Comparación de tres métodos de extracción de ADN a partir de garrapatas duras (Acari: Ixodidae) / Comparison of three DNA extraction methods from hard ticks (Acari: Ixodidae)

RESUMEN

RESUMEN Las garrapatas son el grupo de ectoparásitos de mayor relevancia en la transmisión de patógenos a los animales domésticos y a humanos. La detección de estos agentes, normalmente, se realiza por métodos basados en PCR y, por ello, se requiere de la obtención de ácidos nucleicos, para la amplificación selectiva de dianas moleculares. El objetivo de la presente investigación fue comparar el desempeño de tres métodos de extracción de ADN, sales, columnas y tiocianato de guanidina, a partir de garrapatas, para estudios de detección de patógenos y sistemática molecular de garrapatas. Se realizaron comparaciones múltiples del desempeño de extracción sobre 30 muestras de garrapatas y se valoró la calidad del extracto de ADN, mediante la amplificación de un fragmento del gen mitocondrial 16S de garrapatas, con la utilización de la técnica de PCR. Además, se evaluó la presencia de patógenos de los géneros Rickettsia, Ehrlichia, Anaplasma y Babesia. El método con mayor desempeño en la extracción de ADN fue el basado en tiocianato de guanidina (mdnR=160ng/uL), seguido por columnas (mdnR=4,7ng/uL) y luego sales (mdnR=1,6ng/uL). Se presentaron diferencias estadísticas en el rendimiento de la extracción; no obstante, no existieron diferencias respecto al éxito de amplificación, mediante PCR, de acuerdo con el método de extracción (p=0,1173). No se detectaron patógenos rickettsiales o piroplasmas en ninguno de los extractos de ADN de garrapatas evaluados. Considerando el costo/beneficio de los métodos comparados, la utilización del método de sales puede facilitar la masificación de trabajos sobre la detección de patógenos que son transmitidos por garrapatas, en laboratorios de discreto presupuesto.

ABSTRACT

ABSTRACT Ticks are the most important group of ectoparasites in the transmission of pathogens to domestic animals and humans. Detection of those pathogens is usually performed by PCR-based methods and therefore requires the extraction of nucleic acids for the selective amplification of molecular targets. The aim of the present investigation was to compare the performance of three DNA extraction methods (salts, columns and guanidine thiocyanate) from ticks for studies of pathogen detection and molecular systematics of ticks. DNA extraction performance was measured by multiple comparisons on 30 tick samples and assessment of quality of the DNA extract through PCR amplification of 16S mitochondrial ticks gene. The presence of Rickettsia, Ehrlichia, Anaplasma and Babesia were also evaluated. The guanidine thiocyanate was the method with highest performance (mdnR= 160ng/uL), then columns (mdnR= 4.7ng/uL) and finally salting out method (mdnR= 1.6ng/uL). Although there were statistical differences of performance among DNA extraction protocols, there were no differences regarding the success of PCR amplification according to the extraction method (p = 0.1173). No rickettsial pathogens or piroplasms were detected in any of the DNA extracts evaluated. Considering the cost/benefit ratio of the three methods, the use of the salting out method can facilitate the massification of studies on tick-borne pathogen in low-budget laboratories.