Molecular diagnosis and intraspecific genetic variability of root pathogens of arid legumes in Western Rajasthan, India / Diagnóstico molecular y la variabilidad genética intraespecífica de patógenos de raíces en leguminosas resistentes a sequías del oeste de Rajasthan, India

ABSTRACT

AbstractThe productivity of arid legumes, such as Clusterbean (Cyamopsis tetragonoloba), Cowpea (Vigna unguiculata), Moth bean (Vigna aconitifolia) and Horse gram (Macrotyloma uniflorum), may remain stagnant over decades because of their high susceptibility to root diseases. Besides, there is a limitation on the information about molecular diagnosis and intraspecific genetic variability of root pathogens in arid legumes. To contribute in this field, we assessed a total of 52 isolates from 88 root samples that were found infected with fungal pathogens in Jodhpur, Jaipur and Bikaner Districts of Rajasthan. Diseased roots samples were analyzed following standard microbiological methods for fungus extraction and purification, and for genetic studies. Irrespective of the geographical location from where the diseased samples were collected, all pathogen isolates were clustered in RAPD dendrograms as per their respective genera. Phylogram, based on multiple sequence alignment, revealed that different genera (i.e. Fusarium, Neocosmospora and Syncephalastrum), separated from each other, and species within the same genera, clustered together with their reference sequences with apreciable bootstrap values. Out of 20 representative isolates representing each cluster and all outgroups sequenced, eight were molecularly identified as Neocosmospora vasinfecta, five as Fusarium solani, two as Neocosmospora striata, two as Fusarium acutatum, one as Syncephalastrum monosporum, one as Fusarium oxysporum and one as Fusarium species. The root pathogens of the arid legumes were found neither restricted to a geographical location nor were host specific in nature. Fusarium solani wilt in cowpea and seedling rot in moth bean, F. oxysporum wilt in moth bean, F. acutatum damping off in cowpea and Clusterbean, Fusarium sp. seedling rot in Clusterbean, Neocosmospora striata root rot in cowpea and wilt in Clusterbean and Syncephalastrum monosporum root rot in Clusterbean were molecularly identified as new fungal records as pathogens causing root diseases in arid legumes. Rev. Biol. Trop. 64 (4) 1505-1518. Epub 2016 December 01.

RESUMEN

ResumenLa producción de leguminosas resistentes a sequías como Cyamopsis tetragonoloba, Vigna unguiculata, Vigna aconitifolia y Macrotyloma uniflorum, puede permanecer inactiva durante décadas debido a su alta susceptibilidad a enfermedades en las raíces. Además, hay información limitada relacionada con el diagnóstico molecular y la variabilidad genética intraespecífica de patógenos de raíces en estas leguminosas resistentes a sequías. Para contribuir en esta área, evaluamos un total de 52 extractos de 88 raíces infectadas con patógenos fúngicos en los distritos de Jodhpur, Jaipur y Bikaner de Rajastán. Las muestras de raíces infectadas se analizaron siguiendo los métodos estándar de microbiología para extracción y purificación de hongos y para estudios genéticos. Independientemente del sitio donde se recolectaron las muestras contaminadas, todos los extractos patógenicos se agruparon en dendrogramas RAPD en cada uno de sus respectivos géneros. El filograma, basado en alineamiento de secuencias múltiples reveló que distintos géneros (Fusarium, Neocosmospora y Syncephalastrum) separados entre ellos y especies del mismo género se agrupan con sus secuencias de referencia con valores de bootstrap significativos. De cada 20 extractos representantes de cada agrupamiento y todos los grupos externos secuenciados, ocho fueron identificados molecularmente como Neocosmospora vasinfecta, dos como Fusarium acutatum, una como Syncephalastrum monosporum, una como Fusarium oxysporum y una como Fusarium. Los patógenos de estas leguminosas resistentes a sequías no están restringidos por la localidad ni por un hospedero específico. Fusarium solani que marchita el frijol de vaca y pudre la semilla de Vigna aconitifolia, F. oxysporum que marchita a Vigna aconitifolia, F. acutatum que marchita a Vigna unguiculata y Cyamopsis tetragonoloba, Fusarium sp. que pudre la semilla de Cyamopsis tetragonoloba, Neocosmospora striata que pudre la raíz de Vigna unguiculata y marchita a Cyamopsis tetragonoloba y, Syncephalastrum monosporum que pudre la raíz en Cyamopsis tetragonoloba, fueron identificados molecularmente como nuevos registros de patógenos fúngicos que causan daños en las raíces de leguminosas resistentes a sequías.