Virtual screening based on molecular docking of lysosomotropic compounds as therapeutic agents for COVID-19 / Triagem virtual baseada no encaixe molecular de compostos lisossomotrópicos como agentes terapêuticos para COVID-19
J. Health Biol. Sci. (Online)
;
10(1): 1-12, 01/jan./2022. tab, ilus
Article
in English
| LILACS
| ID: biblio-1378476
ABSTRACT
Objective:
Analyze lysosomotropic agents and their action on COVID-19 targets using the molecular docking technique.Methods:
Molecular docking analyses of these lysosomotropic agents were performed, namely of fluoxetine, imipramine, chloroquine, verapamil, tamoxifen, amitriptyline, and chlorpromazine against important targets for the pathogenesis of SARS-CoV-2.Results:
The results revealed that the inhibitors bind to distinct regions of Mpro COVID-19, with variations in RMSD values from 1.325 to 1.962 Å and binding free energy of -5.2 to -4.3 kcal/mol. Furthermore, the analysis of the second target showed that all inhibitors bonded at the same site as the enzyme, and the interaction resulted in an RMSD variation of 0.735 to 1.562 Å and binding free energy ranging from -6.0 to -8.7 kcal/mol.Conclusion:
Therefore, this study allows proposing the use of these lysosomotropic compounds. However, these computer simulations are just an initial step toward conceiving new projects for the development of antiviral molecules.RESUMO
Objetivo:
aAnalisar agentes lisossomotrópicos e sua ação em alvos de COVID-19 usando a técnica de docking molecular.Métodos:
Foram realizadas análises de docagem molecular destes agentes lisossomotrópicos, nomeadamente de fluoxetina, imipramina, cloroquina, verapamil, tamoxifeno, amitriptilina e clorpromazina contra alvos importantes para a patogenia do SARS-CoV-2.Resultados:
Os resultados revelaram que os inibidores se ligam a regiões distintas do Mpro COVID-19, com variações nos valores de RMSD de 1.325 a 1.962 Å e energia livre de ligação de -5,2 a -4,3 kcal/mol. Além disso, a análise do segundo alvo mostrou que todos os inibidores se ligaram no mesmo sítio da enzima, e a interação resultante em uma variação de RMSD de 0,735 a 1.562 Å e energia livre de ligação variando de -6,0 a -8,7 kcal/mol.Conclusão:
Portanto, este estudo permite propor o uso desses compostos lisossomotrópicos. No entanto, essas simulações em computador são apenas um passo inicial para a concepção de novos projetos para o desenvolvimento de moléculas antivirais.
Full text:
Available
Index:
LILACS (Americas)
Main subject:
SARS-CoV-2
/
COVID-19
Type of study:
Diagnostic study
/
Screening study
Language:
English
Journal:
J. Health Biol. Sci. (Online)
Journal subject:
Cincias da Sa£de
/
Disciplinas das Cincias Biol¢gicas
Year:
2022
Type:
Article
Affiliation country:
Brazil
Institution/Affiliation country:
Christus University Center (UNICHRISTUS)/BR
/
Christus University Center (UNICHRISTUS),/BR
/
Federal University of Ceará/BR
/
University of Ceará, Limoeiro do Norte, Ceará/BR
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