Survey of transposable elements in sugarcane tags (ESTs)

RESUMO

O projeto de ESTs (Expressed sequence tag) da cana-de-açúcar (SUCEST) produziu um grande número de seqüências de cDNA de diferentes tecidos submetidos ou näo a diferentes condições de estresse. Neste trabalho nós analisamos os resultados de uma busca, por Elementos de Transposiçäo (TEs), que apresentou um grande número de seqüências homólogas a TEs. Das 260.781 seqüências agrupadas em 81.223 clusters pelo programa Phrap (fragment assembly program), um total de 276 seqüências apresentaram homologia com TEs previamente descritos utilizando-se uma nota de corte estringente de 50 ou melhor. Clones homólogos aos grupos de retrotransposons com LTR (long terminal repeat) cópia/Tyl e Gypsy/ty3 foram achados porém nenhum retroelemento sem LTR foi identificado. A maioria das famílias de transposons estäo representadas em cana-de-açúcar incluindo Activator (Ac), Mutator (MuDR), Supressor-mutator (En/Spm) e Mariner. Para podermos comparar a diversidade dos TEs nos genomas das gramíneas, nós buscamos os TEs em espécies relacionadas a cana-de-açúcar tais como O sativa, Z. mays e S. bicolor. Nós também apresentamos os resultados preliminares do potencial uso de TEs como marcadores moleculares na identificaçäo de cultivares.