Sequence polymorphism from EST data in sugarcane: a fine analysis of 6-phosphogluconate dehydrogenase genes

RESUMO

O presente estudo apresenta resultados preliminares demonstrando a utilizaçäo da base de dados de ESTs de cana-de-açúcar para detectar polimorfismo de base única (SNP para Single Nucleotide Polymorphism). Sessenta e quatro ESTs relacionados aos genes da 6-phosphogluconate deshydrogenases (Pgds) foram identificados e divididos em dois conjuntos bem delimitados, de 14 e 50 ESTs, correspondendo a dois genes, A e B. O alinhamento das seqüências do grupo A permitiu a detecçäo de um único SNP e o alinhamento das seqüências do grupo B permitiu a detecçäo de 39 SNP, incluindo 27 na regiäo codificante do gene. Trinta e oito SNP foram bi-nucleotídicos e um único tri-nucleotídico. Nove inserções/supressões de um até 72 pares de base foram detectados nas regiões näo- codificantes 3' ou 5'. A robustez e as conseqüências dessas observações preliminares säo discutidas.