Alternativa rápida de extracción de ADN en quistes de Acanthamoeba para uso en el laboratorio de análisis clínicos / Rapid DNA extraction alternative in cysts of Acanthamoeba for use in clinical analysis laboratory

RESUMEN

Resumen El objetivo del estudio fue comparar la extracción de ADN de quistes de Acanthamoeba sp. con un método disponible comercialmente y cuatro no comerciales utilizando tratamiento térmico y ultrasonido para la amplificación por una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) convencional, reduciendo tiempos de preparación y extracción de las muestras, como una herramienta para el diagnóstico en el laboratorio clínico. Se utilizó una cepa de Acanthamoeba, genotipo T4, cultivada en agar no nutritivo. Los quistes para analizar, en tres períodos de enquistamiento, se almacenaron a temperatura ambiente. Se extrajo ADN mediante cinco métodos: pretratamiento térmico, ultrasonido y combinaciones de ellos. La PCR se llevó a cabo utilizando cebadores específicos JDP1/JDP2. La concentración y pureza del ADN extraído con los protocolos evaluados revelaron diferencias estadísticamente significativas (p<0,0001). El método E (comercial), el A (térmico) y el B (ultrasonido) lograron los mejores rendimientos en la amplificación del fragmento específico de Acanthamoeba sp. por la PCR convencional.

ABSTRACT

Abstract The objective of the study was to compare the DNA extraction of Acanthamoeba sp. cysts with a commercially available method and four non-commercial ones, with heat and ultrasound treatment that allows amplification by conventional polymerase chain reaction (PCR), reducing sample preparation and extraction times, such as a tool for diagnosis in the clinical laboratory. To this aim, a strain of Acanthamoeba T4 grown on non-nutrient agar was used. Plates with cysts at three different encystation times were stored at room temperature until the study was carried out. DNA was extracted with five methods that included pretreatments (thermal and ultrasound) or combinations of them. PCR was performed using specific primers JDP1/JDP2. Concentration and purity of DNA revealed statistically significant differences (p<0.0001) between methods. Method E (commercial), method A (thermal) and B (ultrasound) got the best yields in amplifying the specific fragment of Acanthamoeba sp. by conventional PCR.

RESUMO

Resumo O objetivo do estudo foi comparar a extração de DNA de cistos de Acanthamoeba sp. com um método comercialmente disponível e quatro não comerciais utilizando tratamento térmico e ultrassom para amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) convencional, reduzindo os tempos de preparo e extração das amostras, como ferramenta para o diagnóstico no laboratório clínico. Foi utilizada uma cepa de Acanthamoeba, genótipo T4, cultivada em ágar não nutritivo. Os cistos para analisar foram armazenados em temperatura ambiente, correspondendo a três períodos de encistamento. O DNA foi extraído por cinco métodos: pré-tratamento térmico, ultrassom e combinações deles. A PCR foi realizada usando iniciadores específicos JDP1/JDP2. A concentração e a pureza do DNA extraído com os protocolos avaliados revelaram diferenças estatisticamente significativas (p<0,0001). Os métodos E (comercial), A (térmico) e B (ultrassom) alcançaram os melhores rendimentos na amplificação do fragmento específico de Acanthamoeba sp. por PCR convencional.