Estudio y análisis comparativo de interacciones entre la proteina integrina con fragmentos de la proteína fibrilina-1 y fragmentos mutados de esta utilizando la metodología de docking molecular / Study and comparative analysis of interactions protein between the integrina with fragments fibrillin-1 and mutated fragments of this by using molecular docking
Salud UNINORTE
; 32(3): 369-383, Sept.-Dec. 2016. ilus, tab
Article
in Es
| LILACS
| ID: biblio-962379
Responsible library:
CO332
RESUMEN
Resumen Objetivo:
Evaluar las interacciones proteína-proteína que pueden generarse entre fragmentos de la proteína fibrilina-1, cuyas mutaciones causan el síndrome de Marfan (SM). Materiales ymétodos:
Se realizó una serie de cálculos docking proteína-proteína entre las macromoléculas de interés; se empleó el programa Molsoft ICM; se utilizaron las estructuras cristalinas de la proteína integrina αVβ3 y los fragmentos de la proteína fibrilina-1; además se generó una sucesión de mutaciones en la fibrilina-1, las cuales son características de pacientes con síndrome de Marfan, y posteriormente se realizó el acoplamiento molecular. Adicionalmente se determinó los aminoácidos que con mayor frecuencia estaban presentes en el sitio de interacción y su hidrofobicidad.Resultados:
Se cuantificó la cantidad de aminoácidos hidrófobos presentes en las zonas de interacción producidas por los acoplamientos, teniendo en cuenta la energía del sistema; esta ponderación estuvo entre el 40 y 50 % de los aminoácidos de la zona de interacción, con un porcentaje mayor con respecto a aminoácidos neutros o cargados. En los resultados obtenidos utilizando las mutaciones realizadas sobre los fragmentos cbEGF22-TB4-cbEGF23 y cbEGF9-hyb2-cbEGF10 de la fibrilina-1 se encontró que no se ubicaron en zonas cercanas al sitio de interacción en la mayoría de los casos.Conclusiones:
Las interacciones entre los fragmentos de fibrilina-1, y estos con respecto a la integrina, mostraron en sus zonas de interacción la presencia mayoritariamente de aminoácidos hidrofóbicos, que es lo esperado normalmente.ABSTRACT
Abstract Objective:
To assess protein-protein interactions between fragments of fibrillin-1 protein, whose mutations cause Marfan syndrome (MS). Materials andMethods:
We performed a series of protein-protein docking calculations between the macromolecules of interest for this purpose was used Molsoft ICM program. We used the crystal structures of αVβ3 Integrin protein and fragments of fibrillin-1 protein also were generated mutations in the fibrillin-1, which are characteristic in patients with Marfan syndrome and subsequently to the molecular docking. We determined the amino acids most often present at the site of interaction and its hydrophobicity.Results:
The amount of hydrophobic amino acids present in the areas of interaction given by the couplings was quantified. Given the energy of the system, was between 40 and 50% of the amino acids of the interaction zone, with a higher proportion relative to charged or neutral amino acids. In the results obtained using the mutations performed on fragments cbEGF23 cbEGF22-TB4-and-cbEGF10 cbEGF9-HYB2 of fibrillin-1, was found they were not placed in areas near the site of interaction in most cases.Conclusion:
The interaction between fragments of fibrillin-1, and those with respect to their integrin showed the presence interaction zones mostly hydrophobic amino acids, which are normally expected.
Full text:
1
Index:
LILACS
Language:
Es
Journal:
Salud UNINORTE
Journal subject:
SAUDE PUBLICA
Year:
2016
Type:
Article