Microbiological characteristics of infections in a group of colombian patients with oncological diagnosis, 2014 - 2016 / Características microbiológicas de infecciones en un grupo de colombianos con diagnóstico oncológico, 2014 - 2016

ABSTRACT

Objective: We aimed to describe the microbiological characteristics of infections in patients from an oncological center during 2.014-2.016. Methods: In this cross-sectional descriptive study, a total of 7.837 cultures corresponding to 1.216 patients were included. Microbiological and sociodemographic data were taken from cancer diagnosed patients admitted to Oncólogos de Occidente S.A. in Pereira, Armenia, Manizales and Cartago from January 2.014 to December 2.016. The bacterial resistance profiles were defined according to the CLSI guideline. Culture foci were blood, urine, tissue biopsies, skin and soft tissues, mucous membranes and feces. Results: The culture-positive rate was 27,94%. Amongst 2.190 isolates, Escherichia coli (22,42%) was the most frequent, followed by Klebsiella pneumonia (21,27%), Pseudomona aeruginosa (13,83%) and Staphylococcus aureus (5,11%). The most common mechanisms of antimicrobial resistance in Gram-negatives were Extended-Spectrum β-Lactamase (45,45%) and AmpC-type β-lactamases (37,71%). Discussion: Up to nearly one-third of our participants' cultures were positive and a vast majority were gram-negatives, provided with ESBLs or AmpCs which in oncological patients it is a catastrophic outcome. We recommend to establish antibiotic dispensing policies thus achieving a microbiological risk control and improve the epidemiological surveillance. Empirical use of beta-lactams with extended spectrum or cephalosporins of 1 to 3 generation is not recommended due to the high resistance found.

RESUMEN

Objetivo: Describir las características microbiológicas de las infecciones en pacientes de un centro oncológico durante 2.014-2.016 Métodos: Estudio descriptivo, transversal. Incluyó 7.837 cultivos de 1.216 pacientes. Se recolectaron variables microbiológicas y sociodemográficas de pacientes diagnosticados con cáncer en las sedes de Pereira, Armenia, Manizales y Cartago de Oncólogos de Occidente S.A. durante 2.014 hasta 2.016. Los perfiles de resistencia bacteriana se definieron de acuerdo con la guía CLSI. Los focos de cultivo fueron sangre, orina, biopsias de tejidos, piel y tejidos blandos, membranas mucosas y heces. Resultados: La tasa de cultivo positivo fue del 27,94%. De 2.190 aislamientos, E. coli (22,42%) fue el más frecuente, seguido de K. pneumoniae (21,27%), P. aeruginosa (13,83%) y S. aureus (5,11%). Los principales mecanismos de resistencia identificados en Gram negativos fueron β-lactamasas de espectro extendido (45,45%) y β-lactamasa de tipo AmpC (37,71%). Discusión: Cerca de un tercio de los cultivos de los participantes fueron positivos y una vasta mayoría fueron gram negativos, provistos con ESBL o AmpC, lo que en pacientes oncológicos es un desenlace catastrófico. Recomendamos establecer políticas de dispensación de antibióticos, logrando así un control de riesgo microbiológico y mejorar la vigilancia epidemiológica. No se recomienda el uso empírico de betalactámicos con espectro extendido o cefalosporinas de 1 a 3 generación debido a la alta tasa de resistencia encontrada.