Frequência alélica e potencial regulatório de polimorfismosno gene NELL1 em uma população da Bahia ­ Brasil / Allele frequency and regulatory potential of polimorphisms in NELL1 gene in a population of Bahia ­ Brazil

RESUMO

Introdução: o gene NELL1 codifica a proteína semelhante ao fator de crescimento epidérmico (do inglês Epidermal Growth factor (EGF)-like). GWASs e estudos de associação com genes candidatos têm sido utilizados para estabelecer a conexão entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) no NELL1 e diversas doenças. Objetivo: descrever a frequência alélica e o potencial regulatório dos polimorfismos do gene NELL1, estudados em uma população de Salvador (Bahia, Brasil) e descrever a frequência desses polimorfismos e a associação com diversas doenças, em populações africana, ameríndia, asiática e europeia. Metodologia: 1094 participantes foram recrutados através do Programa de Controle da Asma e da Rinite Alérgica no Estado da Bahia (ProAR). Os indivíduos tiveram o DNA genômico extraído e genotipado, utilizando-se a plataforma Illumina. Os SNP foram consultados através da plataforma SeattleSec Annotation. As bases de dados NCBI, RegulomeDB e Haploview 4.2 foram utilizadas para as análises. Resultados: foram analisados 346 SNPs do gene NELL1. Desses, 53 SNPs tiveram o MAF variando entre 50% e 40% e função intrônica. Os SNPs rs10833465 (alelo A), rs908944 (alelo C), rs1516766 (alelo A), rs10766739 (alelo G) e rs11025878 (alelo G) apresentam uma pontuação de 3, de acordo com o banco do RegulomeDB. O SNP rs7117671, com pontuação 2b, pode ter impacto regulatório e funcional. 101 SNPs apresentaram o MAF entre 39% e 20%. Dos polimorfismos menos frequentes nessa população, 192 apresentaram um MAF entre 19% e 2%. Discussão alguns SNPs, com diferentes frequências, apresentaram alta probabilidade de impacto funcional. Foram encontrados, na literatura, estudos de associação dos SNPs e osteoporose, doenças metabólicas, condições inflamatórias, doenças neuropsiquiátricas e tumores malignos. Conclusão: ospolimorfismos do gene NELL1 estudados apresentaram diferentes frequências na população desse estudo e tiveram seus alelos associados a doenças em diferentes populações. Sugere-se que sejam realizados mais estudos.

ABSTRACT

Introduction: the NELL1 gene encodes the epidermal growth factor (EGF)-like protein. GWASs and association studies with candidate genes have been used to establish the connection between single nucleotide polymorphisms (SNP) in NELL1 and various diseases. Objective: to describe the allele frequency and regulatory potential of NELL1 gene polymorphisms studied in a population from Salvador, Bahia, Brazil; and to describe the frequency of these polymorphisms, and the association with various diseases, in African, Amerindian, Asian and European populations. Methodology: one thousand and ninety-four (1094) participants were recruited through the Program for the Control of Asthma and Allergic Rhinitis in the State of Bahia (ProAR). Individuals had their genomic DNA extracted and genotyped using the Illumina platform. The SNPs were consulted through the SeattleSec Annotation platform. The NCBI, RegulomeDB and Haploview 4.2 databases were used for the analyses. Results: four hundred and seventy-three (346) NELL1 gene SNPs were analyzed. Of these, 53 SNPs had MAF ranging between 50% and 40% and intronic function. The SNPs rs10833465 (A allele), rs908944 (C allele), rs1516766 (A allele), rs10766739 (G allele) and rs11025878 (G allele) showed a score of 3, according to the RegulomeDB database. SNP rs7117671, with score 2b, may have regulatory and functional impact. One hundred and eighteen (101) SNPs presented MAF between 39% and 20%. Of the less frequent polymorphisms in this population, 192 had a MAF between 19% and 2%. Discussion: some SNPs, with different frequencies, presented a high probability of functional impact. Studies on the association of SNPs and osteoporosis, metabolic diseases, inflammatory conditions, neuropsychiatric diseases and malignant tumors were found in the literature. Conclusion: the NELL1 gene polymorphisms studied showed different frequencies in the population of this study and had their alleles associated with diseases in different populations. It is suggested that further studies be carried out.