Detección del SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR utilizando saliva en pacientes ambulatorios con estudio de COVID-19

RESUMEN

Resumen Introducción: La pandemia de COVID-19 ha afectado a millones de personas en todo el mundo. La identificación de sujetos infectados ha sido importante para el control. Objetivo: Evaluar el rendimiento de una reacción de polimerasa en cadena (RPC) cuantitativa en tiempo real (en inglés RT-qPCR) para SARS-CoV-2, utilizando saliva como matriz en comparación con un hisopado nasofaríngeo (HNF). Metodología: Se reclutaron adultos en atención ambulatoria, la mayoría sintomáticos. Fueron estudiadas 530 muestras pareadas de saliva e HNF con RT-qPCR. Resultados: Fueron positivas 59 muestras de HNF y 54 de saliva. La sensibilidad con saliva fue 91%, especificidad 100%, el valor predictor positivo (VPP) 100%, valor predictor negativo (VPN) 98%. El índice Kappa fue de 0,95 y LR-0,08. En promedio, el umbral de ciclo (en inglés cycle threshold-CT) de la saliva fue 3,99 puntos más alto que los de HNF (p < 0,0001) mostrando que la carga viral (CV) es menor en saliva. La carga viral en ambas disminuyó con el tiempo después del inicio de los síntomas. El muestreo de saliva fue preferido por los sujetos en lugar de HNF. Conclusión: Este estudio demuestra que la RPC para SARS-CoV-2 utilizando saliva, es adecuada para el diagnóstico de COVID-19 en adultos ambulatorios, especialmente en la etapa temprana de los síntomas.

ABSTRACT

Abstract Background: The COVID-19 pandemic has affected millions of people around the world. Part of control strategies is testing a large proportion of the population to identify and isolate the infected subjects. Aim: To evaluate the SARS-CoV-2 detection by the performance of a reverse transcription and quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) against SARS-CoV-2, using saliva as a matrix compared to a nasopharyngeal swab (NPS) to simplify obtaining a diagnostic sample. Methods: Adults in outpatient care were recruited, 95% of them symptomatic. We studied 530 paired saliva and NPS samples by SARS-CoV-2 RT-qPCR. Results: Fifty-nine individuals tested positive in NPS and 54 in saliva samples. Sensitivity for saliva sample was 91%, specificity 100%, positive predictive value (PPV) 100%, negative predictive value (NPV) 98%. The Kappa index was 0.95 and LR-0.08. On average, the cycle threshold (CT) of saliva was 3.99 points higher than those of NPS (p < 0.0001) showing that viral load (VL) is lower in saliva than in NPS. Viral load in both decreased over the time after onset of symptoms. Saliva sampling was preferred by subjects instead of NPS. Conclusion: This study demonstrates that SARS-CoV-2 RT-qPCR using saliva, even with lower VL, is suitable for the diagnosis of COVID-19 in outpatient adults, especially at early stage of symptoms.