Resistance of Clostridioides difficile spores from the NAP CR1 strain (Clostridiales: Peptostreptococcaceae) to sodium dichloroisocyanurate / Resistencia de esporas de Clostridioides difficile de la cepa NAPCR1 (Clostridiales: Peptostreptococcaceae) al dicloroisocianurato de sodio

ABSTRACT

Abstract Introduction: Clostridioides difficile is a significant cause of diarrhea in hospitals and the community. This bacterial pathogen is transmitted through the ingestion of endospores, which are challenging to eliminate due to intrinsic resistance to a variety of chemical disinfection agents. The well-characterized laboratory strain CD630 displays low virulence, has not caused outbreaks, and is highly susceptible to disinfectants. Nonetheless, a closely related strain termed NAPCR1 caused outbreaks in Costa Rica and later became endemic in many hospitals from this country. This strain causes disease through unusual mechanisms and is genotypically distinct from CD630. Consequently, its epidemic potential could be influenced by as yet unknown spore phenotypes, such as increased resistance to disinfectants. Objective: To determine whether the NAPCR1 strain is more resistant to a conventional and highly effective C. difficile sporicidal agent than strain CD630 and to identify potential explanatory mechanisms at the genomic level. Methods: We used an in vitro dilution-neutralization method to calculate the sporicidal activity of sodium dichloroisocyanurate (DCC) against purified spores from three subtypes of NAPCR1 isolates (LIBA-2945, LIBA-5761, and LIBA-6276), CD630, and a representative of the highly virulent and epidemic NAP1 strain (LIBA-5758). This phenotypic characterization was complemented with a genomics-steered search of polymorphisms in 15 spore- or sporulation-related genes. Results: Whereas DCC at a final concentration of 0.1 % (w/v) eradicated CD630 endospores with high efficacy (log10 reduction factor (LFR) ≥ 5), it only partially inactivated NAPCR1 (average LFR range = 1.77-3.37) and NAP1 endospores (average LRF = 3.58). As hypothesized, the three NAPCR1 subtypes tested were more resistant to DCC than strain CD630 (ANOVA, P < 0.05), with LIBA-5761 showing the highest level of DCC resistance overall (ANOVA, P < 0.05). All three NAPCR1 isolates showed large deletions in bclA1. Besides, isolates LIBA-5761 and LIBA-6276 had deletions in bclA2. Conclusions: Our in vitro tests revealed a differential resistance of spores from the C. difficile NAPCR1 strain to DCC. They highlight the importance of continuously evaluating the efficacy of deployed disinfection agents against circulating strains and hint to a potential role of structural proteins from the exosporium in resistance to disinfectants in C. difficile.

RESUMEN

Resumen Introducción: Clostridioides difficile es una causa importante de diarrea a nivel hospitalario y comunitario. Esta bacteria se transmite por medio de la ingestión de endosporas, las cuales son difíciles de erradicar por su resistencia intrínseca a diferentes agentes químicos de desinfección. La cepa de referencia CD630 está bien caracterizada, es poco virulenta, no ha causado brotes, y es altamente susceptible a los desinfectantes. Además, pertenece al mismo clado MLST y es filogenéticamente muy cercana a la cepa NAPCR1. Sin embargo, solo la última ha causado brotes en Costa Rica y se ha convertido en una cepa endémica en varios hospitales locales. La cepa NAPCR1 causa enfermedad por mecanismos poco usuales y es genotípicamente diferente a la cepa CD630. Por lo tanto, su potencial epidémico podría estar influenciado por cambios fenotípicos en sus esporas, como una resistencia incrementada a los desinfectantes. Objetivo: Determinar si la cepa NAPCR1 presenta mayor resistencia que CD630 a un desinfectante de alta eficacia utilizado a nivel hospitalario y dilucidar posibles mecanismos a nivel genómico. Métodos: Se utilizó el método de dilución-neutralización para evaluar la actividad esporicida in vitro del dicloroisocianurato de sodio (DCC) contra esporas de 3 subtipos de la cepa NAPCR1 (LIBA-2945, LIBA-5761, y LIBA-6276), CD630 y un aislamiento representativo de la cepa epidémica e hipervirulenta NAP1 (LIBA-5758). Esta caracterización fenotípica fue complementada con una búsqueda genómica de polimorfismos en 15 genes relacionados con la estructura de la endospora o el proceso de esporulación. Resultados: El DCC a una concentración final de 0.1 % (p/v) erradicó las endosporas de la cepa CD630 con gran eficacia (factor de reducción logarítmica; FRL ≥ 5) y eliminó parcialmente las de las cepas NAPCR1 (FRL promedio = 1.77-3.64) y NAP1 (FRL promedio = 3.58). El perfil de susceptibilidad del aislamiento NAPCR1 LIBA-5761 fue único, ya que mostró un mayor nivel de resistencia hacia el DCC que los otros aislamientos NAPCR1 y la cepa NAP1 examinada (ANOVA, P < 0.05). Los tres aislamientos NAPCR1 mostraron deleciones en bclA1 y los aislamientos LIBA-5761 y LIBA-6276 tenían deleciones adicionales en bclA2. Conclusiones: Nuestros experimentos in vitro confirman la resistencia incrementada a los desinfectantes de la cepa NAPCR1 y una susceptibilidad diferencial en sus tres subtipos. Adicionalmente, señalan la importancia de evaluar continuamente la eficacia de los desinfectantes contra cepas circulantes y asignan un posible papel en la resistencia a los desinfectantes gracias a las proteínas del exosporio de C. difficile.