Alternatively polyadenylated calpastatin transcripts in bovine muscles / Transcriptos alternativamente poliadenilados de calpastatina en músculos de bovino

ABSTRACT

Calpastatin activity has a key role in the tenderization process that occurs during postmortem storage of meat under refrigerated conditioning. The regulation of calpastatin (CAST) expression is highly complex, the gene has four putative promoters and at least three different polyadenylation sites, and it is also alternatively spliced. We investigated the presence of alternative polyadenylation (APA) isoforms of CAST transcripts in three muscles (infraspinatus, triceps brachii and semitendinosus) of two bovine breeds (Angus and Brahman). The 3´ RACE-PCR was used to specifically amplify the different APA sites. The amplified fragments were cloned and sequenced. Sequencing confirmed the existence of three expected polyadenylation sites corresponding to short, medium and long polyadenylated transcripts. Also, transcripts with a novel APA site were found in the three muscles of both breeds. Because the same APAs isoforms were found between muscles and breeds, we could hypothesize a possible contribution to the relative abundance of different isoforms, probably in coordination with promoter preference and alternative splicing. This knowledge would be useful in the design of future experiments to analyze differential expression of CAST isoforms and their contribution to the definition of beef tenderness.

RESUMEN

La actividad de la calpastatina tiene un rol clave en el proceso de tiernización postmortem de la carne durante su almacenamiento refrigerado. La regulación de la expresión de calpastatina (CAST) es altamente compleja; el gen tiene cuatro potenciales promotores, diferentes sitios de poliadenilación de transcriptos y también splicing alternativo. En este trabajo se investiga la presencia de isoformas de transcriptos de CAST alternativamente poliadenilados (APA) en tres músculos (infraspinatus, triceps brachii y semitendinosus) de dos razas bovinas (Angus y Brahman). Se utilizó la técnica de 3´ RACE-PCR para amplificar específicamente los diferentes sitios APA. Los fragmentos amplificados fueron clonados y secuenciados. La secuenciación confirmó la existencia de tres sitios de poliadenilación conocidos. Un nuevo sitio APA fue identificado en transcriptos de los tres músculos y en ambas razas. Dado que cualitativamente no hubo variación en la presencia de isoformas definidas por APA entre músculos y razas de terneza contrastante, podría hipotetizarse una posible contribución a la abundancia relativa de distintas isoformas, probablemente en forma coordinada con la elección de promotores y el splicing alternativo. Este nuevo conocimiento podría ser de utilidad para el diseño de experimentos de análisis de expresión diferencial de isoformas de calpastatina, para ponderar la contribución de las mismas a las variaciones en terneza de la carne.