Dificultades en la detección de genomas del nuevo coronavirus 2 (SARS CoV-2) / Pandemic and social inequiality: the popular neighborhoods of the Buenos Aires suburbs in preventive social isolation

RESUMEN

RESUMEN El manejo de las infecciones virales respiratorias, tanto a nivel nacional como a nivel mundial, requiere resultados científicos de calidad. La reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (rRT-PCR, por su sigla en inglés) es considerada el "patrón de oro" para detectar el genoma del nuevo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), agente causal de la enfermedad por el nuevo coronavirus (COVID-19) sobre todo en la fase aguda de la infección. Su uso es controvertido fuera de un contexto de exposición viral. El objetivo del presente trabajo es analizar escollos encontrados durante la detección del genoma del SARS-CoV-2 que pueden producir resultados falsos. Los falsos negativos de rRT-PCR pueden deberse al momento y la eficacia de la toma de la muestra, la congelación, el almacenamiento y la descongelación, y a la inactivación térmica de la virulencia. Además, las señales retardadas de los controles internos invalidan la negatividad. Por otra parte, las muestras con escaso material biológico llevan a conclusiones negativas falsas, por lo que determinar un umbral (número mínimo de células epiteliales) contribuirá a reducirlas. Sin embargo, la mayoría de los kits detectan ADN humano, pero no fueron calibrados para cuantificar carga celular. Los ácidos ribonucleicos nucleares (ARN) virales adheridos a guantes, tubos y gorros, -entre otros elementos-, son fuente de falsos positivos. Las farmacopeas sugieren que la contaminación externa se controle en series de 100 muestras con al menos una representatividad del 10%. Si se extrapola esta aproximación al laboratorio de análisis clínicos, en lugar de uno se deberían procesar al menos 10 controles negativos contiguos a 10 positivos cada 100 pruebas. Mejorar la detección por rRT-PCR implica un aumento de al menos 20% en el costo de los reactivos, por lo que se necesitan recursos adicionales.

ABSTRACT

ABSTRACT Emerging respiratory viral infections like the severe coronavirus disease (CoVID 19) caused by novel coronavirus 2 (SARS-CoV-2) require quality results for science-based responses. The reverse transcriptase polymerase chain reaction (rRT-PCR) is considered the gold standard for detecting SARS-CoV-2 (particularly in the acute phase of infection). The aim of the present work was to analyze pitfalls during the search of viral genomes. False negative conclusions are result of sampling timing, performances of swabbing, storage, and thawing and heat-infectivity inactivation. Samples with low biologic material also lead to false negatives. Qualitative controls to detect the presence of human DNA are available in several kits but they were not calibrated for quantification of human cell loads. Moreover, negativity cannot be reported for samples with delayed signals for the internal control (due to deficiency in extraction and/or retro transcription and/or or to the presence of rRT-PCR inhibitors). The viral RNA that may have stick on gloves, on tubes, caps, etc. may produce false positives. The International Pharmacopoeias recommend for external contamination to test at least 10% of the samples. Couples of 10 negative contiguous to 10 positive controls randomly distributed should be therefore included in each series of 100 rRT-PCR tests. These improvements increase the cost of each determination (at least by 20% only for the reactants) and require additional resources.