Prevalência populacional de variantes germinativas patogênicas no gene TP53 / Population prevalence of pathogenic germline TP53 variants

RESUMO

Recentes indicações de um fenótipo mais variável e uma menor penetrância de câncer na síndrome de Li-Fraumeni (LFS) levantaram questões a respeito da verdadeira prevalência populacional da síndrome. Investigações anteriores, baseadas em contextos clínicos, propuseram que as estimativas de prevalência populacional de LFS poderiam variar entre um portador a cada 5.000 a 20.000 indivíduos. O primeiro artigo demonstrou que a prevalência populacional de variantes patogênicas e provavelmente patogênicas no gene TP53, as principais causas de LFS, é mais alta do que a esperada em uma população não selecionada pelo histórico de câncer. Nós sugerimos que a prevalência populacional poderia ser de até 10x mais alta do que previamente descrita. O segundo artigo teve como objetivo avaliar e validar as estimativas de prevalência de variantes germinativas em TP53 no banco de dados do gnomAD, que inclui variações genéticas de mais de 130.000 individuos. Variantes em TP53 foram selecionadas e classificadas com base em nosso algoritmo previamente descrito. Além disso, nós fornecemos estimativas de prevalência alternativas com base na classificação de três bancos de dados, ClinVar, HGMD e o portal UMD_TP53. Com base nessa nova análise, nós observamos que a prevalência populacional de variantes germinativas patogênicas e provavelmente patogênicas no gene TP53 é, de fato, maior do que previamente descrita. Contudo, as estimativas podem variar drasticamente (0,02-0,25%) devido a diferentes classificações e a algumas variantes específicas em TP53 que podem estar associadas a um risco inflacionado (p.N235S, p.V31I e p.R290H). Abordagens interdisciplinares são necessárias para melhor entender a interação entre classificação de variantes em TP53, estimativas de prevalência, penetrância de câncer e fenótipo em LFS

ABSTRACT

Recent suggestions of a variable Li-Fraumeni syndrome (LFS) phenotype and a lower LFS-associated cancer penetrance have raised questions regarding the true disease population prevalence. Earlier investigations, based on clinical contexts, had proposed that the estimated population prevalence of LFS could be between the range of one carrier in every 5,000-20,000 individuals. The first article reported a higher-than-expected population prevalence of pathogenic and likely pathogenic germline TP53 variants in a population unselected for cancer history. We suggested that the population prevalence could be up to 10x higher than previously described in clinically-based studies. The second article aimed to further evaluate germline TP53 variant prevalence estimates in the gnomAD database, which includes germline variation from over 130,000 individuals. Variants were selected and classified based on our previously published algorithm. In addition, we provided alternative prevalence estimates based on three other classifications databases, ClinVar, HGMD, and the UMD_TP53 website. Based on the new analysis, we observed that the population prevalence of pathogenic and likely pathogenic TP53 variants is indeed higher than previously described. However, the estimates can vary widely (0.02-0.25%) due to differences in variant classifications and due to some specific TP53 variants that may be associated with inflated risk (p.N235S, p.V31I, and p.R290H). Comprehensive approaches are needed to better understand the interplay of germline TP53 variant classification, prevalence estimates, cancer penetrance and phenotype of LFS