In silico analysis of genomic variables associated to HPV16 integration sites / Análisis in silico de variables genómicas asociadas a sitios de integración de HPV16

ABSTRACT

Background: Despite current prophylactic interventions, a significant proportion of patients suffers a cancer-specific mortality, leading to a global awareness of the importance of identifying factors associated to the etiology of HPV-associated cancer. According to this, HPV-DNA integration into human genome is an important event in the pathogenesis. Purpose: To identify in silico, molecular regions of the genome where the HPV integration events occur Methods: We performed a bioinformatic study based on a systematic search in Medline through PubMed, Embase and Lilacs from inception to April 2019. We used the UCSC Genome Browser Home (https//genome.ucsc.edu) to evaluate the genetic environment. Results: HPV integration sites by anatomical location related to cervical cancer were 374 (61%). In addition, 325 (87%) of these integration sites had HPV-16, 21 (5%) had HPV-18 and 28 (7%) had another type of genotype. Oro-pharyngeal cavity was the second anatomic site with 162 (26%) integration sites. It is noteworthy that the HPV-16 was found integrated into 160 (99%) analyzed sites. Conclusion: Our results suggest that many of the integration sites reported in the scientific literature are HPV 16 from squamous cell carcinomas and 50% of HPV16 were integrated into transcriptional units that might affect the expression of gene target.

RESUMEN

Antecedentes A pesar de las intervenciones profilácticas actuales, una proporción significativa de pacientes muere debido al cáncer, lo que aumenta la conciencia global de la importancia de identificar los factores asociados a la etiología del cáncer asociado al VPH. Según esto, la integración del ADN-VPH en el genoma humano es un evento importante en la patogénesis. Propósito Identificar in silico, las regiones moleculares del genoma donde ocurren los eventos de integración del VPH Métodos: Realizamos un estudio bioinformático basado en una búsqueda sistemática en Medline a través de PubMed, Embase y Lilacs desde el inicio hasta abril de 2019. Utilizamos el UCSC Genome Browser Home (https//genome.ucsc.edu) para evaluar el entorno genético. Resultados: Los sitios de integración del VPH relacionados con el cáncer de cuello uterino fueron 374 (61%). Además, 325 (87%) de estos sitios de integración tenían VPH-16, 21 (5%) tenían VPH-18 y 28 (7%) tenían otro tipo de genotipo. La cavidad orofaríngea fue el segundo sitio anatómico con 162 (26%) sitios de integración. Es de destacar que el VPH-16 se encontró integrado en 160 (99%) sitios analizados. Conclusión: Nuestros resultados sugieren que muchos de los sitios de integración reportados en la literatura científica que presentan al VPH-16 son carcinomas de células escamosas y que el 50% de estos VPH-16 se integraron en unidades transcripcionales que podrían afectar la expresión de algún gen objetivo.