin America countries.

RESUMEN

El Proyecto Varioma Humano (HVP) es un esfuerzo internacional que tiene como objetivo recopilar y compartir sistemáticamente información sobre todas las variantes genéticas humanas. Hemos estado trabajando durante tres años en colaboración con sociedades científicas locales, mediante el establecimiento de sistemas para recolectar todas las variantes genéticas reportadas en el país y almacenarlas dentro de la base de datos LOVD (capítulo argentino ar.lovd.org). En el año 2017 fue establecido formalmente el Nodo Argentino del HVP, habiéndose recolectado más de 25.000 variantes genéticas depositadas por 17 laboratorios diferentes hasta junio de 2019. Hoy en día existen al menos 30 nodos del HVP, correspondientes a diferentes países. En América Latina hay cuatro nodos Argentina, Brasil, México y Venezuela; Los dos primeros interactuaron recientemente lanzando la base de datos LatinGen. En el presente trabajo queremos compartir nuestra experiencia en la aplicación del proyecto HVP centrándonos en su organización, reglas y nomenclatura para alcanzar el objetivo de compartir variantes genéticas y depositarlas en la base de datos de variaciones abiertas de Leiden (LOVD). Es uno de nuestros objetivos estimular la más alta calidad mediante la organización de cursos, aplicación de las reglas de nomenclatura actuales, patrocinio de conferencias en congresos nacionales, distribución de boletines informativos para la comunidad de genómica argentina, y estimulación de la interacción entre los países de América Latina.