Phenotypic and genotypic characterization of Salmonella Enteritidis isolates

ABSTRACT

In order to study the epidemiology of Salmonella Enteritidis outbreaks and determine the source of contamination so that a recurrence can be avoided, detailed characterization is necessary. Thus, the purpose of this study was to verify whether rep-PCR was able to discriminate among Salmonella Enteritidis isolates. Phage typing, detection of virulence genes and antimicrobial resistance testing were also associated to rep-PCR results. One hundred and two S. Enteritidis isolates from broiler carcasses, food, human, pigs, poultry-related samples, and nine isolates from other countries were genotypically typed by REP-PCR, ERIC-PCR and BOX-PCR, collectively called rep-PCR. Phage typing, detection of virulence genes and antimicrobial resistance testing were also performed. Only three fingerprinting profiles were obtained with each rep-PCR method, with the majority of isolates belonging to the same profile. No relationship was observed between genotypic profile and year, place of isolation or source of infection. However, the less frequent rep-PCR profiles showed single antimicrobial resistance patterns. Although few strains isolated from swine were analyzed, different antimicrobial resistance patterns were observed. Furthermore, phage type 4 was not found in swine isolates. rep-PCR showed a lower discriminatory power as compared with antimicrobial resistance and phage typing, but the combination of genotypic and phenotypic methods was more discriminatory than any method alone, resulting in 48 different types.

RESUMO

Uma caracterização detalhada de Salmonella Enteritidis é necessária para que possa ser desenvolvido o estudo da epidemiologia dos surtos causados por este organismo, bem como a determinação da fonte de contaminação, evitando que ocorram novos surtos. Assim, o objetivo deste estudo foi verificar se a rep-PCR era capaz de diferenciar isolados de S. Enteritidis. A fagotipagem, a detecção de genes de virulência e a determinação de resistência antimicrobiana foram associadas aos resultados da rep-PCR. Cento e duas S. Enteritidis isoladas de carcaças de frango, alimentos prontos para consumo, humanos suínos, amostras relacionadas a aves, e nove isolados de outros países foram genotipicamente tipados por REP-PCR, ERIC-PCR e BOX-PCR, juntamente chamados de rep-PCR. A fagotipagem, a detecção de genes de virulência e a determinação de resistência antimicrobiana também foram realizadas. Somente três padrões de fingerprinting foram obtidos com cada método de rep-PCR, sendo que a maioria dos isolados pertenceu ao mesmo perfil. Nenhuma relação foi observada entre o perfil genotípico e o ano, o local de isolamento e a fonte de infecção. Entretanto, os perfis menos freqüentes de rep-PCR apresentaram padrões de resistência antimicrobiana únicos. Embora poucas amostras de suínos tenham sido analisadas, diferentes padrões de resistência antimicrobiana foram observados. Além disso, o fagotipo 4 não foi encontrado em isolados de suínos. A rep-PCR apresentou um menor poder discriminatório quando comparada com a resistência antimicrobiana e com a fagotipagem, mas a combinação dos métodos genotípicos e fenotípicos foi mais discriminatória do que qualquer método isolado, resultando em 48 tipos diferentes.