2D graphical representation of dna sequence based on horizon lines from a probabilistic view / Representação gráfica 2d da seqüência de dna baseada em linhas de horizonte a partir de uma visão probabilística

ABSTRACT

In this study, we propose a new two-dimensional graphical representation of DNA sequence based on a choice of four horizon lines. The 2D representation is constructed in a probabilistic framework. Following the new approach, we perform the similarity analysis among coding sequences of the first exon of beta-globin gene from eleven species. Our results coincide with current biological analyses. We also compare our method with some existing DNA sequence comparison algorithms and find that ours is more intuitive and effective.

RESUMO

Neste estudo, propomos uma nova representação gráfica bidimensional da sequência de DNA baseada na escolha de quatro linhas horizontais. A representação 2D é construída em uma estrutura probabilística. Seguindo a nova abordagem, realizamos a análise de similaridade entre as seqüências codificantes do primeiro exon do gene da beta-globina de onze espécies. Nossos resultados coincidem com as análises biológicas atuais. Também comparamos nosso método com alguns algoritmos de comparação de sequências de DNA existentes e descobrimos que o nosso é mais intuitivo e eficaz.