Caracterização molecular dos tumores desmóides / Molecular characterization of desmoid tumors

RESUMO

Os tumores desmóides são proliferações mesenquimais fibroblásticas que, apesar de não originarem metástase, são extremamente invasivos localmente. Esses tumores podem ser esporádicos ou relacionados a síndromes genéticas, como a polipose adenomatosa familiar (FAP). Algumas alterações moleculares já foram relatadas, entretanto, a tumorigênese desses tumores ainda não é totalmente compreendida. Assim, o objetivo desse estudo é analisar e comparar o espectro de mutações somáticas nos tumores desmóides esporádicos e associados a síndromes. Dez tumores desmóides foram analisados por sequenciamento do exoma. O DNA extraído foi utilizado para a construção de uma biblioteca. O DNA fragmentado foi hibridizado com moléculas de RNA correspondentes à região do exoma (50Mb) e posteriormente capturado. As bibliotecas foram amplificadas através de PCR em emulsão e sequenciadas utilizando o SOLiD™ 4 System. Os dados de sequenciamento foram analisados através de programas específicos, e as variantes identificadas somente no tecido tumoral foram selecionadas. A validação de algumas variantes foi realizada por sequenciamento alvo (target sequencing), por ser um método mais sensível através do Ion AmpliSeq e sequenciamento na plataforma Ion PGM.

ABSTRACT

Desmoid tumors (DTs) are unique mesenchymal fibroblastic proliferationsthat, despite the absolute lack of ability to metastasize, are extremely locallyinvasive. The great majority of DTs occur sporadically, most of these arecaused by somatic mutations in β-catenin (CTNNB1) that lead to aconstitutive activation of WNT pathway. A small number of DTs can occur inthe background of familial adenomatous polyposis (FAP) and are associatedwith inactivating germline mutations in the adenomatous polyposis coli (APC)gene. However, as the genetic profile of desmoid tumors has not beenstudied extensively and remains poorly characterized, the aim of this projectwas to analyze the spectrum of somatic mutations in desmoid tumors. TenDTs were analyzed by massive parallel sequencing (exome). DNA wascaptured by hybridization in solution to cRNA oligonucleotide baits, subjectedto an emulsion PCR, and then sequenced using the SOLiD™ 4 System. Thesequence data were analyzed through specific bioinformatics software andthe variants identified only in tumor were selected for further validation. Forthe sake of higher sensitivity and specificity, target sequencing usingcustomized Ion AmpliSeq™ panels on the Ion PGM™ plataform were used tovalidate the alterations observed using the SOLiD™ 4.