Phylogeny of Dengue virus type 2 isolated in the Central Highlands, Vietnam / Filogenia del virus del Dengue tipo2 identificado en el Altiplano Central de Vietnam

ABSTRACT

AbstractDengue fever is perhaps the most important viral re-emergent disease especially in tropical and sub-tropical countries, affecting about 50 million people around the world every year. In the Central Highlands regions of Vietnam, dengue fever still remains as a major public health issue. Although four viral serotypes have been currently identified, dengue virus type 2 (DENV-2) was involved in the most important outbreaks during 2010-2012, especially, 2010 when the fatality rate highly increased. Detection of genotype of DENV2 provided information on origin, distribution and genotype of the virus. In this study, DEN-2 isolated from dengue patients during the 2010-2012 epidemics was amplified and sequenced with E gene. The consensus sequences were aligned with reference E gene sequences of globally available Genbank. Phylogenetic analysis was performed using Neighbor-joining and Kimura 2-parameter model to construct phylogenetic tree. A total of 15 isolates (seven from 2010; one from 2011 and seven from 2012) were obtained from human serum samples. Phylogenetic analysis revealed that Asian genotype 1 is currently circulating locally in Central Highlands region. Isolates of this genotype were closely related to viruses from Thailand, Laos, and Cambodia. It indicated that these epidemics maybe imported into the Central Highlands region from South-East Asia neighbor countries. The study results would help in planning for prevention and control of dengue virus in Vietnam. Continuous monitoring of DENV genotypes is necessary to confirm the current findings and detect possible genotype shifts within the dengue viruses in the future.

RESUMEN

ResumenPosiblemente, la fiebre del dengue es la enfermedad viral recurrente más importante en los países tropicales y subtropicales que afecta cerca de 50 millones de personas cada año en todo el mundo. En las regiones del Altiplano Central de Vietman, la fiebre del dengue aun se considera como una gran preocupación de salud pública. Aunque los cuatro serotipos virales han sido identificados, el virus del dengue tipo 2 (DENV-2) estuvo involucrado en el brote más importante durante el 2010-2012, especialmente en el 2010 cuando los índices de mortalidad aumentaron considerablemente. El descubrimiento del genotipo DENV-2 proporcionó información del origen, distribución y genotipo del virus. En este estudio, el serotipo DENV-2 identificado de pacientes con dengue durante las epidemias de 2010-2012 se amplificaron y secuenciaron con E gene. Las secuencias consenso se alinearon con secuencias de referencia mundiales de E gene disponibles en GenBank. El análisis filogenético se llevó a cabo utilizando el modelo Neighbor-joining y Kimura 2-parámetros para construir el árbol filogenético. Un total de 15 cepas (siete de 2010, una de 2011 y 7 de 2012) se obtuvieron de las muestras de suero humano. El análisis filogenético reveló que el genotipo asiático 1 circula localmente en la región del Altiplano Central. Las cepas de este genotipo estan muy relacionadas con los virus de Tailandia, Laos y Camboya. El análisis también indicó que estas epidemias pudieron migrar a la región del Altiplano Central desde los países vecinos del sureste asiático. Los resultados de este estudio pueden ayudar en la planificación de la prevención y el control del virus del dengue en Vietnam. Un monitoreo contante de los genotipos DENV es necesario para confirmar los hallazgos recientes y detectar los posibles cambios del genotipo de los virus del dengue en el futuro.