Análise genômica de deleções completas de IKZF1 em leucemias linfoblásticas agudas pediátricas / [Genomic analysis of complete IKZF1 deletions in pediatric acute lymphoblastic leukemias]

RESUMO

Introdução: A leucemia de células precursoras B (LLA-CPB) pediátrica é caracterizada por alterações citogenético-moleculares recorrentes, cuja identificação é essencial para aestratificação de risco terapêutico e adequação do tratamento ao risco de recaída em cada paciente. Recentemente estudos genômicos identificaram que deleções em IKZF1 (ΔIKZF1)podem ser preditivas de maior risco de recaída. As ΔIKZF1 foram rastreadas inicialmente por amplificação multiplex dependente de ligação de sondas (MLPA), no entanto, ametodologia é pouco sensível para a avaliação de doença residual mínima. Para tanto, estudos recentes desenvolveram técnicas de PCR multiplex (MP-PCR). Como as MP-PCRnão detectam IKZF1 Δ1-8 (~30% das LLA-CPB pediátricas), este trabalho teve como objetivo investigar as características das IKZF1 Δ1-8 nas LLA-CPB pediátricas. Metodologia: Os sujeitos desta pesquisa foram crianças e adolescentes (< 18 anos) comLLA-CPB e IKZF1 Δ1-8. Inicialmente uma coorte de descoberta (n = 6) foi caracterizada por microarranjo. Em seguida, alterações de número de cópias (CNAs) no cromossomo 7 foramavaliadas na coorte de investigação (n = 45) através de MLPA customizado. A partir dos dados de CNA, os pontos de quebra das deleções foram sequenciados por PCR multiplexou PCR invertida de longa distância. Com as sequências de ponto de quebra, investigamos sequências sinais de recombinação de RAG (RSSs), além de motivos CpG, estrutura secundária do DNA nas regiões de quebra e dados públicos do ENCODE de DNase eChIP-seq. Características demográficas e CNAs de amostras com IKZF1 Δ1-8 e demais deleções foram comparadas no programa SPSS 18, enquanto diferenças na distribuição de motivos nas regiões de quebra foram avaliados no GraphPad Prism 5. Valores p < 0,05 foram interpretados como estatisticamente significantes...

ABSTRACT

Background: Childhood B-cell precursor acute leukemia is characterized by recurrent cytogenetic and molecular alterations. Their identification is crucial for both risk stratificationand treatment management of patients. Recently, genomic studies have identified IKZF1 deletions (ΔIKZF1) as a valuable predictor of relapse. ΔIKZF1 have been screened by multiplex probe amplification assay (MLPA) in various studies, although the methodologylacks sensitivity for minimal residual disease evaluation. Therefore, novel studies have developed multiplex PCR (MP-PCR) tests with greater sensitivity. Since MP-PCR is still unable to identify IKZF1 Δ1-8 (~30% of recurrent deletions of BCP-ALL), this study aimed to investigate the main characteristics of childhood BCP-ALL cases with IKZF1 Δ1-8. Methods: This study enrolled children aged <18 years diagnosed with BCP-ALL and IKZF1 Δ1-8. First,a discovery cohort (n = 6) was analyzed with CytoScan HD array. Thereafter, CNAs within chromosome 7 were alalyzed in a validation cohort (n = 45) using an in-house MLPA. Thebreakpoints were sequenced after multiplex (MP-PCR) and long-distance inverse PCR (LDIPCR). After all, the possible mechanisms underlying occurrence of deletions were alsoinvestigated using a nucleotide-based similarity approach, along with DNase and ChIP-seq data retrieved from ENCODE database. Statistical analysis of demographic characteristics were compared with SPSS 18, while sequence motifs analyzed on GraphPad Prismsoftware...