Genotyping of news variants of the avian infectious bronchitis virus from Tolima department, Colombia / Genotipificación de variantes del virus de bronquitis infecciosa aviar en el departamento del Tolima, Colombia

ABSTRACT

ABSTRACT Objective. The aim of this study was identify the different genotypes of infectious bronchitis virus (IVB) present in commercial poultry farms from different localities of the Tolima Department, Colombia. Materials and methods. 105 samples of tracheal swabs of poultry of 21 farms were collected. Poultry had been vaccinated against IVB. An screen to identify positive samples and posteriorly the sequencing of the partial region of the S1 subunit and phylogenetic analysis of the isolates with the reference strains, including the vaccine currently used in the country was performed. Results . Poultry all farms had respiratory signs, but only four farms was confirmed the disease. Positive samples of the IBV (HT6, HT9, HT10 and HT11) were pathogenic for embryos 9-days-old. The HT6 sample was grouped in the same cluster that the Massachusetts strains. The HT9 and HT11 samples showed 99% similarity and were grouped genetically distant from the reference strains and other isolated. The HT10 sample showed low similarities with the isolates and reference strains, grouping alone in another cluster. Conclusions . New genotypes are circulating in the Tolima Department, where there is a risk of genetic recombination. Is believed that vaccines used were not providing cross-protection against the new genotypes.

RESUMEN

RESUMEN Objetivo. El objetivo de este estudio fue identificar los diferentes genotipos del virus de bronquitis infecciosa (VBI) presente en granjas avícolas comerciales de diferentes localidades del departamento de Tolima, Colombia. Materiales y métodos . Se recolectaron 105 muestras de hisopados traqueales provenientes de aves de 21 granjas. Las aves habían sido vacunadas contra el VBI. Se realizó un "screen" para identificar muestras positivas y posteriormente la secuenciación de la región parcial de la subunidad S1 y el análisis filogenético de los aislamientos con las cepas de referencia, incluidas las vacunas utilizadas actualmente en el país. Resultados. Aves de todas las granjas tenían signos respiratorios, pero sólo cuatro granjas confirmaron la enfermedad. Las muestras positivas de VBI (HT6, HT9, HT10 y HT11) fueron patogénicas para embriones de 9 días de edad. La muestra HT6 se agrupó en el mismo clúster que las cepas de la vacuna Massachusetts. Las muestras HT9 y HT11 mostraron 99% de similitud y agrupan genéticamente distantes de las cepas de referencia y de los aislados. El HT10 mostró baja similitud con aislamientos y cepas de referencia, agrupándose separadamente en otro clúster. Conclusiones. Nuevos genotipos circulan en el departamento del Tolima, donde hay un riesgo de recombinación genética. Se estima que las vacunas utilizadas no están ofreciendo una protección cruzada contra los nuevos genotipos.