Serological and molecular diversity of human rotavirus in São Paulo, Brazil
Braz. j. microbiol
;
38(3): 459-466, July-Sept. 2007. ilus, graf, tab
Article
in English
| LILACS
| ID: lil-464771
ABSTRACT
From a total of 187 fecal samples from children with ages between 0 and 5 years, collected in the Hospital Universitário -USP, Brazil, from 1994 to 1996, 54 (28.9 percent) were positive for rotavirus. Positive samples were characterized by electropherotyping, subgrouping, G serotype and genotype and P genotype. Rotavirus electropherotypes were characterized in four different long genome patterns (38.9 percent), one short genome pattern (34.0 percent) and 18.0 percent were characterized as an unusual pattern. Subgroup I was found in 38.9 percent strains, subgroup II in 50.0 percent and 7.7 percent was subgroup nonI-nonII. For G serotypes, G2 was found in 59.3 percent, G1 was identified in 33.3 percent of strains, two samples showed mixtures of G1+G2 and one sample was G1+G3. Ten samples characterized as serotype G2 showed a long eletropherotype. Genotype G2 was the most frequently and was found in 37 (44.0 percent) samples (23 samples as a single genotype and 14 as mixtures of genotypes). G1 was found in 15 samples. G3 and G4 was detected mainly in mixtures of genotypes and G5, G6 and G9 were identified only in mixtures. A total of 20 (38.5 percent) samples were characterized as G genotype mixtures and P mixtures were found in 16 (29.6 percent) samples. P[4] was found in 55.6 percent of samples, P[8] in 51.9 percent and P[6-M37 like] in 22.3 percent of cases. P[6-Gottfried like] and P[11] were detected only in mixtures. One sample with G6 specificity, mixed with a G2 rotavirus and a P[11] strain, mixed with P[4] and P[8]strain was described for the first time in Latin America.
RESUMO
De um total de 187 amostras fecais de crianças com idades entre 0 e 5 anos, coletadas no Hospital Universitário -USP, Brasil, de 1994 a 1996, 54 (28.9 por cento) foram positivas para rotavírus. As amostras positivas foram caracterizadas quanto ao eletroferótipo, subgrupo, sorotipo G e genotipo G e P. Foram identificados quatro diferentes eletroferótipo longos em 38.9 por cento das amostras, um eletroferótipo curto (34,0 por cento) e 18,0 por cento foram caracterizadas como um eletroferótipo não usual. O subgrupo I foi encontrado em 38,9 por cento amostras, o subgrupo II em 50,0 por cento e nãoI-nãoII em 7,7 por cento. O sorotipo G2 foi encontrado em 59,3 por cento e G1 em 33,3 por cento. Duas amostras apresentaram misturas de G1+G2 e outra amostra G1+G3. Dez amostras caracterizadas como sorotipo G2 mostraram perfil eletroferótico longo. O genotipo G2 foi o mais freqüente, encontrado em 37 amostras (23 como único genotipo e 14 associados a outro genotipo). G1 foi encontrado em 15 amostras; G3 e G4 foram detectados principalmente em misturas e G5, G6 e G9, identificados somente em misturas. Um total de 20 (38,5 por cento) amostras foram identificadas como misturas de genotipo G e foram encontradas 16 (29,6 por cento) amostras com misturas de genotipo P. P[4] foi encontrado em 55,6 por cento das amostras, P[8] em 51,9 por cento e P[6-M37 like], em 5,5 por cento das amostras. P[6-Gottfried like] e P[11] foram detectados somente em misturas. Uma amostra com especificidade G6, associada ao genotipo G2 e outra P[11] misturada com P[4] e de P[8] foram identificadas pela primeira vez na América Latina.
Full text:
Available
Index:
LILACS (Americas)
Main subject:
Rotavirus Infections
/
Genetic Variation
/
In Vitro Techniques
/
Rotavirus
/
Diagnostic Techniques and Procedures
Type of study:
Diagnostic study
Limits:
Child
/
Humans
/
Infant, Newborn
Country/Region as subject:
South America
/
Brazil
Language:
English
Journal:
Braz. j. microbiol
Journal subject:
Microbiology
Year:
2007
Type:
Article
/
Project document
Affiliation country:
Brazil
Institution/Affiliation country:
Universidade de São Paulo/BR
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