SARS-COV-2 detection in saliva and nasopharyngeal swabs using RT-PCR was similar

ABSTRACT

Abstract The World Health Organization has declared the widespread spread of SARS-CoV-2 and its associated disease (COVID-19) a public health emergency. The standard gold test for detecting the virus is the RT-PCR, performed from nasopharyngeal swab (NPS) samples. However, this test may be uncomfortable for the patient and requires specific training and attire from the health professional responsible for collecting the sample. Therefore, the search for alternative ways to collect samples that may be used in the diagnosis of COVID-19 is relevant. This study aimed to compare the results obtained from NPS and saliva samples. NPS and saliva samples were collected from 189 symptomatic outpatients suspected of COVID-19, who came to Piquet Carneiro Polyclinic. RNA extraction was performed using the Bio-Gene DNA/RNA Viral Extraction kit (Bioclin®). Real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) reactions used the Molecular SARS-CoV-2 (E / RP) kit (Bio-Manguinhos). The results indicated that 142 showed a non-detectable result (ND), while 47 showed a detectable result (D). Among the 142 "ND", 137 (94.4%) saliva samples obtained the same result, while 5 samples (3.4%) were "D". Among the 47 "D" swab samples, 35 (74.4%) showed the same result in the saliva samples. The sensitivity of the saliva test was 0.74 and the specificity was 0.97. The positive predictive value was 0.88 while the negative predictive value was 0.92. The results showed that detection of Sars-CoV-2 using saliva samples showed high sensitivity and specificity compared to nasopharyngeal swabs.

RESUMO

Resumo A Organização Mundial da Saúde declarou a disseminação generalizada do SARS-CoV-2 e sua doença associada (COVID-19) uma emergência de saúde pública. O teste padrão ouro para detecção do vírus é o RT-PCR, realizado a partir de amostras de swab nasofaríngeo (NPS). No entanto, esse exame pode ser desconfortável para o paciente e requer treinamento específico e vestimenta do profissional de saúde responsável pela coleta da amostra. Portanto, a busca por formas alternativas de coleta de amostras que possam ser utilizadas no diagnóstico de COVID-19 é relevante. O objetivo deste estudo foi comparar os resultados obtidos em amostras de NPS e saliva. Amostras de NPS e saliva foram coletadas de 189 pacientes ambulatoriais sintomáticos com suspeita de COVID-19, que procuraram a Policlínica Piquet Carneiro. A extração de RNA foi realizada com o kit Bio-Gene DNA / RNA Viral Extraction (Bioclin®) e as reações em tempo real da reação em cadeia da polimerase-transcriptase reversa (RT-PCR) usaram o kit Molecular SARS-CoV-2 (E / RP) (Bio-Manguinhos). Os resultados indicaram que 142 apresentaram resultado não detectável (ND), enquanto 47 apresentaram resultado detectável (D). Entre os 142 "ND", 137 (94,4%) amostras de saliva obtiveram o mesmo resultado, enquanto 5 amostras (3,4%) foram "D". Dentre as 47 amostras de swab "D", 35 (74,4%) apresentaram o mesmo resultado nas amostras de saliva. A sensibilidade do teste de saliva foi de 0,74 e a especificidade foi de 0,97. O valor preditivo positivo foi de 0,88, enquanto o valor preditivo negativo foi de 0,92. Os resultados mostraram que a detecção de Sars-CoV-2 em amostras de saliva apresentou alta sensibilidade e especificidade quando comparada com swabs nasofaríngeos.